More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4290 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4290  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 226 aa  458  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567463  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3642  TetR family transcriptional regulator  80.97 
 
 		 227 aa  375  1e-103  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.494269 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1823  TetR family transcriptional regulator  84.04 
 
 		 222 aa  362  4e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.331222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0894  TetR family transcriptional regulator  66.32 
 
 		 260 aa  262  4e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3368  transcriptional regulator, TetR family  63.68 
 
 		 229 aa  249  2e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.823068  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0684  TetR family transcriptional regulator  55.09 
 
 		 213 aa  234  7e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.974708 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5527  transcriptional regulator, TetR family  53.62 
 
 		 210 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.107312  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0441  TetR family transcriptional regulator  49.48 
 
 		 198 aa  173  1.9999999999999998e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.805705 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4802  TetR family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 199 aa  166  2.9999999999999998e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.386552  normal  0.120275 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0935  TetR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 199 aa  162  3e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3823  TetR family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 198 aa  155  6e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0524018  normal  0.237924 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1240  transcriptional regulator, TetR family  36.41 
 
 		 211 aa  138  6e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.567777  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0807  TetR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 211 aa  134  8e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.271007  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2402  TetR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 205 aa  132  5e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.584484 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2997  transcriptional regulator, TetR family  39.18 
 
 		 213 aa  131  6.999999999999999e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3950  TetR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 212 aa  130  1.0000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.390353  normal  0.629082 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3212  TetR family transcriptional regulator  36.87 
 
 		 211 aa  129  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0571  TetR family transcriptional regulator  33.95 
 
 		 219 aa  124  9e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.22949  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0760  TetR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 192 aa  119  3e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0913287  normal  0.16222 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0243  TetR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 201 aa  115  6e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0252  TetR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 201 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00323074 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3103  TetR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 199 aa  114  8.999999999999998e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.454868  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1978  TetR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 199 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2579  TetR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 199 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0013  TetR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 199 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3842  TetR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 199 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.391648  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2782  TetR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 201 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.522237  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3781  TetR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 199 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3531  TetR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 199 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0324  TetR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 201 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3117  TetR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 199 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.100627  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0304  TetR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 201 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.826155  hitchhiker  0.000375508 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0006  TetR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 199 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0589242  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3423  TetR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 201 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3375  TetR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 206 aa  112  4.0000000000000004e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03754  transcription regulator protein  33.84 
 
 		 215 aa  112  5e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.727658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0992  putative transcriptional regulator of paa operon  39.8 
 
 		 208 aa  112  5e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.332152  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0226  TetR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 201 aa  112  6e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.312291  hitchhiker  0.00018932 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2863  TetR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 204 aa  112  6e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000603343 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0289  TetR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 202 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4562  transcriptional regulator, TetR family  32.84 
 
 		 207 aa  108  5e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.602927 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3490  transcriptional regulator, TetR family  32.84 
 
 		 207 aa  108  5e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.20919 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3668  transcriptional regulator, TetR family  33.5 
 
 		 202 aa  108  6e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.0040426  hitchhiker  0.0000000599644 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1372  transcriptional regulator, TetR family  34.41 
 
 		 210 aa  106  3e-22  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.487007  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2495  transcriptional regulator, TetR family  32.04 
 
 		 287 aa  79  0.00000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0937177  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2438  transcriptional regulator, TetR family  26.9 
 
 		 208 aa  77.4  0.0000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0347  TetR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 200 aa  77  0.0000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0154637  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3604  TetR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 207 aa  75.9  0.0000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.461648 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0832  transcriptional regulator, TetR family  28.04 
 
 		 211 aa  73.6  0.000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.933061 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1858  TetR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 234 aa  73.2  0.000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.543066  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1804  transcriptional regulator, TetR family  27.12 
 
 		 189 aa  71.6  0.000000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2499  transcriptional regulator, TetR family  25.43 
 
 		 208 aa  70.5  0.00000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1775  transcriptional regulator, TetR family  24.44 
 
 		 207 aa  70.5  0.00000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3721  transcriptional regulator, TetR family  25.13 
 
 		 260 aa  69.7  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.249433  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1844  transcriptional regulator, TetR family  24.84 
 
 		 214 aa  69.3  0.00000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16730  transcriptional regulator, TetR family  26.63 
 
 		 213 aa  68.2  0.0000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3449  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 209 aa  67.8  0.0000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.772262  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1471  TetR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 219 aa  67  0.0000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4897  TetR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 231 aa  66.2  0.0000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.043246  normal  0.757086 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3892  regulatory protein TetR  55.93 
 
 		 214 aa  66.2  0.0000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0033  TetR family transcriptional regulator  23.5 
 
 		 256 aa  66.2  0.0000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3052  TetR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 183 aa  65.9  0.0000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.186092 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4061  TetR family transcriptional regulator  24.48 
 
 		 240 aa  65.9  0.0000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20320  transcriptional regulator, TetR family  30.24 
 
 		 203 aa  65.5  0.0000000006  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4079  TetR family transcriptional regulator  24.61 
 
 		 244 aa  65.5  0.0000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.780842  normal  0.246764 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3836  TetR family transcriptional regulator  25.14 
 
 		 246 aa  65.1  0.0000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.487675  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4046  TetR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 212 aa  64.7  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0961065 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4128  TetR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 241 aa  64.7  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.860792 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3815  regulatory protein, TetR  24.88 
 
 		 252 aa  64.7  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00651597  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4073  TetR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 223 aa  64.7  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2799  TetR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 217 aa  63.9  0.000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.364827  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5488  TetR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 238 aa  63.5  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0043  regulatory protein, TetR  29.19 
 
 		 211 aa  63.9  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3833  transcriptional regulator, TetR family  27.14 
 
 		 204 aa  64.3  0.000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6560  transcriptional regulator, TetR family  41.25 
 
 		 203 aa  63.2  0.000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0809  regulatory protein, TetR  24.74 
 
 		 200 aa  63.2  0.000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.732229  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0806  transcriptional regulator, TetR family  24.16 
 
 		 202 aa  62.4  0.000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.265645  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2507  TetR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 211 aa  62.4  0.000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00142913 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0595  TetR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 204 aa  62  0.000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2055  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 206 aa  62  0.000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2922  transcriptional regulator, TetR family  26.23 
 
 		 204 aa  61.6  0.000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.404278 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4074  TetR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 194 aa  61.6  0.000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.137574 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0433  TetR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 204 aa  62  0.000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.376909  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2497  transcriptional regulator, TetR family  27.97 
 
 		 221 aa  61.6  0.00000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000693939 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2767  TetR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 225 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.284138 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5494  transcriptional regulator, TetR family  35.63 
 
 		 141 aa  60.8  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.769028  normal  0.39499 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2755  TetR family transcriptional regulator  22.47 
 
 		 200 aa  60.8  0.00000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3944  TetR family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 215 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0402  TetR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 196 aa  60.5  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.498778  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3720  transcriptional regulator, TetR family  41.94 
 
 		 200 aa  60.8  0.00000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.91394  normal  0.0177543 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2996  TetR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 193 aa  60.1  0.00000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.542374  normal  0.411304 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2696  TetR family transcriptional regulator  25.54 
 
 		 196 aa  60.1  0.00000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.834085 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0626  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 199 aa  59.7  0.00000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2055  putative transcriptional regulator, TetR family  24.6 
 
 		 229 aa  59.3  0.00000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0410393  normal  0.8778 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48190  putative transcriptional regulator  41.56 
 
 		 186 aa  59.7  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0114913  normal  0.0538885 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5475  putative transcriptional regulator, TetR family  34.65 
 
 		 232 aa  59.7  0.00000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0120226 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1582  transcriptional regulator, TetR family  27.66 
 
 		 194 aa  59.3  0.00000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000313158  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0626  TetR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 215 aa  59.3  0.00000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7768  putative transcriptional regulator, TetR family  30.65 
 
 		 194 aa  59.3  0.00000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1867  transcriptional regulator, TetR family  29.44 
 
 		 201 aa  59.3  0.00000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.129849  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>