More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3721 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3721  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 260 aa  538  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.249433  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4079  TetR family transcriptional regulator  79.65 
 
 		 244 aa  374  1e-102  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.780842  normal  0.246764 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3815  regulatory protein, TetR  78.32 
 
 		 252 aa  364  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00651597  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3836  TetR family transcriptional regulator  45.32 
 
 		 246 aa  198  7.999999999999999e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.487675  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4073  TetR family transcriptional regulator  47.34 
 
 		 223 aa  194  9e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4061  TetR family transcriptional regulator  42.29 
 
 		 240 aa  185  7e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0033  TetR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 256 aa  172  5.999999999999999e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3449  TetR family transcriptional regulator  41.63 
 
 		 209 aa  169  3e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.772262  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3604  TetR family transcriptional regulator  43.69 
 
 		 207 aa  168  7e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.461648 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0153  TetR family transcriptional regulator  42.29 
 
 		 210 aa  163  2.0000000000000002e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1011  TetR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 770 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2747  TetR family transcriptional regulator  37.3 
 
 		 233 aa  123  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.02505  normal  0.237475 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1934  TetR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 202 aa  112  5e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0322407  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2799  TetR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 217 aa  102  8e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.364827  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0806  transcriptional regulator, TetR family  29.79 
 
 		 202 aa  98.6  8e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.265645  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0370  TetR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 223 aa  92  7e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0234884  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2065  transcriptional regulator, TetR family  30.98 
 
 		 188 aa  91.3  1e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.704626  normal  0.605366 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1571  TetR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 201 aa  90.9  2e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.038411 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5488  TetR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 238 aa  90.1  3e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4897  TetR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 231 aa  89.4  6e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.043246  normal  0.757086 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0832  transcriptional regulator, TetR family  29.19 
 
 		 211 aa  89  8e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.933061 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1684  TetR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 228 aa  88.2  1e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.828148  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1775  transcriptional regulator, TetR family  25.52 
 
 		 207 aa  87.4  2e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4711  TetR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 228 aa  86.7  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.133874 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16730  transcriptional regulator, TetR family  28.19 
 
 		 213 aa  86.7  3e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2869  TetR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 285 aa  82.8  0.000000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1958  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 251 aa  81.6  0.00000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.455038  normal  0.501183 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0117  TetR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 208 aa  80.5  0.00000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.966538  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3862  regulatory protein, TetR  30 
 
 		 202 aa  80.9  0.00000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.07928  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2499  transcriptional regulator, TetR family  25.54 
 
 		 208 aa  80.1  0.00000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1603  transcriptional regulator, TetR family  30.81 
 
 		 189 aa  79.7  0.00000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0115969  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2723  transcriptional regulator, TetR family  26.06 
 
 		 224 aa  78.2  0.0000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0252111  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4288  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 221 aa  78.6  0.0000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.458199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4600  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 221 aa  78.6  0.0000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0411306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4222  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 221 aa  78.6  0.0000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.42669  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1071  TetR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 240 aa  77.8  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.457023 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2438  transcriptional regulator, TetR family  29.51 
 
 		 208 aa  77.4  0.0000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7113  TetR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 240 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1844  transcriptional regulator, TetR family  24.88 
 
 		 214 aa  74.7  0.000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2755  TetR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 200 aa  74.7  0.000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4066  transcriptional regulator, TetR family  27.01 
 
 		 211 aa  75.1  0.000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3950  TetR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 212 aa  73.9  0.000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.390353  normal  0.629082 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1851  transcriptional regulator, TetR family  26.4 
 
 		 201 aa  73.6  0.000000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.144681  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0684  TetR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 213 aa  73.6  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.974708 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7768  putative transcriptional regulator, TetR family  27.72 
 
 		 194 aa  73.6  0.000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2775  TetR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 228 aa  73.2  0.000000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0212844  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2997  transcriptional regulator, TetR family  28.88 
 
 		 213 aa  72.8  0.000000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3068  TetR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 214 aa  72.4  0.000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.493248  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26580  transcriptional regulator, TetR family  26.09 
 
 		 205 aa  72.4  0.000000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0994293 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0571  TetR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 219 aa  72.4  0.000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.22949  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1909  transcriptional regulator, TetR family  25.54 
 
 		 209 aa  71.6  0.00000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0574085  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1867  transcriptional regulator, TetR family  31.03 
 
 		 201 aa  72  0.00000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.129849  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0347  TetR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 200 aa  71.2  0.00000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0154637  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0295  transcriptional regulator, TetR family  27.17 
 
 		 220 aa  70.9  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0107513  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4824  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 228 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5527  transcriptional regulator, TetR family  27.23 
 
 		 210 aa  70.9  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.107312  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0433  TetR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 204 aa  70.9  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.376909  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0231  transcriptional regulator, TetR family  29.03 
 
 		 200 aa  70.5  0.00000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.336394 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0760  TetR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 192 aa  70.5  0.00000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0913287  normal  0.16222 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2497  transcriptional regulator, TetR family  28.08 
 
 		 221 aa  70.5  0.00000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000693939 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1823  TetR family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 222 aa  69.7  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.331222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1471  TetR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 219 aa  69.3  0.00000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0595  TetR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 204 aa  69.7  0.00000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4128  TetR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 241 aa  69.3  0.00000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.860792 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1827  regulatory protein, TetR  27.43 
 
 		 196 aa  68.9  0.00000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0810  TetR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 437 aa  68.9  0.00000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5475  putative transcriptional regulator, TetR family  28.78 
 
 		 232 aa  68.6  0.00000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0120226 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0817  TetR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 210 aa  68.6  0.00000000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.577348  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6295  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 212 aa  68.2  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.100221  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2696  TetR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 196 aa  68.6  0.0000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.834085 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3594  TetR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 210 aa  68.2  0.0000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1473  TetR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 195 aa  68.6  0.0000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2402  TetR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 205 aa  67.8  0.0000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.584484 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2454  TetR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 216 aa  67.8  0.0000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33190  transcriptional regulator  25.99 
 
 		 202 aa  67.4  0.0000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.284512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1610  TetR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 424 aa  67.4  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3548  TetR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 216 aa  66.6  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2310  TetR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 220 aa  67  0.0000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  decreased coverage  0.00710043 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1858  TetR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 234 aa  67  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.543066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3710  regulatory protein, TetR  26.92 
 
 		 230 aa  67  0.0000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4091  TetR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 222 aa  66.6  0.0000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0267897 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3642  TetR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 227 aa  66.2  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.494269 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0750  transcriptional regulator, TetR family  26.37 
 
 		 236 aa  66.2  0.0000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0322855 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1436  TetR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 197 aa  66.2  0.0000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2922  transcriptional regulator, TetR family  30.05 
 
 		 204 aa  65.9  0.0000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.404278 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13232  TetR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 228 aa  65.9  0.0000000007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.414971 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1100  TetR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 194 aa  65.5  0.0000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0669836  normal  0.61487 
 
 
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NC_009439  Pmen_2688  TetR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 207 aa  65.5  0.0000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.357002  normal  0.760245 
 
 
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NC_011894  Mnod_4414  transcriptional regulator, TetR family  26.49 
 
 		 419 aa  65.5  0.0000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.617294  n/a   
 
 
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NC_008726  Mvan_1795  TetR family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 224 aa  65.1  0.000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.141886 
 
 
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NC_007347  Reut_A2995  TetR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 211 aa  65.1  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.428403  n/a   
 
 
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NC_010511  M446_3407  TetR family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 422 aa  64.7  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.282297 
 
 
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NC_007974  Rmet_4581  TetR family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 453 aa  64.7  0.000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0520678  hitchhiker  0.00576912 
 
 
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NC_013124  Afer_1372  transcriptional regulator, TetR family  26.63 
 
 		 210 aa  64.7  0.000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.487007  n/a   
 
 
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NC_013159  Svir_16700  transcriptional regulator  25.73 
 
 		 211 aa  65.1  0.000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008786  Veis_4955  TetR family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 424 aa  64.7  0.000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.868884 
 
 
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NC_007908  Rfer_3897  TetR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 213 aa  64.7  0.000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011830  Dhaf_0907  transcriptional regulator, TetR family  39.44 
 
 		 202 aa  64.3  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008146  Mmcs_0108  TetR family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 219 aa  64.7  0.000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.244027  n/a   
 
 
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NC_008705  Mkms_0117  TetR family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 219 aa  64.7  0.000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0523426 
 
 
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