More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2147 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2147  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 193 aa  385  1e-106  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.576982  hitchhiker  0.00198138 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3756  TetR family transcriptional regulator  90.16 
 
 		 193 aa  351  4e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2007  TetR family transcriptional regulator  89.12 
 
 		 193 aa  347  8e-95  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.382346 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2194  TetR family transcriptional regulator  88.6 
 
 		 193 aa  345  3e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.789913  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4074  TetR family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 194 aa  80.9  0.00000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.137574 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1858  TetR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 234 aa  75.5  0.0000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.543066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1384  TetR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 225 aa  74.7  0.0000000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00670258  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2785  TetR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 196 aa  72.4  0.000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.256269 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1731  transcriptional regulator, TetR family  33.7 
 
 		 196 aa  70.5  0.00000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0465827  normal  0.0150851 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3641  TetR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 200 aa  67  0.0000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.798229 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2155  TetR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 195 aa  67  0.0000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05345  transcriptional regulator, tetR family protein  30.2 
 
 		 190 aa  65.9  0.0000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  hitchhiker  0.00749651  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1402  transcriptional regulator, TetR family  31.25 
 
 		 220 aa  64.3  0.000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000946721 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30540  transcriptional regulator, TetR family  29.73 
 
 		 195 aa  63.9  0.000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0835  TetR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 201 aa  64.3  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.861936  normal  0.897725 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2055  TetR family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 206 aa  63.2  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1061  transcriptional regulator, TetR family  39 
 
 		 196 aa  63.2  0.000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0250707  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6231  transcriptional regulator, TetR family  31.58 
 
 		 197 aa  62.8  0.000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4128  TetR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 241 aa  62  0.000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.860792 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4046  TetR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 212 aa  61.6  0.000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0961065 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0402  TetR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 196 aa  60.8  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.498778  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2162  TetR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 209 aa  60.5  0.00000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0662359 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33190  transcriptional regulator  31.93 
 
 		 202 aa  60.8  0.00000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.284512  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1955  transcriptional regulator, TetR family  46.15 
 
 		 202 aa  59.7  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.22623  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2063  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 208 aa  59.7  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0557  regulatory protein TetR  26.96 
 
 		 251 aa  59.7  0.00000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1353  regulatory protein TetR  31.53 
 
 		 210 aa  59.7  0.00000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.273808  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4729  TetR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 240 aa  59.3  0.00000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0068  transcriptional regulator, TetR family  49.06 
 
 		 185 aa  58.9  0.00000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.139926 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5475  putative transcriptional regulator, TetR family  36.04 
 
 		 232 aa  58.9  0.00000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0120226 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2495  transcriptional regulator, TetR family  40.54 
 
 		 287 aa  58.2  0.00000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0937177  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2310  TetR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 220 aa  58.2  0.00000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  decreased coverage  0.00710043 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0806  transcriptional regulator, TetR family  32.52 
 
 		 202 aa  57.4  0.0000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.265645  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4172  TetR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 205 aa  57.8  0.0000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.928216  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3833  transcriptional regulator, TetR family  37.65 
 
 		 204 aa  57.8  0.0000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0371  TetR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 227 aa  57  0.0000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4938  transcriptional regulator, TetR family  31.29 
 
 		 223 aa  56.6  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.262917  normal  0.206147 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0340  transcriptional regulator, TetR family  32.08 
 
 		 388 aa  57  0.0000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2402  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 205 aa  56.6  0.0000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.584484 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0810  transcriptional regulator  31.85 
 
 		 206 aa  57  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.490663  normal  0.19914 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0295  transcriptional regulator, TetR family  27.27 
 
 		 220 aa  56.6  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0107513  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19820  transcriptional regulator  33.77 
 
 		 260 aa  57  0.0000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1864  TetR family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 204 aa  56.2  0.0000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.370614  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12528  TetR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 215 aa  55.8  0.0000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0275989 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2996  TetR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 193 aa  56.2  0.0000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.542374  normal  0.411304 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3148  transcriptional regulator, TetR family  32.91 
 
 		 310 aa  56.2  0.0000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1469  transcriptional regulator, TetR family  29.81 
 
 		 197 aa  56.2  0.0000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6448  transcriptional regulator, TetR family  25.14 
 
 		 222 aa  55.8  0.0000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000000264064  hitchhiker  1.59583e-16 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0949  TetR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 190 aa  55.8  0.0000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0189696  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19890  transcriptional regulator  34.15 
 
 		 346 aa  55.8  0.0000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.403358  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4802  TetR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 199 aa  55.8  0.0000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.386552  normal  0.120275 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0817  TetR family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 332 aa  55.5  0.0000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3160  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 205 aa  55.5  0.0000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000883166 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2765  regulatory protein, TetR  42.86 
 
 		 210 aa  54.7  0.0000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.267077  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0170  TetR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 192 aa  55.1  0.0000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.652591  normal  0.659974 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2094  transcriptional regulator, TetR family  42.31 
 
 		 186 aa  55.1  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000324065 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0346  TetR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 221 aa  55.1  0.0000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.202764  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0270  TetR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 192 aa  54.7  0.0000008  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.522665  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1014  TetR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 212 aa  54.7  0.0000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0684  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 213 aa  54.7  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.974708 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5119  TetR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 221 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2358  transcriptional regulator, TetR family  28.85 
 
 		 216 aa  54.3  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0281012 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3263  transcriptional regulator, TetR family  34.23 
 
 		 194 aa  54.3  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.392887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2248  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 222 aa  54.3  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0660336  normal  0.0152181 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2767  TetR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 225 aa  53.9  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.284138 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2734  transcriptional regulator, TetR family  39.02 
 
 		 225 aa  54.3  0.000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1461  TetR family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 197 aa  53.9  0.000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.0279876 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0140  TetR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 182 aa  54.3  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4993  TetR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 221 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1578  regulatory protein TetR  38.46 
 
 		 231 aa  53.9  0.000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.358729  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2233  transcriptional regulator, TetR family  28.07 
 
 		 246 aa  53.5  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0329344  normal  0.539811 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2402  transcriptional regulator, TetR family  33.58 
 
 		 259 aa  53.1  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0404395  hitchhiker  0.00830545 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4824  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 228 aa  53.5  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3352  transcriptional regulator, TetR family  41.51 
 
 		 183 aa  53.1  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0512596  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0781  transcriptional regulator, TetR family  40.91 
 
 		 197 aa  53.1  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1866  TetR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 201 aa  52.8  0.000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.115406 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3960  TetR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 201 aa  52.8  0.000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.110455  normal  0.471806 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3827  transcriptional regulator, TetR family  27.08 
 
 		 190 aa  52.8  0.000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4604  transcriptional regulator, TetR family  43.64 
 
 		 255 aa  52.8  0.000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2970  putative transcriptional regulator  41.43 
 
 		 196 aa  53.1  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0889426  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4165  TetR family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 198 aa  52.8  0.000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.774051  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1708  DNA-binding transcriptional repressor FabR  28.83 
 
 		 219 aa  52.8  0.000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.0000453712  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0571  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 219 aa  52.4  0.000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.22949  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0807  TetR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 211 aa  52.4  0.000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.271007  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2104  TetR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 191 aa  52.4  0.000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.230608 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3578  TetR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 198 aa  52.4  0.000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00935563  normal  0.0256006 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3322  transcriptional regulator, TetR family  30.92 
 
 		 206 aa  52.4  0.000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2055  putative transcriptional regulator, TetR family  41.67 
 
 		 229 aa  52.4  0.000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0410393  normal  0.8778 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26800  transcriptional regulator  38.18 
 
 		 184 aa  52.4  0.000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.463482  normal  0.288316 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0809  regulatory protein, TetR  31.78 
 
 		 200 aa  52.4  0.000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.732229  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1898  TetR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 239 aa  52.4  0.000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.643398 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0440  TetR/AcrR family transcriptional regulator  48.98 
 
 		 203 aa  52  0.000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2434  TetR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 188 aa  52  0.000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2499  transcriptional regulator, TetR family  29.92 
 
 		 208 aa  52  0.000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1811  TetR family transcriptional regulator  46.94 
 
 		 209 aa  52  0.000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1537  TetR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 257 aa  52.4  0.000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2235  transcriptional regulator, TetR family  28.33 
 
 		 235 aa  52  0.000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.170733  normal  0.3149 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3221  TetR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 232 aa  52  0.000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1473  TetR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 187 aa  52  0.000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2723  transcriptional regulator, TetR family  41.67 
 
 		 224 aa  52  0.000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0252111  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>