More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2402 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_2402  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 205 aa  412  1e-114  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.584484 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0571  TetR family transcriptional regulator  64.82 
 
 		 219 aa  256  2e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.22949  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1240  transcriptional regulator, TetR family  62.31 
 
 		 211 aa  255  4e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.567777  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3950  TetR family transcriptional regulator  62.75 
 
 		 212 aa  253  2.0000000000000002e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.390353  normal  0.629082 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0807  TetR family transcriptional regulator  55.94 
 
 		 211 aa  223  1e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.271007  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0992  putative transcriptional regulator of paa operon  60.82 
 
 		 208 aa  216  2e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.332152  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2997  transcriptional regulator, TetR family  50.52 
 
 		 213 aa  183  1.0000000000000001e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0684  TetR family transcriptional regulator  44.79 
 
 		 213 aa  171  5.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.974708 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3212  TetR family transcriptional regulator  43.65 
 
 		 211 aa  156  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3375  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 206 aa  155  4e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0226  TetR family transcriptional regulator  41.71 
 
 		 201 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.312291  hitchhiker  0.00018932 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0243  TetR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 201 aa  154  6e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0252  TetR family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 201 aa  154  1e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00323074 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2782  TetR family transcriptional regulator  41.21 
 
 		 201 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.522237  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0324  TetR family transcriptional regulator  41.21 
 
 		 201 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0304  TetR family transcriptional regulator  41.21 
 
 		 201 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.826155  hitchhiker  0.000375508 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3423  TetR family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 201 aa  150  8.999999999999999e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3103  TetR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 199 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.454868  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2863  TetR family transcriptional regulator  39.9 
 
 		 204 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000603343 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0013  TetR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 199 aa  146  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3781  TetR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 199 aa  146  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3842  TetR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 199 aa  146  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.391648  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0289  TetR family transcriptional regulator  41.71 
 
 		 202 aa  144  7.0000000000000006e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1978  TetR family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 199 aa  144  1e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2579  TetR family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 199 aa  144  1e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3531  TetR family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 199 aa  144  1e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0006  TetR family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 199 aa  144  1e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0589242  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3117  TetR family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 199 aa  144  1e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.100627  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3490  transcriptional regulator, TetR family  42.25 
 
 		 207 aa  142  2e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.20919 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4562  transcriptional regulator, TetR family  42.25 
 
 		 207 aa  142  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.602927 
 
 
-
 
NC_003296  RS03754  transcription regulator protein  41.27 
 
 		 215 aa  142  3e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.727658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3668  transcriptional regulator, TetR family  40.7 
 
 		 202 aa  142  3e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.0040426  hitchhiker  0.0000000599644 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3368  transcriptional regulator, TetR family  41.88 
 
 		 229 aa  140  9e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.823068  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5527  transcriptional regulator, TetR family  37.56 
 
 		 210 aa  138  6e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.107312  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3642  TetR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 227 aa  134  9e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.494269 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1823  TetR family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 222 aa  133  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.331222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4290  transcriptional regulator, TetR family  38.34 
 
 		 226 aa  132  5e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567463  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4802  TetR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 199 aa  127  1.0000000000000001e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.386552  normal  0.120275 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0894  TetR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 260 aa  127  1.0000000000000001e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1372  transcriptional regulator, TetR family  39.57 
 
 		 210 aa  115  3.9999999999999997e-25  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.487007  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0935  TetR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 199 aa  112  4.0000000000000004e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0760  TetR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 192 aa  108  7.000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0913287  normal  0.16222 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3823  TetR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 198 aa  102  5e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0524018  normal  0.237924 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0441  TetR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 198 aa  100  1e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.805705 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5488  TetR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 238 aa  87.8  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1775  transcriptional regulator, TetR family  26.67 
 
 		 207 aa  86.3  3e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0832  transcriptional regulator, TetR family  32.37 
 
 		 211 aa  85.5  6e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.933061 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0347  TetR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 200 aa  85.1  7e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0154637  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0806  transcriptional regulator, TetR family  27.81 
 
 		 202 aa  84.7  7e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.265645  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2499  transcriptional regulator, TetR family  28.79 
 
 		 208 aa  84.7  8e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3548  TetR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 216 aa  84.7  9e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3604  TetR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 207 aa  83.2  0.000000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.461648 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4079  TetR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 244 aa  80.9  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.780842  normal  0.246764 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4897  TetR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 231 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.043246  normal  0.757086 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0033  TetR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 256 aa  79.7  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0117  TetR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 208 aa  79  0.00000000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.966538  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3721  transcriptional regulator, TetR family  33.17 
 
 		 260 aa  77  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.249433  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0913  TetR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 195 aa  75.5  0.0000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.269174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3815  regulatory protein, TetR  29.33 
 
 		 252 aa  75.1  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00651597  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2438  transcriptional regulator, TetR family  26.4 
 
 		 208 aa  74.3  0.000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4073  TetR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 223 aa  74.3  0.000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0306  TetR family transcriptional regulator  24.02 
 
 		 219 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0641939  normal  0.172302 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1804  transcriptional regulator, TetR family  24.47 
 
 		 189 aa  73.6  0.000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4128  TetR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 241 aa  72.8  0.000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.860792 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0231  transcriptional regulator, TetR family  33.51 
 
 		 200 aa  72.4  0.000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.336394 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4061  TetR family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 240 aa  72  0.000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33190  transcriptional regulator  29.79 
 
 		 202 aa  72  0.000000000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.284512  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0140  TetR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 182 aa  71.6  0.000000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1867  transcriptional regulator, TetR family  31.11 
 
 		 201 aa  71.6  0.000000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.129849  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2995  TetR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 211 aa  70.9  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.428403  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2747  TetR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 233 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.02505  normal  0.237475 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0445  transcriptional regulator, TetR family  28.11 
 
 		 209 aa  71.2  0.00000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.740524  decreased coverage  0.00376288 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2696  TetR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 196 aa  69.7  0.00000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.834085 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2065  transcriptional regulator, TetR family  28.19 
 
 		 188 aa  70.1  0.00000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.704626  normal  0.605366 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3836  TetR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 246 aa  70.1  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.487675  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2922  transcriptional regulator, TetR family  30.99 
 
 		 204 aa  70.1  0.00000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.404278 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6181  transcriptional regulator, TetR family  31.58 
 
 		 202 aa  70.1  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.685616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0433  TetR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 204 aa  70.5  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.376909  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1471  TetR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 219 aa  69.7  0.00000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0788  TetR family transcriptional regulator  52.11 
 
 		 221 aa  69.3  0.00000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.796627 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1844  transcriptional regulator, TetR family  23.12 
 
 		 214 aa  69.7  0.00000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0043  regulatory protein, TetR  30.46 
 
 		 211 aa  68.9  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3861  TetR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 209 aa  68.6  0.00000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4824  TetR family transcriptional regulator  24.61 
 
 		 228 aa  68.2  0.00000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5138  TetR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 209 aa  67.8  0.0000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0293  TetR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 226 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5392  transcriptional regulator, TetR family protein  26.75 
 
 		 190 aa  67.8  0.0000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2723  transcriptional regulator, TetR family  29.69 
 
 		 224 aa  67.4  0.0000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0252111  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5463  transcriptional regulator, TetR family  29.03 
 
 		 209 aa  66.6  0.0000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000220885  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3149  TetR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 233 aa  67  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1436  TetR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 197 aa  67  0.0000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20320  transcriptional regulator, TetR family  29.7 
 
 		 203 aa  67.4  0.0000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2017  transcriptional regulator, TetR family  27.27 
 
 		 236 aa  67  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5471  TetR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 209 aa  66.2  0.0000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5189  TetR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 209 aa  66.2  0.0000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5024  TetR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 209 aa  66.2  0.0000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5040  TetR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 209 aa  66.2  0.0000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5585  TetR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 200 aa  66.6  0.0000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5518  transcriptional regulator, TetR family  29.03 
 
 		 209 aa  66.6  0.0000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.142065  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5433  transcriptional regulator, TetR family  29.03 
 
 		 209 aa  66.2  0.0000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.944120000000001e-18 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>