More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4455 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_4455  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 215 aa  439  9.999999999999999e-123  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0390638 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0648  transcriptional regulator, TetR family  71.29 
 
 		 247 aa  290  2e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0672593 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0607  transcriptional regulator, TetR family  70.35 
 
 		 255 aa  283  2.0000000000000002e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.118397  normal  0.590685 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0698  putative transcription regulator protein  72.02 
 
 		 264 aa  279  2e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00682473  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0754  TetR family transcriptional regulator  54.12 
 
 		 273 aa  211  5.999999999999999e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2708  TetR family transcriptional regulator  51.55 
 
 		 266 aa  208  4e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1045  TetR family transcriptional regulator  50.83 
 
 		 226 aa  171  7.999999999999999e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.446098  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3953  TetR family transcriptional regulator  46.91 
 
 		 232 aa  168  7e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0396138  normal  0.024229 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2599  TetR family transcriptional regulator  47.59 
 
 		 233 aa  167  2e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.87329  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3923  TetR family transcriptional regulator  45.41 
 
 		 214 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3720  transcriptional regulator, TetR family  47.06 
 
 		 225 aa  164  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.984063  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2029  TetR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 220 aa  163  2.0000000000000002e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.107784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1129  TetR family transcriptional regulator  43.52 
 
 		 231 aa  162  4.0000000000000004e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1838  transcriptional regulator, TetR family  45.98 
 
 		 221 aa  160  1e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.834516  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1669  TetR family transcriptional regulator  44.56 
 
 		 235 aa  159  2e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2815  TetR family transcriptional regulator  44.67 
 
 		 242 aa  156  2e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.106176  normal  0.623336 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2436  TetR family transcriptional regulator  46.39 
 
 		 243 aa  150  1e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.747053 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2441  TetR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 217 aa  133  1.9999999999999998e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.429129  normal  0.59735 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4666  TetR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 214 aa  117  9e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.441468  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3412  TetR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 206 aa  109  3e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.430092  normal  0.661157 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2169  transcriptional regulator, TetR family  36.61 
 
 		 207 aa  109  3e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.821962  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3038  transcriptional regulator  34.5 
 
 		 230 aa  104  1e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0455  TetR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 224 aa  103  2e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.366206  normal  0.106872 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8100  transcriptional regulator, TetR family  37.79 
 
 		 218 aa  103  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.978856  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1098  TetR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 209 aa  97.4  1e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0976848 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0737  transcriptional regulator, TetR family  34.27 
 
 		 209 aa  93.2  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4925  TetR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 228 aa  94  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.791426  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2036  regulatory protein, TetR  35.56 
 
 		 206 aa  93.2  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.284785 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2781  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 206 aa  89.4  3e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000487748 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3669  TetR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 243 aa  89  5e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.433868  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5366  transcriptional regulator, TetR family  35.67 
 
 		 210 aa  88.6  7e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00158369  normal  0.823764 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5086  transcriptional regulator, TetR family  35.67 
 
 		 210 aa  85.9  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.423561  normal  0.0707297 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1791  regulatory protein, TetR  31.52 
 
 		 246 aa  85.5  6e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00350194  normal  0.153158 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5306  TetR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 219 aa  83.6  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.190126 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0716  TetR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 211 aa  81.6  0.000000000000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.281964  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1313  transcriptional regulator TetR family  30.99 
 
 		 213 aa  80.5  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6801  transcriptional regulator, TetR family  31.72 
 
 		 217 aa  79.3  0.00000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.142519  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4313  transcriptional regulator, TetR family  30.54 
 
 		 238 aa  75.1  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6397  TetR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 218 aa  72.4  0.000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.467706 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0507  TetR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 211 aa  69.3  0.00000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.982351 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1034  TetR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 204 aa  68.6  0.00000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18820  transcriptional regulator  31.72 
 
 		 225 aa  65.5  0.0000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.348199  normal  0.343375 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2165  transcriptional regulator, TetR family  33.57 
 
 		 228 aa  63.5  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.483923  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4680  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 236 aa  62.8  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1279  regulatory protein, TetR  29.84 
 
 		 206 aa  63.2  0.000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.211303  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1231  TetR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 289 aa  62.8  0.000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00074883  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1247  TetR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 206 aa  62.8  0.000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4150  transcriptional regulator, TetR family  33.91 
 
 		 200 aa  62.4  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0602  TetR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 205 aa  62.4  0.000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.5525  normal  0.406937 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1317  TetR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 206 aa  62.4  0.000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.237455  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4190  transcriptional regulator, TetR family  33.91 
 
 		 200 aa  62.4  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.378174  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3576  TetR-like virulence regulator  28.83 
 
 		 207 aa  61.6  0.000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1297  TetR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 206 aa  61.2  0.00000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00583227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1636  TetR family transcriptional regulator  48.53 
 
 		 226 aa  60.8  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.232227 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1313  TetR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 203 aa  59.7  0.00000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2371  TetR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 230 aa  59.3  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.533189  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3880  transcriptional regulator, TetR family  32.03 
 
 		 217 aa  58.9  0.00000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.133053 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3703  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  42.67 
 
 		 215 aa  58.9  0.00000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.83778 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28480  transcriptional regulator  47.69 
 
 		 326 aa  58.9  0.00000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.552525 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4265  TetR/AcrR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 228 aa  58.5  0.00000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0450  TetR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 201 aa  58.5  0.00000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4076  putative transcriptional regulator  39.71 
 
 		 204 aa  56.6  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462339  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2327  TetR family transcriptional regulator  34 
 
 		 199 aa  57.4  0.0000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.194102 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2996  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 237 aa  57  0.0000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 234 aa  57  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2972  TetR family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 216 aa  56.6  0.0000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419953  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1551  transcription regulator protein  24.36 
 
 		 205 aa  56.6  0.0000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.000000200418  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1922  transcriptional regulator, TetR family  44.12 
 
 		 201 aa  56.2  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0743  TetR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 216 aa  56.2  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2634  TetR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 209 aa  56.6  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.001775  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0318  TetR family transcriptional regulator  43.21 
 
 		 198 aa  56.2  0.0000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.701446 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1391  transcriptional regulator, TetR family  26.22 
 
 		 208 aa  56.2  0.0000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3130  TetR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 216 aa  56.2  0.0000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2986  TetR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 216 aa  56.2  0.0000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.741715  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3734  TetR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 202 aa  55.8  0.0000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0165853  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2214  transcriptional regulator, TetR family  40.35 
 
 		 201 aa  55.5  0.0000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000301704  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3376  TetR family transcriptional regulator  39.36 
 
 		 197 aa  55.5  0.0000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.423093  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3722  TetR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 202 aa  55.8  0.0000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.869277  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3795  TetR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 202 aa  55.8  0.0000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.796114  normal  0.124585 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1014  TetR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 212 aa  55.5  0.0000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1149  transcriptional regulator, TetR family protein  28.1 
 
 		 226 aa  55.5  0.0000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2175  TetR family transcriptional regulator  40.66 
 
 		 218 aa  55.5  0.0000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1313  TetR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 321 aa  55.1  0.0000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0169  TetR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 321 aa  55.1  0.0000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.964419  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2773  TetR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 321 aa  55.1  0.0000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2630  TetR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 321 aa  55.1  0.0000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47240  putative transcriptional regulator  39.13 
 
 		 204 aa  55.1  0.0000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0612  TetR family transcriptional regulator  49.15 
 
 		 202 aa  54.7  0.0000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.136679  normal  0.487596 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0142  TetR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 288 aa  55.1  0.0000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1036  TetR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 288 aa  55.1  0.0000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0120  transcription regulator protein  34.21 
 
 		 209 aa  55.1  0.0000009  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0994  transcriptional regulator, TetR family  40.26 
 
 		 271 aa  54.3  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6912  TetR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 236 aa  54.3  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.830717  normal  1 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0056  transcriptional regulator, TetR family  28.99 
 
 		 198 aa  54.7  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0236  TetR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 218 aa  54.7  0.000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0269868  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3129  transcriptional regulator, TetR family  30.15 
 
 		 191 aa  54.7  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0042  TetR family transcriptional regulator  37.35 
 
 		 219 aa  54.3  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.664551  normal  0.814156 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1218  TetR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 206 aa  54.3  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2341  TetR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 206 aa  54.7  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.554096 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0246  TetR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 218 aa  54.7  0.000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.314505 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>