More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_0466 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_0466  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 189 aa  380  1e-105  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3500  transcriptional regulator, TetR family  39.89 
 
 		 209 aa  127  1.0000000000000001e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00016281 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05720  transcriptional regulator  37.82 
 
 		 221 aa  121  7e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.203838  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2974  transcriptional regulator, TetR family  37.57 
 
 		 199 aa  120  9.999999999999999e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2619  transcriptional regulator, TetR family  37.65 
 
 		 221 aa  118  3.9999999999999996e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.844619 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4873  transcriptional regulator, TetR family  40.59 
 
 		 193 aa  117  9.999999999999999e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4043  transcriptional regulator, TetR family  39.47 
 
 		 222 aa  115  3e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8489  putative transcriptional regulator, TetR family  38.54 
 
 		 203 aa  110  1.0000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.280909  normal  0.379927 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4525  transcriptional regulator, TetR family  38.66 
 
 		 216 aa  107  1e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.397871 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2742  transcriptional regulator, TetR family  36.78 
 
 		 207 aa  103  2e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2496  transcriptional regulator, TetR family  32.8 
 
 		 226 aa  101  6e-21  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.40575  normal  0.202338 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35350  transcriptional regulator, TetR family  37.36 
 
 		 223 aa  99.4  3e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.147408 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0934  transcriptional regulator, TetR family  36.57 
 
 		 209 aa  99  4e-20  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02720  transcriptional regulator, tetR family  36.61 
 
 		 211 aa  98.6  5e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.460979  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2977  transcriptional regulator, TetR family  38.07 
 
 		 196 aa  97.1  1e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17710  transcriptional regulator  36.36 
 
 		 203 aa  97.4  1e-19  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0632938  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3149  TetR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 205 aa  97.1  1e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3341  TetR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 196 aa  96.3  2e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6256  Transcriptional regulator  32.42 
 
 		 219 aa  96.7  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.109242  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1944  AcrR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 195 aa  95.1  5e-19  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5005  transcriptional regulator, TetR family  33.69 
 
 		 229 aa  93.6  2e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.143864  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2853  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 195 aa  92  4e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.597651 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2430  transcriptional regulator, TetR family  34.41 
 
 		 207 aa  91.3  7e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.466149 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0259  transcriptional regulator, TetR family  32.79 
 
 		 195 aa  90.9  9e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3319  transcriptional regulator, TetR family  33.16 
 
 		 214 aa  89.4  3e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00311946  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3720  transcriptional regulator, TetR family  33.14 
 
 		 200 aa  87.4  1e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.91394  normal  0.0177543 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27500  transcriptional regulator  37.28 
 
 		 214 aa  87  1e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3154  regulatory protein, TetR  32.64 
 
 		 214 aa  87  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0193225  normal  0.108939 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3170  TetR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 202 aa  86.7  2e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.148676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2546  transcriptional regulator, TetR family  33.73 
 
 		 207 aa  84  0.000000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1023  transcriptional regulator, TetR family  31.43 
 
 		 269 aa  82.4  0.000000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.048156  normal  0.0140553 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4432  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 208 aa  82.8  0.000000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.21103  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4700  transcriptional regulator, TetR family  31.36 
 
 		 224 aa  82.4  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0565878  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4786  transcriptional regulator, TetR family  32.16 
 
 		 211 aa  81.3  0.000000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.187473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1933  AcrR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 243 aa  80.5  0.00000000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.189914  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4429  TetR family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 197 aa  80.1  0.00000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.679698  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1508  transcriptional regulator, TetR family  29.12 
 
 		 215 aa  79.3  0.00000000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0994502  normal  0.123569 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2338  transcriptional regulator, TetR family  34.68 
 
 		 213 aa  74.3  0.0000000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.857275  normal  0.161469 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3739  TetR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 210 aa  73.2  0.000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.461772  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3812  TetR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 210 aa  73.2  0.000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.246252 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3751  TetR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 210 aa  73.2  0.000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9073  putative transcriptional regulator, TetR family  32.8 
 
 		 193 aa  72  0.000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2447  TetR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 208 aa  70.9  0.00000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1940  AcrR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 204 aa  70.1  0.00000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.682868  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4204  TetR family transcriptional regulator  33.53 
 
 		 213 aa  70.1  0.00000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3695  transcriptional regulator, TetR family  29.27 
 
 		 218 aa  69.3  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.551475  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1756  transcriptional regulator, TetR family  32.35 
 
 		 205 aa  69.7  0.00000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000229906 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1780  regulatory protein, TetR  29.24 
 
 		 212 aa  68.9  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.407505  normal  0.506261 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19890  transcriptional regulator  32.48 
 
 		 346 aa  68.9  0.00000000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.403358  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19820  transcriptional regulator  54.24 
 
 		 260 aa  68.6  0.00000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2186  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 214 aa  65.5  0.0000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0785456  normal  0.820524 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3171  transcriptional regulator, TetR family  30.85 
 
 		 216 aa  63.9  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.323724  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28300  transcriptional regulator  38.39 
 
 		 280 aa  63.5  0.000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1427  TetR family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 204 aa  62  0.000000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.286714  hitchhiker  0.000126282 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34550  transcriptional regulator, TetR family  33.06 
 
 		 215 aa  62  0.000000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00167706  normal  0.63182 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1365  transcriptional regulator  46.3 
 
 		 211 aa  61.6  0.000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.575727 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6560  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 203 aa  61.2  0.000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3240  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  27.43 
 
 		 213 aa  60.8  0.00000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.501766  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1071  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  28 
 
 		 213 aa  60.1  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0117133  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3036  regulatory protein, TetR  28.96 
 
 		 216 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0300267  normal  0.0658454 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2799  TetR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 217 aa  60.1  0.00000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.364827  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1499  TetR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 203 aa  60.5  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0951967  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0191  transcriptional regulator, TetR family  27.69 
 
 		 243 aa  59.7  0.00000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.00113557  decreased coverage  0.000257741 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2041  TetR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 211 aa  59.3  0.00000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00415  DNA-binding transcriptional repressor  26.24 
 
 		 215 aa  58.5  0.00000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3146  transcriptional regulator, TetR family  26.24 
 
 		 215 aa  58.5  0.00000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0376592  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0507  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  26.24 
 
 		 215 aa  58.5  0.00000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.480121  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0554  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  26.24 
 
 		 215 aa  58.5  0.00000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.627816  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0396  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  26.24 
 
 		 215 aa  58.5  0.00000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00420  hypothetical protein  26.24 
 
 		 215 aa  58.5  0.00000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0540  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  26.24 
 
 		 215 aa  58.5  0.00000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0498  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  26.24 
 
 		 215 aa  58.5  0.00000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0349  TetR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 232 aa  58.5  0.00000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0140  TetR family transcriptional regulator  42.5 
 
 		 176 aa  58.2  0.00000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1074  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 213 aa  57.4  0.0000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.739181  hitchhiker  0.00943768 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1739  tetracycline transcriptional regulator YcdC domain-containing protein  50 
 
 		 213 aa  57.4  0.0000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1543  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 238 aa  57.4  0.0000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2502  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 291 aa  57.4  0.0000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3152  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  25.74 
 
 		 215 aa  57  0.0000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2704  TetR family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 203 aa  57  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.187148 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3836  transcriptional regulator, TetR family  31.82 
 
 		 211 aa  57.8  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2058  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 213 aa  57.4  0.0000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00904468  normal  0.0313266 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3046  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  27.22 
 
 		 216 aa  57  0.0000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.303422  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1000  regulatory protein, TetR  27.91 
 
 		 242 aa  57  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.6882 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1496  transcriptional regulator, TetR family  37.17 
 
 		 206 aa  57  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0537  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  25.25 
 
 		 217 aa  56.2  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.355505  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0580  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  25.25 
 
 		 217 aa  56.2  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0809226  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3892  regulatory protein TetR  50.98 
 
 		 214 aa  56.2  0.0000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0518  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  25.25 
 
 		 217 aa  56.2  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.35266  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0521  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  25.25 
 
 		 217 aa  56.2  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0327711  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1459  TetR family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 203 aa  56.2  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.540117  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10159  TetR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 214 aa  56.2  0.0000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0527  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  25.25 
 
 		 217 aa  56.2  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0186  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 203 aa  55.8  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.625871  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4094  TetR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 204 aa  55.8  0.0000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0325183  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2592  transcriptional regulator, TetR family  27.72 
 
 		 192 aa  55.5  0.0000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.119823  normal  0.0690788 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6913  putative transcriptional regulator, TetR family  49.02 
 
 		 183 aa  55.5  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.128918  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1819  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 203 aa  55.8  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.191224 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0282  TetR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 201 aa  55.8  0.0000004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.356366  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1158  transcriptional regulator, TetR family  28.12 
 
 		 218 aa  55.5  0.0000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.91676  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>