More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2036 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2036  regulatory protein, TetR  100 
 
 		 206 aa  418  1e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.284785 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3412  TetR family transcriptional regulator  84.95 
 
 		 206 aa  363  1e-99  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.430092  normal  0.661157 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2169  transcriptional regulator, TetR family  80.1 
 
 		 207 aa  340  1e-92  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.821962  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4925  TetR family transcriptional regulator  54.63 
 
 		 228 aa  228  7e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.791426  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1313  transcriptional regulator TetR family  46.8 
 
 		 213 aa  194  8.000000000000001e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5086  transcriptional regulator, TetR family  46.73 
 
 		 210 aa  178  4.999999999999999e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.423561  normal  0.0707297 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5366  transcriptional regulator, TetR family  47.74 
 
 		 210 aa  176  3e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00158369  normal  0.823764 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0737  transcriptional regulator, TetR family  42.29 
 
 		 209 aa  165  4e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1098  TetR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 209 aa  145  6e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0976848 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3038  transcriptional regulator  35.53 
 
 		 230 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8100  transcriptional regulator, TetR family  41.21 
 
 		 218 aa  137  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.978856  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2708  TetR family transcriptional regulator  37.75 
 
 		 266 aa  131  7.999999999999999e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3953  TetR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 232 aa  122  3e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0396138  normal  0.024229 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0754  TetR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 273 aa  119  3.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1791  regulatory protein, TetR  37.89 
 
 		 246 aa  117  9e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00350194  normal  0.153158 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0648  transcriptional regulator, TetR family  32.84 
 
 		 247 aa  116  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0672593 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0698  putative transcription regulator protein  34.16 
 
 		 264 aa  115  3e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00682473  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4313  transcriptional regulator, TetR family  35.87 
 
 		 238 aa  116  3e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0455  TetR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 224 aa  114  6.9999999999999995e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.366206  normal  0.106872 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1045  TetR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 226 aa  114  8.999999999999998e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.446098  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0607  transcriptional regulator, TetR family  31.86 
 
 		 255 aa  113  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.118397  normal  0.590685 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2781  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 206 aa  112  5e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000487748 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0716  TetR family transcriptional regulator  36.16 
 
 		 211 aa  109  3e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.281964  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5306  TetR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 219 aa  108  4.0000000000000004e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.190126 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2441  TetR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 217 aa  108  7.000000000000001e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.429129  normal  0.59735 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2599  TetR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 233 aa  108  8.000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.87329  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3669  TetR family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 243 aa  106  2e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.433868  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4455  transcriptional regulator, TetR family  35.56 
 
 		 215 aa  104  7e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0390638 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1669  TetR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 235 aa  102  4e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2815  TetR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 242 aa  102  4e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.106176  normal  0.623336 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6801  transcriptional regulator, TetR family  30.15 
 
 		 217 aa  101  8e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.142519  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6397  TetR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 218 aa  100  1e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.467706 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2029  TetR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 220 aa  99.8  3e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.107784  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2436  TetR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 243 aa  99  4e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.747053 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3923  TetR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 214 aa  98.2  8e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1838  transcriptional regulator, TetR family  32.14 
 
 		 221 aa  97.4  1e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.834516  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3720  transcriptional regulator, TetR family  32.57 
 
 		 225 aa  97.1  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.984063  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4666  TetR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 214 aa  91.7  6e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.441468  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1129  TetR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 231 aa  91.3  1e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05643  putative transcription regulator protein  30.98 
 
 		 233 aa  83.2  0.000000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2371  TetR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 230 aa  81.3  0.000000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.533189  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0507  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 211 aa  77.4  0.0000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.982351 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2165  transcriptional regulator, TetR family  28.95 
 
 		 228 aa  73.6  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.483923  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0441  TetR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 233 aa  72  0.000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0056  transcriptional regulator, TetR family  32.85 
 
 		 198 aa  70.1  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1034  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 204 aa  70.1  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6912  TetR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 236 aa  69.3  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.830717  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1231  TetR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 289 aa  68.2  0.00000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00074883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1244  TetR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 206 aa  67  0.0000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2368  TetR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 197 aa  67  0.0000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000142624 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0817  TetR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 212 aa  67  0.0000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3838  transcriptional regulator TetR family  31.25 
 
 		 230 aa  64.3  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.606304  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1401  TetR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 222 aa  63.5  0.000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.513329  normal  0.505278 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0602  TetR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 205 aa  62.8  0.000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.5525  normal  0.406937 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  33.05 
 
 		 226 aa  62.4  0.000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  24.52 
 
 		 210 aa  62  0.000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0828  transcriptional regulator, TetR family  23.62 
 
 		 195 aa  61.6  0.000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0324  TetR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 203 aa  61.2  0.000000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.720161 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5928  transcriptional regulator, TetR family  33.92 
 
 		 215 aa  60.8  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.511087  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3352  TetR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 211 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.586652  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3991  regulatory protein TetR  29.3 
 
 		 197 aa  61.2  0.00000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3225  TetR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 195 aa  60.5  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3085  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 215 aa  60.5  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1592  transcriptional regulator, TetR family  22.73 
 
 		 198 aa  60.5  0.00000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38900  transcriptional regulator, TetR family  38.96 
 
 		 226 aa  60.5  0.00000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.749862  normal  0.429215 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2358  transcriptional regulator, TetR family  32.43 
 
 		 216 aa  60.1  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0281012 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2109  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 206 aa  59.3  0.00000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.901149 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5646  TetR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 233 aa  59.3  0.00000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.176197  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3581  TetR family transcriptional regulator  37.08 
 
 		 209 aa  59.3  0.00000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2367  TetR family transcriptional regulator  24.35 
 
 		 202 aa  58.9  0.00000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.445055  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4533  transcriptional regulator, TetR family  34.44 
 
 		 197 aa  58.9  0.00000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0585795  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0805  TetR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 204 aa  58.9  0.00000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0177  TetR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 190 aa  58.5  0.00000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1014  TetR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 212 aa  58.5  0.00000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 234 aa  58.5  0.00000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05020  transcriptional regulator, TetR family  27.41 
 
 		 194 aa  58.5  0.00000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1775  transcriptional regulator, TetR family  24.61 
 
 		 207 aa  58.2  0.00000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3016  transcriptional regulator, TetR family  37.84 
 
 		 209 aa  57.8  0.0000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.150997  normal  0.125451 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6268  TetR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 182 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.700387  normal  0.409486 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2704  TetR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 203 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.187148 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 212 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0015  TetR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 214 aa  57.8  0.0000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.576639  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1436  TetR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 125 aa  56.6  0.0000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000772402  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1312  TetR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 206 aa  57  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.278349  normal  0.387509 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1071  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  44.62 
 
 		 213 aa  57  0.0000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0117133  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3206  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  31.9 
 
 		 218 aa  56.6  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0142  TetR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 288 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3880  transcriptional regulator, TetR family  34.38 
 
 		 217 aa  57  0.0000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.133053 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1036  TetR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 288 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2881  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  31.9 
 
 		 218 aa  56.6  0.0000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.531949 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2226  TetR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 210 aa  57  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0097  TetR family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 207 aa  57  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0027  TetR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 209 aa  57  0.0000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.790094 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4533  TetR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 218 aa  57.4  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.505005  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3965  transcriptional regulator, TetR family  27.86 
 
 		 208 aa  56.6  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2214  transcriptional regulator, TetR family  26.61 
 
 		 201 aa  56.6  0.0000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000301704  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3066  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  31.9 
 
 		 218 aa  56.6  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.283852  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0622  TetR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 216 aa  57  0.0000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2249  transcriptional regulator, TetR family  27.07 
 
 		 228 aa  57  0.0000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.115177  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2630  TetR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 321 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>