More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_1780 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_1780  regulatory protein, TetR  100 
 
 		 212 aa  428  1e-119  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.407505  normal  0.506261 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3695  transcriptional regulator, TetR family  79.81 
 
 		 218 aa  354  6.999999999999999e-97  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.551475  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3171  transcriptional regulator, TetR family  51.22 
 
 		 216 aa  223  2e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.323724  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3036  regulatory protein, TetR  51.22 
 
 		 216 aa  221  6e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0300267  normal  0.0658454 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2186  TetR family transcriptional regulator  48.22 
 
 		 214 aa  190  1e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0785456  normal  0.820524 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3319  transcriptional regulator, TetR family  41.55 
 
 		 214 aa  165  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00311946  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3154  regulatory protein, TetR  40.48 
 
 		 214 aa  161  6e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0193225  normal  0.108939 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6256  Transcriptional regulator  37.76 
 
 		 219 aa  129  3e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.109242  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4700  transcriptional regulator, TetR family  38.97 
 
 		 224 aa  129  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0565878  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4786  transcriptional regulator, TetR family  38.5 
 
 		 211 aa  120  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.187473  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8489  putative transcriptional regulator, TetR family  37.63 
 
 		 203 aa  116  3e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.280909  normal  0.379927 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35350  transcriptional regulator, TetR family  37.91 
 
 		 223 aa  115  3e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.147408 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05720  transcriptional regulator  33.01 
 
 		 221 aa  112  5e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.203838  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2974  transcriptional regulator, TetR family  35.96 
 
 		 199 aa  111  9e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3500  transcriptional regulator, TetR family  33.87 
 
 		 209 aa  110  2.0000000000000002e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00016281 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1508  transcriptional regulator, TetR family  36.99 
 
 		 215 aa  108  5e-23  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0994502  normal  0.123569 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2742  transcriptional regulator, TetR family  36.57 
 
 		 207 aa  105  3e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0934  transcriptional regulator, TetR family  31.89 
 
 		 209 aa  105  4e-22  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4429  TetR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 197 aa  102  3e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.679698  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4043  transcriptional regulator, TetR family  33.69 
 
 		 222 aa  100  2e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0259  transcriptional regulator, TetR family  31.28 
 
 		 195 aa  95.1  6e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1023  transcriptional regulator, TetR family  31.41 
 
 		 269 aa  92.8  3e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.048156  normal  0.0140553 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2430  transcriptional regulator, TetR family  32.18 
 
 		 207 aa  92.8  3e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.466149 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4432  TetR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 208 aa  92.8  4e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.21103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3149  TetR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 205 aa  87.8  1e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3341  TetR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 196 aa  86.7  3e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1756  transcriptional regulator, TetR family  31.4 
 
 		 205 aa  85.9  4e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000229906 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2619  transcriptional regulator, TetR family  28.42 
 
 		 221 aa  85.9  5e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.844619 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2977  transcriptional regulator, TetR family  30.89 
 
 		 196 aa  84.7  0.000000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2853  transcriptional regulator, TetR family  30.36 
 
 		 195 aa  84.3  0.000000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.597651 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4525  transcriptional regulator, TetR family  29.9 
 
 		 216 aa  84  0.000000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.397871 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4204  TetR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 213 aa  84  0.000000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3170  TetR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 202 aa  82.8  0.000000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.148676  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2496  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 226 aa  82.8  0.000000000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.40575  normal  0.202338 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27500  transcriptional regulator  31.19 
 
 		 214 aa  81.3  0.00000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2546  transcriptional regulator, TetR family  30.99 
 
 		 207 aa  80.9  0.00000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4873  transcriptional regulator, TetR family  28.07 
 
 		 193 aa  80.9  0.00000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3739  TetR family transcriptional regulator  31 
 
 		 210 aa  80.5  0.00000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.461772  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3751  TetR family transcriptional regulator  31 
 
 		 210 aa  80.5  0.00000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3812  TetR family transcriptional regulator  31 
 
 		 210 aa  80.5  0.00000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.246252 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34550  transcriptional regulator, TetR family  30.92 
 
 		 215 aa  77.4  0.0000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00167706  normal  0.63182 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5005  transcriptional regulator, TetR family  32 
 
 		 229 aa  76.6  0.0000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.143864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2447  TetR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 208 aa  74.3  0.000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17710  transcriptional regulator  28.71 
 
 		 203 aa  73.2  0.000000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0632938  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02720  transcriptional regulator, tetR family  27.11 
 
 		 211 aa  70.5  0.00000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.460979  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1944  AcrR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 195 aa  69.3  0.00000000004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28300  transcriptional regulator  34.21 
 
 		 280 aa  68.6  0.00000000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3302  TetR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 215 aa  68.2  0.00000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.696216 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3720  transcriptional regulator, TetR family  28.78 
 
 		 200 aa  67  0.0000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.91394  normal  0.0177543 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1933  AcrR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 243 aa  67.4  0.0000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.189914  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0466  TetR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 189 aa  65.5  0.0000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19820  transcriptional regulator  32.43 
 
 		 260 aa  63.9  0.000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1940  AcrR family transcriptional regulator  22.11 
 
 		 204 aa  62.4  0.000000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.682868  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19890  transcriptional regulator  31.08 
 
 		 346 aa  62  0.000000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.403358  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0564  transcriptional regulator, TetR family  38.14 
 
 		 203 aa  62  0.000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4181  transcriptional regulator, TetR family  31.61 
 
 		 227 aa  61.6  0.000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000221958 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2859  transcriptional regulator, TetR family  48.48 
 
 		 186 aa  60.5  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.111234  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4773  TetR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 212 aa  60.5  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000164473  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0441  TetR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 233 aa  59.7  0.00000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1372  transcriptional regulator, TetR family  46.55 
 
 		 210 aa  58.9  0.00000006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.487007  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0265  TetR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 200 aa  58.5  0.00000007  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00630944 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3771  transcriptional regulator, TetR family  29.86 
 
 		 223 aa  58.5  0.00000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3781  TetR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 214 aa  57.8  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0571  TetR family transcriptional regulator  25.75 
 
 		 200 aa  58.2  0.0000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.530829  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4478  transcriptional regulator, TetR family  46.15 
 
 		 211 aa  57.8  0.0000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3859  TetR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 211 aa  57.4  0.0000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.677666 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1636  TetR family transcriptional regulator  25.75 
 
 		 200 aa  57.4  0.0000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1436  TetR family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 125 aa  57  0.0000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000772402  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4251  transcriptional regulator, TetR family  38.82 
 
 		 216 aa  57  0.0000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.22701  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4682  TetR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 212 aa  57  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000014918  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9073  putative transcriptional regulator, TetR family  28.72 
 
 		 193 aa  56.6  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0817  TetR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 332 aa  56.6  0.0000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2815  TetR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 242 aa  56.6  0.0000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.106176  normal  0.623336 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0799  TetR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 225 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.126774  normal  0.374704 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3377  transcriptional regulator, TetR family  28.95 
 
 		 197 aa  55.8  0.0000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.27921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1663  TetR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 194 aa  55.1  0.0000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.319165 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3709  TetR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 221 aa  55.1  0.0000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0975739  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2488  TetR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 201 aa  55.1  0.0000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0524247 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3573  transcriptional regulator, TetR family  26.32 
 
 		 196 aa  54.7  0.0000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1244  TetR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 206 aa  54.3  0.000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4747  transcriptional regulator, TetR family  28.3 
 
 		 215 aa  54.3  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000342659  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1129  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 231 aa  54.3  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0455  TetR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 224 aa  53.5  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.366206  normal  0.106872 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1598  TetR family transcriptional regulator  38 
 
 		 230 aa  53.9  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.535122  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5773  TetR family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 198 aa  53.5  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3038  transcriptional regulator  35.14 
 
 		 230 aa  53.9  0.000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6138  TetR family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 198 aa  53.5  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.890581 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6233  TetR family transcriptional regulator  38 
 
 		 230 aa  53.9  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.275362  normal  0.0744328 
 
 
-
 
NC_003296  RS05643  putative transcription regulator protein  28.95 
 
 		 233 aa  52.8  0.000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1537  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 234 aa  53.1  0.000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7672  TetR family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 198 aa  53.1  0.000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.245363  normal  0.688993 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3578  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 198 aa  53.1  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00935563  normal  0.0256006 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3892  regulatory protein TetR  40 
 
 		 214 aa  53.1  0.000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27670  transcriptional regulator  43.04 
 
 		 254 aa  53.1  0.000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.208365 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0425  transcriptional regulator, TetR family  25.67 
 
 		 199 aa  53.1  0.000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.154596 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06720  transcriptional regulator, TetR family  44.12 
 
 		 221 aa  53.1  0.000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1560  transcriptional regulator, TetR family  28.95 
 
 		 221 aa  52.8  0.000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6653  TetR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 230 aa  52.8  0.000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.713495  normal  0.0271875 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3801  TetR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 215 aa  52.8  0.000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000675626  normal  0.64863 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04039  hypothetical protein  30.25 
 
 		 215 aa  52.8  0.000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000282396  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>