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for query gene Smed_2796 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2796  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 231 aa  477  1e-134  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.252593 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3416  transcriptional regulator, TetR family  56.52 
 
 		 226 aa  228  5e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.180038  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3714  transcriptional regulator, TetR family  55.56 
 
 		 226 aa  226  3e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.576002 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3838  transcriptional regulator TetR family  47.91 
 
 		 230 aa  196  2.0000000000000003e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.606304  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4225  TetR family transcriptional regulator  47.25 
 
 		 244 aa  186  3e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.127157  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0109  TetR family transcriptional regulator  46.92 
 
 		 247 aa  182  4.0000000000000006e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0118  TetR family transcriptional regulator  46.92 
 
 		 247 aa  182  4.0000000000000006e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.211628  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 234 aa  165  5.9999999999999996e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  42.49 
 
 		 212 aa  155  6e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.61751 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 213 aa  154  1e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
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NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  41.84 
 
 		 220 aa  149  3e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4471  transcriptional regulator, TetR family  41.84 
 
 		 220 aa  149  3e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4585  transcriptional regulator, TetR family  40.95 
 
 		 220 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.448621  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6562  TetR family transcriptional regulator  40.93 
 
 		 210 aa  146  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.67895  normal  0.0476005 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6768  transcriptional regulator, TetR family  40.21 
 
 		 221 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3407  TetR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 218 aa  141  7e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0155576  normal  0.84746 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1511  TetR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 225 aa  137  1e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1979  TetR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 216 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28862  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6189  TetR family transcriptional regulator  39.49 
 
 		 210 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.304814  normal  0.805788 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2179  TetR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 218 aa  129  3e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4062  transcriptional regulator, TetR family  37.63 
 
 		 216 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 208 aa  119  6e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6137  TetR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 207 aa  113  3e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.150449  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2624  TetR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 214 aa  112  4.0000000000000004e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.373378  normal  0.716878 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2507  TetR family transcriptional regulator  33.84 
 
 		 207 aa  112  6e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.881075  normal  0.842438 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3451  TetR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 216 aa  111  9e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.6413 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3352  TetR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 211 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.586652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0106  transcriptional regulator  33.84 
 
 		 207 aa  107  1e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3126  TetR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 207 aa  107  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.333802  hitchhiker  0.00150199 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0050  TetR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 210 aa  101  8e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0570  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 209 aa  99.4  4e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6001  transcriptional regulator, TetR family  33.5 
 
 		 224 aa  97.4  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.903994  normal  0.20153 
 
 
-
 
NC_003296  RS01892  transcription regulator protein  32.12 
 
 		 207 aa  95.9  5e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00576188  normal  0.449964 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7149  transcriptional regulator, TetR family  33 
 
 		 224 aa  95.5  6e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2443  transcriptional regulator, TetR family  32.63 
 
 		 237 aa  94.4  1e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0506357 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0743  TetR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 216 aa  93.2  3e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3113  TetR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 214 aa  92.8  4e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.527228  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  30.46 
 
 		 226 aa  92.4  5e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  32.58 
 
 		 218 aa  92.4  5e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1078  TetR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 211 aa  91.7  8e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 212 aa  90.5  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0496  TetR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 202 aa  90.5  2e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.250936 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1187  TetR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 221 aa  89  5e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.49367  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0548  transcriptional regulator, TetR family  28.65 
 
 		 208 aa  89  5e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0533  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 208 aa  89  6e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0518509 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0552  transcriptional regulator, TetR family  29.02 
 
 		 208 aa  88.2  1e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  30.61 
 
 		 212 aa  87.8  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0519  TetR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 220 aa  87  2e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2740  TetR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 257 aa  87  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.933804 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2256  TetR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 207 aa  86.7  3e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0681818  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2732  transcriptional regulator, TetR family  36.54 
 
 		 208 aa  86.3  4e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.498805  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0097  transcriptional regulator, TetR family  31.77 
 
 		 215 aa  85.9  5e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.56928  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1019  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 200 aa  85.1  8e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2049  TetR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 198 aa  83.2  0.000000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1553  regulatory protein, TetR  31.5 
 
 		 234 aa  82.4  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1138  TetR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 228 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1993  TetR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 210 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.209055  normal  0.134866 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3880  transcriptional regulator, TetR family  29.05 
 
 		 217 aa  80.5  0.00000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.133053 
 
 
-
 
NC_003296  RS00902  transcription regulator protein  27.92 
 
 		 209 aa  79.7  0.00000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.806346  normal  0.603909 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  27.55 
 
 		 222 aa  79.3  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1993  transcriptional regulator, TetR family  27.75 
 
 		 223 aa  79  0.00000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0155  TetR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 222 aa  79.3  0.00000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5949  transcriptional regulator TetR family  27.08 
 
 		 250 aa  79.3  0.00000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1515  TetR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 213 aa  79  0.00000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5246  TetR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 192 aa  78.2  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4208  TetR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 213 aa  77.8  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.826614 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003358  transcriptional regulator  25.77 
 
 		 251 aa  76.6  0.0000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.433364  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3341  transcriptional regulator, TetR family  28.8 
 
 		 226 aa  76.6  0.0000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3129  transcriptional regulator, TetR family  34.84 
 
 		 191 aa  76.6  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8267  putative transcriptional regulator, TetR family  28.36 
 
 		 209 aa  76.6  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.124724 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5954  transcriptional regulator TetR family  28.5 
 
 		 219 aa  76.6  0.0000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1121  TetR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 210 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0496337  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4478  transcriptional regulator, TetR family  27.54 
 
 		 211 aa  76.6  0.0000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2309  transcriptional regulator, TetR family  27.32 
 
 		 204 aa  75.9  0.0000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.601552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3994  TetR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 225 aa  75.9  0.0000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75286  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1276  transcriptional regulator, TetR family  27.92 
 
 		 214 aa  75.9  0.0000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.933053  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1571  TetR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 207 aa  75.5  0.0000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4446  TetR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 210 aa  75.5  0.0000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1119  TetR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 213 aa  75.5  0.0000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1313  TetR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 203 aa  75.5  0.0000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 210 aa  74.3  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4487  transcriptional regulator, TetR family  28.72 
 
 		 207 aa  74.3  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5925  transcriptional regulator, TetR family  28.72 
 
 		 211 aa  74.7  0.000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007925  RPC_2798  TetR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 251 aa  74.3  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.358212  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3598  TetR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 222 aa  74.7  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.822043 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1326  TetR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 205 aa  74.7  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.892925  n/a   
 
 
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NC_011313  VSAL_II0035  putative transcriptional regulator, TetR family  26.29 
 
 		 202 aa  74.7  0.000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013160  Cyan8802_4516  transcriptional regulator, TetR family  28.72 
 
 		 207 aa  74.3  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_010512  Bcenmc03_6292  TetR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 210 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_003910  CPS_0747  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 206 aa  73.2  0.000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010338  Caul_5065  TetR family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 202 aa  73.2  0.000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.174952  normal  0.51505 
 
 
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NC_009831  Ssed_4201  hypothetical protein  25.13 
 
 		 201 aa  73.2  0.000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_004310  BR1403  TetR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 241 aa  72.8  0.000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008254  Meso_1981  TetR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 227 aa  72.8  0.000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0412771  n/a   
 
 
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NC_009484  Acry_0093  TetR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 229 aa  72.8  0.000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.247373  n/a   
 
 
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NC_010501  PputW619_4103  TetR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 209 aa  72  0.000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008577  Shewana3_1297  TetR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 206 aa  71.6  0.000000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00583227  normal  1 
 
 
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NC_013161  Cyan8802_4190  transcriptional regulator, TetR family  30.93 
 
 		 200 aa  70.9  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.378174  normal  1 
 
 
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NC_011726  PCC8801_4150  transcriptional regulator, TetR family  30.93 
 
 		 200 aa  70.9  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_009720  Xaut_1059  TetR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 211 aa  70.9  0.00000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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