More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dhaf_4522 on replicon NC_011830
Organism: Desulfitobacterium hafniense DCB-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011830  Dhaf_4522  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 
191 aa  392  1e-108  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.828993  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3092  transcriptional regulator, TetR family  29.33 
 
 
185 aa  70.1  0.00000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0725563 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0103  TetR family transcriptional regulator  26.98 
 
 
190 aa  65.5  0.0000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1936  transcriptional regulator, TetR family  28.95 
 
 
193 aa  63.9  0.000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0104  TetR family transcriptional regulator  28.22 
 
 
190 aa  63.9  0.000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0455  TetR family transcriptional regulator  50.88 
 
 
224 aa  63.5  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.366206  normal  0.106872 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2368  TetR family transcriptional regulator  29.53 
 
 
197 aa  63.2  0.000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000142624 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6562  TetR family transcriptional regulator  39.78 
 
 
210 aa  63.5  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.67895  normal  0.0476005 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05020  transcriptional regulator, TetR family  51.47 
 
 
194 aa  63.5  0.000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1941  transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 
194 aa  62.8  0.000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000874649  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  50.91 
 
 
226 aa  62.4  0.000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2698  TetR family transcriptional regulator  44.58 
 
 
203 aa  62  0.000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0808  TetR family transcriptional regulator  57.14 
 
 
191 aa  62  0.000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.287096 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3500  TetR family transcriptional regulator  46.67 
 
 
191 aa  61.6  0.000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00541119  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1061  transcriptional regulator, TetR family  28.82 
 
 
196 aa  61.6  0.000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0250707  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6768  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 
221 aa  61.6  0.000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0464  TetR family transcriptional regulator  27.63 
 
 
215 aa  61.6  0.000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3838  transcriptional regulator TetR family  29.59 
 
 
230 aa  61.2  0.000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.606304  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2781  TetR family transcriptional regulator  29.26 
 
 
206 aa  61.2  0.000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000487748 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3923  TetR family transcriptional regulator  29.94 
 
 
214 aa  60.8  0.00000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4225  TetR family transcriptional regulator  47.89 
 
 
244 aa  60.8  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.127157  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8100  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 
218 aa  60.8  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.978856  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6295  transcriptional regulator, TetR family  27.92 
 
 
212 aa  60.8  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.100221  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0332  TetR family transcriptional regulator  53.57 
 
 
192 aa  60.5  0.00000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00337125  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2965  TetR family transcriptional regulator  25.14 
 
 
224 aa  60.5  0.00000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0278757  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3416  transcriptional regulator, TetR family  43.06 
 
 
226 aa  59.7  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.180038  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  44.93 
 
 
220 aa  59.7  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0177  TetR family transcriptional regulator  45.45 
 
 
190 aa  60.1  0.00000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4585  transcriptional regulator, TetR family  44.93 
 
 
220 aa  59.7  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.448621  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3714  transcriptional regulator, TetR family  43.06 
 
 
226 aa  59.7  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.576002 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5366  transcriptional regulator, TetR family  45.31 
 
 
210 aa  59.3  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00158369  normal  0.823764 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4471  transcriptional regulator, TetR family  55.77 
 
 
220 aa  59.7  0.00000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3198  TetR family transcriptional regulator  29.52 
 
 
215 aa  59.3  0.00000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00193732  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2169  transcriptional regulator, TetR family  43.94 
 
 
207 aa  59.3  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.821962  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5086  transcriptional regulator, TetR family  45.45 
 
 
210 aa  59.3  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.423561  normal  0.0707297 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0698  putative transcription regulator protein  40.26 
 
 
264 aa  58.5  0.00000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00682473  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3984  transcriptional regulator, TetR family  26.67 
 
 
216 aa  58.9  0.00000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.765993  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3431  transcriptional regulator, TetR family  41.33 
 
 
189 aa  58.9  0.00000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2080  TetR family transcriptional regulator  28.5 
 
 
219 aa  58.9  0.00000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.740876  hitchhiker  0.00831587 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2367  TetR family transcriptional regulator  29.01 
 
 
202 aa  58.5  0.00000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.445055  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0607  transcriptional regulator, TetR family  38.96 
 
 
255 aa  58.5  0.00000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.118397  normal  0.590685 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  39.6 
 
 
234 aa  58.2  0.00000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0118  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 
247 aa  58.2  0.00000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.211628  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3451  TetR family transcriptional regulator  49.09 
 
 
216 aa  58.2  0.00000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.6413 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00482  NADH dehydrogenase  30.56 
 
 
194 aa  58.2  0.00000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0109  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 
247 aa  58.2  0.00000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0648  transcriptional regulator, TetR family  38.96 
 
 
247 aa  58.2  0.00000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0672593 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3407  TetR family transcriptional regulator  52.83 
 
 
218 aa  57.8  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0155576  normal  0.84746 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2628  transcriptional regulator, TetR family  27.1 
 
 
194 aa  57.4  0.0000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00732346  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0251  TetR family transcriptional regulator  23.53 
 
 
212 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.714148  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2441  TetR family transcriptional regulator  44.64 
 
 
217 aa  57.4  0.0000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.429129  normal  0.59735 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1571  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 
207 aa  57.8  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5288  TetR family transcriptional regulator  26.4 
 
 
186 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1656  TetR family transcriptional regulator  32.98 
 
 
196 aa  56.6  0.0000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0515046  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1924  TetR family transcriptional regulator  47.27 
 
 
210 aa  56.6  0.0000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.343626  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4062  transcriptional regulator, TetR family  51.92 
 
 
216 aa  56.6  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2036  regulatory protein, TetR  43.94 
 
 
206 aa  56.6  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.284785 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3126  TetR family transcriptional regulator  43.28 
 
 
207 aa  56.2  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.333802  hitchhiker  0.00150199 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1837  TetR family transcriptional regulator  26.28 
 
 
202 aa  57  0.0000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  35.85 
 
 
212 aa  56.2  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1848  transcriptional regulator, TetR family  36.84 
 
 
190 aa  55.8  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00246548 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2488  TetR family transcriptional regulator  24.69 
 
 
201 aa  56.2  0.0000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0524247 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1979  TetR family transcriptional regulator  51.92 
 
 
216 aa  55.8  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28862  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2371  transcriptional regulator, TetR family  53.85 
 
 
190 aa  55.8  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0185343  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4743  TetR family transcriptional regulator  25.42 
 
 
212 aa  55.8  0.0000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06720  transcriptional regulator, TetR family  29.79 
 
 
221 aa  55.8  0.0000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0899  TetR family transcriptional regulator  24.68 
 
 
193 aa  55.5  0.0000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.494549  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3324  regulatory protein, TetR  28.21 
 
 
204 aa  55.5  0.0000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0882884 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3111  TetR family transcriptional regulator  35.87 
 
 
210 aa  55.5  0.0000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2108  TetR family transcriptional regulator  40.91 
 
 
207 aa  55.5  0.0000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0179  TetR family transcriptional regulator  26.88 
 
 
193 aa  55.5  0.0000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0807108  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  37.78 
 
 
212 aa  55.5  0.0000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.61751 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1164  TetR family transcriptional regulator  28.74 
 
 
184 aa  55.1  0.0000006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000872016  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0871  TetR family transcriptional regulator  36.49 
 
 
202 aa  55.1  0.0000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3459  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
324 aa  55.1  0.0000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000855252 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2507  TetR family transcriptional regulator  26.25 
 
 
211 aa  54.7  0.0000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00142913 
 
 
-
 
NC_003296  RS01892  transcription regulator protein  48.15 
 
 
207 aa  54.7  0.0000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00576188  normal  0.449964 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35560  transcriptional regulator  25.15 
 
 
200 aa  54.7  0.0000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4172  TetR family transcriptional regulator  27.88 
 
 
205 aa  54.7  0.0000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.928216  normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4925  TetR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
228 aa  54.3  0.0000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.791426  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2161  transcriptional regulator, TetR family  25.62 
 
 
204 aa  54.7  0.0000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1103  transcriptional regulator, TetR family  27.42 
 
 
248 aa  54.3  0.0000009  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.575371  normal  0.523139 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4870  TetR family transcriptional regulator  24.28 
 
 
186 aa  54.7  0.0000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.318456  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0740  TetR family transcriptional regulator  23.59 
 
 
205 aa  54.7  0.0000009  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.891023  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5462  TetR family transcriptional regulator  24.28 
 
 
212 aa  54.7  0.0000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5400  TetR family transcriptional regulator  24.28 
 
 
212 aa  54.7  0.0000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00236367 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3252  TetR family transcriptional regulator  36.49 
 
 
200 aa  54.7  0.0000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0359  TetR family transcriptional regulator  53.19 
 
 
203 aa  53.9  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1689  transcriptional regulator, TetR family  28.4 
 
 
199 aa  54.3  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.403978 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2554  TetR family transcriptional regulator  26.42 
 
 
198 aa  53.9  0.000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000394239  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3412  TetR family transcriptional regulator  42.42 
 
 
206 aa  53.9  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.430092  normal  0.661157 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001979  transcriptional regulator TetR family  28.66 
 
 
193 aa  53.9  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.507988  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1016  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 
210 aa  54.3  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00988275  normal  0.688061 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1313  TetR family transcriptional regulator  42.62 
 
 
203 aa  54.3  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2948  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 
191 aa  53.9  0.000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3151  TetR family transcriptional regulator  35.14 
 
 
202 aa  53.9  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  35.85 
 
 
212 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  49.06 
 
 
213 aa  54.3  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2992  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 
191 aa  53.9  0.000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.385096  normal  0.373192 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1592  transcriptional regulator, TetR family  28.16 
 
 
198 aa  54.3  0.000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>