More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3720 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3720  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 225 aa  459  9.999999999999999e-129  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.984063  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1669  TetR family transcriptional regulator  69.37 
 
 		 235 aa  326  2.0000000000000001e-88  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1129  TetR family transcriptional regulator  66.07 
 
 		 231 aa  317  9e-86  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2599  TetR family transcriptional regulator  66.97 
 
 		 233 aa  311  3.9999999999999997e-84  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.87329  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2029  TetR family transcriptional regulator  66.34 
 
 		 220 aa  289  2e-77  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.107784  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1838  transcriptional regulator, TetR family  65.85 
 
 		 221 aa  287  9e-77  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.834516  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3953  TetR family transcriptional regulator  62.2 
 
 		 232 aa  276  2e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0396138  normal  0.024229 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2815  TetR family transcriptional regulator  55.71 
 
 		 242 aa  252  4.0000000000000004e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.106176  normal  0.623336 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1045  TetR family transcriptional regulator  57.64 
 
 		 226 aa  240  1e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.446098  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2436  TetR family transcriptional regulator  51.92 
 
 		 243 aa  214  8e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.747053 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0607  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 255 aa  212  2.9999999999999995e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.118397  normal  0.590685 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0754  TetR family transcriptional regulator  54.27 
 
 		 273 aa  211  1e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0648  transcriptional regulator, TetR family  49.55 
 
 		 247 aa  208  5e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0672593 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0698  putative transcription regulator protein  51.24 
 
 		 264 aa  198  5e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00682473  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2708  TetR family transcriptional regulator  49.02 
 
 		 266 aa  193  2e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3923  TetR family transcriptional regulator  45.89 
 
 		 214 aa  184  8e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4455  transcriptional regulator, TetR family  47.06 
 
 		 215 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0390638 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2441  TetR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 217 aa  157  2e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.429129  normal  0.59735 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3038  transcriptional regulator  35.5 
 
 		 230 aa  138  4.999999999999999e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8100  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 218 aa  137  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.978856  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0455  TetR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 224 aa  126  3e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.366206  normal  0.106872 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0737  transcriptional regulator, TetR family  38.37 
 
 		 209 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1098  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 209 aa  114  8.999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0976848 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4666  TetR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 214 aa  110  1.0000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.441468  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1313  transcriptional regulator TetR family  33.01 
 
 		 213 aa  110  2.0000000000000002e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2781  TetR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 206 aa  108  9.000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000487748 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3412  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 206 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.430092  normal  0.661157 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4313  transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 		 238 aa  106  3e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5306  TetR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 219 aa  106  3e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.190126 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2169  transcriptional regulator, TetR family  33.52 
 
 		 207 aa  102  5e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.821962  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0507  TetR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 211 aa  102  6e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.982351 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3669  TetR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 243 aa  100  1e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.433868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0716  TetR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 211 aa  100  2e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.281964  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5366  transcriptional regulator, TetR family  32.74 
 
 		 210 aa  99.8  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00158369  normal  0.823764 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4925  TetR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 228 aa  98.6  6e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.791426  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1791  regulatory protein, TetR  35.85 
 
 		 246 aa  97.8  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00350194  normal  0.153158 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5086  transcriptional regulator, TetR family  31.55 
 
 		 210 aa  95.1  8e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.423561  normal  0.0707297 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6801  transcriptional regulator, TetR family  32.95 
 
 		 217 aa  93.2  3e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.142519  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1034  TetR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 204 aa  92.8  4e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2036  regulatory protein, TetR  33.99 
 
 		 206 aa  90.9  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.284785 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6397  TetR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 218 aa  89.7  4e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.467706 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2371  TetR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 230 aa  84.3  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.533189  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2165  transcriptional regulator, TetR family  28.72 
 
 		 228 aa  80.1  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.483923  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0787  TetR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 192 aa  75.1  0.0000000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0101484 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0033  TetR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 256 aa  74.7  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4061  TetR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 240 aa  74.7  0.000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1461  TetR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 197 aa  71.2  0.00000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.0279876 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3875  TetR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 217 aa  70.5  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.417982  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2444  TetR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 217 aa  70.5  0.00000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3998  transcriptional regulator, TetR family  32.5 
 
 		 245 aa  70.9  0.00000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000456955  normal  0.178314 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0270  TetR family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 192 aa  69.7  0.00000000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.522665  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 210 aa  68.6  0.00000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3880  transcriptional regulator, TetR family  34.64 
 
 		 217 aa  67.8  0.0000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.133053 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3827  putative transcriptional regulator  35.33 
 
 		 216 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44980  TetR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 216 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4680  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 236 aa  67.4  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5159  transcriptional regulator, TetR family  30.23 
 
 		 202 aa  67  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4150  transcriptional regulator, TetR family  26.32 
 
 		 200 aa  67  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4190  transcriptional regulator, TetR family  26.32 
 
 		 200 aa  67  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.378174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5954  transcriptional regulator TetR family  28.12 
 
 		 219 aa  67.4  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 208 aa  66.2  0.0000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1014  TetR family transcriptional regulator  24.76 
 
 		 212 aa  65.9  0.0000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3111  transcriptional regulator, TetR family  31.89 
 
 		 203 aa  65.5  0.0000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.268901  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3459  TetR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 324 aa  65.1  0.0000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000855252 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0056  transcriptional regulator, TetR family  31.33 
 
 		 198 aa  64.7  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2545  TetR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 217 aa  64.7  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0577985  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0370  TetR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 193 aa  64.7  0.000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4103  TetR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 209 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1053  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 200 aa  64.7  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.853566  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3176  transcriptional regulator, TetR family  32.72 
 
 		 193 aa  64.7  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00199059 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2292  TetR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 208 aa  64.3  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4215  TetR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 269 aa  64.3  0.000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.261755 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2767  TetR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 214 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0855812  normal  0.684751 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4695  TetR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 215 aa  63.2  0.000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05370  transcriptional regulator, TetR family  26.47 
 
 		 205 aa  62.8  0.000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000643211  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2214  transcriptional regulator, TetR family  43.55 
 
 		 201 aa  63.2  0.000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000301704  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4171  TetR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 203 aa  63.2  0.000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0201849  hitchhiker  0.000462956 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6912  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 236 aa  62.4  0.000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.830717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2226  TetR family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 210 aa  62.4  0.000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6035  transcriptional regulator, TetR family  30.87 
 
 		 203 aa  62.4  0.000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1600  TetR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 201 aa  62  0.000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0652187  normal  0.362821 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0125  transcriptional regulator, TetR family  29.44 
 
 		 204 aa  62  0.000000007  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.247519  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2324  TetR family transcriptional regulator  25.46 
 
 		 217 aa  61.6  0.000000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000190708  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2600  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 217 aa  61.6  0.000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4295  TetR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 203 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.524256  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2510  TetR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 209 aa  61.6  0.00000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00262483  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3860  TetR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 203 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.526451  normal  0.667209 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5770  transcriptional regulator, TetR family  31.09 
 
 		 201 aa  61.6  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.805337 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2037  transcriptional regulator, TetR family  30.48 
 
 		 234 aa  61.6  0.00000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4589  TetR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 248 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.954889 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5122  TetR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 240 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.243003  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0557  regulatory protein TetR  46.97 
 
 		 251 aa  61.6  0.00000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1574  TetR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 203 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00597987  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2112  transcriptional regulator RutR  32.54 
 
 		 212 aa  60.8  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1636  TetR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 226 aa  60.8  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.232227 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0472  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 254 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1079  TetR family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 215 aa  60.5  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3994  TetR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 225 aa  60.5  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75286  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 213 aa  60.5  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1961  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 254 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.140222  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>