More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3581 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3581  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 212 aa  431  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4597  TetR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 217 aa  125  3e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00568004 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4133  TetR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 217 aa  125  5e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.110099 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3926  TetR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 258 aa  121  7e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1000  TetR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 204 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0260  TetR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 234 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3617  TetR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 219 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5533  TetR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 219 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.445482  normal  0.987341 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4750  TetR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 219 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0204514 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5785  TetR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 219 aa  108  6e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.558716 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1191  TetR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 219 aa  107  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00105223  normal  0.516093 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1298  transcriptional regulator TetR family  28.28 
 
 		 235 aa  90.1  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1153  transcriptional regulator, TetR family  32.84 
 
 		 246 aa  90.1  2e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.181492  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2889  TetR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 216 aa  71.2  0.00000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00514184  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0805  TetR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 204 aa  67.8  0.0000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1746  TetR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 209 aa  66.6  0.0000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.227148  normal  0.0202921 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3265  TetR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 206 aa  65.9  0.0000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.111309  normal  0.286417 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2483  transcriptional regulator, TetR family  28.77 
 
 		 218 aa  63.2  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0489732  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0894  TetR family transcriptional regulator  25.38 
 
 		 215 aa  62.4  0.000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0749762 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1287  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.57 
 
 		 225 aa  60.1  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.746343  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2630  TetR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 205 aa  58.9  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0697093  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0876  TetR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 226 aa  57.8  0.0000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.140831 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2999  transcriptional regulator, TetR family  32.85 
 
 		 235 aa  57.4  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1512  regulatory protein, TetR  27.48 
 
 		 246 aa  55.1  0.0000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1512  TetR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 233 aa  55.1  0.0000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6679  transcriptional regulator, TetR family  35.14 
 
 		 209 aa  55.1  0.0000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.874837  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3420  putative transcriptional regulator, TetR family  29.11 
 
 		 212 aa  54.3  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.908094  normal  0.385629 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2834  transcriptional regulator, TetR family  27.62 
 
 		 233 aa  54.3  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.170846  normal  0.770206 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1548  TetR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 233 aa  54.3  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1521  TetR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 233 aa  54.3  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1637  transcriptional regulator, TetR family  32.52 
 
 		 193 aa  53.9  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.890844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2924  TetR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 235 aa  53.9  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.480778  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0560  transcriptional regulator, TetR family  37.35 
 
 		 208 aa  53.9  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3035  transcriptional regulator, TetR family  29.52 
 
 		 225 aa  53.9  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.489456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0708  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 244 aa  53.1  0.000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0199  TetR family regulatory protein  29.11 
 
 		 214 aa  53.1  0.000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3459  putative transcriptional regulator  30.7 
 
 		 193 aa  53.1  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.429515  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3249  transcriptional regulator, TetR family  30.66 
 
 		 233 aa  53.1  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02639  transcriptional regulator  30.77 
 
 		 208 aa  52.8  0.000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1989  hypothetical protein  25.87 
 
 		 226 aa  52.8  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00163154  normal  0.392807 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1867  transcriptional regulator, TetR family  37.23 
 
 		 201 aa  52.8  0.000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.129849  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2872  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 239 aa  52.8  0.000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003766  predicted transcriptional regulator for fatty acid degradation FadQ TetR family  36.59 
 
 		 214 aa  52.4  0.000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4699  TetR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 234 aa  52.4  0.000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.310001  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4073  TetR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 245 aa  52  0.000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40790  putative transcriptional regulator  30.7 
 
 		 193 aa  52  0.000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3896  transcriptional regulator, TetR family  27.49 
 
 		 211 aa  51.6  0.000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24490  transcriptional regulator  29.86 
 
 		 213 aa  50.8  0.00001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0772  transcriptional regulator, TetR family  40.98 
 
 		 223 aa  51.2  0.00001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0225  TetR family transcriptional regulator  45.59 
 
 		 240 aa  51.2  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.512739 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0994  transcriptional regulator, TetR family  30.6 
 
 		 214 aa  51.2  0.00001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.146386  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2561  transcriptional regulator, TetR family  28.7 
 
 		 203 aa  51.2  0.00001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11243  transcriptional regulator  29.23 
 
 		 212 aa  50.4  0.00002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0445311  normal  0.0334035 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4569  TetR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 220 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000245113  hitchhiker  0.00602594 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7459  TetR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 233 aa  50.1  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.626167  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1714  transcriptional regulator, TetR family  39.73 
 
 		 211 aa  50.1  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.058675  normal  0.0438262 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3290  transcriptional regulator, TetR family  29.76 
 
 		 225 aa  50.1  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.413178  normal  0.0802991 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0128  TetR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 235 aa  50.4  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3284  TetR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 222 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.961661 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0639  TetR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 220 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.307578  hitchhiker  0.000146714 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000229  transcriptional regulator  27.69 
 
 		 242 aa  50.8  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1988  TetR family transcriptional regulator  47.27 
 
 		 208 aa  50.4  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4901  TetR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 209 aa  49.7  0.00003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3567  transcriptional regulator, TetR family  49.18 
 
 		 214 aa  50.1  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2681  transcriptional regulator, TetR family  26.83 
 
 		 209 aa  50.1  0.00003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.387724  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1419  TetR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 232 aa  49.7  0.00003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2776  transcriptional regulator, TetR family  26.83 
 
 		 209 aa  50.1  0.00003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.376535  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3590  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 213 aa  50.1  0.00003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2723  regulatory protein TetR  41.67 
 
 		 198 aa  49.7  0.00003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.769324  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4482  TetR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 212 aa  49.3  0.00004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1906  transcriptional regulator, TetR family  43.84 
 
 		 193 aa  49.3  0.00004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.812491 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4463  transcriptional regulator, TetR family  43.84 
 
 		 198 aa  49.7  0.00004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1341  TetR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 224 aa  48.9  0.00005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0634  TetR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 220 aa  48.9  0.00005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000435144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1561  TetR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 214 aa  48.9  0.00005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4645  TetR family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 224 aa  49.3  0.00005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2527  TetR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 194 aa  48.9  0.00005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.490074  normal  0.267005 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0125  transcriptional regulator, TetR family  28.22 
 
 		 204 aa  48.9  0.00005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.247519  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1682  transcriptional regulator, TetR family  51.79 
 
 		 221 aa  48.5  0.00007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.274254 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3200  TetR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 237 aa  48.5  0.00007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0594  TetR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 247 aa  48.5  0.00008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0201579  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00620  Transcriptional regulatory protein, TetR family  22.91 
 
 		 227 aa  48.5  0.00008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2041  TetR family transcriptional regulator  23.93 
 
 		 211 aa  48.1  0.00008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18820  transcriptional regulator  30.48 
 
 		 225 aa  48.5  0.00008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.348199  normal  0.343375 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00763  predicted DNA-binding transcriptional regulator  31.76 
 
 		 223 aa  47.4  0.0001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.827218  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01051  transcriptional regulator TetR family  48.94 
 
 		 210 aa  48.1  0.0001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.250197  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2846  transcriptional regulator, TetR family  31.76 
 
 		 223 aa  47.4  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00780  hypothetical protein  31.76 
 
 		 223 aa  47.4  0.0001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.978873  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0819  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.76 
 
 		 223 aa  47.4  0.0001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.852921 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1586  TetR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 215 aa  48.1  0.0001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.377059  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0861  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.76 
 
 		 223 aa  47.4  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06115  transcriptional regulator TetR family  48.94 
 
 		 210 aa  48.1  0.0001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.131749  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0683  TetR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 216 aa  47.8  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000557469  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1078  TetR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 211 aa  48.1  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4502  TetR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 241 aa  47.8  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.595773 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0850  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.76 
 
 		 223 aa  47.4  0.0001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2892  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 227 aa  47.8  0.0001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0741527  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2959  TetR family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 204 aa  47.8  0.0001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.878802  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3003  TetR family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 204 aa  47.8  0.0001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.384269 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3699  TetR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 220 aa  47.8  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>