More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Snas_3500 on replicon NC_013947
Organism: Stackebrandtia nassauensis DSM 44728



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013947  Snas_3500  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 209 aa  420  1e-117  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00016281 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2974  transcriptional regulator, TetR family  69.59 
 
 		 199 aa  271  6e-72  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1508  transcriptional regulator, TetR family  40.59 
 
 		 215 aa  155  4e-37  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0994502  normal  0.123569 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35350  transcriptional regulator, TetR family  46.81 
 
 		 223 aa  151  8.999999999999999e-36  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.147408 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2742  transcriptional regulator, TetR family  45.13 
 
 		 207 aa  150  1e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2430  transcriptional regulator, TetR family  40.51 
 
 		 207 aa  142  3e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.466149 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05720  transcriptional regulator  39.69 
 
 		 221 aa  134  9e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.203838  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4873  transcriptional regulator, TetR family  41.18 
 
 		 193 aa  134  9.999999999999999e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8489  putative transcriptional regulator, TetR family  41.36 
 
 		 203 aa  129  3e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.280909  normal  0.379927 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2619  transcriptional regulator, TetR family  38.8 
 
 		 221 aa  128  6e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.844619 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4043  transcriptional regulator, TetR family  39.46 
 
 		 222 aa  127  1.0000000000000001e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3149  TetR family transcriptional regulator  40.66 
 
 		 205 aa  126  2.0000000000000002e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0934  transcriptional regulator, TetR family  40.23 
 
 		 209 aa  125  4.0000000000000003e-28  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2496  transcriptional regulator, TetR family  37.44 
 
 		 226 aa  124  7e-28  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.40575  normal  0.202338 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3319  transcriptional regulator, TetR family  37.63 
 
 		 214 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00311946  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3154  regulatory protein, TetR  38.71 
 
 		 214 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0193225  normal  0.108939 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1023  transcriptional regulator, TetR family  39.07 
 
 		 269 aa  119  1.9999999999999998e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.048156  normal  0.0140553 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1756  transcriptional regulator, TetR family  37.19 
 
 		 205 aa  119  3e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000229906 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0466  TetR family transcriptional regulator  39.89 
 
 		 189 aa  117  9.999999999999999e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2977  transcriptional regulator, TetR family  39.89 
 
 		 196 aa  115  3.9999999999999997e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3170  TetR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 202 aa  115  5e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.148676  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3695  transcriptional regulator, TetR family  35.87 
 
 		 218 aa  115  6e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.551475  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3036  regulatory protein, TetR  38.04 
 
 		 216 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0300267  normal  0.0658454 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1780  regulatory protein, TetR  33.87 
 
 		 212 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.407505  normal  0.506261 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2853  transcriptional regulator, TetR family  39.57 
 
 		 195 aa  109  2.0000000000000002e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.597651 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6256  Transcriptional regulator  37.64 
 
 		 219 aa  109  3e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.109242  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0259  transcriptional regulator, TetR family  34.03 
 
 		 195 aa  108  5e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3341  TetR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 196 aa  107  9.000000000000001e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4429  TetR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 197 aa  107  1e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.679698  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3171  transcriptional regulator, TetR family  34.44 
 
 		 216 aa  106  2e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.323724  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4525  transcriptional regulator, TetR family  39.06 
 
 		 216 aa  107  2e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.397871 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2546  transcriptional regulator, TetR family  32.99 
 
 		 207 aa  107  2e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2186  TetR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 214 aa  105  4e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0785456  normal  0.820524 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17710  transcriptional regulator  37.21 
 
 		 203 aa  105  5e-22  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0632938  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4700  transcriptional regulator, TetR family  32.28 
 
 		 224 aa  103  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0565878  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02720  transcriptional regulator, tetR family  37.25 
 
 		 211 aa  102  5e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.460979  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5005  transcriptional regulator, TetR family  37.25 
 
 		 229 aa  100  1e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.143864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4432  TetR family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 208 aa  96.7  2e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.21103  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27500  transcriptional regulator  34.2 
 
 		 214 aa  96.3  3e-19  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4786  transcriptional regulator, TetR family  33.16 
 
 		 211 aa  95.5  5e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.187473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1944  AcrR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 195 aa  95.1  7e-19  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3739  TetR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 210 aa  92  5e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.461772  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3812  TetR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 210 aa  92  5e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.246252 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3751  TetR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 210 aa  92  5e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2338  transcriptional regulator, TetR family  37.82 
 
 		 213 aa  90.9  1e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.857275  normal  0.161469 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3720  transcriptional regulator, TetR family  31.67 
 
 		 200 aa  88.6  6e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.91394  normal  0.0177543 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19890  transcriptional regulator  36.84 
 
 		 346 aa  88.2  9e-17  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.403358  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2447  TetR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 208 aa  83.2  0.000000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4204  TetR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 213 aa  82.4  0.000000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28300  transcriptional regulator  36.48 
 
 		 280 aa  78.6  0.00000000000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1933  AcrR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 243 aa  77.8  0.0000000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.189914  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1940  AcrR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 204 aa  76.3  0.0000000000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.682868  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34550  transcriptional regulator, TetR family  32.67 
 
 		 215 aa  73.2  0.000000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00167706  normal  0.63182 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19820  transcriptional regulator  31.03 
 
 		 260 aa  69.3  0.00000000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3120  hypothetical protein  30.7 
 
 		 198 aa  62.4  0.000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1081  HTH-type transcriptional regulator RutR  50 
 
 		 212 aa  62  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1196  HTH-type transcriptional regulator RutR  50 
 
 		 212 aa  62  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1186  HTH-type transcriptional regulator RutR  50 
 
 		 212 aa  62  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.151745  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1231  HTH-type transcriptional regulator RutR  50 
 
 		 212 aa  62  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.696174  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1216  HTH-type transcriptional regulator RutR  48.15 
 
 		 212 aa  61.6  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.591915 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0817  TetR family transcriptional regulator  51.92 
 
 		 332 aa  61.2  0.00000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9073  putative transcriptional regulator, TetR family  30.64 
 
 		 193 aa  60.5  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1074  transcriptional regulator, TetR family  50.88 
 
 		 213 aa  59.7  0.00000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.739181  hitchhiker  0.00943768 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1739  tetracycline transcriptional regulator YcdC domain-containing protein  50.88 
 
 		 213 aa  59.7  0.00000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6560  transcriptional regulator, TetR family  45.88 
 
 		 203 aa  59.7  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2058  transcriptional regulator, TetR family  50.88 
 
 		 213 aa  60.1  0.00000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00904468  normal  0.0313266 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01016  predicted DNA-binding transcriptional regulator  48.15 
 
 		 212 aa  59.3  0.00000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2629  transcriptional regulator, TetR family  48.15 
 
 		 212 aa  59.3  0.00000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2112  transcriptional regulator RutR  48.15 
 
 		 212 aa  59.3  0.00000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1250  transcriptional regulator RutR  48.15 
 
 		 212 aa  59.3  0.00000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1128  transcriptional regulator RutR  48.15 
 
 		 212 aa  59.3  0.00000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2305  transcriptional regulator RutR  48.15 
 
 		 212 aa  59.3  0.00000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1131  transcriptional regulator RutR  48.15 
 
 		 212 aa  59.3  0.00000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.33999  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2582  TetR family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 212 aa  59.3  0.00000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.120721 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3781  TetR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 214 aa  59.3  0.00000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3576  TetR-like virulence regulator  47.46 
 
 		 207 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0951  transcriptional regulator, TetR family  52.83 
 
 		 242 aa  57.4  0.0000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3347  regulatory protein, TetR  47.46 
 
 		 205 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.235212  normal  0.0210246 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1493  transcriptional regulator, TetR family  30.69 
 
 		 198 aa  56.6  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.127102 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0349  TetR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 232 aa  57.4  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3363  TetR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 244 aa  56.2  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0676561  hitchhiker  0.0000000000000226443 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0763  TetR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 183 aa  56.6  0.0000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.673415  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1539  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 212 aa  56.2  0.0000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.162694 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0880  transcriptional regulator, TetR family  42.42 
 
 		 181 aa  56.2  0.0000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1012  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 212 aa  55.8  0.0000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.156612  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1218  transcriptional regulator, TetR family  39.47 
 
 		 206 aa  56.2  0.0000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1150  TetR family transcriptional regulator  47.17 
 
 		 222 aa  55.8  0.0000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0906  transcriptional regulator, TetR family  45.33 
 
 		 232 aa  56.2  0.0000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.052988  normal  0.0196 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5720  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 291 aa  55.8  0.0000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.649137  normal  0.760569 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4604  transcriptional regulator, TetR family  51.92 
 
 		 255 aa  55.8  0.0000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1244  TetR family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 206 aa  55.5  0.0000006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0186  TetR family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 203 aa  55.1  0.0000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.625871  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3046  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  27.75 
 
 		 216 aa  55.1  0.0000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.303422  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1819  TetR family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 203 aa  55.1  0.0000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.191224 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2190  TetR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 277 aa  55.1  0.0000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.168858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2962  TetR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 201 aa  55.1  0.0000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4681  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 283 aa  54.7  0.0000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.433841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4464  TetR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 278 aa  54.7  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2628  transcriptional regulator, TetR family  26.29 
 
 		 194 aa  54.3  0.000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00732346  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1824  TetR family transcriptional regulator  49.06 
 
 		 224 aa  54.7  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.87921  normal  0.175095 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>