More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_3154 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_3154  regulatory protein, TetR  100 
 
 		 214 aa  435  1e-121  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0193225  normal  0.108939 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3319  transcriptional regulator, TetR family  92.52 
 
 		 214 aa  413  1e-114  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00311946  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3171  transcriptional regulator, TetR family  42.23 
 
 		 216 aa  171  9e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.323724  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2186  TetR family transcriptional regulator  43.54 
 
 		 214 aa  166  2e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0785456  normal  0.820524 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3695  transcriptional regulator, TetR family  42.11 
 
 		 218 aa  165  5e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.551475  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3036  regulatory protein, TetR  41.95 
 
 		 216 aa  165  5e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0300267  normal  0.0658454 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1780  regulatory protein, TetR  40.48 
 
 		 212 aa  161  6e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.407505  normal  0.506261 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6256  Transcriptional regulator  39.55 
 
 		 219 aa  158  5e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.109242  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4700  transcriptional regulator, TetR family  38.1 
 
 		 224 aa  153  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0565878  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4786  transcriptional regulator, TetR family  40.86 
 
 		 211 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.187473  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8489  putative transcriptional regulator, TetR family  39.8 
 
 		 203 aa  126  2.0000000000000002e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.280909  normal  0.379927 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05720  transcriptional regulator  39.55 
 
 		 221 aa  121  6e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.203838  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4043  transcriptional regulator, TetR family  38.37 
 
 		 222 aa  121  8e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2974  transcriptional regulator, TetR family  39.27 
 
 		 199 aa  120  9.999999999999999e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3500  transcriptional regulator, TetR family  38.71 
 
 		 209 aa  120  1.9999999999999998e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00016281 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2619  transcriptional regulator, TetR family  36.32 
 
 		 221 aa  119  3.9999999999999996e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.844619 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3170  TetR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 202 aa  116  3e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.148676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2742  transcriptional regulator, TetR family  37.38 
 
 		 207 aa  115  3.9999999999999997e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3149  TetR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 205 aa  114  2.0000000000000002e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0934  transcriptional regulator, TetR family  35.05 
 
 		 209 aa  112  4.0000000000000004e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35350  transcriptional regulator, TetR family  37.06 
 
 		 223 aa  112  4.0000000000000004e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.147408 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1508  transcriptional regulator, TetR family  35.12 
 
 		 215 aa  107  9.000000000000001e-23  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0994502  normal  0.123569 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2977  transcriptional regulator, TetR family  36.08 
 
 		 196 aa  106  2e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4873  transcriptional regulator, TetR family  35.68 
 
 		 193 aa  104  8e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2430  transcriptional regulator, TetR family  35.88 
 
 		 207 aa  103  1e-21  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.466149 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5005  transcriptional regulator, TetR family  36.6 
 
 		 229 aa  103  2e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.143864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4429  TetR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 197 aa  100  2e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.679698  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4432  TetR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 208 aa  99.8  3e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.21103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2546  transcriptional regulator, TetR family  34.46 
 
 		 207 aa  99.4  4e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1023  transcriptional regulator, TetR family  32.27 
 
 		 269 aa  98.6  6e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.048156  normal  0.0140553 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2853  transcriptional regulator, TetR family  35.98 
 
 		 195 aa  98.2  8e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.597651 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27500  transcriptional regulator  36.36 
 
 		 214 aa  94.7  9e-19  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3341  TetR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 196 aa  94  1e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4525  transcriptional regulator, TetR family  32.64 
 
 		 216 aa  94  2e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.397871 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17710  transcriptional regulator  34.95 
 
 		 203 aa  92.8  4e-18  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0632938  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0259  transcriptional regulator, TetR family  31.15 
 
 		 195 aa  91.3  9e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1933  AcrR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 243 aa  89.4  4e-17  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.189914  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2496  transcriptional regulator, TetR family  31.87 
 
 		 226 aa  89.4  4e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.40575  normal  0.202338 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1756  transcriptional regulator, TetR family  32.83 
 
 		 205 aa  87.8  1e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000229906 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02720  transcriptional regulator, tetR family  32.43 
 
 		 211 aa  86.7  3e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.460979  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1944  AcrR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 195 aa  85.1  8e-16  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3720  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 200 aa  84.7  9e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.91394  normal  0.0177543 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19820  transcriptional regulator  37.57 
 
 		 260 aa  84.3  0.000000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0466  TetR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 189 aa  80.9  0.00000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4204  TetR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 213 aa  75.5  0.0000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3739  TetR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 210 aa  71.6  0.000000000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.461772  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3751  TetR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 210 aa  71.6  0.000000000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3812  TetR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 210 aa  71.6  0.000000000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.246252 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2338  transcriptional regulator, TetR family  33.9 
 
 		 213 aa  71.2  0.00000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.857275  normal  0.161469 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1940  AcrR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 204 aa  69.3  0.00000000004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.682868  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34550  transcriptional regulator, TetR family  29.95 
 
 		 215 aa  69.3  0.00000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00167706  normal  0.63182 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19890  transcriptional regulator  34.69 
 
 		 346 aa  68.6  0.00000000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.403358  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5711  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 245 aa  67.4  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3120  hypothetical protein  35.05 
 
 		 198 aa  66.2  0.0000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2447  TetR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 208 aa  65.9  0.0000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1218  transcriptional regulator, TetR family  43.08 
 
 		 206 aa  63.2  0.000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28300  transcriptional regulator  46.38 
 
 		 280 aa  60.5  0.00000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1244  TetR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 206 aa  60.1  0.00000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2292  transcriptional regulator, TetR family  28.3 
 
 		 186 aa  59.3  0.00000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.030142  hitchhiker  0.00610108 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0873  TetR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 196 aa  59.3  0.00000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.682179 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3439  TetR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 239 aa  58.5  0.00000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0955  TetR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 218 aa  58.5  0.00000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35210  TetR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 196 aa  58.2  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.831854 
 
 
-
 
NC_002936  DET1436  TetR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 125 aa  57.4  0.0000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000772402  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1940  TetR family transcriptional regulator  24.1 
 
 		 198 aa  57.4  0.0000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.688335  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7816  transcriptional regulator, TetR family  35.64 
 
 		 216 aa  55.8  0.0000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2970  putative transcriptional regulator  35.71 
 
 		 196 aa  55.5  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0889426  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3096  TetR family transcriptional regulator  23.2 
 
 		 202 aa  55.5  0.0000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0203472  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4505  regulatory protein TetR  42.59 
 
 		 390 aa  55.1  0.0000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.215764  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10145  TetR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 280 aa  54.7  0.0000009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3892  regulatory protein TetR  45.61 
 
 		 214 aa  55.1  0.0000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0186  TetR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 203 aa  54.3  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.625871  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2058  transcriptional regulator, TetR family  43.06 
 
 		 213 aa  54.7  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00904468  normal  0.0313266 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1819  TetR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 203 aa  54.3  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.191224 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1669  TetR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 235 aa  53.9  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1739  tetracycline transcriptional regulator YcdC domain-containing protein  43.06 
 
 		 213 aa  53.5  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9073  putative transcriptional regulator, TetR family  28.89 
 
 		 193 aa  53.5  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3524  TetR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 223 aa  53.1  0.000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0849134 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6034  TetR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 223 aa  53.1  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2109  TetR family transcriptional regulator  23.83 
 
 		 206 aa  52.8  0.000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.901149 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2856  TetR family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 194 aa  52.8  0.000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.661308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3781  TetR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 214 aa  52.4  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001824  transcriptional regulator  28.28 
 
 		 196 aa  52.4  0.000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000410739  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00651  nucleoid occlusion protein  28.28 
 
 		 196 aa  52.4  0.000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0518  TetR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 206 aa  52.4  0.000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.290772  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4426  TetR family transcriptional regulator  21.94 
 
 		 210 aa  52  0.000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.062473  normal  0.279059 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2593  nucleoid occlusion protein  28.5 
 
 		 210 aa  52  0.000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000323733  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3859  TetR family transcriptional regulator  22.17 
 
 		 211 aa  52.4  0.000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.677666 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0784  TetR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 204 aa  52  0.000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.42035  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1253  transcriptional regulator, TetR family  26.44 
 
 		 210 aa  52  0.000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0477994 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2859  transcriptional regulator, TetR family  40.68 
 
 		 186 aa  52  0.000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.111234  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1387  TetR family transcriptional regulator  21.94 
 
 		 210 aa  51.6  0.000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.649854  normal  0.844436 
 
 
-
 
NC_003296  RS05643  putative transcription regulator protein  40 
 
 		 233 aa  51.6  0.000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1000  regulatory protein, TetR  38.16 
 
 		 242 aa  51.6  0.000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.6882 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0564  transcriptional regulator, TetR family  38.57 
 
 		 203 aa  51.6  0.000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4876  transcriptional regulator, TetR family  33.7 
 
 		 209 aa  51.6  0.000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.217727  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1436  TetR family transcriptional regulator  25.38 
 
 		 197 aa  51.6  0.000009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1129  TetR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 231 aa  51.6  0.000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3375  TetR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 206 aa  50.8  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4006  TetR family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 237 aa  50.8  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>