More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0117 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0117  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 225 aa  457  9.999999999999999e-129  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.678219 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0110  transcriptional regulator, TetR family  96.89 
 
 		 225 aa  416  9.999999999999999e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2768  TetR family transcriptional regulator  62.81 
 
 		 224 aa  266  2e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.379756  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1145  TetR family transcriptional regulator  63.4 
 
 		 224 aa  263  1e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.770966  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2924  TetR family transcriptional regulator  63.4 
 
 		 224 aa  263  2e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.288766  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0293  TetR family transcriptional regulator  62.05 
 
 		 226 aa  260  1e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3508  TetR family transcriptional regulator  45.22 
 
 		 227 aa  177  9e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.343043  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3920  TetR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 227 aa  161  6e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.62554  normal  0.13671 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1898  TetR family transcriptional regulator  43.01 
 
 		 239 aa  150  1e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.643398 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3944  TetR family transcriptional regulator  37.43 
 
 		 215 aa  138  4.999999999999999e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2688  TetR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 207 aa  136  2e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.357002  normal  0.760245 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2801  TetR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 209 aa  132  3.9999999999999996e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2269  putative transcriptional regulator  37.63 
 
 		 207 aa  131  9e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.629172  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26760  putative transcriptional regulator  37.43 
 
 		 198 aa  129  3e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0595  TetR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 204 aa  117  1.9999999999999998e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0433  TetR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 204 aa  116  3.9999999999999997e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.376909  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1571  TetR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 201 aa  103  3e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.038411 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2767  TetR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 225 aa  101  8e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.284138 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5293  TetR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 210 aa  98.6  6e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.199638  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1768  TetR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 211 aa  98.2  8e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.570427  normal  0.275415 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0806  transcriptional regulator, TetR family  32.04 
 
 		 202 aa  94.7  1e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.265645  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0043  regulatory protein, TetR  31.47 
 
 		 211 aa  87  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4938  transcriptional regulator, TetR family  30.46 
 
 		 223 aa  84.7  0.000000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.262917  normal  0.206147 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2348  transcriptional regulator, TetR family  34.25 
 
 		 222 aa  83.6  0.000000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0187157  normal  0.0306872 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2235  transcriptional regulator, TetR family  32.54 
 
 		 235 aa  82  0.000000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.170733  normal  0.3149 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4128  TetR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 241 aa  80.5  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.860792 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0231  transcriptional regulator, TetR family  30.98 
 
 		 200 aa  77  0.0000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.336394 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5045  TetR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 197 aa  75.9  0.0000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.820553  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0347  TetR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 200 aa  76.3  0.0000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0154637  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2233  transcriptional regulator, TetR family  28.79 
 
 		 246 aa  75.9  0.0000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0329344  normal  0.539811 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4711  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 228 aa  75.5  0.0000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.133874 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2799  TetR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 217 aa  75.1  0.0000000000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.364827  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0370  TetR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 223 aa  74.7  0.0000000000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0234884  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0615  TetR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 140 aa  75.1  0.0000000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4464  TetR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 204 aa  74.3  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0680244 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26580  transcriptional regulator, TetR family  25.65 
 
 		 205 aa  74.7  0.000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0994293 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0684  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 213 aa  73.6  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.974708 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7312  TetR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 210 aa  72  0.000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2055  putative transcriptional regulator, TetR family  28.78 
 
 		 229 aa  71.6  0.000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0410393  normal  0.8778 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2065  transcriptional regulator, TetR family  25.27 
 
 		 188 aa  71.2  0.00000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.704626  normal  0.605366 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4061  TetR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 240 aa  71.2  0.00000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1867  transcriptional regulator, TetR family  27.23 
 
 		 201 aa  71.2  0.00000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.129849  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3833  transcriptional regulator, TetR family  29.32 
 
 		 204 aa  71.2  0.00000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3148  transcriptional regulator, TetR family  30.83 
 
 		 310 aa  71.2  0.00000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0033  TetR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 256 aa  70.5  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3991  regulatory protein TetR  28.8 
 
 		 197 aa  69.7  0.00000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4685  transcriptional regulator, TetR family  29.25 
 
 		 259 aa  69.7  0.00000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0466377  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0117  TetR family transcriptional regulator  24.4 
 
 		 208 aa  68.9  0.00000000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.966538  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2499  transcriptional regulator, TetR family  27.5 
 
 		 208 aa  68.6  0.00000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2120  TetR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 234 aa  67.8  0.0000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.249669 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2454  TetR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 216 aa  67.8  0.0000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0959  TetR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 248 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0776064  normal  0.539269 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2495  transcriptional regulator, TetR family  27.96 
 
 		 287 aa  67.8  0.0000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0937177  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0832  transcriptional regulator, TetR family  27.64 
 
 		 211 aa  67.4  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.933061 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2438  transcriptional regulator, TetR family  28.36 
 
 		 208 aa  67  0.0000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1775  transcriptional regulator, TetR family  27.23 
 
 		 207 aa  66.6  0.0000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5488  TetR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 238 aa  65.1  0.0000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33190  transcriptional regulator  27.14 
 
 		 202 aa  65.1  0.0000000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.284512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3953  TetR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 232 aa  64.3  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0396138  normal  0.024229 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0422  TetR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 248 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1961  TetR family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 254 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.140222  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0801  TetR family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 254 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1609  TetR family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 254 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0543  TetR family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 254 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.387034  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0472  TetR family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 254 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0557  regulatory protein TetR  32.17 
 
 		 251 aa  63.9  0.000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1858  TetR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 234 aa  64.3  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.543066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0655  TetR family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 254 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.64003  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2057  TetR family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 254 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.649855  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4897  TetR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 231 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.043246  normal  0.757086 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3352  transcriptional regulator, TetR family  28.16 
 
 		 183 aa  63.2  0.000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0512596  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0306  TetR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 219 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0641939  normal  0.172302 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1436  TetR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 197 aa  63.2  0.000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16730  transcriptional regulator, TetR family  23.68 
 
 		 213 aa  62.8  0.000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0807  TetR family transcriptional regulator  24.57 
 
 		 211 aa  62.4  0.000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.271007  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2815  TetR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 242 aa  62  0.000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.106176  normal  0.623336 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1369  transcriptional regulator, TetR family  27.91 
 
 		 197 aa  61.6  0.000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.859804 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5031  TetR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 248 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3126  TetR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 248 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.068587  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5241  TetR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 248 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.927318 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4802  TetR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 199 aa  61.2  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.386552  normal  0.120275 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3563  TetR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 254 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.473219 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0607  transcriptional regulator, TetR family  27.27 
 
 		 255 aa  60.5  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.118397  normal  0.590685 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1393  TetR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 234 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.733503 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1844  transcriptional regulator, TetR family  23.68 
 
 		 214 aa  60.5  0.00000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0117  TetR family transcriptional regulator  38 
 
 		 222 aa  59.7  0.00000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3465  TetR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 248 aa  59.7  0.00000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.980317  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1560  transcriptional regulator, TetR family  29.34 
 
 		 221 aa  59.7  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2723  transcriptional regulator, TetR family  23.63 
 
 		 224 aa  60.1  0.00000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0252111  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1592  transcriptional regulator, TetR family  28.18 
 
 		 198 aa  59.7  0.00000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0760  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 192 aa  59.7  0.00000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0913287  normal  0.16222 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2200  transcriptional regulator, TetR family  28.93 
 
 		 203 aa  59.3  0.00000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008261  CPF_0034  TetR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 189 aa  58.9  0.00000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.345685  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0034  TetR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 189 aa  58.9  0.00000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0281  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 218 aa  59.3  0.00000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.645912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3836  TetR family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 246 aa  58.9  0.00000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.487675  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0444  TetR family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 220 aa  58.9  0.00000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.275459  normal  1 
 
 
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NC_008699  Noca_0809  regulatory protein, TetR  24.54 
 
 		 200 aa  58.9  0.00000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.732229  n/a   
 
 
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NC_007509  Bcep18194_C7113  TetR family transcriptional regulator  23.28 
 
 		 240 aa  58.5  0.00000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010682  Rpic_0648  transcriptional regulator, TetR family  26.09 
 
 		 247 aa  58.5  0.00000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0672593 
 
 
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