More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_0706 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_0706  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 215 aa  433  1e-120  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 208 aa  78.6  0.00000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0570  TetR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 209 aa  77.4  0.0000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5582  TetR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 218 aa  72.8  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.431544 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 212 aa  72.8  0.000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.61751 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 210 aa  72.4  0.000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4585  transcriptional regulator, TetR family  29.1 
 
 		 220 aa  71.6  0.000000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.448621  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  29.1 
 
 		 220 aa  71.2  0.00000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_5999  transcriptional regulator, TetR family  30.33 
 
 		 215 aa  70.9  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007925  RPC_1869  TetR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 215 aa  70.1  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4471  transcriptional regulator, TetR family  29.1 
 
 		 220 aa  70.5  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3347  regulatory protein, TetR  37.1 
 
 		 205 aa  69.7  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.235212  normal  0.0210246 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2027  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 208 aa  69.7  0.00000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.835752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2796  TetR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 231 aa  70.1  0.00000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.252593 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4265  TetR/AcrR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 228 aa  68.6  0.00000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752062  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05643  putative transcription regulator protein  29.19 
 
 		 233 aa  68.2  0.0000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0292  TetR family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 203 aa  67.4  0.0000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000414466 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3838  transcriptional regulator TetR family  28.92 
 
 		 230 aa  67.4  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.606304  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5954  transcriptional regulator TetR family  32.26 
 
 		 219 aa  67.4  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3576  TetR-like virulence regulator  32.97 
 
 		 207 aa  66.6  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3727  TetR family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 203 aa  66.6  0.0000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000227076 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0552  transcriptional regulator, TetR family  31.52 
 
 		 208 aa  66.2  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06672  hypothetical protein  31.03 
 
 		 198 aa  65.1  0.0000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0602  TetR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 205 aa  65.1  0.0000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.5525  normal  0.406937 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0519  TetR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 220 aa  65.1  0.0000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0548  transcriptional regulator, TetR family  30.3 
 
 		 208 aa  64.3  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3317  TetR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 214 aa  64.7  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.305506  n/a   
 
 
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NC_009656  PSPA7_1400  putative transcriptional regulator  31.39 
 
 		 213 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2443  transcriptional regulator, TetR family  25.91 
 
 		 237 aa  64.3  0.000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0506357 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0292  TetR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 203 aa  64.3  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000945067 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4044  TetR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 214 aa  64.7  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2740  TetR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 257 aa  63.9  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.933804 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6489  transcriptional regulator, TetR family  28.64 
 
 		 215 aa  63.5  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0533  TetR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 208 aa  63.5  0.000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0518509 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1034  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 204 aa  63.5  0.000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4190  transcriptional regulator, TetR family  31.17 
 
 		 200 aa  63.9  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.378174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4150  transcriptional regulator, TetR family  31.17 
 
 		 200 aa  63.9  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16280  putative transcriptional regulator  30.66 
 
 		 213 aa  62.8  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450776  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 213 aa  62.4  0.000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
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NC_011004  Rpal_2177  transcriptional regulator, TetR family  31.08 
 
 		 210 aa  62.4  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.480454  n/a   
 
 
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NC_012669  Bcav_3880  transcriptional regulator, TetR family  30.5 
 
 		 217 aa  62.4  0.000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.133053 
 
 
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NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 234 aa  62  0.000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
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NC_008576  Mmc1_0541  TetR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 220 aa  61.6  0.000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_014210  Ndas_1276  transcriptional regulator, TetR family  29.17 
 
 		 214 aa  61.6  0.000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.933053  normal  1 
 
 
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NC_013947  Snas_5077  transcriptional regulator, TetR family  28.25 
 
 		 212 aa  61.6  0.000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  35.04 
 
 		 222 aa  61.6  0.000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3684  TetR family transcriptional regulator  24.36 
 
 		 202 aa  61.2  0.00000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_009670  Oant_4809  TetR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 213 aa  61.2  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008048  Sala_3113  TetR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 214 aa  60.8  0.00000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.527228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  29.34 
 
 		 218 aa  61.2  0.00000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
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NC_011992  Dtpsy_1838  transcriptional regulator, TetR family  29.93 
 
 		 221 aa  61.2  0.00000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.834516  n/a   
 
 
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NC_014210  Ndas_4478  transcriptional regulator, TetR family  34.78 
 
 		 211 aa  61.2  0.00000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6137  TetR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 207 aa  60.1  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.150449  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6912  TetR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 236 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.830717  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2237  TetR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 228 aa  60.5  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2029  TetR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 220 aa  60.5  0.00000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.107784  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00902  transcription regulator protein  30.08 
 
 		 209 aa  59.7  0.00000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.806346  normal  0.603909 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2165  transcriptional regulator, TetR family  33.79 
 
 		 228 aa  60.1  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.483923  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8304  transcriptional regulator, TetR family  28.74 
 
 		 223 aa  60.1  0.00000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.505381  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2507  TetR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 207 aa  59.7  0.00000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.881075  normal  0.842438 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1515  TetR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 213 aa  59.3  0.00000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2209  transcriptional regulator, TetR family  38.68 
 
 		 204 aa  59.3  0.00000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1443  transcriptional regulator, TetR family  33.9 
 
 		 204 aa  59.3  0.00000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.79888  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1864  transcriptional regulator, TetR family  38.68 
 
 		 204 aa  58.9  0.00000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0665556  normal  1 
 
 
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NC_008752  Aave_2815  TetR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 242 aa  59.3  0.00000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.106176  normal  0.623336 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2432  transcriptional regulator, TetR family  30.21 
 
 		 220 aa  58.5  0.00000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0652024 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0496  TetR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 202 aa  58.5  0.00000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.250936 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4208  TetR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 213 aa  58.2  0.00000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.826614 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1138  TetR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 228 aa  58.5  0.00000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4225  TetR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 244 aa  57.8  0.0000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.127157  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0297  TetR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 203 aa  57.4  0.0000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2983  TetR family transcriptional regulator  24.46 
 
 		 190 aa  57.8  0.0000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5086  transcriptional regulator, TetR family  28.26 
 
 		 210 aa  58.2  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.423561  normal  0.0707297 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1039  TetR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 201 aa  58.2  0.0000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.747573 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1027  transcriptional regulator, TetR family  26.98 
 
 		 201 aa  57.8  0.0000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5366  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 210 aa  57  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00158369  normal  0.823764 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3482  TetR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 248 aa  57  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0660414  normal  0.032442 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2113  transcriptional regulator, TetR family  27.72 
 
 		 207 aa  57  0.0000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.918403  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3720  transcriptional regulator, TetR family  32.39 
 
 		 225 aa  57  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.984063  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1981  TetR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 227 aa  57.4  0.0000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0412771  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0871  TetR family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 202 aa  57  0.0000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1709  TetR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 224 aa  57  0.0000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.400859  normal  0.0301663 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0232  TetR family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 230 aa  57.4  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3333  TetR family transcriptional regulator  24.46 
 
 		 201 aa  57  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0542  transcriptional regulator, TetR family  32.73 
 
 		 210 aa  56.6  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.669667 
 
 
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NC_004311  BRA0118  TetR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 247 aa  56.6  0.0000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.211628  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0109  TetR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 247 aa  56.6  0.0000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3644  TetR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 210 aa  56.6  0.0000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.106311  n/a   
 
 
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NC_010505  Mrad2831_1609  TetR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 224 aa  56.2  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000193721 
 
 
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NC_009952  Dshi_0106  transcriptional regulator  29.12 
 
 		 207 aa  56.6  0.0000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008043  TM1040_3451  TetR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 216 aa  56.6  0.0000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.6413 
 
 
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NC_008322  Shewmr7_3151  TetR family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 202 aa  56.6  0.0000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008709  Ping_3701  transcriptional regulator of TetR family protein  28.42 
 
 		 206 aa  56.2  0.0000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_002977  MCA2256  TetR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 207 aa  56.2  0.0000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0681818  n/a   
 
 
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NC_008700  Sama_2341  TetR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 206 aa  55.8  0.0000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.554096 
 
 
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NC_011887  Mnod_8100  transcriptional regulator, TetR family  35.97 
 
 		 218 aa  55.5  0.0000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.978856  n/a   
 
 
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NC_009665  Shew185_1006  TetR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 189 aa  55.5  0.0000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013947  Snas_5925  transcriptional regulator, TetR family  29.09 
 
 		 211 aa  55.1  0.0000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009620  Smed_3994  TetR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 225 aa  55.1  0.0000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75286  normal  1 
 
 
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NC_007954  Sden_1279  regulatory protein, TetR  29.92 
 
 		 206 aa  55.1  0.0000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.211303  n/a   
 
 
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