More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2624 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_2624  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 214 aa  427  1e-119  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.373378  normal  0.716878 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6137  TetR family transcriptional regulator  56.37 
 
 		 207 aa  212  3.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.150449  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2507  TetR family transcriptional regulator  55.88 
 
 		 207 aa  211  7e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.881075  normal  0.842438 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3126  TetR family transcriptional regulator  53.62 
 
 		 207 aa  201  5e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.333802  hitchhiker  0.00150199 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3451  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 216 aa  187  9e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.6413 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0106  transcriptional regulator  48.5 
 
 		 207 aa  172  5e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0050  TetR family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 210 aa  152  2.9999999999999998e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2796  TetR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 231 aa  112  3e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.252593 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 212 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.61751 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3714  transcriptional regulator, TetR family  35.75 
 
 		 226 aa  106  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.576002 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  34.8 
 
 		 220 aa  106  3e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3416  transcriptional regulator, TetR family  35.08 
 
 		 226 aa  106  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.180038  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4471  transcriptional regulator, TetR family  34.8 
 
 		 220 aa  105  7e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6562  TetR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 210 aa  102  4e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.67895  normal  0.0476005 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4585  transcriptional regulator, TetR family  33.83 
 
 		 220 aa  100  1e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.448621  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3838  transcriptional regulator TetR family  35.8 
 
 		 230 aa  100  1e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.606304  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2179  TetR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 218 aa  100  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 213 aa  100  2e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1979  TetR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 216 aa  99.8  3e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28862  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3407  TetR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 218 aa  99.4  3e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0155576  normal  0.84746 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1511  TetR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 225 aa  99  5e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 234 aa  94.7  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4225  TetR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 244 aa  94  2e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.127157  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3352  TetR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 211 aa  93.2  2e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.586652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1059  TetR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 211 aa  93.6  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6001  transcriptional regulator, TetR family  31.98 
 
 		 224 aa  91.7  8e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.903994  normal  0.20153 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6768  transcriptional regulator, TetR family  35.47 
 
 		 221 aa  90.9  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1187  TetR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 221 aa  90.9  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.49367  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3113  TetR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 214 aa  90.9  1e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.527228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6189  TetR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 210 aa  90.5  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.304814  normal  0.805788 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  32.34 
 
 		 226 aa  90.5  2e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1138  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 228 aa  89.7  3e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  36.18 
 
 		 218 aa  89.7  3e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3880  transcriptional regulator, TetR family  34.31 
 
 		 217 aa  89.4  4e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.133053 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 208 aa  89  5e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7149  transcriptional regulator, TetR family  29.35 
 
 		 224 aa  88.2  9e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5077  transcriptional regulator, TetR family  35.5 
 
 		 212 aa  87  2e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00902  transcription regulator protein  35.26 
 
 		 209 aa  87.4  2e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.806346  normal  0.603909 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4062  transcriptional regulator, TetR family  34.54 
 
 		 216 aa  87  2e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0118  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 247 aa  86.7  3e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.211628  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0109  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 247 aa  86.7  3e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0570  TetR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 209 aa  86.7  3e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2740  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 257 aa  84.7  8e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.933804 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0496  TetR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 202 aa  85.1  8e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.250936 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2925  TetR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 259 aa  84  0.000000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0548  transcriptional regulator, TetR family  33.16 
 
 		 208 aa  83.6  0.000000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0519  TetR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 220 aa  82.8  0.000000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 212 aa  82  0.000000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0097  transcriptional regulator, TetR family  33.13 
 
 		 215 aa  81.6  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.56928  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0155  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 222 aa  80.9  0.00000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  28.19 
 
 		 212 aa  79.7  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0552  transcriptional regulator, TetR family  32.64 
 
 		 208 aa  79.3  0.00000000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0455  TetR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 224 aa  79  0.00000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.366206  normal  0.106872 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3341  transcriptional regulator, TetR family  31.25 
 
 		 226 aa  78.6  0.00000000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0747  TetR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 206 aa  77.8  0.0000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1149  transcriptional regulator, TetR family protein  30.22 
 
 		 226 aa  77  0.0000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01892  transcription regulator protein  29.44 
 
 		 207 aa  76.6  0.0000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00576188  normal  0.449964 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1981  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 227 aa  76.3  0.0000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0412771  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  27.86 
 
 		 222 aa  75.1  0.0000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0533  TetR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 208 aa  75.1  0.0000000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0518509 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4103  TetR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 209 aa  75.1  0.0000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2256  TetR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 207 aa  74.3  0.000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0681818  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3682  TetR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 540 aa  74.3  0.000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0191871  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8267  putative transcriptional regulator, TetR family  29.9 
 
 		 209 aa  74.3  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.124724 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2309  transcriptional regulator, TetR family  27.44 
 
 		 204 aa  73.9  0.000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.601552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3466  TetR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 245 aa  73.9  0.000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.130911  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1312  TetR family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 206 aa  73.6  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.278349  normal  0.387509 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1358  TetR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 202 aa  73.2  0.000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2027  TetR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 208 aa  73.2  0.000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.835752  normal  1 
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4487  transcriptional regulator, TetR family  29 
 
 		 207 aa  72.4  0.000000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4516  transcriptional regulator, TetR family  29 
 
 		 207 aa  72.4  0.000000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003358  transcriptional regulator  25.76 
 
 		 251 aa  71.6  0.000000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.433364  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3347  regulatory protein, TetR  26.98 
 
 		 205 aa  70.5  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.235212  normal  0.0210246 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4306  TetR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 202 aa  70.5  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.651969  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1443  transcriptional regulator, TetR family  27.89 
 
 		 204 aa  70.1  0.00000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.79888  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1317  TetR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 206 aa  70.1  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.237455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2341  TetR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 206 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.554096 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3038  transcriptional regulator  29.05 
 
 		 230 aa  70.5  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1276  transcriptional regulator, TetR family  30.29 
 
 		 214 aa  70.5  0.00000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.933053  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8103  transcriptional regulator, TetR family  28.11 
 
 		 223 aa  69.7  0.00000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1247  TetR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 206 aa  69.7  0.00000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2815  TetR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 242 aa  69.7  0.00000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.106176  normal  0.623336 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1297  TetR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 206 aa  69.3  0.00000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00583227  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5954  transcriptional regulator TetR family  30.18 
 
 		 219 aa  68.9  0.00000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_5999  transcriptional regulator, TetR family  34.44 
 
 		 215 aa  68.9  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6912  TetR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 236 aa  68.6  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.830717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1774  TetR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 231 aa  68.6  0.00000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.277997  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6158  TetR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 212 aa  68.6  0.00000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.488727  normal  0.104212 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1045  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 226 aa  68.2  0.00000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.446098  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1313  TetR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 203 aa  68.2  0.00000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2416  TetR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 192 aa  68.2  0.00000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.363583 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4666  TetR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 214 aa  68.2  0.00000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.441468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3994  TetR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 225 aa  67.8  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75286  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0698  putative transcription regulator protein  30.67 
 
 		 264 aa  67.8  0.0000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00682473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3111  TetR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 210 aa  67.4  0.0000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1119  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 213 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6537  transcriptional regulator, TetR family  30.81 
 
 		 230 aa  68.2  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.563628  normal  0.0265458 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2443  transcriptional regulator, TetR family  29.84 
 
 		 237 aa  67.8  0.0000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0506357 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4208  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 213 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.826614 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4478  transcriptional regulator, TetR family  27.04 
 
 		 211 aa  67  0.0000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>