More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4359 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



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Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_4359  regulatory protein, TetR  100 
 
 
196 aa  375  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00193568  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0972  transcriptional regulator, TetR family  76.56 
 
 
194 aa  239  2e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0921311  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3376  TetR family transcriptional regulator  53.68 
 
 
197 aa  180  1e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.423093  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3694  TetR family transcriptional regulator  56.08 
 
 
201 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.735281  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3742  transcriptional regulator, TetR family  53.97 
 
 
192 aa  155  5.0000000000000005e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5693  transcriptional regulator, TetR family  41.67 
 
 
211 aa  108  5e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0563608  normal  0.866587 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5168  TetR family transcriptional regulator  39.59 
 
 
215 aa  107  9.000000000000001e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5257  TetR family transcriptional regulator  39.59 
 
 
215 aa  107  9.000000000000001e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5549  TetR family transcriptional regulator  39.59 
 
 
215 aa  107  9.000000000000001e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5710  TetR family transcriptional regulator  38.12 
 
 
222 aa  105  5e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.572132  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4543  putative transcriptional regulator, TetR family  37.79 
 
 
205 aa  103  2e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0569885  normal  0.220748 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1811  TetR family transcriptional regulator  41.04 
 
 
209 aa  102  4e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0828  TetR family transcriptional regulator  38.12 
 
 
225 aa  100  1e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0858  regulatory protein TetR  41.76 
 
 
201 aa  99.4  3e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00117784  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2327  transcriptional regulator, TetR family  40.61 
 
 
192 aa  96.7  2e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.215572  normal  0.48242 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10078  transcriptional regulator  36.87 
 
 
201 aa  96.3  2e-19  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.105796 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2209  TetR family transcriptional regulator  34.52 
 
 
205 aa  95.1  5e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.539658  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10440  transcriptional regulator  33.72 
 
 
211 aa  93.2  2e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0189255  normal  0.0235057 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2925  transcriptional regulator, TetR family  38.27 
 
 
198 aa  93.2  2e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1955  transcriptional regulator, TetR family  36.13 
 
 
202 aa  88.6  5e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.22623  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5717  transcriptional regulator, TetR family  36.9 
 
 
197 aa  88.2  8e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.985195 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3783  TetR family transcriptional regulator  34.34 
 
 
197 aa  87.4  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.539516 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2508  TetR family transcriptional regulator  38.17 
 
 
195 aa  86.7  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0332011  normal  0.924216 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0425  transcriptional regulator, TetR family  37.29 
 
 
195 aa  85.1  6e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.752712  normal  0.122961 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2970  putative transcriptional regulator  37.87 
 
 
196 aa  85.1  6e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0889426  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35210  TetR family transcriptional regulator  36.69 
 
 
196 aa  85.1  6e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.831854 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2845  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
197 aa  83.2  0.000000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.735257  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4165  TetR family transcriptional regulator  37.77 
 
 
198 aa  83.2  0.000000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.774051  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1736  transcriptional regulator TetR family  41.01 
 
 
197 aa  81.6  0.000000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2482  transcriptional regulator, TetR family  37.64 
 
 
196 aa  81.6  0.000000000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0235  transcriptional regulator, TetR family  33.54 
 
 
199 aa  81.3  0.000000000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0309861  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0781  transcriptional regulator, TetR family  35.23 
 
 
197 aa  80.9  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1778  transcriptional regulator, TetR family  46.85 
 
 
211 aa  80.1  0.00000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.261512  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2788  transcriptional regulator, TetR family  35.63 
 
 
201 aa  80.1  0.00000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2692  TetR family transcriptional regulator  32.97 
 
 
195 aa  79.7  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.728372  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3520  TetR family transcriptional regulator  34.29 
 
 
198 aa  77.4  0.0000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.140443 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3578  TetR family transcriptional regulator  36.21 
 
 
198 aa  73.2  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00935563  normal  0.0256006 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3960  TetR family transcriptional regulator  34.76 
 
 
201 aa  71.6  0.000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.110455  normal  0.471806 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1866  TetR family transcriptional regulator  34.76 
 
 
201 aa  71.6  0.000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.115406 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2693  regulatory protein TetR  35.62 
 
 
192 aa  70.9  0.00000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0770653  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47520  putative transcriptional regulator  33.08 
 
 
197 aa  70.5  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2337  TetR family transcriptional regulator  53.03 
 
 
214 aa  69.3  0.00000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0181151 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1287  regulatory protein, TetR  34.78 
 
 
234 aa  68.2  0.00000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4654  transcriptional regulator, TetR family  34.48 
 
 
199 aa  67.4  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.416931  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1225  TetR family transcriptional regulator  40.78 
 
 
208 aa  65.9  0.0000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.657492  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4863  transcriptional regulator, TetR family  33.92 
 
 
209 aa  64.7  0.0000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6079  transcriptional regulator, TetR family  33.57 
 
 
206 aa  64.7  0.0000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.615867 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0698  putative transcription regulator protein  39.83 
 
 
264 aa  63.9  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00682473  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1526  transcriptional regulator, TetR family  34.95 
 
 
189 aa  64.3  0.000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000234923  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4533  TetR family transcriptional regulator  31.91 
 
 
218 aa  64.3  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.505005  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0648  transcriptional regulator, TetR family  40.59 
 
 
247 aa  63.2  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0672593 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0607  transcriptional regulator, TetR family  40.59 
 
 
255 aa  63.5  0.000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.118397  normal  0.590685 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2148  TetR family transcriptional regulator  38.37 
 
 
228 aa  62  0.000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.726576 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1550  transcriptional regulator, TetR family  46.05 
 
 
209 aa  62  0.000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.702649  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0455  TetR family transcriptional regulator  43.42 
 
 
224 aa  61.2  0.000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.366206  normal  0.106872 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3293  TetR family transcriptional regulator  32.32 
 
 
190 aa  61.2  0.000000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00124137 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2477  transcriptional regulator, TetR family  40.58 
 
 
190 aa  61.2  0.000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3397  TetR family transcriptional regulator  34.4 
 
 
222 aa  61.2  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.15089  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3669  TetR family transcriptional regulator  30.2 
 
 
243 aa  60.8  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.433868  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0788  TetR family transcriptional regulator  47.69 
 
 
221 aa  60.8  0.00000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.796627 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3703  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  30.63 
 
 
215 aa  61.2  0.00000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.83778 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3148  transcriptional regulator, TetR family  37.14 
 
 
310 aa  60.8  0.00000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5941  TetR family transcriptional regulator  37.08 
 
 
213 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.272965 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2292  transcriptional regulator, TetR family  41.18 
 
 
186 aa  60.1  0.00000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.030142  hitchhiker  0.00610108 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6268  TetR family transcriptional regulator  33.05 
 
 
182 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.700387  normal  0.409486 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1767  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
209 aa  60.1  0.00000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.271955  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1745  TetR family transcriptional regulator  43.42 
 
 
216 aa  59.7  0.00000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1792  TetR family transcriptional regulator  43.42 
 
 
216 aa  59.7  0.00000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.651799  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3524  TetR family transcriptional regulator  38.55 
 
 
187 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1726  TetR family transcriptional regulator  43.42 
 
 
216 aa  59.7  0.00000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.379747  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3066  TetR family transcriptional regulator  31.03 
 
 
190 aa  60.1  0.00000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.122558 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5436  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 
205 aa  59.7  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.770498 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3101  TetR family transcriptional regulator  37.86 
 
 
212 aa  59.7  0.00000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3299  transcriptional regulator, TetR family  45.31 
 
 
307 aa  59.3  0.00000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2000  TetR family transcriptional regulator  38.37 
 
 
234 aa  59.3  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.920156  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2610  TetR family transcriptional regulator  38.37 
 
 
234 aa  59.3  0.00000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.341012  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2639  TetR family transcriptional regulator  38.37 
 
 
213 aa  59.7  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0817  TetR family transcriptional regulator  30.97 
 
 
332 aa  58.9  0.00000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1493  TetR family transcriptional regulator  34.94 
 
 
200 aa  58.9  0.00000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1428  TetR family transcriptional regulator  27.93 
 
 
204 aa  58.5  0.00000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.530378  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3833  transcriptional regulator, TetR family  36 
 
 
212 aa  58.5  0.00000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1027  TetR family transcriptional regulator  46.88 
 
 
210 aa  58.5  0.00000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0046  transcriptional regulator, TetR family  42.11 
 
 
209 aa  58.5  0.00000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0312  TetR family transcriptional regulator  49.06 
 
 
182 aa  58.2  0.00000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2067  TetR family transcriptional regulator  45.16 
 
 
216 aa  58.2  0.00000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1521  TetR family transcriptional regulator  32.46 
 
 
206 aa  58.2  0.00000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.375612 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4426  TetR family transcriptional regulator  46.88 
 
 
210 aa  58.2  0.00000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.062473  normal  0.279059 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2657  TetR family transcriptional regulator  37.08 
 
 
213 aa  58.2  0.00000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1636  TetR family transcriptional regulator  30.56 
 
 
200 aa  58.2  0.00000008  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2530  TetR family transcriptional regulator  37.08 
 
 
213 aa  58.2  0.00000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.704068 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2433  TetR family transcriptional regulator  37.96 
 
 
211 aa  58.2  0.00000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2996  TetR family transcriptional regulator  36.54 
 
 
237 aa  58.2  0.00000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4336  TetR family transcriptional regulator  46.88 
 
 
210 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.426629 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0265  TetR family transcriptional regulator  32.39 
 
 
200 aa  57.4  0.0000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.00630944 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3715  TetR family transcriptional regulator  47.62 
 
 
208 aa  57.4  0.0000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.158333 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1281  TetR family transcriptional regulator  41.46 
 
 
210 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.781108  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5812  TetR family transcriptional regulator  39.24 
 
 
188 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0159111 
 
 
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NC_009832  Spro_2373  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 
205 aa  57.4  0.0000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_011661  Dtur_0059  transcriptional regulator, TetR family  24.06 
 
 
194 aa  57.8  0.0000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00007304  n/a   
 
 
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NC_009135  MmarC5_0571  TetR family transcriptional regulator  38.18 
 
 
200 aa  57.4  0.0000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.530829  n/a   
 
 
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