More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2436 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_2436  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 243 aa  490  9.999999999999999e-139  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.747053 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1129  TetR family transcriptional regulator  49.38 
 
 		 231 aa  235  5.0000000000000005e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1045  TetR family transcriptional regulator  56.19 
 
 		 226 aa  230  1e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.446098  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1669  TetR family transcriptional regulator  52.4 
 
 		 235 aa  229  2e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2599  TetR family transcriptional regulator  52.88 
 
 		 233 aa  226  3e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.87329  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3953  TetR family transcriptional regulator  47.49 
 
 		 232 aa  218  1e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0396138  normal  0.024229 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3720  transcriptional regulator, TetR family  51.92 
 
 		 225 aa  215  5.9999999999999996e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.984063  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2029  TetR family transcriptional regulator  52.48 
 
 		 220 aa  214  9.999999999999999e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.107784  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1838  transcriptional regulator, TetR family  52.48 
 
 		 221 aa  212  3.9999999999999995e-54  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.834516  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3923  TetR family transcriptional regulator  47.8 
 
 		 214 aa  199  1.9999999999999998e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2815  TetR family transcriptional regulator  46.7 
 
 		 242 aa  195  7e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.106176  normal  0.623336 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0648  transcriptional regulator, TetR family  47.5 
 
 		 247 aa  183  3e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0672593 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0607  transcriptional regulator, TetR family  47 
 
 		 255 aa  181  7e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.118397  normal  0.590685 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0754  TetR family transcriptional regulator  46.31 
 
 		 273 aa  180  2e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2708  TetR family transcriptional regulator  42.29 
 
 		 266 aa  176  3e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0698  putative transcription regulator protein  47 
 
 		 264 aa  175  6e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00682473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2441  TetR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 217 aa  156  2e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.429129  normal  0.59735 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4455  transcriptional regulator, TetR family  45.73 
 
 		 215 aa  150  1e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0390638 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3038  transcriptional regulator  33.94 
 
 		 230 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0455  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 224 aa  125  4.0000000000000003e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.366206  normal  0.106872 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4666  TetR family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 214 aa  117  1.9999999999999998e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.441468  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8100  transcriptional regulator, TetR family  35.47 
 
 		 218 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.978856  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0737  transcriptional regulator, TetR family  31.84 
 
 		 209 aa  105  8e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2781  TetR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 206 aa  105  9e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000487748 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1098  TetR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 209 aa  104  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0976848 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3412  TetR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 206 aa  103  4e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.430092  normal  0.661157 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2169  transcriptional regulator, TetR family  29.33 
 
 		 207 aa  102  8e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.821962  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4313  transcriptional regulator, TetR family  34.22 
 
 		 238 aa  100  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5306  TetR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 219 aa  98.2  1e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.190126 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0507  TetR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 211 aa  96.7  3e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.982351 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2036  regulatory protein, TetR  29.86 
 
 		 206 aa  96.3  4e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.284785 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5366  transcriptional regulator, TetR family  30.73 
 
 		 210 aa  95.9  5e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00158369  normal  0.823764 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3669  TetR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 243 aa  94.7  1e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.433868  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5086  transcriptional regulator, TetR family  30.88 
 
 		 210 aa  91.7  9e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.423561  normal  0.0707297 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1313  transcriptional regulator TetR family  28 
 
 		 213 aa  89.7  3e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0716  TetR family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 211 aa  89  6e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.281964  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1034  TetR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 204 aa  87.8  2e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4925  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 228 aa  85.9  6e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.791426  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1791  regulatory protein, TetR  32.02 
 
 		 246 aa  85.5  8e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00350194  normal  0.153158 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6801  transcriptional regulator, TetR family  33.67 
 
 		 217 aa  85.5  8e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.142519  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0441  TetR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 233 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6397  TetR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 218 aa  80.1  0.00000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.467706 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1767  TetR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 209 aa  79.7  0.00000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.271955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 208 aa  72.8  0.000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2371  TetR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 230 aa  72.4  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.533189  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3459  TetR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 324 aa  72  0.000000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000855252 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2214  transcriptional regulator, TetR family  35.66 
 
 		 201 aa  72  0.000000000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000301704  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2999  TetR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 240 aa  70.9  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.03228  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2165  transcriptional regulator, TetR family  31.06 
 
 		 228 aa  70.1  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.483923  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2948  TetR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 191 aa  69.3  0.00000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4680  transcriptional regulator, TetR family  31.02 
 
 		 236 aa  69.3  0.00000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3176  transcriptional regulator, TetR family  32.53 
 
 		 193 aa  68.9  0.00000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00199059 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2113  transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 		 207 aa  67.4  0.0000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.918403  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1965  TetR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 206 aa  67  0.0000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0526053  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1247  TetR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 206 aa  65.9  0.0000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 213 aa  66.2  0.0000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05643  putative transcription regulator protein  25.15 
 
 		 233 aa  65.9  0.0000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5159  transcriptional regulator, TetR family  32.22 
 
 		 202 aa  65.9  0.0000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4128  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 241 aa  65.9  0.0000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.860792 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2986  TetR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 216 aa  65.5  0.0000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.741715  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0651  TetR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 218 aa  65.5  0.0000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0025795  normal  0.249536 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1297  TetR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 206 aa  65.5  0.0000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00583227  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2353  TetR family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 217 aa  65.5  0.0000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.384863  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2508  transcriptional regulator, TetR family  41.79 
 
 		 217 aa  65.1  0.0000000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2815  transcriptional regulator, TetR family  41.79 
 
 		 217 aa  65.1  0.0000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000266483 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2972  TetR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 216 aa  65.1  0.0000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419953  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1391  transcriptional regulator, TetR family  31.01 
 
 		 208 aa  64.7  0.000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2510  TetR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 209 aa  65.1  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00262483  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2545  TetR family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 217 aa  65.1  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0577985  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2366  TetR family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 217 aa  64.7  0.000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.711286  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2324  TetR family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 217 aa  64.7  0.000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000190708  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0882  transcriptional regulator, TetR family  28.5 
 
 		 233 aa  64.3  0.000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2282  TetR family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 217 aa  65.1  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2543  TetR family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 217 aa  64.7  0.000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1027  transcriptional regulator, TetR family  28.21 
 
 		 201 aa  64.7  0.000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3130  TetR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 216 aa  64.7  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1317  TetR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 206 aa  65.1  0.000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.237455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0496  TetR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 202 aa  65.1  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.250936 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2103  TetR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 207 aa  64.7  0.000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2304  TetR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 211 aa  63.9  0.000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.373552  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1571  TetR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 207 aa  64.3  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2479  TetR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 211 aa  63.9  0.000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.660065  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2600  transcriptional regulator, TetR family  40.3 
 
 		 217 aa  63.9  0.000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7149  transcriptional regulator, TetR family  33.11 
 
 		 224 aa  63.9  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0432  TetR family transcriptional regulator  44 
 
 		 237 aa  64.3  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2557  transcriptional regulator, TetR family  40.3 
 
 		 217 aa  63.5  0.000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.15322e-23 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3833  transcriptional regulator, TetR family  28.78 
 
 		 204 aa  64.3  0.000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2537  transcriptional regulator, TetR family  32.28 
 
 		 231 aa  63.5  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1401  TetR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 222 aa  63.5  0.000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.513329  normal  0.505278 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1313  TetR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 203 aa  63.2  0.000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3333  TetR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 201 aa  62.8  0.000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2443  transcriptional regulator, TetR family  29.85 
 
 		 237 aa  62.8  0.000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0506357 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4695  TetR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 215 aa  62.4  0.000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4062  transcriptional regulator, TetR family  26.82 
 
 		 216 aa  62.4  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1587  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 255 aa  62.4  0.000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0494603  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2226  TetR family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 210 aa  62.4  0.000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009997  Sbal195_1039  TetR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 201 aa  62  0.000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.747573 
 
 
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NC_008686  Pden_2624  TetR family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 214 aa  62  0.000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.373378  normal  0.716878 
 
 
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NC_011830  Dhaf_1118  transcriptional regulator, TetR family  37.35 
 
 		 201 aa  62  0.000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00548751  n/a   
 
 
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NC_009943  Dole_1218  TetR family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 206 aa  61.6  0.00000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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