More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcav_4043 on replicon NC_012669
Organism: Beutenbergia cavernae DSM 12333



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Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012669  Bcav_4043  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 
222 aa  445  1.0000000000000001e-124  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05720  transcriptional regulator  75.51 
 
 
221 aa  302  2.0000000000000002e-81  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.203838  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2619  transcriptional regulator, TetR family  48.76 
 
 
221 aa  186  3e-46  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.844619 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4525  transcriptional regulator, TetR family  50.75 
 
 
216 aa  167  1e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.397871 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8489  putative transcriptional regulator, TetR family  48.66 
 
 
203 aa  149  4e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.280909  normal  0.379927 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0934  transcriptional regulator, TetR family  43.39 
 
 
209 aa  148  6e-35  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2853  transcriptional regulator, TetR family  46.74 
 
 
195 aa  147  1.0000000000000001e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.597651 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2742  transcriptional regulator, TetR family  42.78 
 
 
207 aa  140  1.9999999999999998e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2974  transcriptional regulator, TetR family  39.04 
 
 
199 aa  134  9.999999999999999e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3500  transcriptional regulator, TetR family  39.79 
 
 
209 aa  132  3e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00016281 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3154  regulatory protein, TetR  38.71 
 
 
214 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0193225  normal  0.108939 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3319  transcriptional regulator, TetR family  37.44 
 
 
214 aa  126  3e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00311946  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6256  Transcriptional regulator  38.38 
 
 
219 aa  125  5e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.109242  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4700  transcriptional regulator, TetR family  38.42 
 
 
224 aa  122  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0565878  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35350  transcriptional regulator, TetR family  39.46 
 
 
223 aa  122  4e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.147408 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4786  transcriptional regulator, TetR family  39.78 
 
 
211 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.187473  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2496  transcriptional regulator, TetR family  36.08 
 
 
226 aa  119  3.9999999999999996e-26  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.40575  normal  0.202338 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2430  transcriptional regulator, TetR family  39.27 
 
 
207 aa  118  7e-26  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.466149 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3170  TetR family transcriptional regulator  36.27 
 
 
202 aa  117  9.999999999999999e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.148676  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1508  transcriptional regulator, TetR family  36.41 
 
 
215 aa  114  7.999999999999999e-25  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0994502  normal  0.123569 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3171  transcriptional regulator, TetR family  38.51 
 
 
216 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.323724  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3149  TetR family transcriptional regulator  37.06 
 
 
205 aa  111  7.000000000000001e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0466  TetR family transcriptional regulator  40.21 
 
 
189 aa  110  1.0000000000000001e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3341  TetR family transcriptional regulator  36.07 
 
 
196 aa  110  1.0000000000000001e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3695  transcriptional regulator, TetR family  33.49 
 
 
218 aa  109  3e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.551475  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2186  TetR family transcriptional regulator  37.37 
 
 
214 aa  108  5e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0785456  normal  0.820524 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3036  regulatory protein, TetR  35.87 
 
 
216 aa  105  5e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0300267  normal  0.0658454 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2977  transcriptional regulator, TetR family  38.8 
 
 
196 aa  105  5e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1780  regulatory protein, TetR  34.48 
 
 
212 aa  103  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.407505  normal  0.506261 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0259  transcriptional regulator, TetR family  34.76 
 
 
195 aa  102  4e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02720  transcriptional regulator, tetR family  34.59 
 
 
211 aa  101  8e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.460979  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5005  transcriptional regulator, TetR family  34.52 
 
 
229 aa  99  5e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.143864  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1023  transcriptional regulator, TetR family  33.5 
 
 
269 aa  97.8  1e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.048156  normal  0.0140553 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4429  TetR family transcriptional regulator  35 
 
 
197 aa  97.4  1e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.679698  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4432  TetR family transcriptional regulator  34.52 
 
 
208 aa  96.7  2e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.21103  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17710  transcriptional regulator  35.64 
 
 
203 aa  97.4  2e-19  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0632938  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3739  TetR family transcriptional regulator  32.62 
 
 
210 aa  96.7  2e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.461772  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3812  TetR family transcriptional regulator  32.62 
 
 
210 aa  96.7  2e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.246252 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3751  TetR family transcriptional regulator  32.62 
 
 
210 aa  96.3  3e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4873  transcriptional regulator, TetR family  34.94 
 
 
193 aa  95.5  6e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2447  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
208 aa  94.4  1e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27500  transcriptional regulator  36.53 
 
 
214 aa  94.7  1e-18  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4204  TetR family transcriptional regulator  35.76 
 
 
213 aa  94.7  1e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1756  transcriptional regulator, TetR family  33.87 
 
 
205 aa  94  2e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000229906 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3720  transcriptional regulator, TetR family  31.43 
 
 
200 aa  93.6  2e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.91394  normal  0.0177543 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2338  transcriptional regulator, TetR family  33.51 
 
 
213 aa  89  5e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.857275  normal  0.161469 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2546  transcriptional regulator, TetR family  31.28 
 
 
207 aa  87.4  2e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1933  AcrR family transcriptional regulator  30.32 
 
 
243 aa  84.7  0.000000000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.189914  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34550  transcriptional regulator, TetR family  32.46 
 
 
215 aa  84  0.000000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00167706  normal  0.63182 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1940  AcrR family transcriptional regulator  32.22 
 
 
204 aa  81.3  0.00000000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.682868  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1944  AcrR family transcriptional regulator  33.13 
 
 
195 aa  79.7  0.00000000000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1560  transcriptional regulator, TetR family  33.73 
 
 
221 aa  77.8  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19820  transcriptional regulator  32.02 
 
 
260 aa  68.6  0.00000000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28300  transcriptional regulator  38.13 
 
 
280 aa  68.2  0.0000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19890  transcriptional regulator  32.6 
 
 
346 aa  68.2  0.0000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.403358  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3120  hypothetical protein  34.17 
 
 
198 aa  67.4  0.0000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1281  TetR family transcriptional regulator  28.72 
 
 
210 aa  65.5  0.0000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.781108  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3439  TetR family transcriptional regulator  30.21 
 
 
239 aa  64.7  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3714  TetR family transcriptional regulator  29.32 
 
 
212 aa  62.8  0.000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0018  TetR family transcriptional regulator  28.5 
 
 
196 aa  62.8  0.000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3587  TetR family transcriptional regulator  27.75 
 
 
242 aa  61.6  0.000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6560  transcriptional regulator, TetR family  41.67 
 
 
203 aa  61.2  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0959  TetR family transcriptional regulator  26.29 
 
 
248 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0776064  normal  0.539269 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4302  transcriptional regulator, TetR family  26.67 
 
 
223 aa  59.7  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2803  transcriptional regulator, TetR family  26.98 
 
 
194 aa  59.3  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.014286  normal  0.214284 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3563  TetR family transcriptional regulator  26.4 
 
 
254 aa  58.9  0.00000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.473219 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4685  transcriptional regulator, TetR family  25.77 
 
 
259 aa  58.9  0.00000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0466377  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3314  transcriptional regulator, TetR family  26.98 
 
 
194 aa  59.3  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0390  TetR family transcriptional regulator  30.96 
 
 
230 aa  59.3  0.00000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1012  transcriptional regulator, TetR family  23.74 
 
 
212 aa  58.9  0.00000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.156612  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4006  regulatory protein, TetR  27.18 
 
 
219 aa  58.5  0.00000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.722695  normal  0.0616898 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1592  transcriptional regulator, TetR family  26.87 
 
 
198 aa  58.5  0.00000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2109  TetR family transcriptional regulator  27.4 
 
 
206 aa  58.5  0.00000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.901149 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0502  TetR family transcriptional regulator  29.38 
 
 
221 aa  58.2  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6580  transcriptional regulator, TetR family  26.63 
 
 
242 aa  57.8  0.0000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.603144 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2962  TetR family transcriptional regulator  31.18 
 
 
201 aa  57.8  0.0000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0319  transcriptional regulator, TetR family  29.65 
 
 
206 aa  57.8  0.0000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3666  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 
187 aa  57.4  0.0000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.356922  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1909  transcriptional regulator, TetR family  25.64 
 
 
197 aa  56.6  0.0000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4426  TetR family transcriptional regulator  28.02 
 
 
210 aa  56.6  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.062473  normal  0.279059 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6913  putative transcriptional regulator, TetR family  52.94 
 
 
183 aa  56.6  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.128918  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0594  TetR family transcriptional regulator  28.72 
 
 
208 aa  56.6  0.0000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2155  TetR family transcriptional regulator  45 
 
 
195 aa  56.6  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1387  TetR family transcriptional regulator  29 
 
 
210 aa  56.2  0.0000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.649854  normal  0.844436 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1053  transcriptional regulator, TetR family  26.09 
 
 
193 aa  56.2  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10333  TetR/AcrR family transcriptional regulator  31.87 
 
 
200 aa  56.2  0.0000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4336  TetR family transcriptional regulator  28.5 
 
 
210 aa  55.8  0.0000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.426629 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3715  TetR family transcriptional regulator  28.21 
 
 
208 aa  55.8  0.0000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.158333 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0140  TetR family transcriptional regulator  44.83 
 
 
176 aa  55.5  0.0000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_008786  Veis_3859  TetR family transcriptional regulator  24.87 
 
 
211 aa  55.5  0.0000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.677666 
 
 
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NC_009485  BBta_3781  TetR family transcriptional regulator  28.74 
 
 
214 aa  55.1  0.0000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_013411  GYMC61_0828  transcriptional regulator, TetR family  25.25 
 
 
195 aa  55.1  0.0000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_007651  BTH_I0679  TetR family transcriptional regulator  29.06 
 
 
211 aa  55.1  0.0000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_008060  Bcen_2000  TetR family transcriptional regulator  27.18 
 
 
234 aa  55.1  0.0000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.920156  n/a   
 
 
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NC_008542  Bcen2424_2610  TetR family transcriptional regulator  27.18 
 
 
234 aa  55.1  0.0000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.341012  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1401  TetR family transcriptional regulator  23.86 
 
 
222 aa  55.1  0.0000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.513329  normal  0.505278 
 
 
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NC_008752  Aave_0109  TetR family transcriptional regulator  31.37 
 
 
207 aa  55.1  0.0000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_006348  BMA0314  TetR family transcriptional regulator  29.02 
 
 
211 aa  54.7  0.000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_007494  RSP_3528  TetR family transcriptional regulator  28.72 
 
 
216 aa  54.7  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_010508  Bcenmc03_2639  TetR family transcriptional regulator  27.18 
 
 
213 aa  54.3  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
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