More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_5710 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_5710  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 222 aa  435  1e-121  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.572132  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0828  TetR family transcriptional regulator  88.02 
 
 		 225 aa  337  9.999999999999999e-92  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5693  transcriptional regulator, TetR family  45.69 
 
 		 211 aa  135  4e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0563608  normal  0.866587 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4543  putative transcriptional regulator, TetR family  45.64 
 
 		 205 aa  135  5e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0569885  normal  0.220748 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2209  TetR family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 205 aa  133  1.9999999999999998e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.539658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5168  TetR family transcriptional regulator  38.12 
 
 		 215 aa  126  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5257  TetR family transcriptional regulator  38.12 
 
 		 215 aa  126  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5549  TetR family transcriptional regulator  38.12 
 
 		 215 aa  126  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1955  transcriptional regulator, TetR family  45.51 
 
 		 202 aa  122  5e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.22623  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2925  transcriptional regulator, TetR family  43.71 
 
 		 198 aa  121  9.999999999999999e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1811  TetR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 209 aa  118  7.999999999999999e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10078  transcriptional regulator  36 
 
 		 201 aa  112  5e-24  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.105796 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0858  regulatory protein TetR  38.12 
 
 		 201 aa  111  7.000000000000001e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00117784  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3376  TetR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 197 aa  105  8e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.423093  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10440  transcriptional regulator  34.85 
 
 		 211 aa  103  1e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0189255  normal  0.0235057 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5717  transcriptional regulator, TetR family  37.16 
 
 		 197 aa  100  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.985195 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0781  transcriptional regulator, TetR family  35.75 
 
 		 197 aa  100  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3694  TetR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 201 aa  100  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.735281  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1287  regulatory protein, TetR  32.16 
 
 		 234 aa  98.6  6e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0425  transcriptional regulator, TetR family  34.5 
 
 		 195 aa  94.4  1e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.752712  normal  0.122961 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4359  regulatory protein, TetR  37.43 
 
 		 196 aa  93.6  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00193568  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35210  TetR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 196 aa  91.7  9e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.831854 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2970  putative transcriptional regulator  36 
 
 		 196 aa  90.9  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0889426  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2327  transcriptional regulator, TetR family  36.87 
 
 		 192 aa  90.9  1e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.215572  normal  0.48242 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2692  TetR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 195 aa  90.5  2e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.728372  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1736  transcriptional regulator TetR family  34.57 
 
 		 197 aa  89  5e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2482  transcriptional regulator, TetR family  33.88 
 
 		 196 aa  88.2  8e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3960  TetR family transcriptional regulator  33.84 
 
 		 201 aa  87  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.110455  normal  0.471806 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4165  TetR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 198 aa  86.7  3e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.774051  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2788  transcriptional regulator, TetR family  33.88 
 
 		 201 aa  85.1  7e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3520  TetR family transcriptional regulator  35 
 
 		 198 aa  84.7  9e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.140443 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3742  transcriptional regulator, TetR family  48.39 
 
 		 192 aa  84.3  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3783  TetR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 197 aa  84.7  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.539516 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2508  TetR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 195 aa  83.2  0.000000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0332011  normal  0.924216 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4654  transcriptional regulator, TetR family  32.97 
 
 		 199 aa  82.4  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.416931  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2845  TetR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 197 aa  82.8  0.000000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.735257  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0235  transcriptional regulator, TetR family  30.05 
 
 		 199 aa  82.4  0.000000000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0309861  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1778  transcriptional regulator, TetR family  38.21 
 
 		 211 aa  82  0.000000000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.261512  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2693  regulatory protein TetR  39.04 
 
 		 192 aa  81.3  0.00000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0770653  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1866  TetR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 201 aa  81.3  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.115406 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0972  transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 		 194 aa  79.7  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0921311  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6079  transcriptional regulator, TetR family  33.16 
 
 		 206 aa  73.2  0.000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.615867 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3578  TetR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 198 aa  70.9  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00935563  normal  0.0256006 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47520  putative transcriptional regulator  26.34 
 
 		 197 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1086  transcriptional regulator, TetR family  33.52 
 
 		 239 aa  66.6  0.0000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.566372  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3152  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  28.91 
 
 		 215 aa  65.9  0.0000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00415  DNA-binding transcriptional repressor  37.74 
 
 		 215 aa  65.1  0.0000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3146  transcriptional regulator, TetR family  37.74 
 
 		 215 aa  65.1  0.0000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0376592  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0527  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  35.58 
 
 		 217 aa  65.5  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0498  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  37.74 
 
 		 215 aa  65.1  0.0000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0507  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  37.74 
 
 		 215 aa  65.1  0.0000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.480121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0540  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  37.74 
 
 		 215 aa  65.1  0.0000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00420  hypothetical protein  37.74 
 
 		 215 aa  65.1  0.0000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0537  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  35.58 
 
 		 217 aa  65.5  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.355505  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0518  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  35.58 
 
 		 217 aa  65.5  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.35266  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0554  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  37.74 
 
 		 215 aa  65.1  0.0000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.627816  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0580  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  35.58 
 
 		 217 aa  65.5  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0809226  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0396  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  37.74 
 
 		 215 aa  65.1  0.0000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0521  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  35.58 
 
 		 217 aa  65.5  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0327711  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2778  TetR family transcriptional regulator  24.38 
 
 		 205 aa  65.1  0.0000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4804  transcriptional regulator, TetR family  32.74 
 
 		 201 aa  64.7  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.120851  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0754  TetR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 273 aa  63.5  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0824  TetR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 206 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1128  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  35.24 
 
 		 227 aa  60.1  0.00000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000181094 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8486  putative transcriptional regulator, TetR family  32.47 
 
 		 201 aa  60.5  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.251281  normal  0.72211 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1012  transcriptional regulator, TetR family  30.09 
 
 		 212 aa  60.1  0.00000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.156612  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3240  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  30.09 
 
 		 213 aa  60.1  0.00000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.501766  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1493  TetR family transcriptional regulator  24.39 
 
 		 200 aa  59.3  0.00000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3604  TetR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 207 aa  59.3  0.00000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.461648 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1594  TetR family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 210 aa  58.9  0.00000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.000000000148614  unclonable  0.000000209189 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2034  TetR family transcriptional regulator  47.69 
 
 		 228 aa  58.9  0.00000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.743283  decreased coverage  0.000716409 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2888  TetR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 231 aa  58.5  0.00000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.465905  normal  0.0499957 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1071  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  29.2 
 
 		 213 aa  58.5  0.00000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0117133  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0312  transcriptional regulator, TetR family  48.39 
 
 		 206 aa  58.5  0.00000008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.00000000380117  normal  0.28635 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16730  transcriptional regulator, TetR family  43.66 
 
 		 213 aa  58.2  0.00000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2537  TetR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 87 aa  58.2  0.00000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0403  TetR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 204 aa  57.8  0.0000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.101074  normal  0.152412 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3046  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  28.32 
 
 		 216 aa  57  0.0000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.303422  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0312  TetR family transcriptional regulator  47.27 
 
 		 182 aa  57.4  0.0000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3071  TetR family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 210 aa  57  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0693  TetR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 207 aa  57  0.0000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000000831417  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2067  TetR family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 216 aa  57.4  0.0000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3152  transcriptional regulator, TetR family  30.56 
 
 		 248 aa  57.4  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.262017  normal  0.121031 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3397  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 222 aa  57  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.15089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3457  TetR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 238 aa  57  0.0000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0944  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  42.62 
 
 		 217 aa  57.4  0.0000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1569  putative transcriptional regulator  44.62 
 
 		 212 aa  56.2  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1987  TetR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 211 aa  56.2  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.15936  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1526  transcriptional regulator, TetR family  43.86 
 
 		 189 aa  56.6  0.0000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000234923  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0043  regulatory protein, TetR  34.29 
 
 		 211 aa  56.2  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2708  TetR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 266 aa  55.8  0.0000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1751  TetR family transcriptional regulator  46.48 
 
 		 206 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6341  TetR family transcriptional regulator  46.48 
 
 		 206 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0497044  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18080  TetR family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 212 aa  56.2  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1738  TetR family transcriptional regulator  46.48 
 
 		 206 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0290  TetR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 209 aa  55.8  0.0000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.547414  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0304  TetR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 209 aa  55.8  0.0000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661097  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0947  TetR family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 205 aa  55.8  0.0000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0946183  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0390  TetR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 230 aa  55.8  0.0000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4364  TetR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 206 aa  55.5  0.0000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>