More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_2546 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009664  Krad_2546  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 
207 aa  425  1e-118  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3149  TetR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
205 aa  126  2.0000000000000002e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2742  transcriptional regulator, TetR family  39.27 
 
 
207 aa  119  1.9999999999999998e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3170  TetR family transcriptional regulator  31.68 
 
 
202 aa  113  2.0000000000000002e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.148676  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1756  transcriptional regulator, TetR family  39.29 
 
 
205 aa  111  6e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000229906 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2430  transcriptional regulator, TetR family  30.93 
 
 
207 aa  108  6e-23  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.466149 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2977  transcriptional regulator, TetR family  34.65 
 
 
196 aa  108  8.000000000000001e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1508  transcriptional regulator, TetR family  36.57 
 
 
215 aa  107  9.000000000000001e-23  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0994502  normal  0.123569 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2974  transcriptional regulator, TetR family  33.51 
 
 
199 aa  106  2e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3500  transcriptional regulator, TetR family  32.99 
 
 
209 aa  107  2e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00016281 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4873  transcriptional regulator, TetR family  34.39 
 
 
193 aa  105  4e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35350  transcriptional regulator, TetR family  35.29 
 
 
223 aa  104  9e-22  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.147408 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02720  transcriptional regulator, tetR family  37.5 
 
 
211 aa  104  1e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.460979  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05720  transcriptional regulator  35.14 
 
 
221 aa  103  1e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.203838  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0259  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 
195 aa  104  1e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3341  TetR family transcriptional regulator  31.98 
 
 
196 aa  101  9e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2619  transcriptional regulator, TetR family  33.14 
 
 
221 aa  99.8  2e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.844619 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3154  regulatory protein, TetR  34.46 
 
 
214 aa  99.4  3e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0193225  normal  0.108939 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2496  transcriptional regulator, TetR family  32.02 
 
 
226 aa  99.8  3e-20  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.40575  normal  0.202338 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3319  transcriptional regulator, TetR family  33.9 
 
 
214 aa  98.2  8e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00311946  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6256  Transcriptional regulator  35.45 
 
 
219 aa  96.7  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.109242  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17710  transcriptional regulator  31.31 
 
 
203 aa  95.1  6e-19  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0632938  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4700  transcriptional regulator, TetR family  32.47 
 
 
224 aa  94.7  8e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0565878  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1023  transcriptional regulator, TetR family  30.99 
 
 
269 aa  94.7  9e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.048156  normal  0.0140553 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5005  transcriptional regulator, TetR family  35.42 
 
 
229 aa  94.4  1e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.143864  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4525  transcriptional regulator, TetR family  32.99 
 
 
216 aa  94.4  1e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.397871 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0934  transcriptional regulator, TetR family  32.97 
 
 
209 aa  91.7  7e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27500  transcriptional regulator  32.51 
 
 
214 aa  91.3  1e-17  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4786  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 
211 aa  87  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.187473  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8489  putative transcriptional regulator, TetR family  32.11 
 
 
203 aa  86.3  3e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.280909  normal  0.379927 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4043  transcriptional regulator, TetR family  31.75 
 
 
222 aa  85.5  5e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3720  transcriptional regulator, TetR family  31.71 
 
 
200 aa  84.7  0.000000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.91394  normal  0.0177543 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4432  TetR family transcriptional regulator  29.26 
 
 
208 aa  84  0.000000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.21103  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4429  TetR family transcriptional regulator  29.65 
 
 
197 aa  82.4  0.000000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.679698  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1780  regulatory protein, TetR  30.99 
 
 
212 aa  80.9  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.407505  normal  0.506261 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0466  TetR family transcriptional regulator  33.73 
 
 
189 aa  79  0.00000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34550  transcriptional regulator, TetR family  29.9 
 
 
215 aa  76.3  0.0000000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00167706  normal  0.63182 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1944  AcrR family transcriptional regulator  30.94 
 
 
195 aa  76.6  0.0000000000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2853  transcriptional regulator, TetR family  30.46 
 
 
195 aa  76.3  0.0000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.597651 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1933  AcrR family transcriptional regulator  31.38 
 
 
243 aa  75.5  0.0000000000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.189914  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3695  transcriptional regulator, TetR family  28.96 
 
 
218 aa  74.7  0.0000000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.551475  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3171  transcriptional regulator, TetR family  26.53 
 
 
216 aa  72  0.000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.323724  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2186  TetR family transcriptional regulator  28.88 
 
 
214 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0785456  normal  0.820524 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4204  TetR family transcriptional regulator  28.34 
 
 
213 aa  70.5  0.00000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3036  regulatory protein, TetR  28.35 
 
 
216 aa  69.3  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0300267  normal  0.0658454 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3739  TetR family transcriptional regulator  27.37 
 
 
210 aa  69.3  0.00000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.461772  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3812  TetR family transcriptional regulator  27.37 
 
 
210 aa  69.3  0.00000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.246252 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3751  TetR family transcriptional regulator  27.37 
 
 
210 aa  68.9  0.00000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1940  AcrR family transcriptional regulator  26.32 
 
 
204 aa  68.9  0.00000000006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.682868  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2338  transcriptional regulator, TetR family  33.5 
 
 
213 aa  65.5  0.0000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.857275  normal  0.161469 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2447  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
208 aa  65.1  0.0000000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9073  putative transcriptional regulator, TetR family  34.32 
 
 
193 aa  65.1  0.0000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3120  hypothetical protein  32 
 
 
198 aa  63.5  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19820  transcriptional regulator  31.52 
 
 
260 aa  62.8  0.000000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10333  TetR/AcrR family transcriptional regulator  31.72 
 
 
200 aa  61.2  0.00000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19890  transcriptional regulator  31.85 
 
 
346 aa  60.1  0.00000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.403358  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3781  TetR family transcriptional regulator  28.09 
 
 
214 aa  59.7  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28300  transcriptional regulator  31.06 
 
 
280 aa  58.2  0.00000009  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0979  TetR family transcriptional regulator  29.14 
 
 
196 aa  57.4  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3324  TetR family transcriptional regulator  34.09 
 
 
212 aa  54.3  0.000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.272078  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1862  TetR family transcriptional regulator  39.13 
 
 
213 aa  53.5  0.000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2679  transcriptional regulator, TetR family  29.84 
 
 
210 aa  53.5  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.569392  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8267  putative transcriptional regulator, TetR family  30.72 
 
 
209 aa  53.1  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.124724 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1586  TetR family transcriptional regulator  44.23 
 
 
215 aa  53.1  0.000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.377059  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1655  transcriptional regulator, TetR family  33.71 
 
 
222 aa  53.1  0.000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.721526  normal  0.229233 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6560  transcriptional regulator, TetR family  45.83 
 
 
203 aa  52.4  0.000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5974  TetR family transcriptional regulator  43.66 
 
 
227 aa  52  0.000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0426648  hitchhiker  0.00085933 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1543  TetR family transcriptional regulator  46 
 
 
238 aa  51.6  0.000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6888  TetR family transcriptional regulator  31.73 
 
 
254 aa  52  0.000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1792  regulatory protein, TetR  42.65 
 
 
238 aa  51.6  0.000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1805  TetR family transcriptional regulator  38.04 
 
 
316 aa  51.6  0.000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.754817  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1275  TetR family transcriptional regulator  38.04 
 
 
318 aa  51.2  0.000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.033456  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1958  TetR family transcriptional regulator  38.04 
 
 
316 aa  51.6  0.000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00062632  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0133  TetR family transcriptional regulator  38.04 
 
 
318 aa  51.2  0.000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.221572  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1784  TetR family transcriptional regulator  38.04 
 
 
316 aa  51.6  0.000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.261379  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1762  TetR family transcriptional regulator  38.04 
 
 
318 aa  51.2  0.000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0114483  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1033  TetR family transcriptional regulator  38.04 
 
 
318 aa  51.2  0.000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.781792  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1590  transcriptional regulator, TetR family  42.03 
 
 
231 aa  51.2  0.00001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.299217  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4770  transcriptional regulator, TetR family  31.87 
 
 
212 aa  50.8  0.00001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2245  TetR family transcriptional regulator  36.96 
 
 
212 aa  51.2  0.00001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4531  hypothetical protein  36.96 
 
 
227 aa  50.8  0.00001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4761  transcriptional regulator, TetR family  31.87 
 
 
212 aa  50.8  0.00001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.107387  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1457  TetR family transcriptional regulator  35.14 
 
 
276 aa  50.8  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.166824  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4597  TetR family transcriptional regulator  39.73 
 
 
217 aa  51.2  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00568004 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22250  transcriptional regulator  30.82 
 
 
196 aa  51.2  0.00001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0446991  normal  0.543201 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0666  transcriptional regulator  42.86 
 
 
205 aa  50.8  0.00001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1000  TetR family transcriptional regulator  44.26 
 
 
204 aa  50.8  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2528  TetR family transcriptional regulator  38.04 
 
 
317 aa  51.2  0.00001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0660251  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2258  transcriptional regulator, TetR family  36.96 
 
 
212 aa  51.2  0.00001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.968255  hitchhiker  0.0010637 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2126  TetR family transcriptional regulator  36.96 
 
 
212 aa  50.8  0.00001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00345057  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1512  regulatory protein, TetR  40 
 
 
246 aa  50.8  0.00001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0474  transcriptional regulator, TetR family  31.87 
 
 
212 aa  50.8  0.00001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.542957  hitchhiker  4.20035e-18 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5533  TetR family transcriptional regulator  39.73 
 
 
219 aa  51.2  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.445482  normal  0.987341 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3617  TetR family transcriptional regulator  39.73 
 
 
219 aa  51.2  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2171  TetR family transcriptional regulator  36.96 
 
 
212 aa  51.2  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.068169  normal  0.22854 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1417  TetR family transcriptional regulator  35.14 
 
 
272 aa  50.8  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.702279  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4133  TetR family transcriptional regulator  39.73 
 
 
217 aa  51.2  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.110099 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4750  TetR family transcriptional regulator  39.73 
 
 
219 aa  51.2  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0204514 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1173  TetR family transcriptional regulator  25.41 
 
 
189 aa  50.8  0.00001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4394  TetR family transcriptional regulator  24.62 
 
 
198 aa  51.2  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>