More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2007 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_2007  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 193 aa  387  1e-107  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.382346 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3756  TetR family transcriptional regulator  97.41 
 
 		 193 aa  378  1e-104  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2147  TetR family transcriptional regulator  89.12 
 
 		 193 aa  347  8e-95  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.576982  hitchhiker  0.00198138 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2194  TetR family transcriptional regulator  87.56 
 
 		 193 aa  338  2e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.789913  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4074  TetR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 194 aa  77  0.0000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.137574 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2785  TetR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 196 aa  69.7  0.00000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.256269 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1384  TetR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 225 aa  67.4  0.0000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00670258  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1858  TetR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 234 aa  67.4  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.543066  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30540  transcriptional regulator, TetR family  30.05 
 
 		 195 aa  67.4  0.0000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4128  TetR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 241 aa  65.9  0.0000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.860792 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33190  transcriptional regulator  32.77 
 
 		 202 aa  65.5  0.0000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.284512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4046  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 212 aa  65.1  0.0000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0961065 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1731  transcriptional regulator, TetR family  32.8 
 
 		 196 aa  65.1  0.0000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0465827  normal  0.0150851 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2155  TetR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 195 aa  64.7  0.0000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2055  TetR family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 206 aa  63.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0835  TetR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 201 aa  64.3  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.861936  normal  0.897725 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1061  transcriptional regulator, TetR family  38.61 
 
 		 196 aa  62.8  0.000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0250707  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1402  transcriptional regulator, TetR family  32.35 
 
 		 220 aa  62.4  0.000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000946721 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0402  TetR family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 196 aa  62.4  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.498778  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0068  transcriptional regulator, TetR family  30.83 
 
 		 185 aa  61.6  0.000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.139926 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0557  regulatory protein TetR  26.6 
 
 		 251 aa  61.2  0.000000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3641  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 200 aa  59.7  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.798229 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2310  TetR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 220 aa  59.7  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  decreased coverage  0.00710043 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2495  transcriptional regulator, TetR family  40.54 
 
 		 287 aa  59.7  0.00000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0937177  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05345  transcriptional regulator, tetR family protein  27.34 
 
 		 190 aa  59.3  0.00000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  hitchhiker  0.00749651  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2271  transcriptional regulator  33.76 
 
 		 209 aa  58.5  0.00000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.850012 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1955  transcriptional regulator, TetR family  44.23 
 
 		 202 aa  58.2  0.00000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.22623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0810  transcriptional regulator  34.34 
 
 		 206 aa  58.2  0.00000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.490663  normal  0.19914 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2358  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 216 aa  57.8  0.00000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0281012 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5475  putative transcriptional regulator, TetR family  37.25 
 
 		 232 aa  57.8  0.00000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0120226 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0295  transcriptional regulator, TetR family  30.08 
 
 		 220 aa  57.4  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0107513  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19890  transcriptional regulator  37.21 
 
 		 346 aa  56.6  0.0000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.403358  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0817  TetR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 332 aa  56.6  0.0000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3148  transcriptional regulator, TetR family  32.91 
 
 		 310 aa  57  0.0000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0170  TetR family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 192 aa  56.6  0.0000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.652591  normal  0.659974 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0340  transcriptional regulator, TetR family  32.08 
 
 		 388 aa  57  0.0000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2996  TetR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 193 aa  56.2  0.0000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.542374  normal  0.411304 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0684  TetR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 213 aa  56.2  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.974708 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1864  TetR family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 204 aa  55.8  0.0000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.370614  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2162  TetR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 209 aa  56.2  0.0000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0662359 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3833  transcriptional regulator, TetR family  36.47 
 
 		 204 aa  55.5  0.0000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1353  regulatory protein TetR  30.13 
 
 		 210 aa  55.8  0.0000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.273808  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4938  transcriptional regulator, TetR family  32.28 
 
 		 223 aa  55.8  0.0000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.262917  normal  0.206147 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0949  TetR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 190 aa  55.5  0.0000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0189696  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0806  transcriptional regulator, TetR family  31.3 
 
 		 202 aa  55.5  0.0000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.265645  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0166  TetR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 193 aa  55.5  0.0000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.141555  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4824  TetR family transcriptional regulator  25.55 
 
 		 228 aa  55.5  0.0000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19820  transcriptional regulator  40.62 
 
 		 260 aa  55.1  0.0000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4802  TetR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 199 aa  54.7  0.0000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.386552  normal  0.120275 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2765  regulatory protein, TetR  42.86 
 
 		 210 aa  55.1  0.0000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.267077  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0270  TetR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 192 aa  55.1  0.0000007  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.522665  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2767  TetR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 225 aa  54.7  0.0000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.284138 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3160  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 205 aa  54.7  0.0000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000883166 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2094  transcriptional regulator, TetR family  42.31 
 
 		 186 aa  54.3  0.0000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000324065 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3827  transcriptional regulator, TetR family  27.08 
 
 		 190 aa  54.7  0.0000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4729  TetR family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 240 aa  54.7  0.0000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2063  transcriptional regulator, TetR family  31.67 
 
 		 208 aa  54.7  0.0000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2402  TetR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 205 aa  53.9  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.584484 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12528  TetR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 215 aa  54.3  0.000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0275989 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2104  TetR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 191 aa  54.3  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.230608 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1537  TetR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 257 aa  54.3  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4172  TetR family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 205 aa  54.3  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.928216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1461  TetR family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 197 aa  53.9  0.000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.0279876 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6231  transcriptional regulator, TetR family  26.25 
 
 		 197 aa  53.9  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0626  TetR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 199 aa  53.1  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3960  TetR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 201 aa  53.1  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.110455  normal  0.471806 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4897  TetR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 231 aa  53.1  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.043246  normal  0.757086 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2248  TetR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 222 aa  53.5  0.000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0660336  normal  0.0152181 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4052  TetR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 160 aa  53.5  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.587614  normal  0.259475 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5045  TetR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 206 aa  53.1  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.906168  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6295  transcriptional regulator, TetR family  26.87 
 
 		 212 aa  53.1  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.100221  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3299  transcriptional regulator, TetR family  41.54 
 
 		 307 aa  53.1  0.000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5815  TetR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 206 aa  53.1  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4604  transcriptional regulator, TetR family  41.67 
 
 		 255 aa  53.5  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0781  transcriptional regulator, TetR family  40.91 
 
 		 197 aa  53.1  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2970  putative transcriptional regulator  41.43 
 
 		 196 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0889426  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0807  TetR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 211 aa  53.5  0.000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.271007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1866  TetR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 201 aa  53.1  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.115406 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03848  DNA-binding transcriptional repressor  26.62 
 
 		 234 aa  52.8  0.000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0143191  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4023  transcriptional regulator, TetR family  26.62 
 
 		 234 aa  52.8  0.000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5426  DNA-binding transcriptional repressor FabR  26.62 
 
 		 234 aa  52.8  0.000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0614494  normal  0.10498 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4260  transcriptional regulator  25.4 
 
 		 195 aa  52.8  0.000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4633  transcriptional regulator, TetR family  25.4 
 
 		 195 aa  52.8  0.000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.169287  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4272  transcriptional regulator  25.4 
 
 		 195 aa  52.8  0.000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4449  DNA-binding transcriptional repressor FabR  26.62 
 
 		 215 aa  52.8  0.000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.563556  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4197  DNA-binding transcriptional repressor FabR  26.62 
 
 		 215 aa  52.8  0.000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00988726  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2402  transcriptional regulator, TetR family  32.85 
 
 		 259 aa  52.8  0.000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0404395  hitchhiker  0.00830545 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4653  transcriptional regulator, TetR family  25.4 
 
 		 195 aa  52.8  0.000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4762  TetR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 195 aa  52.8  0.000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3352  transcriptional regulator, TetR family  41.51 
 
 		 183 aa  52.8  0.000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0512596  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1578  regulatory protein TetR  36.92 
 
 		 231 aa  53.1  0.000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.358729  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1811  TetR family transcriptional regulator  46.94 
 
 		 209 aa  52.8  0.000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03797  hypothetical protein  26.62 
 
 		 234 aa  52.8  0.000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0112282  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4165  TetR family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 198 aa  52.8  0.000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.774051  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4410  DNA-binding transcriptional repressor FabR  26.62 
 
 		 234 aa  52.8  0.000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0500651  normal  0.0177189 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1708  DNA-binding transcriptional repressor FabR  33.33 
 
 		 219 aa  52.8  0.000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.0000453712  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2055  putative transcriptional regulator, TetR family  41.67 
 
 		 229 aa  52.8  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0410393  normal  0.8778 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1493  TetR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 200 aa  52.8  0.000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4637  transcriptional regulator, TetR family  25.4 
 
 		 195 aa  52.8  0.000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3694  TetR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 222 aa  52.8  0.000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>