More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4074 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4074  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 194 aa  386  1e-106  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.137574 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2162  TetR family transcriptional regulator  59.79 
 
 		 209 aa  231  6e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0662359 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0835  TetR family transcriptional regulator  62.81 
 
 		 201 aa  229  2e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.861936  normal  0.897725 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2055  TetR family transcriptional regulator  61.38 
 
 		 206 aa  221  4e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0402  TetR family transcriptional regulator  61.58 
 
 		 196 aa  221  6e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.498778  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2996  TetR family transcriptional regulator  60.31 
 
 		 193 aa  220  8e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.542374  normal  0.411304 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2271  transcriptional regulator  60.71 
 
 		 209 aa  218  3e-56  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.850012 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1858  TetR family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 234 aa  162  3e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.543066  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0295  transcriptional regulator, TetR family  44.74 
 
 		 220 aa  152  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0107513  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4046  TetR family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 212 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0961065 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2785  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 196 aa  144  7.0000000000000006e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.256269 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2310  TetR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 220 aa  141  6e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  decreased coverage  0.00710043 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0806  transcriptional regulator, TetR family  32.39 
 
 		 202 aa  97.8  8e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.265645  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1571  TetR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 201 aa  97.8  9e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.038411 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1887  TetR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 202 aa  93.6  2e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.943502 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2869  TetR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 285 aa  90.1  2e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0809  regulatory protein, TetR  35.43 
 
 		 200 aa  89.4  3e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.732229  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5475  putative transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 232 aa  86.7  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0120226 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4938  transcriptional regulator, TetR family  36.71 
 
 		 223 aa  84.3  0.000000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.262917  normal  0.206147 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0117  TetR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 208 aa  82.8  0.000000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.966538  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2147  TetR family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 193 aa  80.9  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.576982  hitchhiker  0.00198138 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2194  TetR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 193 aa  80.5  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.789913  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1958  TetR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 251 aa  80.1  0.00000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.455038  normal  0.501183 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33190  transcriptional regulator  28.42 
 
 		 202 aa  78.2  0.00000000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.284512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2007  TetR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 193 aa  77  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.382346 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4520  regulatory protein TetR  29.89 
 
 		 228 aa  77.8  0.0000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3756  TetR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 193 aa  76.6  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2499  transcriptional regulator, TetR family  26.88 
 
 		 208 aa  76.3  0.0000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0231  transcriptional regulator, TetR family  32.4 
 
 		 200 aa  74.3  0.0000000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.336394 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1775  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 207 aa  72.8  0.000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4802  TetR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 199 aa  71.2  0.000000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.386552  normal  0.120275 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2997  transcriptional regulator, TetR family  32.98 
 
 		 213 aa  71.2  0.000000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0293  TetR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 226 aa  69.7  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0772  transcriptional regulator, TetR family  29.63 
 
 		 223 aa  69.3  0.00000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1827  regulatory protein, TetR  26.84 
 
 		 196 aa  69.3  0.00000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2233  transcriptional regulator, TetR family  31.15 
 
 		 246 aa  68.9  0.00000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0329344  normal  0.539811 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0347  TetR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 200 aa  69.3  0.00000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0154637  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05345  transcriptional regulator, tetR family protein  22.62 
 
 		 190 aa  68.6  0.00000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  hitchhiker  0.00749651  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1851  transcriptional regulator, TetR family  31.77 
 
 		 201 aa  68.6  0.00000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.144681  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16700  transcriptional regulator  30.53 
 
 		 211 aa  67.8  0.00000000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0832  transcriptional regulator, TetR family  30.11 
 
 		 211 aa  67.4  0.0000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.933061 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3897  TetR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 213 aa  67  0.0000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2216  TetR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 189 aa  66.2  0.0000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.191802  normal  0.0189795 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1240  transcriptional regulator, TetR family  28.8 
 
 		 211 aa  65.9  0.0000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.567777  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3862  regulatory protein, TetR  29.31 
 
 		 202 aa  65.9  0.0000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.07928  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2696  TetR family transcriptional regulator  28 
 
 		 196 aa  65.5  0.0000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.834085 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2065  transcriptional regulator, TetR family  27.22 
 
 		 188 aa  64.7  0.0000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.704626  normal  0.605366 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7113  TetR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 240 aa  65.1  0.0000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2017  transcriptional regulator, TetR family  28.83 
 
 		 236 aa  64.7  0.0000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1145  TetR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 224 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.770966  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2924  TetR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 224 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.288766  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2411  transcriptional regulator, TetR family  27.88 
 
 		 236 aa  63.2  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5527  transcriptional regulator, TetR family  32.32 
 
 		 210 aa  63.2  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.107312  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7768  putative transcriptional regulator, TetR family  29.14 
 
 		 194 aa  63.5  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2109  TetR family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 206 aa  63.2  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.901149 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1401  TetR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 222 aa  63.2  0.000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.513329  normal  0.505278 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2768  TetR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 224 aa  63.2  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.379756  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1684  TetR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 228 aa  62.8  0.000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.828148  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0949  TetR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 190 aa  62  0.000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0189696  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0760  TetR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 192 aa  62  0.000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0913287  normal  0.16222 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0433  TetR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 204 aa  61.2  0.000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.376909  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6295  transcriptional regulator, TetR family  23.35 
 
 		 212 aa  60.5  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.100221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1071  TetR family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 240 aa  60.8  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.457023 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3944  TetR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 215 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0894  TetR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 260 aa  60.8  0.00000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2235  transcriptional regulator, TetR family  30.64 
 
 		 235 aa  60.8  0.00000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.170733  normal  0.3149 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0684  TetR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 213 aa  60.8  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.974708 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2922  transcriptional regulator, TetR family  30.29 
 
 		 204 aa  59.7  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.404278 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2995  TetR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 211 aa  59.7  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.428403  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0935  TetR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 199 aa  59.7  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3149  TetR family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 233 aa  60.5  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0571  TetR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 219 aa  59.7  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.22949  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2213  putative transcription regulator transcription regulator protein  27.27 
 
 		 236 aa  59.7  0.00000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6231  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 197 aa  59.7  0.00000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3721  transcriptional regulator, TetR family  24.4 
 
 		 260 aa  59.7  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.249433  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4300  transcriptional regulator  34.57 
 
 		 225 aa  59.3  0.00000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1898  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 239 aa  59.7  0.00000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.643398 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0110  transcriptional regulator, TetR family  30.64 
 
 		 225 aa  58.9  0.00000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0807  TetR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 211 aa  59.3  0.00000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.271007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4073  TetR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 223 aa  59.3  0.00000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3036  regulatory protein, TetR  26.29 
 
 		 216 aa  58.5  0.00000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0300267  normal  0.0658454 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30540  transcriptional regulator, TetR family  27.27 
 
 		 195 aa  58.9  0.00000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3049  transcriptional regulator, TetR family  28.82 
 
 		 214 aa  58.5  0.00000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1867  transcriptional regulator, TetR family  27.93 
 
 		 201 aa  58.5  0.00000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.129849  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0913  TetR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 195 aa  58.5  0.00000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.269174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4061  TetR family transcriptional regulator  24.16 
 
 		 240 aa  58.2  0.00000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2747  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 233 aa  58.2  0.00000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.02505  normal  0.237475 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0595  TetR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 204 aa  58.2  0.00000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3548  TetR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 216 aa  58.2  0.00000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1402  transcriptional regulator, TetR family  36.7 
 
 		 220 aa  57.8  0.00000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000946721 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05020  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 194 aa  57.4  0.0000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2799  TetR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 217 aa  57.8  0.0000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.364827  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0043  regulatory protein, TetR  29.52 
 
 		 211 aa  57.8  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1823  TetR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 222 aa  57.8  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.331222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1903  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 192 aa  57.8  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0461172  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0370  TetR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 223 aa  57.8  0.0000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0234884  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4066  transcriptional regulator, TetR family  28.74 
 
 		 211 aa  57.8  0.0000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1384  TetR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 225 aa  57.4  0.0000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00670258  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10159  TetR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 214 aa  57  0.0000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0255  transcriptional regulator, TetR family  37.89 
 
 		 243 aa  57  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.540416  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>