More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_3953 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_3953  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 232 aa  478  1e-134  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0396138  normal  0.024229 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1129  TetR family transcriptional regulator  60.37 
 
 		 231 aa  288  4e-77  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1669  TetR family transcriptional regulator  61.29 
 
 		 235 aa  287  9e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2815  TetR family transcriptional regulator  59.17 
 
 		 242 aa  278  7e-74  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.106176  normal  0.623336 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3720  transcriptional regulator, TetR family  62.2 
 
 		 225 aa  276  2e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.984063  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2029  TetR family transcriptional regulator  63.37 
 
 		 220 aa  273  2.0000000000000002e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.107784  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1838  transcriptional regulator, TetR family  63.37 
 
 		 221 aa  272  3e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.834516  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2599  TetR family transcriptional regulator  60.35 
 
 		 233 aa  271  4.0000000000000004e-72  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.87329  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1045  TetR family transcriptional regulator  52.58 
 
 		 226 aa  226  3e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.446098  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0648  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 247 aa  218  7e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0672593 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2436  TetR family transcriptional regulator  47.71 
 
 		 243 aa  217  1e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.747053 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0607  transcriptional regulator, TetR family  49.55 
 
 		 255 aa  216  2e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.118397  normal  0.590685 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0754  TetR family transcriptional regulator  45.53 
 
 		 273 aa  213  1.9999999999999998e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0698  putative transcription regulator protein  48.31 
 
 		 264 aa  204  9e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00682473  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2708  TetR family transcriptional regulator  48.06 
 
 		 266 aa  197  7.999999999999999e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3923  TetR family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 214 aa  189  2.9999999999999997e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4455  transcriptional regulator, TetR family  46.91 
 
 		 215 aa  167  1e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0390638 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2441  TetR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 217 aa  163  2.0000000000000002e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.429129  normal  0.59735 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3038  transcriptional regulator  32.87 
 
 		 230 aa  142  6e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0737  transcriptional regulator, TetR family  34.8 
 
 		 209 aa  134  9e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8100  transcriptional regulator, TetR family  35.71 
 
 		 218 aa  132  6e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.978856  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3412  TetR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 206 aa  129  3e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.430092  normal  0.661157 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0455  TetR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 224 aa  129  5.0000000000000004e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.366206  normal  0.106872 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4666  TetR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 214 aa  128  1.0000000000000001e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.441468  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2169  transcriptional regulator, TetR family  35.47 
 
 		 207 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.821962  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1098  TetR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 209 aa  126  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0976848 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4925  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 228 aa  118  6e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.791426  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2036  regulatory protein, TetR  34.45 
 
 		 206 aa  115  6e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.284785 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5306  TetR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 219 aa  113  3e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.190126 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4313  transcriptional regulator, TetR family  32.43 
 
 		 238 aa  112  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2781  TetR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 206 aa  112  5e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000487748 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5366  transcriptional regulator, TetR family  32.21 
 
 		 210 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00158369  normal  0.823764 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3669  TetR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 243 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.433868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1791  regulatory protein, TetR  32.8 
 
 		 246 aa  106  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00350194  normal  0.153158 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0716  TetR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 211 aa  105  7e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.281964  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6801  transcriptional regulator, TetR family  31.43 
 
 		 217 aa  103  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.142519  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0507  TetR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 211 aa  103  3e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.982351 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5086  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 210 aa  101  9e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.423561  normal  0.0707297 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1034  TetR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 204 aa  100  3e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1313  transcriptional regulator TetR family  29.21 
 
 		 213 aa  96.7  3e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6397  TetR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 218 aa  93.2  3e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.467706 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2371  TetR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 230 aa  86.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.533189  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2165  transcriptional regulator, TetR family  30.21 
 
 		 228 aa  85.9  5e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.483923  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3111  transcriptional regulator, TetR family  32.88 
 
 		 203 aa  85.9  5e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.268901  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 210 aa  78.2  0.00000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0557  regulatory protein TetR  30.16 
 
 		 251 aa  77.8  0.0000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4680  transcriptional regulator, TetR family  32.35 
 
 		 236 aa  76.6  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0496  TetR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 202 aa  75.5  0.0000000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.250936 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  34.15 
 
 		 218 aa  74.3  0.000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0868  transcriptional regulator, TetR family  25.24 
 
 		 222 aa  73.9  0.000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000000486929  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2226  TetR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 210 aa  73.9  0.000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3880  transcriptional regulator, TetR family  31.97 
 
 		 217 aa  72.4  0.000000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.133053 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4478  transcriptional regulator, TetR family  29.03 
 
 		 211 aa  70.9  0.00000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1767  TetR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 209 aa  70.9  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.271955  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3998  transcriptional regulator, TetR family  28.39 
 
 		 245 aa  70.5  0.00000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000456955  normal  0.178314 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1014  TetR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 212 aa  70.1  0.00000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2037  transcriptional regulator, TetR family  31.22 
 
 		 234 aa  70.1  0.00000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0413  TetR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 227 aa  69.3  0.00000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2293  TetR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 204 aa  69.7  0.00000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2109  TetR family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 206 aa  69.3  0.00000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.901149 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18820  transcriptional regulator  31.25 
 
 		 225 aa  69.3  0.00000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.348199  normal  0.343375 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2324  TetR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 217 aa  68.9  0.00000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000190708  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0056  transcriptional regulator, TetR family  32.35 
 
 		 198 aa  68.9  0.00000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2545  TetR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 217 aa  68.9  0.00000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0577985  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2444  TetR family transcriptional regulator  25.23 
 
 		 217 aa  68.9  0.00000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2353  TetR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 217 aa  68.6  0.00000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.384863  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1149  transcriptional regulator, TetR family protein  29.8 
 
 		 226 aa  68.6  0.00000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0033  TetR family transcriptional regulator  24.07 
 
 		 256 aa  68.6  0.00000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6912  TetR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 236 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.830717  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1759  transcriptional regulator, TetR family  25.6 
 
 		 217 aa  67.4  0.0000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2366  TetR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 217 aa  67.4  0.0000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.711286  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1987  TetR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 211 aa  67.4  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.15936  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2543  TetR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 217 aa  67.4  0.0000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1965  TetR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 206 aa  67  0.0000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0526053  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2113  transcriptional regulator, TetR family  37.17 
 
 		 207 aa  67  0.0000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.918403  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4150  transcriptional regulator, TetR family  26.4 
 
 		 200 aa  67  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4190  transcriptional regulator, TetR family  26.4 
 
 		 200 aa  67  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.378174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 208 aa  67.8  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24200  transcriptional regulator, tetR family  30.86 
 
 		 204 aa  67.4  0.0000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.130166  normal  0.0410828 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2282  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 217 aa  66.6  0.0000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4711  TetR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 228 aa  66.6  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.133874 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2600  transcriptional regulator, TetR family  27.78 
 
 		 217 aa  66.2  0.0000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3833  transcriptional regulator, TetR family  31.33 
 
 		 204 aa  65.9  0.0000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3576  TetR-like virulence regulator  30.61 
 
 		 207 aa  65.5  0.0000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2508  transcriptional regulator, TetR family  26.13 
 
 		 217 aa  65.5  0.0000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5093  transcriptional regulator, TetR family  26.34 
 
 		 233 aa  65.5  0.0000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0355233 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2080  TetR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 219 aa  65.5  0.0000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.740876  hitchhiker  0.00831587 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4103  TetR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 209 aa  65.5  0.0000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2603  TetR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 208 aa  65.5  0.0000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013385  Adeg_0994  transcriptional regulator, TetR family  25.49 
 
 		 214 aa  65.5  0.0000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.146386  n/a   
 
 
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NC_009719  Plav_0533  TetR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 208 aa  65.1  0.0000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0518509 
 
 
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NC_008048  Sala_3113  TetR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 214 aa  65.1  0.0000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.527228  normal  1 
 
 
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NC_009901  Spea_1326  TetR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 205 aa  65.1  0.0000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.892925  n/a   
 
 
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NC_013595  Sros_4341  putative transcriptional regulator, TetR family  45.59 
 
 		 210 aa  65.1  0.0000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.13823  normal  0.831003 
 
 
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NC_010676  Bphyt_4181  transcriptional regulator, TetR family  25.85 
 
 		 227 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000221958 
 
 
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NC_011773  BCAH820_2557  transcriptional regulator, TetR family  27.31 
 
 		 217 aa  64.7  0.000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.15322e-23 
 
 
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NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  29.38 
 
 		 212 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011772  BCG9842_B2815  transcriptional regulator, TetR family  46.77 
 
 		 217 aa  64.7  0.000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000266483 
 
 
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NC_009719  Plav_1647  TetR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 215 aa  64.3  0.000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007952  Bxe_B0959  TetR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 248 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0776064  normal  0.539269 
 
 
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