More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bfae_19820 on replicon NC_013172
Organism: Brachybacterium faecium DSM 4810



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013172  Bfae_19820  transcriptional regulator  100 
 
 
260 aa  514  1.0000000000000001e-145  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19890  transcriptional regulator  66.32 
 
 
346 aa  255  4e-67  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.403358  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28300  transcriptional regulator  53.48 
 
 
280 aa  174  1.9999999999999998e-42  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3154  regulatory protein, TetR  37.57 
 
 
214 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0193225  normal  0.108939 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2974  transcriptional regulator, TetR family  35.43 
 
 
199 aa  83.6  0.000000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3319  transcriptional regulator, TetR family  36.42 
 
 
214 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00311946  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1508  transcriptional regulator, TetR family  33.75 
 
 
215 aa  77.4  0.0000000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0994502  normal  0.123569 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2496  transcriptional regulator, TetR family  35.54 
 
 
226 aa  76.6  0.0000000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.40575  normal  0.202338 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4432  TetR family transcriptional regulator  40.95 
 
 
208 aa  73.6  0.000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.21103  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2977  transcriptional regulator, TetR family  32.56 
 
 
196 aa  72.4  0.000000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2742  transcriptional regulator, TetR family  34.04 
 
 
207 aa  71.6  0.00000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2430  transcriptional regulator, TetR family  37.04 
 
 
207 aa  71.6  0.00000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.466149 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4429  TetR family transcriptional regulator  34.39 
 
 
197 aa  71.2  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.679698  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05720  transcriptional regulator  32.52 
 
 
221 aa  70.5  0.00000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.203838  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3500  transcriptional regulator, TetR family  31.03 
 
 
209 aa  69.3  0.00000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00016281 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6560  transcriptional regulator, TetR family  56.6 
 
 
203 aa  68.9  0.00000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0466  TetR family transcriptional regulator  54.24 
 
 
189 aa  68.2  0.0000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3149  TetR family transcriptional regulator  29.07 
 
 
205 aa  68.2  0.0000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27500  transcriptional regulator  34.39 
 
 
214 aa  67.8  0.0000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3720  transcriptional regulator, TetR family  35.07 
 
 
200 aa  65.5  0.0000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.91394  normal  0.0177543 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17710  transcriptional regulator  34.18 
 
 
203 aa  65.1  0.000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0632938  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26580  transcriptional regulator, TetR family  33.13 
 
 
205 aa  64.7  0.000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.0994293 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1780  regulatory protein, TetR  32.43 
 
 
212 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.407505  normal  0.506261 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3920  TetR family transcriptional regulator  32.47 
 
 
227 aa  64.3  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.62554  normal  0.13671 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4700  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 
224 aa  64.3  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0565878  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35350  transcriptional regulator, TetR family  36.75 
 
 
223 aa  63.5  0.000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.147408 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6231  transcriptional regulator, TetR family  40.45 
 
 
197 aa  62.8  0.000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5720  TetR family transcriptional regulator  41.79 
 
 
291 aa  62.8  0.000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.649137  normal  0.760569 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4043  transcriptional regulator, TetR family  31.18 
 
 
222 aa  62.8  0.000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2546  transcriptional regulator, TetR family  31.52 
 
 
207 aa  62.8  0.000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0951  transcriptional regulator, TetR family  42.17 
 
 
242 aa  61.6  0.00000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3695  transcriptional regulator, TetR family  31.25 
 
 
218 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.551475  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3892  regulatory protein TetR  39.64 
 
 
214 aa  61.6  0.00000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4525  transcriptional regulator, TetR family  42.67 
 
 
216 aa  60.8  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.397871 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3170  TetR family transcriptional regulator  29.19 
 
 
202 aa  61.2  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.148676  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1756  transcriptional regulator, TetR family  34.78 
 
 
205 aa  60.5  0.00000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000229906 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6913  putative transcriptional regulator, TetR family  51.06 
 
 
183 aa  60.1  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.128918  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2619  transcriptional regulator, TetR family  45.61 
 
 
221 aa  60.1  0.00000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.844619 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0788  TetR family transcriptional regulator  29.27 
 
 
221 aa  59.3  0.00000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.796627 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4786  transcriptional regulator, TetR family  34.65 
 
 
211 aa  58.9  0.00000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.187473  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1731  transcriptional regulator, TetR family  33.79 
 
 
196 aa  58.5  0.00000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0465827  normal  0.0150851 
 
 
-
 
NC_002936  DET1436  TetR family transcriptional regulator  43.1 
 
 
125 aa  58.2  0.0000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000772402  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2292  transcriptional regulator, TetR family  44.26 
 
 
186 aa  58.5  0.0000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.030142  hitchhiker  0.00610108 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0934  transcriptional regulator, TetR family  29.78 
 
 
209 aa  58.5  0.0000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1933  AcrR family transcriptional regulator  27.63 
 
 
243 aa  57.4  0.0000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.189914  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1360  TetR family transcriptional regulator  37.63 
 
 
270 aa  57  0.0000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.100226  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2147  TetR family transcriptional regulator  33.77 
 
 
193 aa  57  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.576982  hitchhiker  0.00198138 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4041  TetR family transcriptional regulator  43.33 
 
 
182 aa  56.6  0.0000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.449289  normal  0.0505107 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8489  putative transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 
203 aa  56.6  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.280909  normal  0.379927 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5005  transcriptional regulator, TetR family  33.99 
 
 
229 aa  56.6  0.0000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.143864  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1944  AcrR family transcriptional regulator  32.14 
 
 
195 aa  56.6  0.0000004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2372  transcriptional regulator, TetR family  31.21 
 
 
193 aa  56.6  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.74201  normal  0.115149 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1537  TetR family transcriptional regulator  32.41 
 
 
257 aa  56.2  0.0000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2186  TetR family transcriptional regulator  43.55 
 
 
214 aa  56.2  0.0000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0785456  normal  0.820524 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2358  transcriptional regulator, TetR family  33.12 
 
 
216 aa  56.2  0.0000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0281012 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2019  transcriptional regulator, TetR family  43.28 
 
 
235 aa  56.2  0.0000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2041  TetR family transcriptional regulator  40.68 
 
 
211 aa  55.8  0.0000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1218  transcriptional regulator, TetR family  38.16 
 
 
206 aa  55.8  0.0000007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1746  transcriptional regulator, TetR family  42.31 
 
 
195 aa  55.8  0.0000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4813  TetR family transcriptional regulator  28.8 
 
 
223 aa  55.5  0.0000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2889  TetR family transcriptional regulator  27.65 
 
 
216 aa  55.5  0.0000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00514184  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4204  TetR family transcriptional regulator  27.68 
 
 
213 aa  55.5  0.0000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3562  transcriptional regulator, TetR family  41.79 
 
 
237 aa  55.8  0.0000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108326  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11503  transcriptional regulator  47.92 
 
 
187 aa  55.5  0.0000009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.243571 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1454  transcriptional regulator, TetR family  40.79 
 
 
231 aa  55.5  0.0000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.901974 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1965  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 
206 aa  55.5  0.0000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0526053  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1292  regulatory protein TetR  40.79 
 
 
231 aa  55.5  0.0000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.413674  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3756  TetR family transcriptional regulator  41.1 
 
 
193 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0067  TetR family transcriptional regulator  36.49 
 
 
212 aa  55.5  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000000826521  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02720  transcriptional regulator, tetR family  31.58 
 
 
211 aa  55.1  0.000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.460979  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0817  TetR family transcriptional regulator  40.68 
 
 
332 aa  55.1  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1034  TetR family transcriptional regulator  42.37 
 
 
204 aa  55.1  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1512  regulatory protein, TetR  38.33 
 
 
246 aa  55.1  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36720  transcriptional regulator  38.89 
 
 
179 aa  55.1  0.000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.72942 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30540  transcriptional regulator, TetR family  38.33 
 
 
195 aa  55.1  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4290  transcriptional regulator, TetR family  44.26 
 
 
226 aa  55.1  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567463  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2602  transcriptional regulator, TetR family  29.9 
 
 
214 aa  54.7  0.000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.157273  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4873  transcriptional regulator, TetR family  33.64 
 
 
193 aa  54.7  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1244  TetR family transcriptional regulator  41.38 
 
 
206 aa  55.1  0.000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2007  TetR family transcriptional regulator  40.62 
 
 
193 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.382346 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0496  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 
202 aa  55.1  0.000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.250936 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3991  regulatory protein TetR  40.68 
 
 
197 aa  54.7  0.000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3751  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
210 aa  55.1  0.000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0013  TetR family transcriptional regulator  32.89 
 
 
424 aa  54.7  0.000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0542947  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3666  TetR family transcriptional regulator  45.83 
 
 
187 aa  55.1  0.000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.356922  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1958  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 
251 aa  53.9  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.455038  normal  0.501183 
 
 
-
 
NC_004310  BR1403  TetR family transcriptional regulator  40.74 
 
 
241 aa  54.3  0.000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4488  transcriptional regulator, TetR family  35.19 
 
 
190 aa  54.3  0.000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.14916  normal  0.0536152 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2074  transcriptional regulator, TetR family  47.92 
 
 
189 aa  53.9  0.000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.902771  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1427  TetR family transcriptional regulator  25.9 
 
 
204 aa  54.3  0.000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.286714  hitchhiker  0.000126282 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2710  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
231 aa  54.7  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.324102  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34550  transcriptional regulator, TetR family  30.58 
 
 
215 aa  54.3  0.000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00167706  normal  0.63182 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3739  TetR family transcriptional regulator  27.92 
 
 
210 aa  54.3  0.000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.461772  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4199  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
214 aa  54.3  0.000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.680761 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0809  regulatory protein, TetR  47.06 
 
 
200 aa  54.3  0.000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.732229  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3812  TetR family transcriptional regulator  27.92 
 
 
210 aa  54.3  0.000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.246252 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3170  transcriptional regulator, TetR family  32.39 
 
 
216 aa  53.9  0.000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2744  TetR family transcriptional regulator  45.83 
 
 
187 aa  53.9  0.000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.184508  normal  0.510089 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000229  transcriptional regulator  44.07 
 
 
242 aa  54.3  0.000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1544  TetR family transcriptional regulator  35.24 
 
 
219 aa  54.3  0.000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>