279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3302 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3302  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 215 aa  429  1e-119  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.696216 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0301  transcriptional regulator, TetR family  37.11 
 
 		 199 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0864199  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2314  transcriptional regulator, TetR family  33.85 
 
 		 213 aa  105  4e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.251224 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1283  transcriptional regulator, TetR family  34.78 
 
 		 199 aa  92  6e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.255686  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0144  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 202 aa  89.7  3e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1240  TetR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 201 aa  88.6  7e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3466  TetR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 200 aa  86.7  3e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3835  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 202 aa  85.5  5e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3852  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 202 aa  85.5  5e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1920  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 202 aa  85.5  5e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2686  TetR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 202 aa  84.7  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0616794  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3410  TetR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 196 aa  84  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000655293  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3709  TetR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 205 aa  84  0.000000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1250  TetR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 202 aa  84  0.000000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1833  TetR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 202 aa  84  0.000000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.150168  normal  0.286062 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2178  TetR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 181 aa  81.3  0.000000000000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000638624  hitchhiker  0.00000363527 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1926  transcriptional regulator, TetR family  30.91 
 
 		 202 aa  80.9  0.00000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.930045  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3254  TetR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 199 aa  80.9  0.00000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1674  TetR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 201 aa  80.9  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.997457 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1915  transcriptional regulator, TetR family  36.7 
 
 		 200 aa  80.1  0.00000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1046  TetR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 201 aa  79.7  0.00000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1684  transcriptional regulator, TetR family  33.67 
 
 		 202 aa  80.1  0.00000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1059  TetR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 212 aa  79.7  0.00000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.659814 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3704  TetR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 202 aa  78.6  0.00000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1325  transcriptional regulator, TetR family  27.88 
 
 		 203 aa  77.4  0.0000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.161657  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0520  transcriptional regulator, TetR family  23.27 
 
 		 197 aa  77.4  0.0000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.711752  normal  0.521102 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0951  TetR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 196 aa  75.1  0.0000000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1307  transcriptional regulator, TetR family  31.66 
 
 		 202 aa  75.1  0.0000000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2878  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 202 aa  74.7  0.000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1909  transcriptional regulator, TetR family  25.58 
 
 		 197 aa  74.3  0.000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1903  TetR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 197 aa  73.6  0.000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000201758  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0223  transcriptional regulator, TetR family  25.67 
 
 		 195 aa  72  0.000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000853805  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1780  regulatory protein, TetR  30.1 
 
 		 212 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.407505  normal  0.506261 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0832  transcriptional regulator, TetR family  24.35 
 
 		 196 aa  70.1  0.00000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1022  transcriptional regulator, TetR family  40.91 
 
 		 202 aa  70.1  0.00000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0196  transcriptional regulator, TetR family  24.46 
 
 		 200 aa  67.4  0.0000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3094  TetR family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 212 aa  65.9  0.0000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1045  transcriptional regulator, TetR family  27.81 
 
 		 203 aa  63.5  0.000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00830488  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0355  transcriptional regulator, TetR family  24.84 
 
 		 195 aa  63.2  0.000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2723  transcriptional regulator, TetR family  28.99 
 
 		 224 aa  62.4  0.000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0252111  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3695  transcriptional regulator, TetR family  30.99 
 
 		 218 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.551475  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001824  transcriptional regulator  28.24 
 
 		 196 aa  60.5  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000410739  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00651  nucleoid occlusion protein  28.24 
 
 		 196 aa  59.3  0.00000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2593  nucleoid occlusion protein  30.36 
 
 		 210 aa  58.5  0.00000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000323733  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3543  TetR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 223 aa  58.2  0.00000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0364286 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3622  TetR family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 236 aa  57.8  0.0000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.311842  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3502  nucleoid occlusion protein  30.2 
 
 		 195 aa  55.8  0.0000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.284468  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0259  transcriptional regulator, TetR family  31.61 
 
 		 195 aa  55.1  0.0000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4302  transcriptional regulator, TetR family  25.91 
 
 		 223 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0335  transcriptional regulator, TetR family  28.92 
 
 		 197 aa  54.7  0.000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0635756  normal  0.0355079 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0620  nucleoid occlusion protein  24.2 
 
 		 197 aa  54.7  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000000140669 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0194  nucleoid occlusion protein  29.46 
 
 		 196 aa  54.3  0.000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000213488  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0542  nucleoid occlusion protein  28.18 
 
 		 214 aa  53.5  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3773  nucleoid occlusion protein  24.06 
 
 		 197 aa  53.9  0.000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.461125 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3833  transcriptional regulator, TetR family  24.4 
 
 		 204 aa  53.1  0.000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2389  nucleoid occlusion protein  24.26 
 
 		 204 aa  52.8  0.000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.102395  normal  0.522775 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4542  transcriptional regulator, TetR family  21.59 
 
 		 201 aa  52.8  0.000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.204937  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0873  TetR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 196 aa  52.8  0.000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.682179 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00047  nucleoid occlusion protein  23.08 
 
 		 195 aa  52  0.000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3149  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 205 aa  52  0.000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4251  nucleoid occlusion protein  23.53 
 
 		 197 aa  52  0.000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3600  nucleoid occlusion protein  23.53 
 
 		 197 aa  51.6  0.000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.741133  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0356  nucleoid occlusion protein  23.53 
 
 		 197 aa  51.6  0.000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1023  transcriptional regulator, TetR family  26.05 
 
 		 269 aa  52  0.000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.048156  normal  0.0140553 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0501  nucleoid occlusion protein  25.14 
 
 		 220 aa  51.6  0.000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.957497  normal  0.22516 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2742  transcriptional regulator, TetR family  29.5 
 
 		 207 aa  51.2  0.00001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4006  regulatory protein, TetR  25.39 
 
 		 219 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.722695  normal  0.0616898 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0181  nucleoid occlusion protein  24.84 
 
 		 198 aa  50.1  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0448  TetR family transcriptional regulator  35 
 
 		 223 aa  50.4  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3949  nucleoid occlusion protein  36.67 
 
 		 198 aa  50.4  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3840  nucleoid occlusion protein  37.5 
 
 		 197 aa  50.1  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00664895  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3845  transcriptional regulator, TetR family  23.4 
 
 		 209 aa  50.4  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00359694  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0141  nucleoid occlusion protein  23.08 
 
 		 219 aa  50.8  0.00002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.102052  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4012  nucleoid occlusion protein  36.67 
 
 		 198 aa  50.4  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.554445  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4058  nucleoid occlusion protein  36.67 
 
 		 198 aa  50.4  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3931  nucleoid occlusion protein  36.67 
 
 		 198 aa  50.4  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0886736  hitchhiker  0.000487739 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4119  nucleoid occlusion protein  36.67 
 
 		 198 aa  50.4  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.441328  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03498  nucleoid occlusion protein  36.67 
 
 		 198 aa  50.1  0.00003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0113918  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0064  transcriptional regulator, TetR family  36.67 
 
 		 198 aa  50.1  0.00003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000175826  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0385  nucleoid occlusion protein  33.9 
 
 		 197 aa  50.1  0.00003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000224895  hitchhiker  0.00861349 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03450  hypothetical protein  36.67 
 
 		 198 aa  50.1  0.00003  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00837733  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4393  nucleoid occlusion protein  36.51 
 
 		 198 aa  49.7  0.00003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000163426  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3850  nucleoid occlusion protein  36.67 
 
 		 198 aa  50.1  0.00003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000201623  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4103  nucleoid occlusion protein  36.51 
 
 		 198 aa  49.7  0.00003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0313607  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0399  nucleoid occlusion protein  33.9 
 
 		 197 aa  50.1  0.00003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0627309  hitchhiker  0.000000000130483 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0052  nucleoid occlusion protein  37.1 
 
 		 198 aa  49.7  0.00003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.881528  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0098  nucleoid occlusion protein  36.67 
 
 		 198 aa  49.7  0.00003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0100985  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5011  nucleoid occlusion protein  36.67 
 
 		 198 aa  50.1  0.00003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0450587  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3976  nucleoid occlusion protein  36.67 
 
 		 198 aa  50.1  0.00003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.027184  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0120  transcriptional regulator, TetR family  35.66 
 
 		 193 aa  50.1  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.654836  normal  0.0157031 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4158  nucleoid occlusion protein  37.1 
 
 		 198 aa  49.7  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000407134  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0459  nucleoid occlusion protein  33.9 
 
 		 197 aa  50.1  0.00003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0126678  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1254  TetR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 223 aa  50.1  0.00003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.297921  normal  0.284076 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0058  nucleoid occlusion protein  37.1 
 
 		 198 aa  49.7  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00579463  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4066  nucleoid occlusion protein  36.67 
 
 		 198 aa  50.1  0.00003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00270158  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0373  nucleoid occlusion protein  33.9 
 
 		 197 aa  50.1  0.00003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0485263  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4845  nucleoid occlusion protein  37.1 
 
 		 198 aa  49.7  0.00003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0111456  decreased coverage  0.000000677674 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4142  nucleoid occlusion protein  36.67 
 
 		 198 aa  50.1  0.00003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000526151  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0070  nucleoid occlusion protein  36.67 
 
 		 198 aa  50.1  0.00003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000194925  unclonable  0.00000000943905 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0374  nucleoid occlusion protein  33.9 
 
 		 197 aa  50.1  0.00003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000212742  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>