More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_3578 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



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Plasmid unclonability p-value
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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_3578  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 198 aa  400  1e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00935563  normal  0.0256006 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2970  putative transcriptional regulator  58.42 
 
 		 196 aa  202  2e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0889426  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35210  TetR family transcriptional regulator  56.32 
 
 		 196 aa  197  7e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.831854 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0425  transcriptional regulator, TetR family  52.82 
 
 		 195 aa  190  1e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.752712  normal  0.122961 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2508  TetR family transcriptional regulator  54.45 
 
 		 195 aa  188  5e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0332011  normal  0.924216 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2692  TetR family transcriptional regulator  50.78 
 
 		 195 aa  186  2e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.728372  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2482  transcriptional regulator, TetR family  54.05 
 
 		 196 aa  179  2e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3783  TetR family transcriptional regulator  47.15 
 
 		 197 aa  179  2.9999999999999997e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.539516 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0235  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 199 aa  178  4e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0309861  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2788  transcriptional regulator, TetR family  52.72 
 
 		 201 aa  178  4.999999999999999e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1866  TetR family transcriptional regulator  51.83 
 
 		 201 aa  175  4e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.115406 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3960  TetR family transcriptional regulator  51.83 
 
 		 201 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.110455  normal  0.471806 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2845  TetR family transcriptional regulator  46.07 
 
 		 197 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.735257  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4654  transcriptional regulator, TetR family  46.03 
 
 		 199 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.416931  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5717  transcriptional regulator, TetR family  45.95 
 
 		 197 aa  156  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.985195 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0781  transcriptional regulator, TetR family  44.32 
 
 		 197 aa  155  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1736  transcriptional regulator TetR family  47.03 
 
 		 197 aa  154  7e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4165  TetR family transcriptional regulator  46.96 
 
 		 198 aa  152  2e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.774051  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3520  TetR family transcriptional regulator  43.78 
 
 		 198 aa  149  3e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.140443 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4543  putative transcriptional regulator, TetR family  35.26 
 
 		 205 aa  99.8  2e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0569885  normal  0.220748 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1955  transcriptional regulator, TetR family  32.32 
 
 		 202 aa  91.7  6e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.22623  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10440  transcriptional regulator  31.22 
 
 		 211 aa  90.5  1e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0189255  normal  0.0235057 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2925  transcriptional regulator, TetR family  34.09 
 
 		 198 aa  90.1  2e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2327  transcriptional regulator, TetR family  35.98 
 
 		 192 aa  90.1  2e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.215572  normal  0.48242 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1287  regulatory protein, TetR  30.85 
 
 		 234 aa  88.2  7e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1811  TetR family transcriptional regulator  34.05 
 
 		 209 aa  84.7  8e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3376  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 197 aa  74.3  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.423093  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0858  regulatory protein TetR  33.51 
 
 		 201 aa  71.2  0.000000000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00117784  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5710  TetR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 222 aa  70.9  0.00000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.572132  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0828  TetR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 225 aa  69.7  0.00000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5693  transcriptional regulator, TetR family  36.52 
 
 		 211 aa  68.6  0.00000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0563608  normal  0.866587 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10078  transcriptional regulator  31.05 
 
 		 201 aa  68.2  0.00000000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.105796 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2209  TetR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 205 aa  66.6  0.0000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.539658  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0882  transcriptional regulator, TetR family  29.12 
 
 		 233 aa  66.6  0.0000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5168  TetR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 215 aa  65.1  0.0000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5257  TetR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 215 aa  65.1  0.0000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5549  TetR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 215 aa  65.1  0.0000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3742  transcriptional regulator, TetR family  37.61 
 
 		 192 aa  63.2  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2423  transcriptional regulator, TetR family  25.35 
 
 		 207 aa  61.6  0.000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2242  TetR family transcriptional regulator  25.35 
 
 		 209 aa  61.6  0.000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.640782  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2176  TetR family transcriptional regulator  25.35 
 
 		 209 aa  61.6  0.000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000096918  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2406  TetR family transcriptional regulator  25.35 
 
 		 209 aa  61.6  0.000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2162  TetR family transcriptional regulator  25.35 
 
 		 207 aa  61.6  0.000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.116975  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3071  TetR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 210 aa  61.2  0.000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3493  TetR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 211 aa  61.2  0.000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.729173  normal  0.75311 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2993  TetR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 206 aa  60.8  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2693  regulatory protein TetR  28.82 
 
 		 192 aa  60.8  0.00000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0770653  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1778  transcriptional regulator, TetR family  38.32 
 
 		 211 aa  60.8  0.00000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.261512  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4804  transcriptional regulator, TetR family  44 
 
 		 201 aa  60.8  0.00000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.120851  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3096  TetR family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 202 aa  61.2  0.00000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0203472  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0817  TetR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 212 aa  60.8  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0412  TetR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 212 aa  60.5  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.417244  normal  0.216002 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4734  TetR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 242 aa  60.1  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3833  transcriptional regulator, TetR family  34.74 
 
 		 212 aa  59.3  0.00000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2269  putative transcriptional regulator  27.81 
 
 		 207 aa  59.7  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.629172  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4359  regulatory protein, TetR  36.21 
 
 		 196 aa  59.7  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00193568  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1086  transcriptional regulator, TetR family  36.67 
 
 		 239 aa  59.7  0.00000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.566372  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5045  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 206 aa  59.7  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.906168  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0452  TetR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 212 aa  59.7  0.00000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.681881  decreased coverage  0.00000297509 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5815  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 206 aa  59.7  0.00000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3183  transcriptional regulator, TetR family  44.62 
 
 		 220 aa  59.7  0.00000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4247  TetR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 212 aa  58.9  0.00000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0639864  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4333  TetR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 212 aa  58.9  0.00000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.771402  normal  0.443044 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4626  TetR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 212 aa  58.9  0.00000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.734291 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2209  transcriptional regulator, TetR family  31.82 
 
 		 204 aa  58.9  0.00000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1289  transcriptional regulator, TetR family  26.43 
 
 		 192 aa  58.5  0.00000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26760  putative transcriptional regulator  27.69 
 
 		 198 aa  58.5  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8486  putative transcriptional regulator, TetR family  34.44 
 
 		 201 aa  58.5  0.00000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.251281  normal  0.72211 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1864  transcriptional regulator, TetR family  31.82 
 
 		 204 aa  58.5  0.00000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0665556  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3036  regulatory protein, TetR  32.67 
 
 		 216 aa  58.5  0.00000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0300267  normal  0.0658454 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2610  TetR family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 207 aa  58.2  0.00000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.965658  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2654  TetR family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 207 aa  58.2  0.00000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.569555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4778  TetR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 217 aa  58.5  0.00000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2640  TetR family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 207 aa  58.2  0.00000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0166  transcriptional regulator, TetR family  29.94 
 
 		 221 aa  58.2  0.00000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0611363  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2226  TetR family transcriptional regulator  35 
 
 		 210 aa  58.2  0.00000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4364  TetR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 206 aa  58.2  0.00000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3111  TetR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 210 aa  57.8  0.0000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01891  transcription regulator protein  50 
 
 		 219 aa  57.8  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0139537  normal  0.638618 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0402  transcriptional regulator, TetR family  43.64 
 
 		 219 aa  57.4  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.67084  normal  0.0771341 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4251  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 216 aa  57.8  0.0000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.22701  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0654  transcriptional regulator, TetR family  42.25 
 
 		 185 aa  57.4  0.0000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0511  TetR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 194 aa  57.8  0.0000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3836  transcriptional regulator, TetR family  34.12 
 
 		 211 aa  57.4  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009975  MmarC6_1636  TetR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 200 aa  57.8  0.0000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013441  Gbro_1558  regulatory protein TetR  42.86 
 
 		 220 aa  57.4  0.0000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009380  Strop_0381  TetR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 212 aa  57.4  0.0000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.336534  normal  1 
 
 
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NC_009338  Mflv_1947  TetR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 197 aa  57.8  0.0000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013093  Amir_0661  transcriptional regulator, TetR family  39.13 
 
 		 205 aa  57  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011891  A2cp1_0548  transcriptional regulator, TetR family  35.06 
 
 		 208 aa  57.4  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013947  Snas_5925  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 211 aa  56.6  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012793  GWCH70_3148  transcriptional regulator, TetR family  22.44 
 
 		 310 aa  57  0.0000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_014151  Cfla_0872  transcriptional regulator, TetR family  26.55 
 
 		 211 aa  56.6  0.0000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.678947 
 
 
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NC_007777  Francci3_3806  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 238 aa  57  0.0000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.65239  normal  0.316965 
 
 
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NC_009483  Gura_3353  TetR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 195 aa  57  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011658  BCAH187_A2506  transcriptional regulator, TetR family  23.94 
 
 		 205 aa  57  0.0000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.733789  n/a   
 
 
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NC_013172  Bfae_13360  transcriptional regulator, TetR family  32.46 
 
 		 215 aa  56.6  0.0000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0417905  n/a   
 
 
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NC_010681  Bphyt_2291  transcriptional regulator, TetR family  28.35 
 
 		 205 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.857741  normal  1 
 
 
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NC_009485  BBta_3694  TetR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 201 aa  57  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.735281  normal  1 
 
 
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NC_009135  MmarC5_0571  TetR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 200 aa  56.6  0.0000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.530829  n/a   
 
 
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