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for query gene PputGB1_2508 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2508  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 195 aa  389  1e-107  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0332011  normal  0.924216 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2482  transcriptional regulator, TetR family  81.42 
 
 		 196 aa  305  2.0000000000000002e-82  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2788  transcriptional regulator, TetR family  80.87 
 
 		 201 aa  299  2e-80  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0425  transcriptional regulator, TetR family  77.49 
 
 		 195 aa  293  9e-79  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.752712  normal  0.122961 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2692  TetR family transcriptional regulator  75.39 
 
 		 195 aa  290  1e-77  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.728372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1866  TetR family transcriptional regulator  69.59 
 
 		 201 aa  273  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.115406 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3960  TetR family transcriptional regulator  69.59 
 
 		 201 aa  271  6e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.110455  normal  0.471806 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0235  transcriptional regulator, TetR family  56.76 
 
 		 199 aa  213  9.999999999999999e-55  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0309861  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2970  putative transcriptional regulator  58.76 
 
 		 196 aa  202  3e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0889426  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35210  TetR family transcriptional regulator  57.22 
 
 		 196 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.831854 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3578  TetR family transcriptional regulator  54.45 
 
 		 198 aa  188  5e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00935563  normal  0.0256006 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3783  TetR family transcriptional regulator  48.96 
 
 		 197 aa  180  1e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.539516 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2845  TetR family transcriptional regulator  48.19 
 
 		 197 aa  176  1e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.735257  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4165  TetR family transcriptional regulator  49.74 
 
 		 198 aa  175  3e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.774051  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4654  transcriptional regulator, TetR family  48.73 
 
 		 199 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.416931  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0781  transcriptional regulator, TetR family  47.15 
 
 		 197 aa  170  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5717  transcriptional regulator, TetR family  48.7 
 
 		 197 aa  167  7e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.985195 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1736  transcriptional regulator TetR family  46.63 
 
 		 197 aa  160  2e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3520  TetR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 198 aa  149  2e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.140443 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1955  transcriptional regulator, TetR family  35.16 
 
 		 202 aa  105  6e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.22623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5549  TetR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 215 aa  100  2e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008146  Mmcs_5168  TetR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 215 aa  100  2e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008705  Mkms_5257  TetR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 215 aa  100  2e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012669  Bcav_2327  transcriptional regulator, TetR family  35.88 
 
 		 192 aa  96.7  2e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.215572  normal  0.48242 
 
 
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NC_013595  Sros_4543  putative transcriptional regulator, TetR family  34.73 
 
 		 205 aa  94.7  8e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0569885  normal  0.220748 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2925  transcriptional regulator, TetR family  31.74 
 
 		 198 aa  88.6  5e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10440  transcriptional regulator  32.16 
 
 		 211 aa  87.8  9e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0189255  normal  0.0235057 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1811  TetR family transcriptional regulator  35 
 
 		 209 aa  85.9  3e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10078  transcriptional regulator  34.01 
 
 		 201 aa  85.1  5e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.105796 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5710  TetR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 222 aa  81.6  0.000000000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.572132  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1287  regulatory protein, TetR  29.7 
 
 		 234 aa  81.3  0.000000000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5693  transcriptional regulator, TetR family  35.26 
 
 		 211 aa  80.1  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0563608  normal  0.866587 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0828  TetR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 225 aa  79  0.00000000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3376  TetR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 197 aa  78.6  0.00000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.423093  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1778  transcriptional regulator, TetR family  42.45 
 
 		 211 aa  76.6  0.0000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.261512  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4359  regulatory protein, TetR  35.57 
 
 		 196 aa  74.3  0.0000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00193568  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2209  TetR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 205 aa  72.8  0.000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.539658  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0858  regulatory protein TetR  31.9 
 
 		 201 aa  71.6  0.000000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00117784  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4006  regulatory protein, TetR  38.53 
 
 		 219 aa  71.6  0.000000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.722695  normal  0.0616898 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4302  transcriptional regulator, TetR family  38.53 
 
 		 223 aa  70.9  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1281  TetR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 210 aa  70.5  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.781108  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0972  transcriptional regulator, TetR family  37.09 
 
 		 194 aa  70.5  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0921311  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0104  TetR family transcriptional regulator  24.21 
 
 		 190 aa  68.2  0.00000000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007498  Pcar_3096  TetR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 202 aa  67  0.0000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0203472  n/a   
 
 
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NC_012850  Rleg_3742  transcriptional regulator, TetR family  48.44 
 
 		 192 aa  66.6  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0103  TetR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 190 aa  67  0.0000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2337  TetR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 199 aa  65.5  0.0000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.784236 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10080  Transcriptional regulator, TetR family  40.24 
 
 		 217 aa  63.9  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.530554  n/a   
 
 
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NC_011886  Achl_1890  transcriptional regulator, TetR family  36.04 
 
 		 253 aa  64.3  0.000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00021201 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3694  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 201 aa  63.9  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.735281  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8486  putative transcriptional regulator, TetR family  31.14 
 
 		 201 aa  64.3  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.251281  normal  0.72211 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2799  TetR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 217 aa  63.2  0.000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.364827  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3715  TetR family transcriptional regulator  51.52 
 
 		 208 aa  63.2  0.000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.158333 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6079  transcriptional regulator, TetR family  34.72 
 
 		 206 aa  63.5  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.615867 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2143  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 249 aa  63.9  0.000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.101921  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0477  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 211 aa  63.2  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.178939  normal  0.0289146 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3457  TetR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 238 aa  63.5  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3259  transcriptional regulator, TetR family  34.55 
 
 		 219 aa  62.8  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.147915  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3449  TetR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 209 aa  62.8  0.000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.772262  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3421  transcriptional regulator, TetR family  39.29 
 
 		 223 aa  62.4  0.000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.288907  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2159  TetR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 205 aa  62.4  0.000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3744  transcriptional regulator, TetR family  39.76 
 
 		 223 aa  62  0.000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3587  TetR family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 208 aa  61.6  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.997688  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3469  transcriptional regulator, TetR family  29.41 
 
 		 219 aa  61.6  0.000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.930137  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4426  TetR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 210 aa  61.2  0.000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.062473  normal  0.279059 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1387  TetR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 210 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.649854  normal  0.844436 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0012  putative AcrAB operon repressor transcription regulator protein  42.25 
 
 		 219 aa  61.2  0.00000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.631075  normal  0.0464367 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3206  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  41.67 
 
 		 218 aa  60.5  0.00000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5941  TetR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 213 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.272965 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2034  TetR family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 228 aa  60.8  0.00000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.743283  decreased coverage  0.000716409 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2000  TetR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 234 aa  60.5  0.00000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.920156  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2639  TetR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 213 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47520  putative transcriptional regulator  26.99 
 
 		 197 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2610  TetR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 234 aa  60.5  0.00000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.341012  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0687  TetR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 261 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.794796  normal  0.223624 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3066  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  41.67 
 
 		 218 aa  60.5  0.00000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.283852  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2881  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  41.67 
 
 		 218 aa  60.5  0.00000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.531949 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11710  transcriptional regulator, tetR family  33.02 
 
 		 237 aa  60.1  0.00000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.010685  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0402  transcriptional regulator, TetR family  49.09 
 
 		 219 aa  60.1  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.67084  normal  0.0771341 
 
 
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NC_010551  BamMC406_2530  TetR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 213 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.704068 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4336  TetR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 210 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.426629 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0707  TetR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 219 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008148  Rxyl_0370  TetR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 223 aa  60.1  0.00000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0234884  n/a   
 
 
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NC_008390  Bamb_2657  TetR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 213 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010501  PputW619_1027  TetR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 210 aa  59.3  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011884  Cyan7425_4680  transcriptional regulator, TetR family  29.59 
 
 		 236 aa  59.3  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007413  Ava_0602  TetR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 205 aa  58.9  0.00000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.5525  normal  0.406937 
 
 
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NC_007519  Dde_2537  TetR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 87 aa  58.9  0.00000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007963  Csal_0947  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 205 aa  59.3  0.00000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0946183  n/a   
 
 
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NC_013946  Mrub_0312  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 182 aa  59.3  0.00000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009439  Pmen_0824  TetR family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 206 aa  58.5  0.00000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 210 aa  58.9  0.00000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
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NC_007973  Rmet_3587  TetR family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 242 aa  58.2  0.00000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009253  Dred_2948  TetR family transcriptional regulator  21.35 
 
 		 191 aa  58.2  0.00000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013530  Xcel_1632  transcriptional regulator, TetR family  46.97 
 
 		 239 aa  58.2  0.00000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009483  Gura_0817  TetR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 212 aa  57.8  0.00000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007347  Reut_A3439  TetR family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 239 aa  57.8  0.00000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007520  Tcr_1884  TetR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 206 aa  57.8  0.00000009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.543413  n/a   
 
 
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NC_014158  Tpau_0046  transcriptional regulator, TetR family  45.71 
 
 		 209 aa  57.8  0.00000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007492  Pfl01_1078  TetR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 211 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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