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for query gene Dshi_3038 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_3038  transcriptional regulator  100 
 
 		 230 aa  467  1.0000000000000001e-131  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011887  Mnod_8100  transcriptional regulator, TetR family  42.86 
 
 		 218 aa  179  2e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.978856  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3412  TetR family transcriptional regulator  38 
 
 		 206 aa  151  7e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.430092  normal  0.661157 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0754  TetR family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 273 aa  151  1e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1129  TetR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 231 aa  143  2e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0737  transcriptional regulator, TetR family  37.19 
 
 		 209 aa  142  4e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3953  TetR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 232 aa  142  5e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0396138  normal  0.024229 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0455  TetR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 224 aa  142  6e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.366206  normal  0.106872 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2441  TetR family transcriptional regulator  37.56 
 
 		 217 aa  142  6e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.429129  normal  0.59735 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2708  TetR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 266 aa  140  9.999999999999999e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011004  Rpal_2169  transcriptional regulator, TetR family  33.83 
 
 		 207 aa  139  3e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.821962  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2599  TetR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 233 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.87329  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1045  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 226 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.446098  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3720  transcriptional regulator, TetR family  35.5 
 
 		 225 aa  138  6e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.984063  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1098  TetR family transcriptional regulator  36.87 
 
 		 209 aa  138  7e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0976848 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0698  putative transcription regulator protein  36.59 
 
 		 264 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00682473  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0607  transcriptional regulator, TetR family  35.85 
 
 		 255 aa  133  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.118397  normal  0.590685 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0648  transcriptional regulator, TetR family  35.71 
 
 		 247 aa  132  3e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0672593 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4925  TetR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 228 aa  133  3e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.791426  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2781  TetR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 206 aa  132  3.9999999999999996e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000487748 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2815  TetR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 242 aa  132  3.9999999999999996e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.106176  normal  0.623336 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1313  transcriptional regulator TetR family  36.36 
 
 		 213 aa  131  7.999999999999999e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010524  Lcho_2436  TetR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 243 aa  129  3e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.747053 
 
 
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NC_007958  RPD_2036  regulatory protein, TetR  35.53 
 
 		 206 aa  128  8.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.284785 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1669  TetR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 235 aa  127  1.0000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007298  Daro_3923  TetR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 214 aa  124  1e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1838  transcriptional regulator, TetR family  37.04 
 
 		 221 aa  123  3e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.834516  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2029  TetR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 220 aa  122  4e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.107784  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5086  transcriptional regulator, TetR family  34.33 
 
 		 210 aa  120  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.423561  normal  0.0707297 
 
 
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NC_007778  RPB_3669  TetR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 243 aa  118  7.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.433868  normal  1 
 
 
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NC_009485  BBta_5306  TetR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 219 aa  117  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.190126 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1791  regulatory protein, TetR  33.68 
 
 		 246 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00350194  normal  0.153158 
 
 
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NC_011004  Rpal_4313  transcriptional regulator, TetR family  31.55 
 
 		 238 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007925  RPC_2371  TetR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 230 aa  112  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.533189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0716  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 211 aa  111  1.0000000000000001e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.281964  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5366  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 210 aa  109  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00158369  normal  0.823764 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6801  transcriptional regulator, TetR family  36.22 
 
 		 217 aa  108  8.000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.142519  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4666  TetR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 214 aa  107  2e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.441468  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4455  transcriptional regulator, TetR family  34.5 
 
 		 215 aa  104  1e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0390638 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1034  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 204 aa  103  3e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6397  TetR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 218 aa  101  1e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.467706 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2165  transcriptional regulator, TetR family  31.18 
 
 		 228 aa  92  7e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.483923  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1138  TetR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 228 aa  86.7  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 213 aa  82.8  0.000000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
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NC_008347  Mmar10_0507  TetR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 211 aa  82.8  0.000000000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.982351 
 
 
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NC_008345  Sfri_1149  transcriptional regulator, TetR family protein  27.53 
 
 		 226 aa  81.3  0.00000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008782  Ajs_2925  TetR family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 259 aa  81.3  0.00000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 208 aa  79  0.00000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal  1 
 
 
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NC_012793  GWCH70_2628  transcriptional regulator, TetR family  30.26 
 
 		 194 aa  77.8  0.0000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00732346  n/a   
 
 
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NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 210 aa  77.4  0.0000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0828  transcriptional regulator, TetR family  27.4 
 
 		 195 aa  76.3  0.0000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  27.74 
 
 		 212 aa  76.3  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  31.48 
 
 		 218 aa  75.9  0.0000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
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NC_012852  Rleg_5999  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 215 aa  75.1  0.0000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1511  TetR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 225 aa  75.1  0.0000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0533  TetR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 208 aa  75.1  0.0000000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0518509 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2341  TetR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 206 aa  74.3  0.000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.554096 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3880  transcriptional regulator, TetR family  32.7 
 
 		 217 aa  74.3  0.000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.133053 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3111  TetR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 210 aa  73.6  0.000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  32.81 
 
 		 226 aa  72.8  0.000000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1313  TetR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 203 aa  72.8  0.000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  33.13 
 
 		 222 aa  72  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3225  TetR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 195 aa  72  0.000000000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1078  TetR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 211 aa  72  0.000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05643  putative transcription regulator protein  24.46 
 
 		 233 aa  72  0.000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6592  TetR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 225 aa  71.2  0.00000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.186395 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2237  TetR family transcriptional regulator  25.55 
 
 		 228 aa  71.2  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1279  regulatory protein, TetR  28.99 
 
 		 206 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.211303  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3113  TetR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 214 aa  71.2  0.00000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.527228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1592  transcriptional regulator, TetR family  27.32 
 
 		 198 aa  70.9  0.00000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0118  TetR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 247 aa  70.5  0.00000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.211628  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3576  TetR-like virulence regulator  30.72 
 
 		 207 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0109  TetR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 247 aa  70.5  0.00000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0441  TetR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 233 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4265  TetR/AcrR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 228 aa  70.5  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752062  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 212 aa  70.5  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2624  TetR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 214 aa  70.5  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.373378  normal  0.716878 
 
 
-
 
NC_003296  RS00902  transcription regulator protein  30 
 
 		 209 aa  69.7  0.00000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.806346  normal  0.603909 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4680  transcriptional regulator, TetR family  33.79 
 
 		 236 aa  70.1  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2796  TetR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 231 aa  69.7  0.00000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.252593 
 
 
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NC_008751  Dvul_0496  TetR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 202 aa  69.3  0.00000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.250936 
 
 
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NC_009428  Rsph17025_3126  TetR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 207 aa  68.9  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.333802  hitchhiker  0.00150199 
 
 
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NC_008043  TM1040_3451  TetR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 216 aa  69.3  0.00000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.6413 
 
 
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NC_010676  Bphyt_4685  transcriptional regulator, TetR family  28.7 
 
 		 259 aa  68.9  0.00000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0466377  normal  1 
 
 
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NC_007948  Bpro_4128  TetR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 241 aa  68.6  0.00000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.860792 
 
 
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NC_008577  Shewana3_1297  TetR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 206 aa  68.6  0.00000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00583227  normal  1 
 
 
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NC_009512  Pput_4208  TetR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 213 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.826614 
 
 
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NC_009719  Plav_1079  TetR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 215 aa  68.2  0.0000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009719  Plav_1647  TetR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 215 aa  68.2  0.0000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011988  Avi_5954  transcriptional regulator TetR family  30.41 
 
 		 219 aa  67.8  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008322  Shewmr7_1317  TetR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 206 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.237455  normal  1 
 
 
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NC_002947  PP_1515  TetR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 213 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_003909  BCE_4652  TetR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 195 aa  67  0.0000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009455  DehaBAV1_1244  TetR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 206 aa  67.4  0.0000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009921  Franean1_4695  TetR family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 215 aa  67.4  0.0000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011371  Rleg2_6489  transcriptional regulator, TetR family  34.21 
 
 		 215 aa  67.4  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007952  Bxe_B0959  TetR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 248 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0776064  normal  0.539269 
 
 
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NC_007953  Bxe_C0636  TetR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 250 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0304513 
 
 
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NC_009052  Sbal_2972  TetR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 216 aa  67  0.0000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419953  n/a   
 
 
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NC_007413  Ava_4369  TetR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 204 aa  66.6  0.0000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.645452 
 
 
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