More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2371 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_2371  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 230 aa  462  1e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.533189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0455  TetR family transcriptional regulator  47.94 
 
 		 224 aa  175  6e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.366206  normal  0.106872 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5306  TetR family transcriptional regulator  48.09 
 
 		 219 aa  174  9.999999999999999e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.190126 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0716  TetR family transcriptional regulator  49.43 
 
 		 211 aa  169  2e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.281964  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4313  transcriptional regulator, TetR family  46.28 
 
 		 238 aa  164  6.9999999999999995e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1791  regulatory protein, TetR  44.92 
 
 		 246 aa  164  9e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00350194  normal  0.153158 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3669  TetR family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 243 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.433868  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8100  transcriptional regulator, TetR family  38.42 
 
 		 218 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.978856  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3038  transcriptional regulator  34.12 
 
 		 230 aa  134  9.999999999999999e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0737  transcriptional regulator, TetR family  36.22 
 
 		 209 aa  132  5e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6397  TetR family transcriptional regulator  40.72 
 
 		 218 aa  128  7.000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.467706 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6801  transcriptional regulator, TetR family  40.51 
 
 		 217 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.142519  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4925  TetR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 228 aa  125  5e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.791426  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1098  TetR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 209 aa  121  8e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0976848 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4666  TetR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 214 aa  112  7.000000000000001e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.441468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3953  TetR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 232 aa  107  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0396138  normal  0.024229 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1313  transcriptional regulator TetR family  32.99 
 
 		 213 aa  107  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3923  TetR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 214 aa  106  3e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0607  transcriptional regulator, TetR family  32.99 
 
 		 255 aa  103  3e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.118397  normal  0.590685 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3412  TetR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 206 aa  102  4e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.430092  normal  0.661157 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1045  TetR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 226 aa  102  4e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.446098  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3720  transcriptional regulator, TetR family  33.97 
 
 		 225 aa  102  5e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.984063  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0648  transcriptional regulator, TetR family  32.52 
 
 		 247 aa  102  5e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0672593 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2169  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 207 aa  101  8e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.821962  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0698  putative transcription regulator protein  32.09 
 
 		 264 aa  101  1e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00682473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2441  TetR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 217 aa  101  1e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.429129  normal  0.59735 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1669  TetR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 235 aa  101  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1838  transcriptional regulator, TetR family  36.75 
 
 		 221 aa  101  1e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.834516  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1129  TetR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 231 aa  101  1e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2165  transcriptional regulator, TetR family  35.23 
 
 		 228 aa  100  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.483923  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0754  TetR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 273 aa  98.6  7e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2029  TetR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 220 aa  98.6  8e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.107784  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2781  TetR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 206 aa  96.7  3e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000487748 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2708  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 266 aa  96.7  3e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2815  TetR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 242 aa  96.3  3e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.106176  normal  0.623336 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2599  TetR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 233 aa  95.1  7e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.87329  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2436  TetR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 243 aa  90.1  3e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.747053 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5086  transcriptional regulator, TetR family  30.81 
 
 		 210 aa  86.7  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.423561  normal  0.0707297 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2036  regulatory protein, TetR  31.79 
 
 		 206 aa  86.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.284785 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5366  transcriptional regulator, TetR family  33.18 
 
 		 210 aa  86.3  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00158369  normal  0.823764 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1034  TetR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 204 aa  80.5  0.00000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4455  transcriptional regulator, TetR family  31.82 
 
 		 215 aa  79.7  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0390638 
 
 
-
 
NC_003296  RS05643  putative transcription regulator protein  30.53 
 
 		 233 aa  77  0.0000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 212 aa  72.4  0.000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.61751 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1767  TetR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 209 aa  72.4  0.000000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.271955  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  35.33 
 
 		 218 aa  70.1  0.00000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
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NC_008347  Mmar10_0507  TetR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 211 aa  69.3  0.00000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.982351 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1515  TetR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 213 aa  68.6  0.00000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4208  TetR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 213 aa  68.6  0.00000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.826614 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4103  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 209 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1119  TetR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 213 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0440  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 207 aa  67.4  0.0000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0602  TetR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 205 aa  66.6  0.0000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.5525  normal  0.406937 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0441  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 233 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3880  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 217 aa  67  0.0000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.133053 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8267  putative transcriptional regulator, TetR family  34.44 
 
 		 209 aa  66.2  0.0000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.124724 
 
 
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NC_013440  Hoch_6345  transcriptional regulator, TetR family  40.51 
 
 		 241 aa  65.1  0.0000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4680  transcriptional regulator, TetR family  35.86 
 
 		 236 aa  65.1  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1078  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 211 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2948  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 191 aa  64.3  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0056  transcriptional regulator, TetR family  34.29 
 
 		 198 aa  63.9  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1231  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 289 aa  63.2  0.000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00074883  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2214  transcriptional regulator, TetR family  48.39 
 
 		 201 aa  63.2  0.000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000301704  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16280  putative transcriptional regulator  35.07 
 
 		 213 aa  63.5  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450776  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  28.25 
 
 		 212 aa  63.2  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3994  TetR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 225 aa  62.8  0.000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75286  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2341  TetR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 206 aa  62.4  0.000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.554096 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1400  putative transcriptional regulator  33.58 
 
 		 213 aa  62.4  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2080  TetR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 219 aa  62  0.000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.740876  hitchhiker  0.00831587 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1636  TetR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 226 aa  61.6  0.000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.232227 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1159  transcriptional regulator, TetR family  27.72 
 
 		 190 aa  61.6  0.00000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1008  TetR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 190 aa  61.2  0.00000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1237  transcriptional regulator, TetR family  27.72 
 
 		 190 aa  61.6  0.00000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0991  TetR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 190 aa  61.6  0.00000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_5999  transcriptional regulator, TetR family  36.76 
 
 		 215 aa  61.2  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007322  GBAA_pXO1_0048  TetR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 194 aa  61.2  0.00000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1080  TetR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 190 aa  61.2  0.00000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3466  TetR family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 245 aa  61.2  0.00000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.130911  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 234 aa  61.2  0.00000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4578  TetR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 238 aa  61.6  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.127543  normal  0.45553 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1149  transcriptional regulator, TetR family protein  24.41 
 
 		 226 aa  61.2  0.00000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0542  transcriptional regulator, TetR family  37.93 
 
 		 210 aa  61.6  0.00000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.669667 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2175  TetR family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 218 aa  60.5  0.00000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1177  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 190 aa  60.5  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2293  TetR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 204 aa  60.5  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0995  TetR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 190 aa  60.5  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.713352  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4190  transcriptional regulator, TetR family  30.52 
 
 		 200 aa  60.8  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.378174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2575  transcriptional regulator, TetR family  26.98 
 
 		 211 aa  60.5  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000582548  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4150  transcriptional regulator, TetR family  30.52 
 
 		 200 aa  60.8  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_007963  Csal_0947  TetR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 205 aa  60.5  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0946183  n/a   
 
 
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NC_011772  BCG9842_B4194  transcriptional regulator, TetR family  28.26 
 
 		 190 aa  60.5  0.00000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011725  BCB4264_A1112  transcriptional regulator, TetR family  28.26 
 
 		 190 aa  60.5  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008752  Aave_0109  TetR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 207 aa  60.8  0.00000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011725  BCB4264_A2434  transcriptional regulator, TetR family  25.98 
 
 		 211 aa  60.1  0.00000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_003909  BCE_2510  TetR family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 209 aa  59.7  0.00000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00262483  n/a   
 
 
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NC_005945  BAS2304  TetR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 211 aa  60.1  0.00000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.373552  n/a   
 
 
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NC_006274  BCZK0995  TetR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 190 aa  60.1  0.00000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007530  GBAA_2479  TetR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 211 aa  60.1  0.00000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.660065  n/a   
 
 
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NC_009523  RoseRS_2103  TetR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 207 aa  60.1  0.00000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008048  Sala_3113  TetR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 214 aa  60.1  0.00000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.527228  normal  1 
 
 
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