More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3960 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3960  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 201 aa  401  1e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.110455  normal  0.471806 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1866  TetR family transcriptional regulator  98.01 
 
 		 201 aa  394  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.115406 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2482  transcriptional regulator, TetR family  77.09 
 
 		 196 aa  284  5.999999999999999e-76  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2788  transcriptional regulator, TetR family  75.41 
 
 		 201 aa  280  9e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0425  transcriptional regulator, TetR family  71.73 
 
 		 195 aa  275  5e-73  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.752712  normal  0.122961 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2508  TetR family transcriptional regulator  69.59 
 
 		 195 aa  271  6e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0332011  normal  0.924216 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2692  TetR family transcriptional regulator  67.54 
 
 		 195 aa  264  8e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.728372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2970  putative transcriptional regulator  56.19 
 
 		 196 aa  182  3e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0889426  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35210  TetR family transcriptional regulator  55.67 
 
 		 196 aa  180  1e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.831854 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0235  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 199 aa  180  1e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0309861  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3578  TetR family transcriptional regulator  51.83 
 
 		 198 aa  172  2.9999999999999996e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00935563  normal  0.0256006 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4165  TetR family transcriptional regulator  49.47 
 
 		 198 aa  169  3e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.774051  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5717  transcriptional regulator, TetR family  47.94 
 
 		 197 aa  167  8e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.985195 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0781  transcriptional regulator, TetR family  45.92 
 
 		 197 aa  167  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3783  TetR family transcriptional regulator  47.67 
 
 		 197 aa  166  2e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.539516 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2845  TetR family transcriptional regulator  48.47 
 
 		 197 aa  162  4.0000000000000004e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.735257  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4654  transcriptional regulator, TetR family  46.67 
 
 		 199 aa  159  4e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.416931  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1736  transcriptional regulator TetR family  45.41 
 
 		 197 aa  157  1e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3520  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 198 aa  147  1.0000000000000001e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.140443 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4543  putative transcriptional regulator, TetR family  34.81 
 
 		 205 aa  95.5  4e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0569885  normal  0.220748 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1955  transcriptional regulator, TetR family  35.05 
 
 		 202 aa  95.1  6e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.22623  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5168  TetR family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 215 aa  92.4  4e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5257  TetR family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 215 aa  92.4  4e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5549  TetR family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 215 aa  92.4  4e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1778  transcriptional regulator, TetR family  36.22 
 
 		 211 aa  91.7  7e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.261512  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1811  TetR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 209 aa  90.5  2e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5693  transcriptional regulator, TetR family  38.15 
 
 		 211 aa  87.8  1e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0563608  normal  0.866587 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2327  transcriptional regulator, TetR family  35.8 
 
 		 192 aa  85.9  4e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.215572  normal  0.48242 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10078  transcriptional regulator  34.55 
 
 		 201 aa  85.5  5e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.105796 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10440  transcriptional regulator  28.06 
 
 		 211 aa  85.1  7e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0189255  normal  0.0235057 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2925  transcriptional regulator, TetR family  30.63 
 
 		 198 aa  83.2  0.000000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0828  TetR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 225 aa  80.1  0.00000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5710  TetR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 222 aa  80.5  0.00000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.572132  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1281  TetR family transcriptional regulator  38.53 
 
 		 210 aa  74.7  0.0000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.781108  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0858  regulatory protein TetR  30.51 
 
 		 201 aa  74.3  0.000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00117784  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4006  regulatory protein, TetR  38.53 
 
 		 219 aa  73.2  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.722695  normal  0.0616898 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2693  regulatory protein TetR  35.29 
 
 		 192 aa  73.2  0.000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0770653  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4302  transcriptional regulator, TetR family  38.53 
 
 		 223 aa  73.2  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2209  TetR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 205 aa  72.8  0.000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.539658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1196  TetR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 235 aa  69.3  0.00000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0270816  normal  0.528782 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3992  transcriptional regulator, TetR family  37.7 
 
 		 218 aa  68.6  0.00000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1336  TetR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 200 aa  67.8  0.0000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00010036 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1287  regulatory protein, TetR  27.08 
 
 		 234 aa  67.4  0.0000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1086  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 239 aa  67.8  0.0000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.566372  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8486  putative transcriptional regulator, TetR family  30.53 
 
 		 201 aa  66.2  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.251281  normal  0.72211 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3376  TetR family transcriptional regulator  35.65 
 
 		 197 aa  66.2  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.423093  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28930  transcriptional regulator  27.69 
 
 		 205 aa  65.9  0.0000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.218384 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2639  TetR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 213 aa  65.1  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2000  TetR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 234 aa  65.1  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.920156  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2610  TetR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 234 aa  65.1  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.341012  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5941  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 213 aa  64.7  0.0000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.272965 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0477  TetR family transcriptional regulator  43.06 
 
 		 211 aa  64.7  0.0000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.178939  normal  0.0289146 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3742  transcriptional regulator, TetR family  46.88 
 
 		 192 aa  64.3  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2657  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 213 aa  63.9  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2530  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 213 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.704068 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0824  TetR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 206 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0312  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 182 aa  63.9  0.000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0412  TetR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 216 aa  63.2  0.000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.742667  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3714  TetR family transcriptional regulator  37.96 
 
 		 212 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0687  TetR family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 261 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.794796  normal  0.223624 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3457  TetR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 238 aa  63.5  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1884  TetR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 206 aa  62  0.000000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.543413  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4604  transcriptional regulator, TetR family  45.12 
 
 		 255 aa  62  0.000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1603  transcriptional regulator, TetR family  28.14 
 
 		 189 aa  61.6  0.000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0115969  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11350  transcriptional regulator  39.53 
 
 		 220 aa  61.6  0.000000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9073  putative transcriptional regulator, TetR family  32.81 
 
 		 193 aa  61.2  0.000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2159  TetR family transcriptional regulator  38.2 
 
 		 205 aa  60.5  0.00000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2755  TetR family transcriptional regulator  29 
 
 		 200 aa  61.2  0.00000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3096  TetR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 202 aa  60.8  0.00000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0203472  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4426  TetR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 210 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.062473  normal  0.279059 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0947  TetR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 205 aa  61.2  0.00000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0946183  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0403  TetR family transcriptional regulator  50.91 
 
 		 204 aa  60.8  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.101074  normal  0.152412 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6079  transcriptional regulator, TetR family  31.37 
 
 		 206 aa  60.5  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.615867 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00415  DNA-binding transcriptional repressor  38.89 
 
 		 215 aa  60.5  0.00000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0805  TetR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 204 aa  60.5  0.00000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3146  transcriptional regulator, TetR family  38.89 
 
 		 215 aa  60.5  0.00000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0376592  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1387  TetR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 210 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.649854  normal  0.844436 
 
 
-
 
NC_003296  RS01891  transcription regulator protein  43.66 
 
 		 219 aa  60.1  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0139537  normal  0.638618 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0396  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  38.89 
 
 		 215 aa  60.5  0.00000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00420  hypothetical protein  38.89 
 
 		 215 aa  60.5  0.00000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0498  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  38.89 
 
 		 215 aa  60.5  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1071  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  35.16 
 
 		 213 aa  60.5  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0117133  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2034  TetR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 228 aa  60.1  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.743283  decreased coverage  0.000716409 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0507  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  38.89 
 
 		 215 aa  60.5  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.480121  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3240  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  35.16 
 
 		 213 aa  60.5  0.00000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.501766  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0540  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  38.89 
 
 		 215 aa  60.5  0.00000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3421  transcriptional regulator, TetR family  37.08 
 
 		 223 aa  60.5  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.288907  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4336  TetR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 210 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.426629 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3469  transcriptional regulator, TetR family  33.91 
 
 		 219 aa  60.5  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.930137  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0554  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  38.89 
 
 		 215 aa  60.5  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.627816  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3152  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  38.89 
 
 		 215 aa  60.5  0.00000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4804  transcriptional regulator, TetR family  47.22 
 
 		 201 aa  60.5  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.120851  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1289  transcriptional regulator, TetR family  31.91 
 
 		 192 aa  60.1  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10080  Transcriptional regulator, TetR family  39.74 
 
 		 217 aa  60.5  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.530554  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3744  transcriptional regulator, TetR family  37.08 
 
 		 223 aa  60.1  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0012  putative AcrAB operon repressor transcription regulator protein  32.67 
 
 		 219 aa  59.7  0.00000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.631075  normal  0.0464367 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0402  transcriptional regulator, TetR family  50.91 
 
 		 219 aa  59.7  0.00000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.67084  normal  0.0771341 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0103  TetR family transcriptional regulator  23.98 
 
 		 190 aa  59.7  0.00000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2696  TetR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 196 aa  59.7  0.00000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.834085 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3715  TetR family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 208 aa  59.7  0.00000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.158333 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>