More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2169 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2169  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 207 aa  413  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.821962  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3412  TetR family transcriptional regulator  76.21 
 
 		 206 aa  324  7e-88  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.430092  normal  0.661157 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2036  regulatory protein, TetR  80.1 
 
 		 206 aa  320  9.999999999999999e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.284785 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4925  TetR family transcriptional regulator  55.88 
 
 		 228 aa  231  8.000000000000001e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.791426  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1313  transcriptional regulator TetR family  47.24 
 
 		 213 aa  192  4e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5086  transcriptional regulator, TetR family  49.02 
 
 		 210 aa  188  5.999999999999999e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.423561  normal  0.0707297 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5366  transcriptional regulator, TetR family  48.02 
 
 		 210 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00158369  normal  0.823764 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0737  transcriptional regulator, TetR family  46.73 
 
 		 209 aa  179  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1098  TetR family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 209 aa  153  1e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0976848 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8100  transcriptional regulator, TetR family  43.69 
 
 		 218 aa  146  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.978856  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3038  transcriptional regulator  33.83 
 
 		 230 aa  139  3e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2708  TetR family transcriptional regulator  40.49 
 
 		 266 aa  135  5e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0754  TetR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 273 aa  131  5e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3953  TetR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 232 aa  127  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0396138  normal  0.024229 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0455  TetR family transcriptional regulator  38.86 
 
 		 224 aa  126  2.0000000000000002e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.366206  normal  0.106872 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0698  putative transcription regulator protein  38.21 
 
 		 264 aa  124  1e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00682473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0648  transcriptional regulator, TetR family  36.89 
 
 		 247 aa  124  1e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0672593 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1791  regulatory protein, TetR  40.22 
 
 		 246 aa  123  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00350194  normal  0.153158 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4313  transcriptional regulator, TetR family  39.13 
 
 		 238 aa  122  4e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0607  transcriptional regulator, TetR family  36.41 
 
 		 255 aa  122  5e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.118397  normal  0.590685 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2815  TetR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 242 aa  119  3e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.106176  normal  0.623336 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1045  TetR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 226 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.446098  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3669  TetR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 243 aa  115  6e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.433868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2781  TetR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 206 aa  114  1.0000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000487748 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0716  TetR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 211 aa  112  4.0000000000000004e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.281964  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5306  TetR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 219 aa  110  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.190126 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1669  TetR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 235 aa  110  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4455  transcriptional regulator, TetR family  36.61 
 
 		 215 aa  109  3e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0390638 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2441  TetR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 217 aa  106  2e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.429129  normal  0.59735 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2599  TetR family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 233 aa  102  3e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.87329  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2029  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 220 aa  102  4e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.107784  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2436  TetR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 243 aa  102  4e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.747053 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3720  transcriptional regulator, TetR family  33.52 
 
 		 225 aa  102  5e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.984063  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1838  transcriptional regulator, TetR family  32.74 
 
 		 221 aa  100  2e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.834516  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3923  TetR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 214 aa  99.8  3e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1129  TetR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 231 aa  99  4e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6397  TetR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 218 aa  95.9  3e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.467706 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6801  transcriptional regulator, TetR family  31 
 
 		 217 aa  95.1  6e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.142519  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4666  TetR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 214 aa  93.6  2e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.441468  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2371  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 230 aa  85.5  5e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.533189  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05643  putative transcription regulator protein  32.79 
 
 		 233 aa  83.2  0.000000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0441  TetR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 233 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1034  TetR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 204 aa  80.1  0.00000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0507  TetR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 211 aa  80.1  0.00000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.982351 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2165  transcriptional regulator, TetR family  30.73 
 
 		 228 aa  78.2  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.483923  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1014  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 212 aa  77.4  0.0000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1231  TetR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 289 aa  73.6  0.000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00074883  normal  1 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0056  transcriptional regulator, TetR family  33.07 
 
 		 198 aa  72.8  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1401  TetR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 222 aa  69.7  0.00000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.513329  normal  0.505278 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4600  TetR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 221 aa  67  0.0000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0411306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4222  TetR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 221 aa  67  0.0000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.42669  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4288  TetR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 221 aa  67  0.0000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.458199  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 212 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1078  TetR family transcriptional regulator  37.6 
 
 		 211 aa  65.1  0.0000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 210 aa  64.7  0.0000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2358  transcriptional regulator, TetR family  32.34 
 
 		 216 aa  64.3  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0281012 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0817  TetR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 212 aa  63.9  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3838  transcriptional regulator TetR family  32.06 
 
 		 230 aa  63.5  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.606304  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0602  TetR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 205 aa  63.9  0.000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.5525  normal  0.406937 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  32.39 
 
 		 218 aa  63.5  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0622  TetR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 216 aa  63.5  0.000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  28.47 
 
 		 212 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4128  TetR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 241 aa  62.8  0.000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.860792 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2773  TetR family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 321 aa  62.8  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0142  TetR family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 288 aa  62.8  0.000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1036  TetR family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 288 aa  62.8  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1313  TetR family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 321 aa  62.8  0.000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2630  TetR family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 321 aa  62.8  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0169  TetR family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 321 aa  62.8  0.000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.964419  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3066  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  34.21 
 
 		 218 aa  61.6  0.000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.283852  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2881  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  34.21 
 
 		 218 aa  61.6  0.000000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.531949 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3206  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  34.21 
 
 		 218 aa  61.6  0.000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6365  putative transcriptional regulator, TetR family  32.67 
 
 		 210 aa  61.2  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.277737  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 213 aa  61.2  0.00000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1592  transcriptional regulator, TetR family  25.37 
 
 		 198 aa  60.8  0.00000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2444  TetR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 217 aa  61.2  0.00000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2883  TetR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 211 aa  61.2  0.00000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4995  TetR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 224 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.11542  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38900  transcriptional regulator, TetR family  34.71 
 
 		 226 aa  60.1  0.00000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.749862  normal  0.429215 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1261  TetR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 214 aa  60.5  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.100849  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6912  TetR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 236 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.830717  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5646  TetR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 233 aa  60.1  0.00000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.176197  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4466  transcriptional regulator, TetR family  33.08 
 
 		 204 aa  59.7  0.00000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.575375  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3094  TetR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 237 aa  59.7  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5273  TetR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 237 aa  59.7  0.00000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.461714  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4522  transcriptional regulator, TetR family  43.94 
 
 		 191 aa  59.3  0.00000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.828993  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5928  transcriptional regulator, TetR family  34.68 
 
 		 215 aa  59.3  0.00000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.511087  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3448  TetR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 240 aa  59.3  0.00000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2249  transcriptional regulator, TetR family  28.96 
 
 		 228 aa  58.9  0.00000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.115177  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05020  transcriptional regulator, TetR family  27.41 
 
 		 194 aa  58.5  0.00000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2214  transcriptional regulator, TetR family  27.45 
 
 		 201 aa  58.5  0.00000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000301704  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3352  TetR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 211 aa  58.2  0.00000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.586652  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_5999  transcriptional regulator, TetR family  31.21 
 
 		 215 aa  58.2  0.00000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1169  transcriptional regulator, TetR family  30.34 
 
 		 214 aa  58.2  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2080  TetR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 219 aa  58.2  0.00000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.740876  hitchhiker  0.00831587 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1218  TetR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 206 aa  57.8  0.0000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0377  TetR family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 224 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.528926  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0824  TetR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 206 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2368  TetR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 197 aa  57.8  0.0000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000142624 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3451  TetR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 216 aa  57.8  0.0000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.6413 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>