More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2781 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2781  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 206 aa  426  1e-118  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000487748 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8100  transcriptional regulator, TetR family  34.02 
 
 		 218 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.978856  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3038  transcriptional regulator  30.93 
 
 		 230 aa  132  3e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2815  TetR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 242 aa  121  6e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.106176  normal  0.623336 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0737  transcriptional regulator, TetR family  31.82 
 
 		 209 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2708  TetR family transcriptional regulator  33 
 
 		 266 aa  118  4.9999999999999996e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3923  TetR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 214 aa  117  9.999999999999999e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1098  TetR family transcriptional regulator  33 
 
 		 209 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0976848 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2599  TetR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 233 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.87329  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2441  TetR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 217 aa  114  1.0000000000000001e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.429129  normal  0.59735 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2169  transcriptional regulator, TetR family  30.3 
 
 		 207 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.821962  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0698  putative transcription regulator protein  36.96 
 
 		 264 aa  112  3e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00682473  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0754  TetR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 273 aa  112  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3953  TetR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 232 aa  112  3e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0396138  normal  0.024229 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0648  transcriptional regulator, TetR family  34.81 
 
 		 247 aa  111  7.000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0672593 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0607  transcriptional regulator, TetR family  34.81 
 
 		 255 aa  111  8.000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.118397  normal  0.590685 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3412  TetR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 206 aa  111  8.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.430092  normal  0.661157 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1838  transcriptional regulator, TetR family  34.48 
 
 		 221 aa  111  9e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.834516  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4313  transcriptional regulator, TetR family  34.76 
 
 		 238 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2029  TetR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 220 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.107784  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3720  transcriptional regulator, TetR family  34.91 
 
 		 225 aa  108  7.000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.984063  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0455  TetR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 224 aa  107  8.000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.366206  normal  0.106872 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1791  regulatory protein, TetR  32.04 
 
 		 246 aa  107  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00350194  normal  0.153158 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2436  TetR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 243 aa  105  5e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.747053 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1129  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 231 aa  105  6e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1669  TetR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 235 aa  103  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6397  TetR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 218 aa  102  6e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.467706 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3669  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 243 aa  101  7e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.433868  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1313  transcriptional regulator TetR family  27.32 
 
 		 213 aa  101  1e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2036  regulatory protein, TetR  30 
 
 		 206 aa  100  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.284785 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4925  TetR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 228 aa  99.4  4e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.791426  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5086  transcriptional regulator, TetR family  30.61 
 
 		 210 aa  98.6  6e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.423561  normal  0.0707297 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5306  TetR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 219 aa  98.2  9e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.190126 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1045  TetR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 226 aa  97.1  2e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.446098  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5366  transcriptional regulator, TetR family  31.76 
 
 		 210 aa  93.2  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00158369  normal  0.823764 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0716  TetR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 211 aa  93.6  2e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.281964  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4666  TetR family transcriptional regulator  28 
 
 		 214 aa  92.4  4e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.441468  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6801  transcriptional regulator, TetR family  30.22 
 
 		 217 aa  91.7  6e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.142519  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4455  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 215 aa  89.4  3e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0390638 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2165  transcriptional regulator, TetR family  31.09 
 
 		 228 aa  85.9  4e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.483923  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2371  TetR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 230 aa  78.2  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.533189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1034  TetR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 204 aa  78.2  0.00000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0507  TetR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 211 aa  76.6  0.0000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.982351 
 
 
-
 
NC_003296  RS05643  putative transcription regulator protein  26.8 
 
 		 233 aa  72.4  0.000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2502  transcriptional regulator, TetR family  39.47 
 
 		 291 aa  65.9  0.0000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6562  TetR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 210 aa  64.3  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.67895  normal  0.0476005 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0106  transcriptional regulator  30.34 
 
 		 207 aa  63.2  0.000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2444  TetR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 217 aa  63.9  0.000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1511  TetR family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 225 aa  63.9  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5237  TetR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 233 aa  62.8  0.000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.139236  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2986  TetR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 216 aa  62  0.000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.741715  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1979  TetR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 216 aa  62.4  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28862  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0097  transcriptional regulator, TetR family  23.83 
 
 		 215 aa  62  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.56928  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1391  transcriptional regulator, TetR family  29.01 
 
 		 208 aa  62  0.000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2972  TetR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 216 aa  61.6  0.000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419953  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3130  TetR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 216 aa  61.6  0.000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3838  transcriptional regulator TetR family  27.41 
 
 		 230 aa  61.6  0.000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.606304  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  24.21 
 
 		 226 aa  61.2  0.000000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4522  transcriptional regulator, TetR family  29.26 
 
 		 191 aa  61.2  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.828993  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1014  TetR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 212 aa  61.2  0.00000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0441  TetR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 233 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2179  TetR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 218 aa  60.8  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0949  transcriptional regulator, TetR family  36.84 
 
 		 286 aa  61.2  0.00000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00486  transcriptional regulator, TetR family protein  27.45 
 
 		 224 aa  60.5  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0355  transcriptional regulator, TetR family  32.1 
 
 		 195 aa  60.5  0.00000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2743  TetR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 188 aa  60.1  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.673676  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6768  transcriptional regulator, TetR family  28.4 
 
 		 221 aa  60.1  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6189  TetR family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 210 aa  60.1  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.304814  normal  0.805788 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0496  TetR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 202 aa  60.5  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.250936 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2226  TetR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 210 aa  60.1  0.00000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 213 aa  60.1  0.00000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3090  TetR family transcriptional regulator  25.36 
 
 		 218 aa  59.3  0.00000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.595832  hitchhiker  0.000923351 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3148  TetR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 231 aa  59.3  0.00000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.647957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3451  TetR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 216 aa  59.3  0.00000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.6413 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3170  transcriptional regulator, TetR family  46.55 
 
 		 216 aa  58.9  0.00000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2286  transcriptional regulator, TetR family  27.78 
 
 		 188 aa  58.5  0.00000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000280215 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6580  transcriptional regulator, TetR family  29.14 
 
 		 242 aa  58.5  0.00000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.603144 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0067  TetR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 212 aa  58.9  0.00000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000000826521  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2954  transcriptional regulator, TetR family  27.78 
 
 		 188 aa  58.5  0.00000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.68265  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  24.35 
 
 		 212 aa  58.5  0.00000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.61751 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3459  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 324 aa  58.5  0.00000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000855252 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18820  transcriptional regulator  29.46 
 
 		 225 aa  58.5  0.00000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.348199  normal  0.343375 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 234 aa  58.5  0.00000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1218  transcriptional regulator, TetR family  28.05 
 
 		 206 aa  58.2  0.00000008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2991  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 188 aa  58.2  0.00000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0384605  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1381  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 184 aa  58.2  0.00000009  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.419771  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2214  transcriptional regulator, TetR family  32 
 
 		 201 aa  58.2  0.00000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000301704  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2997  transcriptional regulator, TetR family  27.78 
 
 		 188 aa  58.2  0.00000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000711023  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0612  TetR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 202 aa  57.8  0.0000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.136679  normal  0.487596 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1231  TetR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 289 aa  57.4  0.0000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00074883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4931  TetR family transcriptional regulator  56.82 
 
 		 497 aa  57.4  0.0000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.475051  normal  0.080695 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1471  TetR family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 219 aa  57.8  0.0000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3880  transcriptional regulator, TetR family  27.98 
 
 		 217 aa  57.8  0.0000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.133053 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1623  transcriptional regulator, TetR family  46.3 
 
 		 205 aa  57  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3896  transcriptional regulator, TetR family  28.21 
 
 		 211 aa  57  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4585  transcriptional regulator, TetR family  25.9 
 
 		 220 aa  57.4  0.0000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.448621  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2507  TetR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 211 aa  56.6  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00142913 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1149  transcriptional regulator, TetR family protein  23.29 
 
 		 226 aa  56.6  0.0000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4695  TetR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 215 aa  57.4  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1118  transcriptional regulator, TetR family  42.62 
 
 		 201 aa  56.6  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00548751  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>