More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3171 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3171  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 216 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.323724  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3036  regulatory protein, TetR  89.35 
 
 		 216 aa  400  1e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0300267  normal  0.0658454 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2186  TetR family transcriptional regulator  63.64 
 
 		 214 aa  257  1e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0785456  normal  0.820524 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3695  transcriptional regulator, TetR family  53.59 
 
 		 218 aa  236  2e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.551475  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1780  regulatory protein, TetR  51.22 
 
 		 212 aa  223  2e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.407505  normal  0.506261 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3319  transcriptional regulator, TetR family  43.28 
 
 		 214 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00311946  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3154  regulatory protein, TetR  42.23 
 
 		 214 aa  171  9e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0193225  normal  0.108939 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6256  Transcriptional regulator  36.02 
 
 		 219 aa  128  6e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.109242  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4700  transcriptional regulator, TetR family  35.64 
 
 		 224 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0565878  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4043  transcriptional regulator, TetR family  37.79 
 
 		 222 aa  109  4.0000000000000004e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3500  transcriptional regulator, TetR family  34.44 
 
 		 209 aa  106  2e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00016281 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05720  transcriptional regulator  37.29 
 
 		 221 aa  107  2e-22  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.203838  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4786  transcriptional regulator, TetR family  34.62 
 
 		 211 aa  106  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.187473  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2974  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 199 aa  107  2e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8489  putative transcriptional regulator, TetR family  35.57 
 
 		 203 aa  103  2e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.280909  normal  0.379927 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35350  transcriptional regulator, TetR family  35.41 
 
 		 223 aa  102  3e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.147408 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2742  transcriptional regulator, TetR family  32.02 
 
 		 207 aa  100  2e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0934  transcriptional regulator, TetR family  30.68 
 
 		 209 aa  92.8  4e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1756  transcriptional regulator, TetR family  30.81 
 
 		 205 aa  91.3  1e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000229906 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2977  transcriptional regulator, TetR family  33.16 
 
 		 196 aa  90.9  1e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1508  transcriptional regulator, TetR family  32.95 
 
 		 215 aa  90.1  3e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0994502  normal  0.123569 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2619  transcriptional regulator, TetR family  32.24 
 
 		 221 aa  88.6  7e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.844619 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4429  TetR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 197 aa  87  2e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.679698  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0259  transcriptional regulator, TetR family  29.5 
 
 		 195 aa  86.3  3e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4204  TetR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 213 aa  86.7  3e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2430  transcriptional regulator, TetR family  30.06 
 
 		 207 aa  85.5  5e-16  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.466149 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4432  TetR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 208 aa  82.4  0.000000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.21103  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4525  transcriptional regulator, TetR family  31.75 
 
 		 216 aa  82.4  0.000000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.397871 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3149  TetR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 205 aa  81.6  0.000000000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3739  TetR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 210 aa  82  0.000000000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.461772  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3812  TetR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 210 aa  82  0.000000000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.246252 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3751  TetR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 210 aa  82  0.000000000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3341  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 196 aa  81.6  0.000000000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3170  TetR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 202 aa  80.9  0.00000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.148676  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2496  transcriptional regulator, TetR family  33.49 
 
 		 226 aa  80.9  0.00000000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.40575  normal  0.202338 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1944  AcrR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 195 aa  80.1  0.00000000000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2853  transcriptional regulator, TetR family  31.79 
 
 		 195 aa  79  0.00000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.597651 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2447  TetR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 208 aa  78.6  0.00000000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4873  transcriptional regulator, TetR family  28.81 
 
 		 193 aa  73.6  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2546  transcriptional regulator, TetR family  26.53 
 
 		 207 aa  72  0.000000000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5005  transcriptional regulator, TetR family  31.36 
 
 		 229 aa  70.5  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.143864  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1940  AcrR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 204 aa  70.1  0.00000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.682868  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27500  transcriptional regulator  28.71 
 
 		 214 aa  69.3  0.00000000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17710  transcriptional regulator  32.37 
 
 		 203 aa  69.3  0.00000000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0632938  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28300  transcriptional regulator  31.96 
 
 		 280 aa  68.6  0.00000000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3720  transcriptional regulator, TetR family  29.32 
 
 		 200 aa  67.4  0.0000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.91394  normal  0.0177543 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1023  transcriptional regulator, TetR family  28.12 
 
 		 269 aa  67  0.0000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.048156  normal  0.0140553 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10145  TetR family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 280 aa  64.3  0.000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1933  AcrR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 243 aa  64.3  0.000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.189914  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9073  putative transcriptional regulator, TetR family  28.65 
 
 		 193 aa  62.4  0.000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34550  transcriptional regulator, TetR family  27.49 
 
 		 215 aa  60.5  0.00000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00167706  normal  0.63182 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10333  TetR/AcrR family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 200 aa  60.8  0.00000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3573  transcriptional regulator, TetR family  27.22 
 
 		 196 aa  60.5  0.00000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5711  TetR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 245 aa  59.3  0.00000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02720  transcriptional regulator, tetR family  26.78 
 
 		 211 aa  59.3  0.00000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.460979  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0087  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 211 aa  58.9  0.00000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0096  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 211 aa  58.9  0.00000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0589326 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0077  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 211 aa  58.9  0.00000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.397741 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0265  TetR family transcriptional regulator  23.39 
 
 		 200 aa  58.5  0.00000008  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00630944 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2202  transcriptional regulator, TetR family  43.94 
 
 		 186 aa  58.2  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.243165 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35210  TetR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 196 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.831854 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3503  TetR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 198 aa  57.8  0.0000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6560  transcriptional regulator, TetR family  55.56 
 
 		 203 aa  57.8  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1991  transcriptional regulator, TetR family  43.94 
 
 		 188 aa  57.4  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3293  TetR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 190 aa  57  0.0000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00124137 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0882  transcriptional regulator, TetR family  29.14 
 
 		 233 aa  57.4  0.0000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0466  TetR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 189 aa  57  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3038  transcriptional regulator  37.25 
 
 		 230 aa  56.2  0.0000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2970  putative transcriptional regulator  27.81 
 
 		 196 aa  56.6  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0889426  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0763  TetR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 183 aa  56.2  0.0000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.673415  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3570  transcriptional regulator, TetR family  42.86 
 
 		 175 aa  55.8  0.0000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00083347  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1560  transcriptional regulator, TetR family  25.9 
 
 		 221 aa  56.2  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4074  TetR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 194 aa  56.2  0.0000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.137574 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3578  TetR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 198 aa  56.2  0.0000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00935563  normal  0.0256006 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4251  transcriptional regulator, TetR family  42.86 
 
 		 216 aa  55.5  0.0000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.22701  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4331  TetR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 220 aa  55.5  0.0000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19890  transcriptional regulator  30.71 
 
 		 346 aa  55.5  0.0000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.403358  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2058  transcriptional regulator, TetR family  41.25 
 
 		 213 aa  55.5  0.0000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00904468  normal  0.0313266 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13590  TetR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 200 aa  55.5  0.0000006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.332381  normal  0.0844747 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0947  TetR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 205 aa  55.1  0.0000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0946183  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0594  TetR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 208 aa  55.1  0.0000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3066  TetR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 190 aa  54.3  0.000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.122558 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0817  TetR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 332 aa  54.3  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5734  transcriptional regulator, TetR family  30.11 
 
 		 199 aa  54.3  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.801726 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1988  TetR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 208 aa  54.3  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5162  TetR family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 193 aa  53.9  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.186575 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1739  tetracycline transcriptional regulator YcdC domain-containing protein  42.42 
 
 		 213 aa  53.9  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2898  TetR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 206 aa  53.5  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.881728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0212  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 242 aa  53.9  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.581109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1244  TetR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 206 aa  54.3  0.000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19820  transcriptional regulator  37.04 
 
 		 260 aa  53.5  0.000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2461  TetR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 234 aa  53.9  0.000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.460998  normal  0.536684 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0507  TetR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 211 aa  53.9  0.000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.982351 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3457  TetR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 238 aa  53.5  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1074  transcriptional regulator, TetR family  42.42 
 
 		 213 aa  53.9  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.739181  hitchhiker  0.00943768 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3781  TetR family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 214 aa  53.1  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0873  TetR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 196 aa  53.1  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.682179 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1312  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 211 aa  53.1  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000673566 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1289  transcriptional regulator, TetR family  27.78 
 
 		 211 aa  53.1  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1218  transcriptional regulator, TetR family  43.33 
 
 		 206 aa  53.1  0.000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>