More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_4046 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_4046  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 212 aa  434  1e-121  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0961065 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2785  TetR family transcriptional regulator  55.38 
 
 		 196 aa  230  1e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.256269 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1858  TetR family transcriptional regulator  54.95 
 
 		 234 aa  221  4.9999999999999996e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.543066  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2310  TetR family transcriptional regulator  52.43 
 
 		 220 aa  202  4e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  decreased coverage  0.00710043 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0295  transcriptional regulator, TetR family  54.12 
 
 		 220 aa  201  7e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0107513  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0835  TetR family transcriptional regulator  46.91 
 
 		 201 aa  167  8e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.861936  normal  0.897725 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2055  TetR family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 206 aa  160  1e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2996  TetR family transcriptional regulator  42.78 
 
 		 193 aa  159  3e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.542374  normal  0.411304 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0402  TetR family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 196 aa  158  5e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.498778  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2271  transcriptional regulator  42.5 
 
 		 209 aa  155  4e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.850012 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4074  TetR family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 194 aa  147  1.0000000000000001e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.137574 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2162  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 209 aa  145  6e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0662359 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33190  transcriptional regulator  32.64 
 
 		 202 aa  121  7e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.284512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1887  TetR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 202 aa  120  9.999999999999999e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.943502 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0772  transcriptional regulator, TetR family  34.24 
 
 		 223 aa  101  7e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4938  transcriptional regulator, TetR family  33.13 
 
 		 223 aa  99.4  4e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.262917  normal  0.206147 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2869  TetR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 285 aa  97.1  2e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1571  TetR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 201 aa  95.1  7e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.038411 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0347  TetR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 200 aa  94  1e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0154637  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0806  transcriptional regulator, TetR family  26.77 
 
 		 202 aa  89.7  3e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.265645  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0117  TetR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 208 aa  88.6  6e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.966538  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0809  regulatory protein, TetR  30 
 
 		 200 aa  87  2e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.732229  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0433  TetR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 204 aa  87.4  2e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.376909  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4711  TetR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 228 aa  86.3  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.133874 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0817  TetR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 210 aa  85.9  4e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.577348  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4520  regulatory protein TetR  29.38 
 
 		 228 aa  84.7  9e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5475  putative transcriptional regulator, TetR family  34.3 
 
 		 232 aa  84  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0120226 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1827  regulatory protein, TetR  29.31 
 
 		 196 aa  83.6  0.000000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2499  transcriptional regulator, TetR family  24.38 
 
 		 208 aa  82.8  0.000000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05345  transcriptional regulator, tetR family protein  26.26 
 
 		 190 aa  82.4  0.000000000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  hitchhiker  0.00749651  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2065  transcriptional regulator, TetR family  29.83 
 
 		 188 aa  80.9  0.00000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.704626  normal  0.605366 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0836  transcriptional regulator, TetR family  32.12 
 
 		 203 aa  80.5  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.177404  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5283  TetR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 208 aa  80.1  0.00000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261053 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2235  transcriptional regulator, TetR family  30.06 
 
 		 235 aa  79  0.00000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.170733  normal  0.3149 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0595  TetR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 204 aa  79.3  0.00000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3833  transcriptional regulator, TetR family  29.53 
 
 		 204 aa  78.6  0.00000000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16700  transcriptional regulator  29.48 
 
 		 211 aa  77.8  0.0000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4691  TetR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 205 aa  77.4  0.0000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.771858  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4777  TetR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 205 aa  77.4  0.0000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.681727  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5076  TetR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 215 aa  77.8  0.0000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.175697 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2109  TetR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 206 aa  76.6  0.0000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.901149 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1867  transcriptional regulator, TetR family  27.55 
 
 		 201 aa  76.3  0.0000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.129849  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1958  TetR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 251 aa  76.6  0.0000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.455038  normal  0.501183 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3815  regulatory protein, TetR  28.49 
 
 		 252 aa  75.1  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00651597  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4073  TetR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 223 aa  74.7  0.0000000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4009  transcriptional regulator, TetR family  29.94 
 
 		 217 aa  74.7  0.000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1775  transcriptional regulator, TetR family  22.95 
 
 		 207 aa  74.3  0.000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0370  TetR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 223 aa  74.7  0.000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0234884  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3862  regulatory protein, TetR  27.59 
 
 		 202 aa  73.2  0.000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.07928  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0043  regulatory protein, TetR  29.09 
 
 		 211 aa  72.4  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4897  TetR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 231 aa  72  0.000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.043246  normal  0.757086 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2438  transcriptional regulator, TetR family  25.26 
 
 		 208 aa  71.6  0.000000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2233  transcriptional regulator, TetR family  28.39 
 
 		 246 aa  71.6  0.000000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0329344  normal  0.539811 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2723  transcriptional regulator, TetR family  24.06 
 
 		 224 aa  71.2  0.000000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0252111  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3548  TetR family transcriptional regulator  23.62 
 
 		 216 aa  70.9  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1851  transcriptional regulator, TetR family  30.16 
 
 		 201 aa  70.5  0.00000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.144681  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1804  transcriptional regulator, TetR family  24.19 
 
 		 189 aa  69.7  0.00000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4079  TetR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 244 aa  69.3  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.780842  normal  0.246764 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3566  regulatory protein TetR  29.21 
 
 		 205 aa  70.1  0.00000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1483  TetR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 197 aa  69.3  0.00000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13590  TetR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 200 aa  69.3  0.00000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.332381  normal  0.0844747 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3449  TetR family transcriptional regulator  24.04 
 
 		 209 aa  68.6  0.00000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.772262  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0913  TetR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 195 aa  68.6  0.00000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.269174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6295  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 212 aa  68.6  0.00000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.100221  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0832  transcriptional regulator, TetR family  27.62 
 
 		 211 aa  68.2  0.00000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.933061 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0445  transcriptional regulator, TetR family  27.78 
 
 		 209 aa  67.8  0.0000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.740524  decreased coverage  0.00376288 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4824  TetR family transcriptional regulator  24.59 
 
 		 228 aa  67  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2444  transcriptional regulator, TetR family  27.78 
 
 		 211 aa  67.4  0.0000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0505938 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1844  transcriptional regulator, TetR family  22.87 
 
 		 214 aa  66.6  0.0000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4061  TetR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 240 aa  65.5  0.0000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2104  TetR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 191 aa  65.9  0.0000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.230608 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2007  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 193 aa  65.1  0.0000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.382346 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1833  regulatory protein, TetR  26.67 
 
 		 236 aa  65.1  0.0000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3756  TetR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 193 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2103  TetR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 239 aa  64.3  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0452  regulatory protein TetR  27.19 
 
 		 221 aa  64.7  0.000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2516  transcriptional regulator, TetR family  27.38 
 
 		 188 aa  64.7  0.000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000113352  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2055  putative transcriptional regulator, TetR family  24.1 
 
 		 229 aa  63.5  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0410393  normal  0.8778 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3991  regulatory protein TetR  24.62 
 
 		 197 aa  63.5  0.000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2269  putative transcriptional regulator  29.89 
 
 		 207 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.629172  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3999  transcriptional regulator, TetR family  28.47 
 
 		 207 aa  62.8  0.000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3352  transcriptional regulator, TetR family  23.76 
 
 		 183 aa  63.2  0.000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0512596  n/a   
 
 
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NC_007953  Bxe_C0306  TetR family transcriptional regulator  23.94 
 
 		 219 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0641939  normal  0.172302 
 
 
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NC_011004  Rpal_3721  transcriptional regulator, TetR family  24.42 
 
 		 260 aa  63.2  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.249433  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1823  TetR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 222 aa  62.4  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.331222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0033  TetR family transcriptional regulator  21.98 
 
 		 256 aa  62.4  0.000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_014165  Tbis_2696  TetR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 196 aa  62.4  0.000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.834085 
 
 
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NC_007492  Pfl01_3944  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 215 aa  62  0.000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013739  Cwoe_2348  transcriptional regulator, TetR family  27.49 
 
 		 222 aa  62  0.000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0187157  normal  0.0306872 
 
 
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NC_009511  Swit_3604  TetR family transcriptional regulator  22.28 
 
 		 207 aa  62  0.000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.461648 
 
 
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NC_007794  Saro_2454  TetR family transcriptional regulator  24.38 
 
 		 216 aa  61.6  0.000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_012029  Hlac_1985  transcriptional regulator, TetR family  32.14 
 
 		 269 aa  61.6  0.000000008  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.351825 
 
 
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NC_010322  PputGB1_2147  TetR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 193 aa  61.6  0.000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.576982  hitchhiker  0.00198138 
 
 
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NC_014151  Cfla_0170  transcriptional regulator, TetR family  32.37 
 
 		 201 aa  61.2  0.00000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.307357  hitchhiker  0.00190078 
 
 
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NC_011004  Rpal_4290  transcriptional regulator, TetR family  25.38 
 
 		 226 aa  61.2  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567463  n/a   
 
 
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NC_013739  Cwoe_2063  transcriptional regulator, TetR family  26.46 
 
 		 208 aa  61.2  0.00000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007951  Bxe_A2747  TetR family transcriptional regulator  23.42 
 
 		 233 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.02505  normal  0.237475 
 
 
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NC_009439  Pmen_2688  TetR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 207 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.357002  normal  0.760245 
 
 
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NC_007778  RPB_3642  TetR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 227 aa  60.1  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.494269 
 
 
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NC_009717  Xaut_5045  TetR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 197 aa  60.5  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.820553  normal  1 
 
 
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