More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4079 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4079  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 244 aa  508  1e-143  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.780842  normal  0.246764 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3815  regulatory protein, TetR  81.97 
 
 		 252 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00651597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3721  transcriptional regulator, TetR family  79.65 
 
 		 260 aa  374  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.249433  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3836  TetR family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 246 aa  192  4e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.487675  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4073  TetR family transcriptional regulator  49.5 
 
 		 223 aa  191  9e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4061  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 240 aa  187  2e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3449  TetR family transcriptional regulator  43.41 
 
 		 209 aa  172  5e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.772262  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0033  TetR family transcriptional regulator  40.1 
 
 		 256 aa  167  1e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3604  TetR family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 207 aa  157  1e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.461648 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0153  TetR family transcriptional regulator  43.5 
 
 		 210 aa  154  1e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1011  TetR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 770 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2747  TetR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 233 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.02505  normal  0.237475 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1934  TetR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 202 aa  106  4e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0322407  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2799  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 217 aa  94.4  1e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.364827  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0832  transcriptional regulator, TetR family  29.33 
 
 		 211 aa  90.5  2e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.933061 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0806  transcriptional regulator, TetR family  27.81 
 
 		 202 aa  90.9  2e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.265645  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0370  TetR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 223 aa  90.5  2e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0234884  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1571  TetR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 201 aa  90.5  2e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.038411 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5488  TetR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 238 aa  84.7  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4897  TetR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 231 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.043246  normal  0.757086 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1775  transcriptional regulator, TetR family  24.46 
 
 		 207 aa  84  0.000000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2065  transcriptional regulator, TetR family  28.8 
 
 		 188 aa  81.3  0.00000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.704626  normal  0.605366 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2869  TetR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 285 aa  79  0.00000000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4600  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 221 aa  78.2  0.0000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0411306  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4711  TetR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 228 aa  77.8  0.0000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.133874 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4222  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 221 aa  78.2  0.0000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.42669  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4288  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 221 aa  78.2  0.0000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.458199  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0117  TetR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 208 aa  77.4  0.0000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.966538  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2499  transcriptional regulator, TetR family  24.06 
 
 		 208 aa  76.6  0.0000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16730  transcriptional regulator, TetR family  26.6 
 
 		 213 aa  75.5  0.0000000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5527  transcriptional regulator, TetR family  30.93 
 
 		 210 aa  75.5  0.0000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.107312  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1684  TetR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 228 aa  74.7  0.000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.828148  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2454  TetR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 216 aa  74.3  0.000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0684  TetR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 213 aa  74.3  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.974708 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1851  transcriptional regulator, TetR family  25.84 
 
 		 201 aa  73.6  0.000000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.144681  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26580  transcriptional regulator, TetR family  29.57 
 
 		 205 aa  72.8  0.000000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0994293 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0807  TetR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 211 aa  72.4  0.000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.271007  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1071  TetR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 240 aa  71.6  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.457023 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0295  transcriptional regulator, TetR family  24.74 
 
 		 220 aa  71.6  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0107513  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2402  TetR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 205 aa  71.6  0.00000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.584484 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2438  transcriptional regulator, TetR family  26.09 
 
 		 208 aa  70.5  0.00000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4091  TetR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 222 aa  70.9  0.00000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0267897 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3068  TetR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 214 aa  70.9  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.493248  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3950  TetR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 212 aa  70.9  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.390353  normal  0.629082 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1844  transcriptional regulator, TetR family  25.54 
 
 		 214 aa  70.5  0.00000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2497  transcriptional regulator, TetR family  29.08 
 
 		 221 aa  70.5  0.00000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000693939 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3594  TetR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 210 aa  69.7  0.00000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4046  TetR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 212 aa  69.3  0.00000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0961065 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1603  transcriptional regulator, TetR family  27.66 
 
 		 189 aa  69.3  0.00000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0115969  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4824  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 228 aa  68.6  0.00000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1795  TetR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 224 aa  68.9  0.00000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.141886 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1804  transcriptional regulator, TetR family  24.34 
 
 		 189 aa  68.6  0.00000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2775  TetR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 228 aa  68.6  0.00000000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0212844  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7113  TetR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 240 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1610  TetR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 424 aa  67.8  0.0000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0760  TetR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 192 aa  68.2  0.0000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0913287  normal  0.16222 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4128  TetR family transcriptional regulator  26.23 
 
 		 241 aa  68.2  0.0000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.860792 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0433  TetR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 204 aa  67.8  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.376909  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0571  TetR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 219 aa  67.8  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.22949  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1958  TetR family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 251 aa  67  0.0000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.455038  normal  0.501183 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5475  putative transcriptional regulator, TetR family  26.83 
 
 		 232 aa  67  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0120226 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0750  transcriptional regulator, TetR family  23.19 
 
 		 236 aa  66.6  0.0000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0322855 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2995  TetR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 211 aa  67  0.0000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.428403  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3710  regulatory protein, TetR  37.76 
 
 		 230 aa  66.6  0.0000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4581  TetR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 453 aa  66.6  0.0000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0520678  hitchhiker  0.00576912 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2723  transcriptional regulator, TetR family  25.67 
 
 		 224 aa  66.6  0.0000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0252111  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2755  TetR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 200 aa  66.2  0.0000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4414  transcriptional regulator, TetR family  27.89 
 
 		 419 aa  66.2  0.0000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.617294  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3642  TetR family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 227 aa  66.2  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.494269 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1471  TetR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 219 aa  65.5  0.0000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2659  TetR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 418 aa  65.9  0.0000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4672  TetR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 224 aa  65.5  0.0000000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.959951  normal  0.170381 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4955  TetR family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 424 aa  64.7  0.000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.868884 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1240  transcriptional regulator, TetR family  27.44 
 
 		 211 aa  64.7  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.567777  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1451  TetR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 224 aa  64.3  0.000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4066  transcriptional regulator, TetR family  27.22 
 
 		 211 aa  64.3  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1823  TetR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 222 aa  64.3  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.331222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3407  TetR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 422 aa  64.3  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.282297 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1827  regulatory protein, TetR  26.35 
 
 		 196 aa  64.3  0.000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3862  regulatory protein, TetR  25.62 
 
 		 202 aa  64.3  0.000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.07928  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0595  TetR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 204 aa  63.5  0.000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1436  TetR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 197 aa  63.5  0.000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0231  transcriptional regulator, TetR family  31.55 
 
 		 200 aa  63.5  0.000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.336394 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1397  TetR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 224 aa  63.2  0.000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.515474  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0347  TetR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 200 aa  63.2  0.000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0154637  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1415  TetR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 224 aa  63.2  0.000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1858  TetR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 234 aa  62.8  0.000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.543066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0809  regulatory protein, TetR  27.41 
 
 		 200 aa  62.8  0.000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.732229  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1372  transcriptional regulator, TetR family  25.77 
 
 		 210 aa  62.8  0.000000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.487007  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0445  transcriptional regulator, TetR family  26.17 
 
 		 209 aa  62.4  0.000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.740524  decreased coverage  0.00376288 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6295  transcriptional regulator, TetR family  24.23 
 
 		 212 aa  62.4  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.100221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0810  TetR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 437 aa  62.4  0.000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1039  TetR family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 213 aa  62.4  0.000000007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0390412  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3149  TetR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 233 aa  62.4  0.000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0191  transcriptional regulator, TetR family  26.38 
 
 		 243 aa  62  0.000000009  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.00113557  decreased coverage  0.000257741 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0306  TetR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 219 aa  62  0.000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0641939  normal  0.172302 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06672  hypothetical protein  25.91 
 
 		 198 aa  62  0.000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2997  transcriptional regulator, TetR family  24.48 
 
 		 213 aa  61.6  0.00000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5186  transcriptional regulator, TetR family  35.71 
 
 		 185 aa  61.6  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.225373  normal  0.188797 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2310  TetR family transcriptional regulator  22.16 
 
 		 220 aa  61.6  0.00000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  decreased coverage  0.00710043 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>