More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS05643 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



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Plasmid unclonability p-value
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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS05643  putative transcription regulator protein  100 
 
 		 233 aa  474  1e-133  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0441  TetR family transcriptional regulator  40.12 
 
 		 233 aa  103  2e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5086  transcriptional regulator, TetR family  35.84 
 
 		 210 aa  98.6  7e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.423561  normal  0.0707297 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3412  TetR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 206 aa  89.4  5e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.430092  normal  0.661157 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5366  transcriptional regulator, TetR family  32.95 
 
 		 210 aa  88.6  9e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00158369  normal  0.823764 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4313  transcriptional regulator, TetR family  32.72 
 
 		 238 aa  86.3  3e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2169  transcriptional regulator, TetR family  32.79 
 
 		 207 aa  83.2  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.821962  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4666  TetR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 214 aa  81.3  0.00000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.441468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4925  TetR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 228 aa  80.5  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.791426  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2708  TetR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 266 aa  80.1  0.00000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2630  TetR family transcriptional regulator  57.53 
 
 		 321 aa  79.7  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8100  transcriptional regulator, TetR family  29.17 
 
 		 218 aa  80.1  0.00000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.978856  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0142  TetR family transcriptional regulator  57.53 
 
 		 288 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0169  TetR family transcriptional regulator  57.53 
 
 		 321 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.964419  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1036  TetR family transcriptional regulator  57.53 
 
 		 288 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2773  TetR family transcriptional regulator  57.53 
 
 		 321 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1313  TetR family transcriptional regulator  57.53 
 
 		 321 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2036  regulatory protein, TetR  31.79 
 
 		 206 aa  77.8  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.284785 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1098  TetR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 209 aa  76.3  0.0000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0976848 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1313  transcriptional regulator TetR family  28.57 
 
 		 213 aa  75.9  0.0000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0754  TetR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 273 aa  74.7  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5306  TetR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 219 aa  74.7  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.190126 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0737  transcriptional regulator, TetR family  31.61 
 
 		 209 aa  74.7  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0716  TetR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 211 aa  73.6  0.000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.281964  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2781  TetR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 206 aa  72.4  0.000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000487748 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3038  transcriptional regulator  24.46 
 
 		 230 aa  72  0.000000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0607  transcriptional regulator, TetR family  26.67 
 
 		 255 aa  71.6  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.118397  normal  0.590685 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0648  transcriptional regulator, TetR family  27.31 
 
 		 247 aa  71.6  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0672593 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1034  TetR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 204 aa  71.6  0.00000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1045  TetR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 226 aa  71.2  0.00000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.446098  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4062  transcriptional regulator, TetR family  27.96 
 
 		 216 aa  70.5  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3923  TetR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 214 aa  70.1  0.00000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3669  TetR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 243 aa  68.9  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.433868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0455  TetR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 224 aa  69.3  0.00000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.366206  normal  0.106872 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2179  TetR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 218 aa  68.6  0.00000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5925  transcriptional regulator, TetR family  32.97 
 
 		 211 aa  68.6  0.00000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2796  TetR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 231 aa  68.6  0.00000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.252593 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0706  TetR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 215 aa  68.2  0.0000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 212 aa  67.4  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.61751 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1979  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 216 aa  66.6  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28862  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2293  TetR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 204 aa  66.2  0.0000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2436  TetR family transcriptional regulator  25.15 
 
 		 243 aa  65.9  0.0000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.747053 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0118  TetR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 247 aa  65.5  0.0000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.211628  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0109  TetR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 247 aa  65.5  0.0000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3407  TetR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 218 aa  65.5  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0155576  normal  0.84746 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 213 aa  65.1  0.0000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0698  putative transcription regulator protein  27.53 
 
 		 264 aa  64.7  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00682473  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5954  transcriptional regulator TetR family  36.59 
 
 		 219 aa  64.7  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6768  transcriptional regulator, TetR family  31.03 
 
 		 221 aa  64.7  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
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NC_007958  RPD_1791  regulatory protein, TetR  27.44 
 
 		 246 aa  64.7  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00350194  normal  0.153158 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 234 aa  63.9  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
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NC_009719  Plav_2441  TetR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 217 aa  63.5  0.000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.429129  normal  0.59735 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6562  TetR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 210 aa  64.3  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.67895  normal  0.0476005 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4190  transcriptional regulator, TetR family  35.66 
 
 		 200 aa  63.2  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.378174  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3880  transcriptional regulator, TetR family  34.15 
 
 		 217 aa  63.2  0.000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.133053 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4150  transcriptional regulator, TetR family  35.66 
 
 		 200 aa  63.2  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3838  transcriptional regulator TetR family  31.08 
 
 		 230 aa  62.8  0.000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.606304  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6189  TetR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 210 aa  63.2  0.000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.304814  normal  0.805788 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6801  transcriptional regulator, TetR family  27.54 
 
 		 217 aa  62.8  0.000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.142519  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0377  TetR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 224 aa  62.4  0.000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.528926  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01892  transcription regulator protein  37.39 
 
 		 207 aa  62  0.000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00576188  normal  0.449964 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4225  TetR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 244 aa  62  0.000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.127157  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3953  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 232 aa  61.2  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0396138  normal  0.024229 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6397  TetR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 218 aa  61.6  0.00000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.467706 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3714  transcriptional regulator, TetR family  34.19 
 
 		 226 aa  60.8  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.576002 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2165  transcriptional regulator, TetR family  27.39 
 
 		 228 aa  60.5  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.483923  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3517  transcriptional regulator protein  32.43 
 
 		 208 aa  60.8  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.873146  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3448  TetR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 240 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1129  TetR family transcriptional regulator  24.08 
 
 		 231 aa  60.8  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_5999  transcriptional regulator, TetR family  32.12 
 
 		 215 aa  60.1  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2815  TetR family transcriptional regulator  24.21 
 
 		 242 aa  60.1  0.00000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.106176  normal  0.623336 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3695  transcriptional regulator, TetR family  30.72 
 
 		 218 aa  59.7  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.551475  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3416  transcriptional regulator, TetR family  34.19 
 
 		 226 aa  59.7  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.180038  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2599  TetR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 233 aa  59.7  0.00000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.87329  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4680  transcriptional regulator, TetR family  29.38 
 
 		 236 aa  59.7  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2113  transcriptional regulator, TetR family  46.67 
 
 		 207 aa  59.7  0.00000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.918403  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4024  TetR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 199 aa  59.7  0.00000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.497962  normal  0.530155 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1838  transcriptional regulator, TetR family  23.46 
 
 		 221 aa  58.9  0.00000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.834516  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2029  TetR family transcriptional regulator  23.46 
 
 		 220 aa  58.9  0.00000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.107784  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6560  transcriptional regulator, TetR family  38.82 
 
 		 203 aa  58.5  0.00000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2883  TetR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 211 aa  58.5  0.00000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3146  TetR family transcriptional regulator  49.06 
 
 		 203 aa  58.5  0.00000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.303801  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3994  TetR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 225 aa  58.2  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75286  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4181  transcriptional regulator, TetR family  38.54 
 
 		 227 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000221958 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0602  TetR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 205 aa  57.8  0.0000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.5525  normal  0.406937 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05720  transcriptional regulator  30.99 
 
 		 221 aa  57.8  0.0000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.203838  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4585  transcriptional regulator, TetR family  29.87 
 
 		 220 aa  57.8  0.0000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.448621  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2371  TetR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 230 aa  58.2  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.533189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4265  TetR/AcrR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 228 aa  58.2  0.0000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0450  TetR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 201 aa  58.2  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3720  transcriptional regulator, TetR family  23.68 
 
 		 225 aa  58.2  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.984063  n/a   
 
 
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NC_010725  Mpop_1074  transcriptional regulator, TetR family  43.28 
 
 		 213 aa  57.4  0.0000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.739181  hitchhiker  0.00943768 
 
 
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NC_011757  Mchl_2058  transcriptional regulator, TetR family  43.28 
 
 		 213 aa  57.4  0.0000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00904468  normal  0.0313266 
 
 
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NC_010172  Mext_1739  tetracycline transcriptional regulator YcdC domain-containing protein  43.28 
 
 		 213 aa  57.4  0.0000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007948  Bpro_1669  TetR family transcriptional regulator  20.28 
 
 		 235 aa  56.6  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011757  Mchl_4471  transcriptional regulator, TetR family  28.3 
 
 		 220 aa  56.6  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  29.09 
 
 		 220 aa  57  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
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NC_012791  Vapar_4844  transcriptional regulator, TetR family  40.24 
 
 		 252 aa  56.2  0.0000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010515  Bcenmc03_4995  TetR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 224 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.11542  normal  1 
 
 
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NC_008543  Bcen2424_5273  TetR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 237 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.461714  normal  1 
 
 
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