More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0043 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0043  regulatory protein, TetR  100 
 
 		 211 aa  427  1e-119  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011662  Tmz1t_2495  transcriptional regulator, TetR family  42.13 
 
 		 287 aa  143  1e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0937177  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0626  TetR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 215 aa  132  3e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5045  TetR family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 197 aa  109  2.0000000000000002e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.820553  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0433  TetR family transcriptional regulator  38.37 
 
 		 204 aa  100  2e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.376909  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0595  TetR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 204 aa  97.8  1e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2767  TetR family transcriptional regulator  35.36 
 
 		 225 aa  96.3  3e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.284138 
 
 
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NC_008740  Maqu_2801  TetR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 209 aa  94.7  9e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3944  TetR family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 215 aa  93.6  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0117  TetR family transcriptional regulator  35 
 
 		 208 aa  91.7  8e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.966538  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2688  TetR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 207 aa  90.9  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.357002  normal  0.760245 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2269  putative transcriptional regulator  35.64 
 
 		 207 aa  90.5  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.629172  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0806  transcriptional regulator, TetR family  34.78 
 
 		 202 aa  89.4  4e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.265645  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26760  putative transcriptional regulator  36.93 
 
 		 198 aa  89  5e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0347  TetR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 200 aa  88.6  7e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0154637  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1571  TetR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 201 aa  88.2  7e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.038411 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4711  TetR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 228 aa  87.4  1e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.133874 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0117  transcriptional regulator, TetR family  31.47 
 
 		 225 aa  87  2e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.678219 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5293  TetR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 210 aa  87.4  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.199638  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1768  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 211 aa  85.9  4e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.570427  normal  0.275415 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1145  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 		 224 aa  85.5  5e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.770966  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2768  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 		 224 aa  85.5  6e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.379756  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2924  TetR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 224 aa  85.5  6e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.288766  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0293  TetR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 226 aa  84.7  9e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010682  Rpic_0110  transcriptional regulator, TetR family  31.11 
 
 		 225 aa  83.6  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3508  TetR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 227 aa  82.4  0.000000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.343043  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7312  TetR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 210 aa  79.3  0.00000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0370  TetR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 223 aa  79.3  0.00000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0234884  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1898  TetR family transcriptional regulator  33.53 
 
 		 239 aa  78.6  0.00000000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.643398 
 
 
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NC_010002  Daci_4464  TetR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 204 aa  78.6  0.00000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0680244 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5551  TetR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 203 aa  77.4  0.0000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.1306  normal  1 
 
 
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NC_014212  Mesil_2065  transcriptional regulator, TetR family  32.4 
 
 		 188 aa  76.6  0.0000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.704626  normal  0.605366 
 
 
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NC_008757  Pnap_4172  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 205 aa  77.4  0.0000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.928216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2765  regulatory protein, TetR  32.46 
 
 		 210 aa  75.5  0.0000000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.267077  n/a   
 
 
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NC_014165  Tbis_2696  TetR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 196 aa  75.1  0.0000000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.834085 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7768  putative transcriptional regulator, TetR family  29.85 
 
 		 194 aa  75.1  0.0000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2515  TetR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 202 aa  75.1  0.0000000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.326335 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0516  TetR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 195 aa  74.7  0.0000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013739  Cwoe_0832  transcriptional regulator, TetR family  31.05 
 
 		 211 aa  74.7  0.0000000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.933061 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2348  transcriptional regulator, TetR family  35.23 
 
 		 222 aa  73.6  0.000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0187157  normal  0.0306872 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3920  TetR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 227 aa  73.2  0.000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.62554  normal  0.13671 
 
 
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NC_014158  Tpau_3833  transcriptional regulator, TetR family  30.32 
 
 		 204 aa  72.8  0.000000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009485  BBta_4046  TetR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 212 aa  72.4  0.000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0961065 
 
 
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NC_009511  Swit_3604  TetR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 207 aa  72  0.000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.461648 
 
 
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NC_007333  Tfu_2799  TetR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 217 aa  72  0.000000000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.364827  n/a   
 
 
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NC_014210  Ndas_2922  transcriptional regulator, TetR family  27.13 
 
 		 204 aa  71.6  0.000000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.404278 
 
 
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NC_009077  Mjls_4600  TetR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 221 aa  70.9  0.00000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0411306  normal  1 
 
 
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NC_008146  Mmcs_4222  TetR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 221 aa  70.9  0.00000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.42669  n/a   
 
 
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NC_008705  Mkms_4288  TetR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 221 aa  70.9  0.00000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.458199  normal  1 
 
 
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NC_012850  Rleg_3742  transcriptional regulator, TetR family  41.28 
 
 		 192 aa  70.1  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008726  Mvan_5283  TetR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 208 aa  70.1  0.00000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261053 
 
 
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NC_013159  Svir_33190  transcriptional regulator  29.41 
 
 		 202 aa  69.7  0.00000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.284512  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0231  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 200 aa  69.3  0.00000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.336394 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1804  transcriptional regulator, TetR family  27.91 
 
 		 189 aa  69.3  0.00000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_009719  Plav_2785  TetR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 196 aa  68.9  0.00000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.256269 
 
 
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NC_007925  RPC_0684  TetR family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 213 aa  68.9  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.974708 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0809  regulatory protein, TetR  31.25 
 
 		 200 aa  68.2  0.00000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.732229  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1858  TetR family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 234 aa  68.2  0.00000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.543066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2747  TetR family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 233 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.02505  normal  0.237475 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6181  transcriptional regulator, TetR family  30.36 
 
 		 202 aa  67.4  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.685616  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2055  putative transcriptional regulator, TetR family  30.39 
 
 		 229 aa  67  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0410393  normal  0.8778 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3148  transcriptional regulator, TetR family  32.69 
 
 		 310 aa  66.6  0.0000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0760  TetR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 192 aa  66.2  0.0000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0913287  normal  0.16222 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0807  TetR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 211 aa  65.9  0.0000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.271007  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3991  regulatory protein TetR  30.6 
 
 		 197 aa  65.5  0.0000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5076  TetR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 215 aa  65.5  0.0000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.175697 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1369  transcriptional regulator, TetR family  31.72 
 
 		 197 aa  65.1  0.0000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.859804 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4691  TetR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 205 aa  65.1  0.0000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.771858  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4777  TetR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 205 aa  65.1  0.0000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.681727  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1775  transcriptional regulator, TetR family  22.73 
 
 		 207 aa  64.7  0.0000000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1955  transcriptional regulator, TetR family  34.26 
 
 		 202 aa  64.3  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.22623  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2235  transcriptional regulator, TetR family  29.88 
 
 		 235 aa  64.3  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.170733  normal  0.3149 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2402  TetR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 205 aa  64.7  0.000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.584484 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1218  TetR family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 206 aa  64.7  0.000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2755  TetR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 200 aa  63.9  0.000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4938  transcriptional regulator, TetR family  30.19 
 
 		 223 aa  63.9  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.262917  normal  0.206147 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1867  transcriptional regulator, TetR family  29.35 
 
 		 201 aa  63.2  0.000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.129849  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3449  TetR family transcriptional regulator  23.73 
 
 		 209 aa  62.8  0.000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.772262  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20320  transcriptional regulator, TetR family  31.43 
 
 		 203 aa  63.2  0.000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2233  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 246 aa  63.2  0.000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0329344  normal  0.539811 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26580  transcriptional regulator, TetR family  25.88 
 
 		 205 aa  62.8  0.000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0994293 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4824  TetR family transcriptional regulator  23.24 
 
 		 228 aa  62.4  0.000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4378  transcriptional regulator, TetR family  30.86 
 
 		 200 aa  62.8  0.000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.136582 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2499  transcriptional regulator, TetR family  27.98 
 
 		 208 aa  62  0.000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4073  TetR family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 223 aa  62  0.000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2017  transcriptional regulator, TetR family  26.78 
 
 		 236 aa  62  0.000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3815  regulatory protein, TetR  26.78 
 
 		 252 aa  62  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00651597  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0612  TetR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 202 aa  62  0.000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.136679  normal  0.487596 
 
 
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NC_009380  Strop_2601  regulatory protein, TetR  36.28 
 
 		 224 aa  61.6  0.000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.354794  normal  1 
 
 
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NC_009338  Mflv_1483  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 197 aa  61.6  0.000000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007973  Rmet_3149  TetR family transcriptional regulator  24.27 
 
 		 233 aa  61.6  0.000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_014165  Tbis_0908  TetR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 200 aa  61.6  0.000000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.376971  normal  1 
 
 
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NC_007948  Bpro_3836  TetR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 246 aa  60.8  0.00000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.487675  normal  1 
 
 
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NC_011662  Tmz1t_2997  transcriptional regulator, TetR family  30.36 
 
 		 213 aa  61.2  0.00000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013510  Tcur_3352  transcriptional regulator, TetR family  30.63 
 
 		 183 aa  61.2  0.00000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0512596  n/a   
 
 
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NC_008699  Noca_1827  regulatory protein, TetR  27.27 
 
 		 196 aa  61.2  0.00000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009513  Lreu_1493  TetR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 200 aa  61.2  0.00000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007347  Reut_A2995  TetR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 211 aa  60.5  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.428403  n/a   
 
 
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NC_013739  Cwoe_4481  transcriptional regulator, TetR family  38.3 
 
 		 216 aa  60.5  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.918639  normal  1 
 
 
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NC_013172  Bfae_27500  transcriptional regulator  43.21 
 
 		 214 aa  60.5  0.00000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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