More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3896 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3896  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 211 aa  427  1e-119  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3273  TetR family transcriptional regulator  80.69 
 
 		 210 aa  335  2.9999999999999997e-91  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.346529  normal  0.756983 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7041  TetR family transcriptional regulator  44.1 
 
 		 224 aa  159  2e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.971453 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3427  transcriptional regulator, TetR family  31.96 
 
 		 216 aa  79  0.00000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2444  TetR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 217 aa  72.8  0.000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3682  TetR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 540 aa  70.1  0.00000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0191871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1663  TetR family transcriptional regulator  53.23 
 
 		 194 aa  69.3  0.00000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.319165 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1869  TetR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 215 aa  65.5  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00486  transcriptional regulator, TetR family protein  34.92 
 
 		 224 aa  64.7  0.0000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3598  TetR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 222 aa  64.7  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.822043 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5954  transcriptional regulator TetR family  35.09 
 
 		 219 aa  64.3  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4695  TetR family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 215 aa  64.3  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5327  TetR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 219 aa  63.9  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1636  TetR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 226 aa  62.8  0.000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.232227 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1609  TetR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 224 aa  63.2  0.000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000193721 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 210 aa  62.8  0.000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3750  TetR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 230 aa  62.8  0.000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4478  transcriptional regulator, TetR family  29.56 
 
 		 211 aa  62.8  0.000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0507  TetR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 211 aa  62.4  0.000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.982351 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2237  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 228 aa  62  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3915  transcriptional regulator, TetR family  37.07 
 
 		 215 aa  61.6  0.000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4306  TetR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 202 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.651969  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0056  transcriptional regulator, TetR family  33.62 
 
 		 198 aa  60.8  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3038  transcriptional regulator  26.17 
 
 		 230 aa  59.7  0.00000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1945  TetR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 225 aa  59.3  0.00000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3823  TetR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 198 aa  58.9  0.00000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0524018  normal  0.237924 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0557  regulatory protein TetR  35.63 
 
 		 251 aa  58.5  0.00000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2859  transcriptional regulator, TetR family  41.43 
 
 		 186 aa  57.8  0.0000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.111234  n/a   
 
 
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NC_011658  BCAH187_A2506  transcriptional regulator, TetR family  24.86 
 
 		 205 aa  57.8  0.0000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.733789  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2537  transcriptional regulator, TetR family  41.54 
 
 		 231 aa  58.2  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3623  regulatory protein TetR  39.22 
 
 		 193 aa  57.8  0.0000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.755125  normal  1 
 
 
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NC_011004  Rpal_4417  transcriptional regulator, TetR family  29.76 
 
 		 207 aa  57.8  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2242  TetR family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 209 aa  57  0.0000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.640782  n/a   
 
 
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NC_005957  BT9727_2176  TetR family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 209 aa  56.6  0.0000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000096918  n/a   
 
 
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NC_006274  BCZK2162  TetR family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 207 aa  57  0.0000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.116975  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2406  TetR family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 209 aa  57  0.0000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2973  transcriptional regulator, TetR family  36.36 
 
 		 198 aa  56.6  0.0000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007908  Rfer_0400  TetR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 205 aa  57  0.0000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2781  TetR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 206 aa  57  0.0000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000487748 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2583  TetR family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 184 aa  57.4  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2423  transcriptional regulator, TetR family  24.86 
 
 		 207 aa  56.6  0.0000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1049  TetR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 230 aa  57.4  0.0000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0599696  n/a   
 
 
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NC_011884  Cyan7425_4680  transcriptional regulator, TetR family  30.58 
 
 		 236 aa  57.4  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3880  transcriptional regulator, TetR family  28.37 
 
 		 217 aa  57  0.0000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.133053 
 
 
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NC_009720  Xaut_2329  TetR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 221 aa  56.2  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011738  PCC7424_5713  transcriptional regulator, TetR family  42.19 
 
 		 190 aa  56.2  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_007974  Rmet_4265  TetR/AcrR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 228 aa  55.8  0.0000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752062  normal  1 
 
 
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NC_012791  Vapar_1742  transcriptional regulator, TetR family  29.92 
 
 		 235 aa  55.8  0.0000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.666045  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5533  transcriptional regulator, TetR family  43.75 
 
 		 215 aa  55.1  0.0000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.374337  normal  0.0421471 
 
 
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NC_003910  CPS_1358  TetR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 202 aa  54.7  0.0000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011894  Mnod_0737  transcriptional regulator, TetR family  28.16 
 
 		 209 aa  54.7  0.0000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1060  TetR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 227 aa  54.7  0.0000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_003909  BCE_2441  TetR family transcriptional regulator  24.28 
 
 		 205 aa  54.7  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.21008  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2647  transcriptional regulator, TetR family  33.88 
 
 		 217 aa  54.3  0.000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3317  TetR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 214 aa  54.7  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.305506  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5253  transcriptional regulator, TetR family  43.75 
 
 		 215 aa  54.7  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4644  transcriptional regulator, TetR family  41.67 
 
 		 188 aa  54.7  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0446716 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4128  TetR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 241 aa  54.7  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.860792 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1823  TetR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 222 aa  54.3  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.331222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4044  TetR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 214 aa  54.7  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010678  Rpic_4512  transcriptional regulator, TetR family  41.67 
 
 		 188 aa  54.7  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.551086  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4046  TetR family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 222 aa  54.3  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.933953  normal  0.278605 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4087  transcriptional regulator, TetR family  40.45 
 
 		 228 aa  53.9  0.000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.98142 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5732  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 228 aa  53.5  0.000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5353  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 228 aa  53.5  0.000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4201  hypothetical protein  27.6 
 
 		 201 aa  53.9  0.000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0962  TetR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 200 aa  53.5  0.000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1623  transcriptional regulator, TetR family  34.15 
 
 		 205 aa  53.9  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5442  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 228 aa  53.5  0.000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.385516 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003358  transcriptional regulator  33.02 
 
 		 251 aa  53.9  0.000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.433364  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1129  TetR family transcriptional regulator  41.77 
 
 		 231 aa  53.9  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3801  TetR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 206 aa  53.5  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.657762 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0092  transcriptional regulator, TetR family  29.95 
 
 		 210 aa  53.9  0.000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.367108  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0754  TetR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 273 aa  52.8  0.000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5549  TetR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 215 aa  53.1  0.000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1405  TetR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 203 aa  53.1  0.000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.520137 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0607  transcriptional regulator, TetR family  28.49 
 
 		 255 aa  52.8  0.000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.118397  normal  0.590685 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5168  TetR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 215 aa  53.1  0.000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5257  TetR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 215 aa  53.1  0.000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0093  TetR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 229 aa  53.1  0.000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.247373  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0073  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 210 aa  53.1  0.000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5007  TetR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 239 aa  52.8  0.000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.908463 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3923  TetR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 214 aa  52.8  0.000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2373  transcriptional regulator, TetR family  23.7 
 
 		 207 aa  52.8  0.000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0973  TetR family transcriptional regulator  40.24 
 
 		 215 aa  52.8  0.000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.269206  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1260  transcriptional regulator, TetR family  36.99 
 
 		 222 aa  52.8  0.000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.194739 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2815  TetR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 242 aa  52.8  0.000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.106176  normal  0.623336 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2416  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 192 aa  52.4  0.000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.363583 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2095  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 222 aa  52.4  0.000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.112478 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5460  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 206 aa  52.4  0.000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0109  TetR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 207 aa  52.4  0.000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0855  transcriptional regulator, TetR family  27.37 
 
 		 223 aa  52  0.000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.835032 
 
 
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NC_011004  Rpal_4290  transcriptional regulator, TetR family  38.46 
 
 		 226 aa  52  0.000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567463  n/a   
 
 
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NC_010511  M446_1098  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 209 aa  52  0.000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0976848 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0698  putative transcription regulator protein  44.44 
 
 		 264 aa  52  0.000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00682473  normal  1 
 
 
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NC_007778  RPB_3642  TetR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 227 aa  52  0.000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.494269 
 
 
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NC_009921  Franean1_5908  TetR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 200 aa  51.6  0.000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.889059 
 
 
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NC_007413  Ava_0602  TetR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 205 aa  51.6  0.000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.5525  normal  0.406937 
 
 
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NC_007925  RPC_3581  TetR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 212 aa  51.6  0.000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013131  Caci_7136  transcriptional regulator, TetR family  37.23 
 
 		 237 aa  51.6  0.000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00720754  normal  0.217815 
 
 
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