More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1924 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1924  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 210 aa  431  1e-120  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.343626  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5419  TetR family transcriptional regulator  54.04 
 
 		 211 aa  225  3e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.752491  normal  0.799332 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5823  TetR family transcriptional regulator  53.2 
 
 		 217 aa  221  4e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6188  TetR family transcriptional regulator  53.2 
 
 		 217 aa  221  4e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.301672  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6667  TetR family transcriptional regulator  53.2 
 
 		 217 aa  221  7e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.33995  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1709  transcriptional regulator, TetR family  54.31 
 
 		 203 aa  221  7e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.922562  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4306  TetR family transcriptional regulator  53.3 
 
 		 202 aa  221  8e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.651969  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3549  transcriptional regulator AefR  53.54 
 
 		 200 aa  219  3e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.695719  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2650  TetR family transcriptional regulator  54.87 
 
 		 195 aa  216  1e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7734  TetR family transcriptional regulator  52.26 
 
 		 217 aa  216  2e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1885  transcriptional regulator, TetR family  54.04 
 
 		 204 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.393011  normal  0.0927704 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3324  regulatory protein, TetR  52.02 
 
 		 204 aa  214  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0882884 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1222  TetR family transcriptional regulator  52.55 
 
 		 204 aa  208  4e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6158  TetR family transcriptional regulator  48.47 
 
 		 212 aa  193  2e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.488727  normal  0.104212 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5760  TetR family transcriptional regulator  53.06 
 
 		 208 aa  192  4e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.327742  normal  0.559912 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6005  TetR family transcriptional regulator  52.55 
 
 		 208 aa  190  1e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.695496  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0109  TetR family transcriptional regulator  45.18 
 
 		 207 aa  185  5e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1358  TetR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 202 aa  146  2.0000000000000003e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0297  TetR family transcriptional regulator  38.12 
 
 		 203 aa  144  7.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0292  TetR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 203 aa  137  2e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000414466 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0292  TetR family transcriptional regulator  38.42 
 
 		 203 aa  137  2e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000945067 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3727  TetR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 203 aa  135  5e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000227076 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02663  transcriptional regulator  33.85 
 
 		 204 aa  135  6.0000000000000005e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0806616  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0299  TetR family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 202 aa  128  6e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0792  TetR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 212 aa  127  8.000000000000001e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3865  transcriptional regulator, TetR family protein  35.26 
 
 		 205 aa  124  1e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1346  TetR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 209 aa  120  9.999999999999999e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06672  hypothetical protein  32.14 
 
 		 198 aa  120  9.999999999999999e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0736  TetR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 198 aa  119  3e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0450  TetR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 201 aa  117  9e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0035  putative transcriptional regulator, TetR family  28.64 
 
 		 202 aa  98.6  5e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4478  transcriptional regulator, TetR family  29.8 
 
 		 211 aa  91.3  1e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1544  TetR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 219 aa  87  2e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02619  transcriptional regulator  32.38 
 
 		 217 aa  86.3  3e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6189  TetR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 210 aa  86.3  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.304814  normal  0.805788 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  29.25 
 
 		 212 aa  84  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 212 aa  83.2  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3451  TetR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 216 aa  82  0.000000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.6413 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  29.7 
 
 		 222 aa  81.3  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4487  transcriptional regulator, TetR family  28.64 
 
 		 207 aa  81.3  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4516  transcriptional regulator, TetR family  28.64 
 
 		 207 aa  81.3  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2292  TetR family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 208 aa  79.7  0.00000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3352  TetR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 211 aa  79.3  0.00000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.586652  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4680  transcriptional regulator, TetR family  36.57 
 
 		 236 aa  79  0.00000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4265  TetR/AcrR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 228 aa  79  0.00000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752062  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3341  transcriptional regulator, TetR family  31.25 
 
 		 226 aa  78.6  0.00000000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 234 aa  78.2  0.00000000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
-
 
NC_003296  RS01892  transcription regulator protein  30.14 
 
 		 207 aa  77.4  0.0000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00576188  normal  0.449964 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0570  TetR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 209 aa  77.4  0.0000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  31.85 
 
 		 226 aa  77.4  0.0000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0542  transcriptional regulator, TetR family  30.69 
 
 		 210 aa  77.4  0.0000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.669667 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1391  transcriptional regulator, TetR family  33.83 
 
 		 208 aa  76.6  0.0000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2972  TetR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 216 aa  77  0.0000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419953  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1979  TetR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 216 aa  77.4  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28862  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2179  TetR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 218 aa  77.4  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2986  TetR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 216 aa  76.6  0.0000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.741715  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0496  TetR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 202 aa  77  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.250936 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3130  TetR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 216 aa  76.3  0.0000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8304  transcriptional regulator, TetR family  27.55 
 
 		 223 aa  74.3  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.505381  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2256  TetR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 207 aa  73.6  0.000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0681818  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4150  transcriptional regulator, TetR family  31.71 
 
 		 200 aa  73.6  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0533  TetR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 208 aa  73.9  0.000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0518509 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3598  TetR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 222 aa  73.6  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.822043 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2293  TetR family transcriptional regulator  33.14 
 
 		 204 aa  73.6  0.000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4190  transcriptional regulator, TetR family  31.71 
 
 		 200 aa  73.6  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.378174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3129  transcriptional regulator, TetR family  27.78 
 
 		 191 aa  73.2  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2634  TetR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 209 aa  72.4  0.000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.001775  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4062  transcriptional regulator, TetR family  28.37 
 
 		 216 aa  72  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2740  TetR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 257 aa  71.6  0.000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.933804 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1297  TetR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 206 aa  71.6  0.000000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00583227  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8267  putative transcriptional regulator, TetR family  32.7 
 
 		 209 aa  70.9  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.124724 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0743  TetR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 216 aa  70.9  0.00000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1317  TetR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 206 aa  70.9  0.00000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.237455  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 212 aa  71.2  0.00000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.61751 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6912  TetR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 236 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.830717  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11350  transcriptional regulator  35.56 
 
 		 220 aa  70.1  0.00000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1636  TetR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 226 aa  70.1  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.232227 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4208  TetR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 213 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.826614 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3407  TetR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 218 aa  70.1  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0155576  normal  0.84746 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1247  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 206 aa  70.1  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1119  TetR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 213 aa  69.7  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1515  TetR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 213 aa  69.3  0.00000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0097  transcriptional regulator, TetR family  27.41 
 
 		 215 aa  68.9  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.56928  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4103  TetR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 209 aa  68.9  0.00000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0106  transcriptional regulator  27.6 
 
 		 207 aa  68.6  0.00000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6537  transcriptional regulator, TetR family  53.03 
 
 		 230 aa  68.9  0.00000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.563628  normal  0.0265458 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4585  transcriptional regulator, TetR family  31.37 
 
 		 220 aa  68.9  0.00000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.448621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2341  TetR family transcriptional regulator  64 
 
 		 206 aa  68.2  0.00000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.554096 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1231  TetR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 289 aa  68.2  0.00000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00074883  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00486  transcriptional regulator, TetR family protein  27.36 
 
 		 224 aa  67.8  0.0000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  29.56 
 
 		 220 aa  67.8  0.0000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3113  TetR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 214 aa  67.8  0.0000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.527228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1571  TetR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 207 aa  66.6  0.0000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 213 aa  67.4  0.0000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1138  TetR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 228 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1276  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 214 aa  67.4  0.0000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.933053  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  26.48 
 
 		 218 aa  66.6  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4471  transcriptional regulator, TetR family  30.88 
 
 		 220 aa  66.6  0.0000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0602  TetR family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 205 aa  66.2  0.0000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.5525  normal  0.406937 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6768  transcriptional regulator, TetR family  30.1 
 
 		 221 aa  65.9  0.0000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>