More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0817 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0817  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 332 aa  645    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5720  TetR family transcriptional regulator  63.12 
 
 		 291 aa  199  5e-50  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.649137  normal  0.760569 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0309  transcriptional regulator, TetR family  34.62 
 
 		 213 aa  89.4  9e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.302465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3710  regulatory protein, TetR  37.97 
 
 		 230 aa  87.8  3e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2104  TetR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 191 aa  87  4e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.230608 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6560  transcriptional regulator, TetR family  45.35 
 
 		 203 aa  84.7  0.000000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5186  transcriptional regulator, TetR family  38.81 
 
 		 185 aa  84.7  0.000000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.225373  normal  0.188797 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4604  transcriptional regulator, TetR family  32.28 
 
 		 255 aa  83.2  0.000000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4091  TetR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 222 aa  82  0.00000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0267897 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3944  putative transcriptional regulator, TetR family  54.17 
 
 		 183 aa  82  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000137534  hitchhiker  0.00939559 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1613  TetR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 189 aa  81.6  0.00000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.066311 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8152  putative transcriptional regulator, TetR family  29.53 
 
 		 174 aa  79.7  0.00000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.687421 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26800  transcriptional regulator  34.27 
 
 		 184 aa  78.6  0.0000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.463482  normal  0.288316 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0140  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 176 aa  77  0.0000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10920  transcriptional regulator  39.29 
 
 		 201 aa  75.5  0.000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0917166  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3004  transcriptional regulator, TetR family  39.6 
 
 		 186 aa  73.9  0.000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.519568  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0068  transcriptional regulator, TetR family  53.45 
 
 		 185 aa  73.6  0.000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.139926 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4094  TetR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 204 aa  72.8  0.000000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0325183  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0170  TetR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 192 aa  72.8  0.000000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.652591  normal  0.659974 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0973  TetR family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 198 aa  69.3  0.00000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0167  transcriptional regulator, TetR family  45.12 
 
 		 200 aa  69.3  0.00000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4128  TetR family transcriptional regulator  41.76 
 
 		 241 aa  69.3  0.00000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.860792 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0281  transcriptional regulator, TetR family  43.33 
 
 		 218 aa  68.9  0.0000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.645912  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1044  TetR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 180 aa  68.6  0.0000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0206033 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1958  TetR family transcriptional regulator  51.39 
 
 		 251 aa  68.6  0.0000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.455038  normal  0.501183 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0620  TetR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 193 aa  67.8  0.0000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0633  TetR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 193 aa  67.8  0.0000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0611  TetR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 193 aa  67.8  0.0000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0589  TetR family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 191 aa  66.6  0.0000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2799  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 217 aa  65.9  0.0000000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.364827  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10440  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 211 aa  65.9  0.0000000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0189255  normal  0.0235057 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4006  transcriptional regulator, TetR family  50.85 
 
 		 202 aa  65.5  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4218  TetR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 202 aa  65.5  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.135159  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1745  TetR family transcriptional regulator  44.87 
 
 		 216 aa  64.7  0.000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0312  TetR family transcriptional regulator  48.39 
 
 		 182 aa  65.1  0.000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1814  transcriptional regulator, TetR family  44.74 
 
 		 216 aa  65.1  0.000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1792  TetR family transcriptional regulator  44.87 
 
 		 216 aa  64.7  0.000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.651799  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1726  TetR family transcriptional regulator  44.87 
 
 		 216 aa  64.7  0.000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.379747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0906  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 232 aa  63.9  0.000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.052988  normal  0.0196 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1867  transcriptional regulator, TetR family  36.52 
 
 		 201 aa  63.9  0.000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.129849  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5299  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 227 aa  63.9  0.000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4115  transcriptional regulator, TetR family  30.28 
 
 		 194 aa  63.5  0.000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.1417 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4378  transcriptional regulator, TetR family  48.39 
 
 		 200 aa  63.5  0.000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.136582 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2165  transcriptional regulator, TetR family  33.55 
 
 		 263 aa  63.2  0.000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3376  TetR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 197 aa  62.8  0.000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.423093  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3730  transcriptional regulator, TetR family  55.77 
 
 		 237 aa  62  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1486  TetR family transcriptional regulator  50.77 
 
 		 201 aa  62  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.260636  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1392  transcriptional regulator, TetR family  38.89 
 
 		 205 aa  62.4  0.00000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0788  TetR family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 221 aa  62.4  0.00000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.796627 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1746  transcriptional regulator, TetR family  42.11 
 
 		 195 aa  62  0.00000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2057  transcriptional regulator, TetR family  54.55 
 
 		 212 aa  62  0.00000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0106608  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2974  transcriptional regulator, TetR family  43.04 
 
 		 199 aa  62  0.00000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1778  transcriptional regulator, TetR family  44.44 
 
 		 211 aa  62  0.00000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.261512  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0136  TetR family transcriptional regulator  50.77 
 
 		 201 aa  62  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.563717  normal  0.436061 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1150  TetR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 222 aa  62  0.00000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4681  TetR family transcriptional regulator  49.25 
 
 		 283 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.433841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4897  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 231 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.043246  normal  0.757086 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2248  TetR family transcriptional regulator  55.36 
 
 		 222 aa  61.6  0.00000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0660336  normal  0.0152181 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2773  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 295 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00136461  normal  0.297144 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5380  TetR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 197 aa  61.6  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.768843  normal  0.61228 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0571  TetR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 219 aa  61.2  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.22949  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1681  TetR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 217 aa  61.6  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.371055  normal  0.828695 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3711  transcriptional regulator, TetR family  40.86 
 
 		 207 aa  61.6  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.644349  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0042  TetR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 219 aa  61.6  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.664551  normal  0.814156 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3148  transcriptional regulator, TetR family  31.4 
 
 		 310 aa  61.2  0.00000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1590  transcriptional regulator, TetR family  55.77 
 
 		 231 aa  61.2  0.00000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.299217  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2666  TetR family transcriptional regulator  46.91 
 
 		 213 aa  60.8  0.00000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0067  TetR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 212 aa  60.8  0.00000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000000826521  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0855  transcriptional regulator, TetR family  43.84 
 
 		 223 aa  60.8  0.00000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.835032 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3500  transcriptional regulator, TetR family  51.92 
 
 		 209 aa  61.2  0.00000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00016281 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1240  transcriptional regulator, TetR family  31.62 
 
 		 211 aa  60.8  0.00000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.567777  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1955  transcriptional regulator, TetR family  30.23 
 
 		 202 aa  60.8  0.00000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.22623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1756  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 205 aa  60.8  0.00000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000229906 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1794  TetR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 218 aa  61.2  0.00000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1537  TetR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 257 aa  60.5  0.00000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4464  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 204 aa  60.5  0.00000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0680244 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2765  regulatory protein, TetR  44.83 
 
 		 210 aa  60.5  0.00000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.267077  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28300  transcriptional regulator  39.08 
 
 		 280 aa  60.5  0.00000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8390  putative transcriptional regulator, TetR family  35.85 
 
 		 222 aa  60.5  0.00000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2055  putative transcriptional regulator, TetR family  36.05 
 
 		 229 aa  60.1  0.00000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0410393  normal  0.8778 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26580  transcriptional regulator, TetR family  52.27 
 
 		 205 aa  60.1  0.00000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0994293 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1027  transcriptional regulator, TetR family  39.13 
 
 		 201 aa  60.1  0.00000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1039  TetR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 201 aa  60.1  0.00000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.747573 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1677  transcriptional regulator, TetR family  39.05 
 
 		 288 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.688428  normal  0.314033 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2601  regulatory protein, TetR  36.54 
 
 		 224 aa  60.1  0.00000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.354794  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5475  putative transcriptional regulator, TetR family  48.08 
 
 		 232 aa  60.1  0.00000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0120226 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06720  transcriptional regulator, TetR family  35.78 
 
 		 221 aa  60.1  0.00000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3845  transcriptional regulator, TetR family  30.49 
 
 		 209 aa  60.1  0.00000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00359694  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3333  TetR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 201 aa  60.1  0.00000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3091  TetR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 224 aa  60.1  0.00000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3299  transcriptional regulator, TetR family  41.67 
 
 		 307 aa  59.7  0.00000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3833  transcriptional regulator, TetR family  44.83 
 
 		 204 aa  60.1  0.00000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3815  regulatory protein, TetR  33.33 
 
 		 252 aa  59.7  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00651597  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2402  transcriptional regulator, TetR family  32.09 
 
 		 259 aa  59.7  0.00000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0404395  hitchhiker  0.00830545 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2109  TetR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 206 aa  59.7  0.00000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.901149 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3796  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 275 aa  59.7  0.00000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.323175 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5798  putative transcriptional regulator  43.42 
 
 		 205 aa  59.7  0.00000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05640  transcriptional regulator  37.5 
 
 		 223 aa  59.7  0.00000007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.950785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1864  TetR family transcriptional regulator  49.06 
 
 		 204 aa  59.7  0.00000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.370614  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0059  transcriptional regulator, TetR family  38.46 
 
 		 194 aa  59.7  0.00000007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00007304  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>