More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_1000 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_1000  regulatory protein, TetR  100 
 
 		 242 aa  501  1e-141  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.6882 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1158  transcriptional regulator, TetR family  96.79 
 
 		 218 aa  437  9.999999999999999e-123  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.91676  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4844  transcriptional regulator, TetR family  54.94 
 
 		 252 aa  271  9e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1824  TetR family transcriptional regulator  60.89 
 
 		 224 aa  263  2e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.87921  normal  0.175095 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00759  transcriptional regulator, TetR family protein  52.94 
 
 		 224 aa  257  1e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1539  TetR family transcriptional regulator  53.96 
 
 		 212 aa  244  9.999999999999999e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.162694 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1216  HTH-type transcriptional regulator RutR  54.9 
 
 		 212 aa  243  3e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.591915 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1186  HTH-type transcriptional regulator RutR  54.41 
 
 		 212 aa  242  3.9999999999999997e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.151745  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1081  HTH-type transcriptional regulator RutR  54.41 
 
 		 212 aa  242  3.9999999999999997e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1231  HTH-type transcriptional regulator RutR  54.41 
 
 		 212 aa  241  7.999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.696174  normal  0.680174 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01016  predicted DNA-binding transcriptional regulator  53.96 
 
 		 212 aa  240  1e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2582  TetR family transcriptional regulator  53.96 
 
 		 212 aa  240  1e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.120721 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1128  transcriptional regulator RutR  53.96 
 
 		 212 aa  240  1e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1250  transcriptional regulator RutR  53.96 
 
 		 212 aa  240  1e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1196  HTH-type transcriptional regulator RutR  53.92 
 
 		 212 aa  241  1e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2629  transcriptional regulator, TetR family  53.96 
 
 		 212 aa  239  2e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2305  transcriptional regulator RutR  53.96 
 
 		 212 aa  239  2e-62  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2112  transcriptional regulator RutR  53.96 
 
 		 212 aa  239  2e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1074  transcriptional regulator, TetR family  54.31 
 
 		 213 aa  238  5.999999999999999e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.739181  hitchhiker  0.00943768 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1739  tetracycline transcriptional regulator YcdC domain-containing protein  53.81 
 
 		 213 aa  236  2e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1131  transcriptional regulator RutR  53.47 
 
 		 212 aa  236  2e-61  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.33999  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2058  transcriptional regulator, TetR family  52.97 
 
 		 213 aa  236  2e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00904468  normal  0.0313266 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0349  TetR family transcriptional regulator  48 
 
 		 232 aa  206  3e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6034  TetR family transcriptional regulator  49.02 
 
 		 223 aa  205  6e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3035  transcriptional regulator, TetR family  45.02 
 
 		 225 aa  202  4e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.489456  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3453  transcriptional regulator TetR family  46.6 
 
 		 213 aa  200  1.9999999999999998e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3290  transcriptional regulator, TetR family  45.19 
 
 		 225 aa  198  6e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.413178  normal  0.0802991 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2041  TetR family transcriptional regulator  45.92 
 
 		 211 aa  196  2.0000000000000003e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0280  TetR family transcriptional regulator  45.92 
 
 		 227 aa  194  1e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.980178  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0294  TetR family transcriptional regulator  45.92 
 
 		 227 aa  194  1e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.136884  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2365  TetR family transcriptional regulator  45.73 
 
 		 213 aa  192  3e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.227272  normal  0.96994 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1365  transcriptional regulator  46.63 
 
 		 211 aa  191  8e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.575727 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2710  TetR family transcriptional regulator  46.23 
 
 		 203 aa  183  2.0000000000000003e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.466457  normal  0.498996 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0186  TetR family transcriptional regulator  48.07 
 
 		 203 aa  182  3e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.625871  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1819  TetR family transcriptional regulator  48.07 
 
 		 203 aa  182  3e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.191224 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1459  TetR family transcriptional regulator  46.41 
 
 		 203 aa  179  4e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.540117  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1499  TetR family transcriptional regulator  46.07 
 
 		 203 aa  172  3.9999999999999995e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0951967  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0185  TetR family transcriptional regulator  40.64 
 
 		 210 aa  165  6.9999999999999995e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.141931  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1818  TetR family transcriptional regulator  40.64 
 
 		 210 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.671958  normal  0.199135 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0683  TetR family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 216 aa  161  9e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000557469  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0771  transcriptional regulator, TetR family  36.36 
 
 		 218 aa  160  2e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.353788  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0675  regulatory protein, TetR  37.25 
 
 		 220 aa  159  6e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1121  TetR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 221 aa  158  6e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3988  regulatory protein, TetR  40.89 
 
 		 233 aa  157  1e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.100564  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0594  TetR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 247 aa  156  3e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0201579  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0634  TetR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 220 aa  156  4e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000435144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1460  TetR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 210 aa  156  4e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4569  TetR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 221 aa  155  6e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000147437  normal  0.0336832 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2423  TetR family transcriptional regulator  38.42 
 
 		 214 aa  155  6e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1777  regulatory protein, TetR  39.2 
 
 		 202 aa  155  7e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.26768  normal  0.308935 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3699  TetR family transcriptional regulator  37.44 
 
 		 220 aa  154  9e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0639  TetR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 220 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.307578  hitchhiker  0.000146714 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3827  putative transcriptional regulator  39.59 
 
 		 216 aa  154  2e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44980  TetR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 216 aa  154  2e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4295  TetR family transcriptional regulator  38.5 
 
 		 203 aa  152  4e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.524256  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1600  TetR family transcriptional regulator  39.09 
 
 		 201 aa  152  4e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0652187  normal  0.362821 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3860  TetR family transcriptional regulator  38.5 
 
 		 203 aa  152  4e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.526451  normal  0.667209 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1574  TetR family transcriptional regulator  38.5 
 
 		 203 aa  152  4e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00597987  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4569  TetR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 220 aa  151  8e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000245113  hitchhiker  0.00602594 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1790  TetR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 251 aa  151  1e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2767  TetR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 214 aa  150  2e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0855812  normal  0.684751 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3698  transcriptional regulator, TetR family  39.2 
 
 		 202 aa  150  2e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6233  TetR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 230 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.275362  normal  0.0744328 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1598  TetR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 230 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.535122  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0039  transcriptional regulator, TetR family  38.31 
 
 		 228 aa  146  2.0000000000000003e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.618128  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4876  TetR family transcriptional regulator  37.43 
 
 		 208 aa  146  3e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0224524  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6653  TetR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 230 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.713495  normal  0.0271875 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6709  TetR family transcriptional regulator  36.32 
 
 		 230 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.408759  normal  0.497229 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02513  transcriptional regulator, TetR family protein  35.45 
 
 		 214 aa  145  5e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0799  TetR family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 225 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.126774  normal  0.374704 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02090  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 221 aa  144  1e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.395705 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4062  TetR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 218 aa  143  2e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4037  TetR family transcriptional regulator  38.58 
 
 		 219 aa  143  3e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.737605  normal  0.766436 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3620  TetR family transcriptional regulator  35 
 
 		 203 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0537  putative transcriptional regulator  38.5 
 
 		 206 aa  143  3e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.664064  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0247  putative transcriptional regulator  36.93 
 
 		 221 aa  142  4e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5968  TetR family transcriptional regulator  38.92 
 
 		 230 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.609129 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05660  putative transcriptional regulator  37.97 
 
 		 206 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5724  TetR family transcriptional regulator  38.92 
 
 		 230 aa  139  3e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2860  TetR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 226 aa  139  3.9999999999999997e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.253372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5348  TetR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 230 aa  139  6e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.130352 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1426  TetR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 260 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010681  Bphyt_2692  transcriptional regulator, TetR family  35.1 
 
 		 249 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007650  BTH_II2128  TetR family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 251 aa  136  4e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009512  Pput_1799  TetR family transcriptional regulator  34.76 
 
 		 206 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.539023  normal  0.822653 
 
 
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NC_010322  PputGB1_3641  TetR family transcriptional regulator  34.76 
 
 		 206 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0507549  normal  1 
 
 
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NC_003910  CPS_1965  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 210 aa  134  9.999999999999999e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.885807  n/a   
 
 
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NC_010501  PputW619_1833  TetR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 206 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.226385 
 
 
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NC_009075  BURPS668_A0479  TetR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 239 aa  131  7.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.676411  n/a   
 
 
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NC_008463  PA14_40380  TetR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 216 aa  131  9e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009078  BURPS1106A_A0381  TetR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 239 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007435  BURPS1710b_A1810  TetR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 239 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010622  Bphy_1537  TetR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 234 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_006349  BMAA1492  TetR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 239 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008835  BMA10229_2113  TetR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 239 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.473372  n/a   
 
 
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NC_009079  BMA10247_A0796  TetR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 239 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010322  PputGB1_3179  TetR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 228 aa  129  3e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.30038  normal  1 
 
 
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NC_009656  PSPA7_3426  putative transcriptional regulator  35.75 
 
 		 216 aa  129  3e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009654  Mmwyl1_1423  TetR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 209 aa  129  4.0000000000000003e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.6699 
 
 
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NC_009668  Oant_3875  TetR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 217 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.417982  n/a   
 
 
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