More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1869 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



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Organism name
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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_1869  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 215 aa  434  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2237  TetR family transcriptional regulator  62.62 
 
 		 228 aa  264  7e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5533  transcriptional regulator, TetR family  46.57 
 
 		 215 aa  179  2.9999999999999997e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.374337  normal  0.0421471 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5253  transcriptional regulator, TetR family  45.37 
 
 		 215 aa  174  6e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1456  transcriptional regulator, TetR family  32.84 
 
 		 211 aa  98.6  7e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0533  TetR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 208 aa  89.7  3e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0518509 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4103  TetR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 209 aa  88.6  6e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1078  TetR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 211 aa  87.4  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_5999  transcriptional regulator, TetR family  33.93 
 
 		 215 aa  85.1  7e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4208  TetR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 213 aa  84.7  9e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.826614 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0093  TetR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 229 aa  84  0.000000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.247373  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1119  TetR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 213 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1515  TetR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 213 aa  82.8  0.000000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6489  transcriptional regulator, TetR family  30.62 
 
 		 215 aa  80.9  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2432  transcriptional regulator, TetR family  33.97 
 
 		 220 aa  80.5  0.00000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0652024 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2459  mannitol dehydrogenase domain-containing protein  50 
 
 		 589 aa  79.7  0.00000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.688241 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0570  TetR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 209 aa  76.6  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2443  transcriptional regulator, TetR family  32.16 
 
 		 237 aa  77  0.0000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0506357 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  34.24 
 
 		 218 aa  77  0.0000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2049  TetR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 198 aa  76.6  0.0000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3352  TetR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 211 aa  76.6  0.0000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.586652  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4265  TetR/AcrR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 228 aa  74.7  0.0000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752062  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4680  transcriptional regulator, TetR family  29.67 
 
 		 236 aa  74.3  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4695  TetR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 215 aa  74.7  0.000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3598  TetR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 222 aa  74.3  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.822043 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0519  TetR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 220 aa  73.6  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 208 aa  73.2  0.000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0548  transcriptional regulator, TetR family  30.65 
 
 		 208 aa  72.8  0.000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2027  TetR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 208 aa  72.8  0.000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.835752  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 212 aa  72.4  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0552  transcriptional regulator, TetR family  32.16 
 
 		 208 aa  71.6  0.000000000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1636  TetR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 226 aa  71.2  0.00000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.232227 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  29.56 
 
 		 212 aa  70.9  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0706  TetR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 215 aa  70.1  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3113  TetR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 214 aa  70.1  0.00000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.527228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6393  TetR family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 229 aa  69.7  0.00000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0255151  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3644  TetR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 210 aa  69.7  0.00000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.106311  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 213 aa  69.3  0.00000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1511  TetR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 225 aa  68.6  0.00000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3347  regulatory protein, TetR  29.41 
 
 		 205 aa  68.2  0.00000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.235212  normal  0.0210246 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2740  TetR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 257 aa  68.2  0.00000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.933804 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2537  transcriptional regulator, TetR family  28.5 
 
 		 231 aa  67.8  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1993  transcriptional regulator, TetR family  25.12 
 
 		 223 aa  67.8  0.0000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6158  TetR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 212 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.488727  normal  0.104212 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3407  TetR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 218 aa  67  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0155576  normal  0.84746 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2329  TetR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 221 aa  66.6  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4471  transcriptional regulator, TetR family  26.11 
 
 		 220 aa  66.2  0.0000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1166  transcriptional regulator, TetR family  28.37 
 
 		 215 aa  66.2  0.0000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.522591  n/a   
 
 
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NC_013456  VEA_003358  transcriptional regulator  23.71 
 
 		 251 aa  65.5  0.0000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.433364  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0542  transcriptional regulator, TetR family  30.64 
 
 		 210 aa  65.9  0.0000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.669667 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4150  transcriptional regulator, TetR family  32.93 
 
 		 200 aa  65.5  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4190  transcriptional regulator, TetR family  32.93 
 
 		 200 aa  65.5  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.378174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  24.75 
 
 		 220 aa  65.5  0.0000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7734  TetR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 217 aa  65.5  0.0000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011004  Rpal_3896  transcriptional regulator, TetR family  26.42 
 
 		 211 aa  65.5  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6592  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 225 aa  64.7  0.0000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.186395 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 210 aa  64.7  0.0000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3838  transcriptional regulator TetR family  28.41 
 
 		 230 aa  64.7  0.0000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.606304  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0097  transcriptional regulator, TetR family  28.97 
 
 		 215 aa  64.3  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.56928  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  28.65 
 
 		 226 aa  64.3  0.000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5823  TetR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 217 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6188  TetR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 217 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.301672  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0450  TetR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 201 aa  64.3  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2113  transcriptional regulator, TetR family  28.02 
 
 		 207 aa  63.5  0.000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.918403  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3482  TetR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 248 aa  63.5  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0660414  normal  0.032442 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5077  transcriptional regulator, TetR family  31.15 
 
 		 212 aa  63.5  0.000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3273  TetR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 210 aa  63.2  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.346529  normal  0.756983 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6001  transcriptional regulator, TetR family  29.38 
 
 		 224 aa  63.2  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.903994  normal  0.20153 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0679  TetR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 207 aa  62.8  0.000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0890735  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2650  TetR family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 195 aa  62.4  0.000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3517  transcriptional regulator protein  27.14 
 
 		 208 aa  62.8  0.000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.873146  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3058  TetR family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 209 aa  62.4  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.765793  normal  0.0466418 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2292  TetR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 208 aa  62.4  0.000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1276  transcriptional regulator, TetR family  28 
 
 		 214 aa  62.4  0.000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.933053  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3915  transcriptional regulator, TetR family  31.84 
 
 		 215 aa  62  0.000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2293  TetR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 204 aa  62  0.000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4062  transcriptional regulator, TetR family  30.46 
 
 		 216 aa  62.4  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3038  transcriptional regulator  33.07 
 
 		 230 aa  62  0.000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3880  transcriptional regulator, TetR family  32.73 
 
 		 217 aa  62  0.000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.133053 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6292  TetR family transcriptional regulator  48.53 
 
 		 210 aa  61.6  0.000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5073  transcriptional regulator TetR family  26.73 
 
 		 227 aa  61.6  0.000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.479761  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1938  transcriptional regulator, TetR family  27.94 
 
 		 226 aa  61.2  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.165177  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2875  TetR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 219 aa  60.8  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6667  TetR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 217 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.33995  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1222  TetR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 204 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1609  TetR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 224 aa  60.5  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000193721 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0452  TetR family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 212 aa  60.5  0.00000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.681881  decreased coverage  0.00000297509 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4446  TetR family transcriptional regulator  46.97 
 
 		 210 aa  60.1  0.00000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4046  TetR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 222 aa  60.1  0.00000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.933953  normal  0.278605 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4201  hypothetical protein  24.51 
 
 		 201 aa  59.7  0.00000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1885  transcriptional regulator, TetR family  32.95 
 
 		 204 aa  59.7  0.00000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.393011  normal  0.0927704 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8390  putative transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 222 aa  59.3  0.00000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009831  Ssed_3111  TetR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 210 aa  59.3  0.00000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4585  transcriptional regulator, TetR family  25.77 
 
 		 220 aa  59.3  0.00000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.448621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1247  TetR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 206 aa  59.3  0.00000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010551  BamMC406_1993  TetR family transcriptional regulator  50.82 
 
 		 210 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.209055  normal  0.134866 
 
 
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NC_010508  Bcenmc03_1121  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 210 aa  59.3  0.00000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0496337  normal  1 
 
 
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NC_010506  Swoo_1571  TetR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 207 aa  58.9  0.00000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011138  MADE_00486  transcriptional regulator, TetR family protein  30.43 
 
 		 224 aa  58.9  0.00000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009380  Strop_0381  TetR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 212 aa  58.9  0.00000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.336534  normal  1 
 
 
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