More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3604 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_3604  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 207 aa  418  1e-116  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.461648 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3449  TetR family transcriptional regulator  61.27 
 
 		 209 aa  252  3e-66  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.772262  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4061  TetR family transcriptional regulator  47.26 
 
 		 240 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0033  TetR family transcriptional regulator  45.69 
 
 		 256 aa  196  2.0000000000000003e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4073  TetR family transcriptional regulator  48 
 
 		 223 aa  185  3e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3836  TetR family transcriptional regulator  41.21 
 
 		 246 aa  171  5.999999999999999e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.487675  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3721  transcriptional regulator, TetR family  43.69 
 
 		 260 aa  168  4e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.249433  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1011  TetR family transcriptional regulator  42.44 
 
 		 770 aa  166  2e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3815  regulatory protein, TetR  41.67 
 
 		 252 aa  160  2e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00651597  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4079  TetR family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 244 aa  157  7e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.780842  normal  0.246764 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0153  TetR family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 210 aa  154  1e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2747  TetR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 233 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.02505  normal  0.237475 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1934  TetR family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 202 aa  104  9e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0322407  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0806  transcriptional regulator, TetR family  31.75 
 
 		 202 aa  98.2  8e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.265645  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5488  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 238 aa  89.7  3e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2799  TetR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 217 aa  87  2e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.364827  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0117  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 208 aa  86.3  3e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.966538  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4066  transcriptional regulator, TetR family  30.39 
 
 		 211 aa  86.3  3e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0832  transcriptional regulator, TetR family  30.73 
 
 		 211 aa  85.5  5e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.933061 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4897  TetR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 231 aa  84.7  8e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.043246  normal  0.757086 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0370  TetR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 223 aa  82.8  0.000000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0234884  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6295  transcriptional regulator, TetR family  27.83 
 
 		 212 aa  81.6  0.000000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.100221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4711  TetR family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 228 aa  81.6  0.000000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.133874 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0108  TetR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 219 aa  81.6  0.000000000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.244027  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0098  TetR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 219 aa  81.6  0.000000000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.31231  normal  0.349087 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0117  TetR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 219 aa  81.6  0.000000000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0523426 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0126  TetR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 224 aa  80.1  0.00000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0719  TetR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 209 aa  79.7  0.00000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7113  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 240 aa  79.3  0.00000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16730  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 213 aa  79  0.00000000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0817  TetR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 212 aa  79  0.00000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26580  transcriptional regulator, TetR family  27.72 
 
 		 205 aa  78.6  0.00000000000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0994293 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1775  transcriptional regulator, TetR family  24.34 
 
 		 207 aa  76.3  0.0000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1909  transcriptional regulator, TetR family  31.72 
 
 		 209 aa  76.3  0.0000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0574085  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1804  transcriptional regulator, TetR family  27.03 
 
 		 189 aa  76.3  0.0000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1571  TetR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 201 aa  76.3  0.0000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.038411 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2402  TetR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 205 aa  75.9  0.0000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.584484 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3594  TetR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 210 aa  75.5  0.0000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1823  TetR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 222 aa  74.7  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.331222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5045  TetR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 197 aa  74.7  0.0000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.820553  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3068  TetR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 214 aa  72.8  0.000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.493248  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1768  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 211 aa  72.8  0.000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.570427  normal  0.275415 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4824  TetR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 228 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0306  TetR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 219 aa  72.8  0.000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0641939  normal  0.172302 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0810  TetR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 437 aa  72  0.000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2997  transcriptional regulator, TetR family  30.46 
 
 		 213 aa  72.4  0.000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0043  regulatory protein, TetR  25.76 
 
 		 211 aa  72  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0432  transcriptional regulator, TetR family  30.66 
 
 		 214 aa  72  0.000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0796504  hitchhiker  0.00000000967411 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3375  TetR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 206 aa  71.6  0.000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0255  transcriptional regulator, TetR family  30.07 
 
 		 243 aa  71.6  0.000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.540416  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4290  transcriptional regulator, TetR family  29.69 
 
 		 226 aa  71.2  0.000000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567463  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2495  transcriptional regulator, TetR family  31.44 
 
 		 287 aa  70.9  0.00000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0937177  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2869  TetR family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 285 aa  70.9  0.00000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0144  TetR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 224 aa  70.1  0.00000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.522541  decreased coverage  0.0000264507 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2922  transcriptional regulator, TetR family  30.11 
 
 		 204 aa  70.1  0.00000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.404278 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2065  transcriptional regulator, TetR family  27.03 
 
 		 188 aa  70.5  0.00000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.704626  normal  0.605366 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10159  TetR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 214 aa  69.7  0.00000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6181  transcriptional regulator, TetR family  27.27 
 
 		 202 aa  69.3  0.00000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.685616  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7768  putative transcriptional regulator, TetR family  27.04 
 
 		 194 aa  69.7  0.00000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0167  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 200 aa  68.9  0.00000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0894  TetR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 260 aa  68.9  0.00000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3642  TetR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 227 aa  68.6  0.00000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.494269 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1958  TetR family transcriptional regulator  25.67 
 
 		 251 aa  68.2  0.00000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.455038  normal  0.501183 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2438  transcriptional regulator, TetR family  24.58 
 
 		 208 aa  68.2  0.00000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4600  TetR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 221 aa  67.8  0.0000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0411306  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1471  TetR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 219 aa  67.4  0.0000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4215  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 269 aa  67.8  0.0000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.261755 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4222  TetR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 221 aa  67.8  0.0000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.42669  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3548  TetR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 216 aa  67.8  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0765  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 228 aa  67.8  0.0000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4288  TetR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 221 aa  67.8  0.0000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.458199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0027  TetR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 209 aa  67  0.0000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.790094 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5076  TetR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 215 aa  67  0.0000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.175697 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4691  TetR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 205 aa  66.6  0.0000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.771858  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0347  TetR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 200 aa  67  0.0000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0154637  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3950  TetR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 212 aa  67  0.0000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.390353  normal  0.629082 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4777  TetR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 205 aa  66.6  0.0000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.681727  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0138  TetR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 218 aa  67.4  0.0000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1603  transcriptional regulator, TetR family  26.67 
 
 		 189 aa  66.2  0.0000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0115969  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2242  transcriptional regulator, TetR family  28.06 
 
 		 208 aa  65.5  0.0000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0149249  normal  0.352289 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2411  transcriptional regulator, TetR family  25.85 
 
 		 236 aa  65.5  0.0000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3149  TetR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 233 aa  65.5  0.0000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1289  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 192 aa  65.5  0.0000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2499  transcriptional regulator, TetR family  23.86 
 
 		 208 aa  64.3  0.000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5283  TetR family transcriptional regulator  25.39 
 
 		 208 aa  64.3  0.000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261053 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11350  transcriptional regulator  35.14 
 
 		 220 aa  64.3  0.000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3888  TetR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 193 aa  63.9  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0944552  normal  0.0941974 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1436  TetR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 197 aa  64.3  0.000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0231  transcriptional regulator, TetR family  27.32 
 
 		 200 aa  64.3  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.336394 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2666  TetR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 213 aa  63.5  0.000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0807  TetR family transcriptional regulator  26.2 
 
 		 211 aa  63.5  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.271007  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2755  TetR family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 200 aa  62.8  0.000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0433  TetR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 204 aa  63.2  0.000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.376909  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0425  transcriptional regulator, TetR family  32.04 
 
 		 195 aa  63.2  0.000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.752712  normal  0.122961 
 
 
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NC_012793  GWCH70_1844  transcriptional regulator, TetR family  20.67 
 
 		 214 aa  63.2  0.000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007347  Reut_A2995  TetR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 211 aa  62.4  0.000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.428403  n/a   
 
 
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NC_014165  Tbis_2696  TetR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 196 aa  62.8  0.000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.834085 
 
 
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NC_013159  Svir_06720  transcriptional regulator, TetR family  29.78 
 
 		 221 aa  62.4  0.000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012791  Vapar_1240  transcriptional regulator, TetR family  27.96 
 
 		 211 aa  62.4  0.000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.567777  n/a   
 
 
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NC_008699  Noca_0809  regulatory protein, TetR  28.18 
 
 		 200 aa  62.4  0.000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.732229  n/a   
 
 
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