More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1499 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1499  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 203 aa  418  1e-116  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0951967  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2710  TetR family transcriptional regulator  62.56 
 
 		 203 aa  263  2e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.466457  normal  0.498996 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1459  TetR family transcriptional regulator  61.58 
 
 		 203 aa  253  2.0000000000000002e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.540117  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0186  TetR family transcriptional regulator  60.51 
 
 		 203 aa  245  3e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.625871  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1819  TetR family transcriptional regulator  60.51 
 
 		 203 aa  245  3e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.191224 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1365  transcriptional regulator  57.65 
 
 		 211 aa  238  5.999999999999999e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.575727 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2041  TetR family transcriptional regulator  55.96 
 
 		 211 aa  229  2e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3453  transcriptional regulator TetR family  52.76 
 
 		 213 aa  216  2e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2365  TetR family transcriptional regulator  53.4 
 
 		 213 aa  215  2.9999999999999998e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.227272  normal  0.96994 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3035  transcriptional regulator, TetR family  52.76 
 
 		 225 aa  213  9.999999999999999e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.489456  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3290  transcriptional regulator, TetR family  51.76 
 
 		 225 aa  209  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.413178  normal  0.0802991 
 
 
-
 
NC_004310  BR0280  TetR family transcriptional regulator  54.6 
 
 		 227 aa  206  3e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.980178  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0294  TetR family transcriptional regulator  54.6 
 
 		 227 aa  206  3e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.136884  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0349  TetR family transcriptional regulator  53.04 
 
 		 232 aa  201  7e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1121  TetR family transcriptional regulator  44.28 
 
 		 221 aa  184  8e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1231  HTH-type transcriptional regulator RutR  47.8 
 
 		 212 aa  181  8.000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.696174  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1074  transcriptional regulator, TetR family  46.11 
 
 		 213 aa  180  1e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.739181  hitchhiker  0.00943768 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1196  HTH-type transcriptional regulator RutR  47.25 
 
 		 212 aa  180  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1081  HTH-type transcriptional regulator RutR  47.25 
 
 		 212 aa  179  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1186  HTH-type transcriptional regulator RutR  47.25 
 
 		 212 aa  179  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.151745  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1216  HTH-type transcriptional regulator RutR  46.7 
 
 		 212 aa  179  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.591915 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1739  tetracycline transcriptional regulator YcdC domain-containing protein  47.46 
 
 		 213 aa  178  4.999999999999999e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011757  Mchl_2058  transcriptional regulator, TetR family  47.46 
 
 		 213 aa  177  7e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00904468  normal  0.0313266 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01016  predicted DNA-binding transcriptional regulator  46.78 
 
 		 212 aa  175  3e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1128  transcriptional regulator RutR  46.78 
 
 		 212 aa  175  3e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2582  TetR family transcriptional regulator  46.78 
 
 		 212 aa  175  3e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.120721 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4844  transcriptional regulator, TetR family  43.75 
 
 		 252 aa  175  4e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00759  transcriptional regulator, TetR family protein  46.71 
 
 		 224 aa  175  5e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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CP001637  EcDH1_2629  transcriptional regulator, TetR family  47.98 
 
 		 212 aa  174  8e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2305  transcriptional regulator RutR  47.98 
 
 		 212 aa  174  8e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2112  transcriptional regulator RutR  47.98 
 
 		 212 aa  174  9e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1000  regulatory protein, TetR  46.07 
 
 		 242 aa  172  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.6882 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1131  transcriptional regulator RutR  47.88 
 
 		 212 aa  173  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.33999  n/a   
 
 
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NC_011353  ECH74115_1250  transcriptional regulator RutR  47.4 
 
 		 212 aa  173  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1158  transcriptional regulator, TetR family  46.07 
 
 		 218 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.91676  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1824  TetR family transcriptional regulator  48.54 
 
 		 224 aa  171  7.999999999999999e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.87921  normal  0.175095 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1539  TetR family transcriptional regulator  47.4 
 
 		 212 aa  167  1e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.162694 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4037  TetR family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 219 aa  160  1e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.737605  normal  0.766436 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6034  TetR family transcriptional regulator  43.68 
 
 		 223 aa  158  4e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0039  transcriptional regulator, TetR family  41.18 
 
 		 228 aa  156  2e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.618128  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0771  transcriptional regulator, TetR family  34.62 
 
 		 218 aa  149  2e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.353788  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0675  regulatory protein, TetR  34.65 
 
 		 220 aa  145  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3988  regulatory protein, TetR  38.61 
 
 		 233 aa  145  4.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.100564  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4569  TetR family transcriptional regulator  39.09 
 
 		 221 aa  145  4.0000000000000006e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000147437  normal  0.0336832 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0683  TetR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 216 aa  144  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000557469  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0634  TetR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 220 aa  143  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000435144  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1600  TetR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 201 aa  142  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0652187  normal  0.362821 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1790  TetR family transcriptional regulator  44.24 
 
 		 251 aa  143  2e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0594  TetR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 247 aa  142  3e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0201579  normal  1 
 
 
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NC_008060  Bcen_1598  TetR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 230 aa  142  3e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.535122  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6233  TetR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 230 aa  142  3e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.275362  normal  0.0744328 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2128  TetR family transcriptional regulator  39.11 
 
 		 251 aa  141  6e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0639  TetR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 220 aa  141  6e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.307578  hitchhiker  0.000146714 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4062  TetR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 218 aa  141  8e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6709  TetR family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 230 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.408759  normal  0.497229 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4569  TetR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 220 aa  138  6e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000245113  hitchhiker  0.00602594 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0479  TetR family transcriptional regulator  39.05 
 
 		 239 aa  137  1e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.676411  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1810  TetR family transcriptional regulator  39.05 
 
 		 239 aa  137  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0381  TetR family transcriptional regulator  39.05 
 
 		 239 aa  137  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1492  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 239 aa  135  4e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0796  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 239 aa  135  4e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6653  TetR family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 230 aa  135  4e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.713495  normal  0.0271875 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2113  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 239 aa  135  4e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.473372  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1537  TetR family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 234 aa  135  4e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4876  TetR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 208 aa  135  5e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0224524  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5348  TetR family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 230 aa  134  8e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.130352 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3699  TetR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 220 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1426  TetR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 260 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0247  putative transcriptional regulator  36.36 
 
 		 221 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2692  transcriptional regulator, TetR family  35.63 
 
 		 249 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1777  regulatory protein, TetR  37.5 
 
 		 202 aa  132  3e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.26768  normal  0.308935 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3827  putative transcriptional regulator  34.67 
 
 		 216 aa  132  3e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5968  TetR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 230 aa  132  3e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.609129 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2767  TetR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 214 aa  132  3e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0855812  normal  0.684751 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5724  TetR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 230 aa  131  6e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1818  TetR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 210 aa  130  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.671958  normal  0.199135 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44980  TetR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 216 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0185  TetR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 210 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.141931  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02090  TetR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 221 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.395705 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0799  TetR family transcriptional regulator  39.89 
 
 		 225 aa  128  5.0000000000000004e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.126774  normal  0.374704 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1965  TetR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 210 aa  128  7.000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.885807  n/a   
 
 
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NC_002947  PP_4295  TetR family transcriptional regulator  36 
 
 		 203 aa  127  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.524256  normal  1 
 
 
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NC_010002  Daci_2860  TetR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 226 aa  127  8.000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.253372  normal  1 
 
 
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NC_009512  Pput_1574  TetR family transcriptional regulator  36 
 
 		 203 aa  127  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00597987  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3860  TetR family transcriptional regulator  36 
 
 		 203 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.526451  normal  0.667209 
 
 
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NC_009428  Rsph17025_1460  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 210 aa  126  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2423  TetR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 214 aa  126  3e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010501  PputW619_3620  TetR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 203 aa  125  3e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_004578  PSPTO_3698  transcriptional regulator, TetR family  36.9 
 
 		 202 aa  125  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011138  MADE_02513  transcriptional regulator, TetR family protein  36.81 
 
 		 214 aa  123  1e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008786  Veis_4153  TetR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 234 aa  123  2e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009668  Oant_3875  TetR family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 217 aa  119  3e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.417982  n/a   
 
 
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NC_009656  PSPA7_3426  putative transcriptional regulator  34.39 
 
 		 216 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008463  PA14_40380  TetR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 216 aa  115  5e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007204  Psyc_1665  TetR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 221 aa  114  6.9999999999999995e-25  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.271808  normal  1 
 
 
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NC_007969  Pcryo_1914  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 221 aa  113  2.0000000000000002e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.0000166268  normal  0.222991 
 
 
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NC_009512  Pput_1799  TetR family transcriptional regulator  35.26 
 
 		 206 aa  112  3e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.539023  normal  0.822653 
 
 
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NC_009656  PSPA7_0537  putative transcriptional regulator  34.32 
 
 		 206 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.664064  n/a   
 
 
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NC_010322  PputGB1_3641  TetR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 206 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0507549  normal  1 
 
 
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NC_009654  Mmwyl1_1423  TetR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 209 aa  111  7.000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.6699 
 
 
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