More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_05720 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_05720  transcriptional regulator  100 
 
 		 221 aa  445  1.0000000000000001e-124  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.203838  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4043  transcriptional regulator, TetR family  75.51 
 
 		 222 aa  285  2.9999999999999996e-76  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2619  transcriptional regulator, TetR family  50.26 
 
 		 221 aa  191  5e-48  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.844619 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0934  transcriptional regulator, TetR family  48.15 
 
 		 209 aa  169  4e-41  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4525  transcriptional regulator, TetR family  51.76 
 
 		 216 aa  168  5e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.397871 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2853  transcriptional regulator, TetR family  43.41 
 
 		 195 aa  149  3e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.597651 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8489  putative transcriptional regulator, TetR family  48.66 
 
 		 203 aa  149  5e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.280909  normal  0.379927 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2742  transcriptional regulator, TetR family  42.93 
 
 		 207 aa  143  2e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3500  transcriptional regulator, TetR family  39.69 
 
 		 209 aa  134  9.999999999999999e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00016281 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2974  transcriptional regulator, TetR family  41.21 
 
 		 199 aa  134  1.9999999999999998e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35350  transcriptional regulator, TetR family  41.09 
 
 		 223 aa  128  7.000000000000001e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.147408 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6256  Transcriptional regulator  37.57 
 
 		 219 aa  125  4.0000000000000003e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.109242  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3319  transcriptional regulator, TetR family  38.62 
 
 		 214 aa  123  2e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00311946  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3154  regulatory protein, TetR  39.55 
 
 		 214 aa  121  7e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0193225  normal  0.108939 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2496  transcriptional regulator, TetR family  35.53 
 
 		 226 aa  121  7e-27  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.40575  normal  0.202338 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4700  transcriptional regulator, TetR family  35.07 
 
 		 224 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0565878  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2430  transcriptional regulator, TetR family  40.24 
 
 		 207 aa  117  9.999999999999999e-26  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.466149 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4786  transcriptional regulator, TetR family  37.89 
 
 		 211 aa  116  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.187473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3170  TetR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 202 aa  115  6e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.148676  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3695  transcriptional regulator, TetR family  34.65 
 
 		 218 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.551475  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1508  transcriptional regulator, TetR family  39.52 
 
 		 215 aa  113  2.0000000000000002e-24  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0994502  normal  0.123569 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3149  TetR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 205 aa  113  2.0000000000000002e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3341  TetR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 196 aa  113  2.0000000000000002e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0466  TetR family transcriptional regulator  38.22 
 
 		 189 aa  112  5e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1780  regulatory protein, TetR  33.01 
 
 		 212 aa  112  6e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.407505  normal  0.506261 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1023  transcriptional regulator, TetR family  35.03 
 
 		 269 aa  111  8.000000000000001e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.048156  normal  0.0140553 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4873  transcriptional regulator, TetR family  36.93 
 
 		 193 aa  110  1.0000000000000001e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02720  transcriptional regulator, tetR family  36.32 
 
 		 211 aa  111  1.0000000000000001e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.460979  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3171  transcriptional regulator, TetR family  37.29 
 
 		 216 aa  107  2e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.323724  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0259  transcriptional regulator, TetR family  33.69 
 
 		 195 aa  104  8e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1756  transcriptional regulator, TetR family  35.44 
 
 		 205 aa  104  1e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000229906 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2546  transcriptional regulator, TetR family  35.14 
 
 		 207 aa  103  1e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3036  regulatory protein, TetR  34.55 
 
 		 216 aa  102  4e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0300267  normal  0.0658454 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27500  transcriptional regulator  30.88 
 
 		 214 aa  102  4e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2977  transcriptional regulator, TetR family  36.32 
 
 		 196 aa  101  8e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3739  TetR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 210 aa  100  3e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.461772  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3812  TetR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 210 aa  100  3e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.246252 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3751  TetR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 210 aa  99.8  3e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17710  transcriptional regulator  33.02 
 
 		 203 aa  99.4  4e-20  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0632938  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2186  TetR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 214 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0785456  normal  0.820524 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3720  transcriptional regulator, TetR family  33.14 
 
 		 200 aa  94.7  9e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.91394  normal  0.0177543 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4432  TetR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 208 aa  94.7  1e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.21103  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4204  TetR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 213 aa  91.7  8e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2447  TetR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 208 aa  91.3  1e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4429  TetR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 197 aa  89.7  3e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.679698  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1944  AcrR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 195 aa  89.7  3e-17  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1933  AcrR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 243 aa  85.9  5e-16  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.189914  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2338  transcriptional regulator, TetR family  31.55 
 
 		 213 aa  84  0.000000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.857275  normal  0.161469 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5005  transcriptional regulator, TetR family  29.69 
 
 		 229 aa  82.4  0.000000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.143864  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1940  AcrR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 204 aa  81.3  0.00000000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.682868  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34550  transcriptional regulator, TetR family  30.9 
 
 		 215 aa  75.5  0.0000000000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00167706  normal  0.63182 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1560  transcriptional regulator, TetR family  31.55 
 
 		 221 aa  73.6  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19820  transcriptional regulator  32.52 
 
 		 260 aa  70.5  0.00000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19890  transcriptional regulator  35.56 
 
 		 346 aa  67.8  0.0000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.403358  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1012  transcriptional regulator, TetR family  24.75 
 
 		 212 aa  67  0.0000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.156612  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28300  transcriptional regulator  40.16 
 
 		 280 aa  65.9  0.0000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3120  hypothetical protein  33.33 
 
 		 198 aa  65.5  0.0000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3212  TetR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 213 aa  65.5  0.0000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.402928  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2109  TetR family transcriptional regulator  29 
 
 		 206 aa  62.8  0.000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.901149 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1281  TetR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 210 aa  61.6  0.000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.781108  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0018  TetR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 196 aa  61.2  0.00000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1401  TetR family transcriptional regulator  23.77 
 
 		 222 aa  59.7  0.00000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.513329  normal  0.505278 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1620  TetR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 196 aa  58.5  0.00000007  Methanococcus vannielii SB  Archaea  hitchhiker  0.0021024  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31350  hypothetical protein  29.08 
 
 		 203 aa  58.5  0.00000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.112877  normal  0.357558 
 
 
-
 
NC_003296  RS05643  putative transcription regulator protein  30.99 
 
 		 233 aa  57.8  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4302  transcriptional regulator, TetR family  24.75 
 
 		 223 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4006  regulatory protein, TetR  25.25 
 
 		 219 aa  57  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.722695  normal  0.0616898 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3466  TetR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 200 aa  57.4  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0191  transcriptional regulator, TetR family  27.49 
 
 		 243 aa  57.4  0.0000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.00113557  decreased coverage  0.000257741 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6913  putative transcriptional regulator, TetR family  54.9 
 
 		 183 aa  57.4  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.128918  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3090  TetR family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 218 aa  57.4  0.0000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.595832  hitchhiker  0.000923351 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2314  transcriptional regulator, TetR family  27.93 
 
 		 213 aa  57  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.251224 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6580  transcriptional regulator, TetR family  27.43 
 
 		 242 aa  56.2  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.603144 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1909  transcriptional regulator, TetR family  24.62 
 
 		 197 aa  56.2  0.0000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1128  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  27.13 
 
 		 227 aa  55.8  0.0000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000181094 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3096  TetR family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 202 aa  56.2  0.0000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0203472  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1778  TetR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 250 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.677686  unclonable  0.000000000627047 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0140  TetR family transcriptional regulator  52.08 
 
 		 176 aa  56.2  0.0000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0280  TetR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 196 aa  56.2  0.0000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2477  transcriptional regulator, TetR family  31.93 
 
 		 190 aa  56.2  0.0000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2803  transcriptional regulator, TetR family  27.23 
 
 		 194 aa  55.8  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.014286  normal  0.214284 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3714  TetR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 212 aa  55.8  0.0000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3314  transcriptional regulator, TetR family  27.23 
 
 		 194 aa  55.8  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0832  transcriptional regulator, TetR family  28.24 
 
 		 196 aa  55.8  0.0000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4336  TetR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 210 aa  55.5  0.0000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.426629 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3823  TetR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 198 aa  55.5  0.0000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0524018  normal  0.237924 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6560  transcriptional regulator, TetR family  35.71 
 
 		 203 aa  55.1  0.0000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5404  transcriptional regulator, TetR family  26.32 
 
 		 192 aa  55.1  0.0000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0587042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0684  TetR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 213 aa  55.1  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.974708 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7448  transcriptional regulator, TetR family  26.92 
 
 		 212 aa  55.1  0.0000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.58477 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2765  regulatory protein, TetR  30.97 
 
 		 210 aa  55.1  0.0000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.267077  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4891  transcriptional regulator, TetR family  32.87 
 
 		 261 aa  55.1  0.0000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.164408  normal  0.287477 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1387  TetR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 210 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.649854  normal  0.844436 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4426  TetR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 210 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.062473  normal  0.279059 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0880  transcriptional regulator, TetR family  30.41 
 
 		 212 aa  54.3  0.000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.987052  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0177  TetR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 208 aa  54.3  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.775643 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1668  TetR family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 204 aa  53.9  0.000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0959  TetR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 248 aa  53.9  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0776064  normal  0.539269 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1592  transcriptional regulator, TetR family  24.5 
 
 		 198 aa  53.5  0.000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3066  TetR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 190 aa  53.9  0.000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.122558 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>