More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_34550 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_34550  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 215 aa  441  1e-123  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00167706  normal  0.63182 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1933  AcrR family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 243 aa  176  3e-43  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.189914  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1940  AcrR family transcriptional regulator  37 
 
 		 204 aa  135  6.0000000000000005e-31  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.682868  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1944  AcrR family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 195 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5005  transcriptional regulator, TetR family  34.76 
 
 		 229 aa  105  4e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.143864  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4873  transcriptional regulator, TetR family  44.63 
 
 		 193 aa  88.2  9e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35350  transcriptional regulator, TetR family  37.91 
 
 		 223 aa  82.8  0.000000000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.147408 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1023  transcriptional regulator, TetR family  32.5 
 
 		 269 aa  79.3  0.00000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.048156  normal  0.0140553 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2974  transcriptional regulator, TetR family  34.27 
 
 		 199 aa  79  0.00000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1780  regulatory protein, TetR  30.92 
 
 		 212 aa  77.4  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.407505  normal  0.506261 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3149  TetR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 205 aa  77.8  0.0000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4043  transcriptional regulator, TetR family  32.35 
 
 		 222 aa  77  0.0000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3170  TetR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 202 aa  77  0.0000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.148676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2546  transcriptional regulator, TetR family  29.9 
 
 		 207 aa  76.3  0.0000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05720  transcriptional regulator  30.9 
 
 		 221 aa  75.5  0.0000000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.203838  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2430  transcriptional regulator, TetR family  33.53 
 
 		 207 aa  75.1  0.0000000000007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.466149 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3319  transcriptional regulator, TetR family  30.96 
 
 		 214 aa  73.9  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00311946  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3695  transcriptional regulator, TetR family  27.5 
 
 		 218 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.551475  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2742  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 207 aa  73.2  0.000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4525  transcriptional regulator, TetR family  35.07 
 
 		 216 aa  72.8  0.000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.397871 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3500  transcriptional regulator, TetR family  32.67 
 
 		 209 aa  73.2  0.000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00016281 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3341  TetR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 196 aa  71.6  0.000000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02720  transcriptional regulator, tetR family  29.63 
 
 		 211 aa  70.9  0.00000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.460979  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1508  transcriptional regulator, TetR family  31.74 
 
 		 215 aa  70.5  0.00000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0994502  normal  0.123569 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2977  transcriptional regulator, TetR family  27.93 
 
 		 196 aa  69.7  0.00000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3154  regulatory protein, TetR  29.95 
 
 		 214 aa  69.3  0.00000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0193225  normal  0.108939 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4700  transcriptional regulator, TetR family  28.97 
 
 		 224 aa  68.6  0.00000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0565878  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2619  transcriptional regulator, TetR family  29.73 
 
 		 221 aa  68.6  0.00000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.844619 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4432  TetR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 208 aa  68.6  0.00000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.21103  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1756  transcriptional regulator, TetR family  27.08 
 
 		 205 aa  67.8  0.0000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000229906 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0259  transcriptional regulator, TetR family  29.32 
 
 		 195 aa  67  0.0000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4429  TetR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 197 aa  65.9  0.0000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.679698  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4786  transcriptional regulator, TetR family  29.31 
 
 		 211 aa  65.1  0.0000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.187473  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6256  Transcriptional regulator  29.02 
 
 		 219 aa  64.7  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.109242  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8489  putative transcriptional regulator, TetR family  32.58 
 
 		 203 aa  63.2  0.000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.280909  normal  0.379927 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0466  TetR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 189 aa  62.4  0.000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19890  transcriptional regulator  32.8 
 
 		 346 aa  62  0.000000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.403358  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2186  TetR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 214 aa  62  0.000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0785456  normal  0.820524 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0934  transcriptional regulator, TetR family  28.73 
 
 		 209 aa  61.6  0.000000009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3036  regulatory protein, TetR  24.86 
 
 		 216 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0300267  normal  0.0658454 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3171  transcriptional regulator, TetR family  27.49 
 
 		 216 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.323724  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17710  transcriptional regulator  27.78 
 
 		 203 aa  60.1  0.00000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0632938  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2496  transcriptional regulator, TetR family  28.87 
 
 		 226 aa  58.9  0.00000006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.40575  normal  0.202338 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3720  transcriptional regulator, TetR family  29.1 
 
 		 200 aa  57.4  0.0000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.91394  normal  0.0177543 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2853  transcriptional regulator, TetR family  33.04 
 
 		 195 aa  56.6  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.597651 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2148  TetR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 228 aa  55.8  0.0000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.726576 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19820  transcriptional regulator  30.58 
 
 		 260 aa  54.3  0.000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3739  TetR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 210 aa  54.7  0.000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.461772  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3812  TetR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 210 aa  54.7  0.000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.246252 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3751  TetR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 210 aa  54.3  0.000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2041  TetR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 211 aa  53.9  0.000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27500  transcriptional regulator  27.36 
 
 		 214 aa  53.1  0.000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1867  transcriptional regulator, TetR family  41.1 
 
 		 201 aa  51.6  0.000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.129849  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0522  TetR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 219 aa  51.6  0.000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0175  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 203 aa  50.8  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0626  TetR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 199 aa  50.4  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1734  transcriptional regulator, TetR family  44.62 
 
 		 191 aa  50.1  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.390922 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1777  regulatory protein TetR  41.56 
 
 		 195 aa  50.8  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.731609  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1499  TetR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 203 aa  50.1  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0951967  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1991  transcriptional regulator, TetR family  34.94 
 
 		 188 aa  50.8  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2113  transcriptional regulator, TetR family  42.67 
 
 		 194 aa  50.4  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.508898 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2497  TetR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 201 aa  49.7  0.00003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.55388 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1158  transcriptional regulator, TetR family  27.78 
 
 		 218 aa  49.3  0.00004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.91676  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3892  regulatory protein TetR  36.62 
 
 		 214 aa  49.3  0.00004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1496  transcriptional regulator, TetR family  32.17 
 
 		 206 aa  49.3  0.00005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0772  transcriptional regulator, TetR family  35.71 
 
 		 223 aa  48.9  0.00005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2235  transcriptional regulator, TetR family  32.93 
 
 		 235 aa  49.3  0.00005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.170733  normal  0.3149 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1988  TetR family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 208 aa  48.9  0.00005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0425  transcriptional regulator, TetR family  30.3 
 
 		 195 aa  49.3  0.00005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.752712  normal  0.122961 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4168  TetR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 244 aa  48.9  0.00006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0511823  normal  0.17991 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0553  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 233 aa  48.9  0.00006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1000  regulatory protein, TetR  27.03 
 
 		 242 aa  48.5  0.00007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.6882 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2202  transcriptional regulator, TetR family  33.77 
 
 		 186 aa  48.5  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.243165 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1844  TetR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 242 aa  48.5  0.00008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000808903 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0805  TetR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 204 aa  48.1  0.00009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2482  transcriptional regulator, TetR family  31.3 
 
 		 196 aa  47.8  0.0001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00759  transcriptional regulator, TetR family protein  26.06 
 
 		 224 aa  48.1  0.0001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1292  regulatory protein TetR  31.25 
 
 		 231 aa  48.1  0.0001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.413674  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4204  TetR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 213 aa  47.8  0.0001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1454  transcriptional regulator, TetR family  31.25 
 
 		 231 aa  48.1  0.0001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.901974 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2447  TetR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 208 aa  47.4  0.0001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0479  TetR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 207 aa  47.4  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0832  transcriptional regulator, TetR family  36.11 
 
 		 211 aa  47.4  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.933061 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2155  TetR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 195 aa  47  0.0002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0756  transcriptional regulator, TetR family  40.62 
 
 		 206 aa  47  0.0002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0490671  hitchhiker  0.00390743 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2441  TetR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 217 aa  47.4  0.0002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.429129  normal  0.59735 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2365  TetR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 213 aa  47  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.227272  normal  0.96994 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28300  transcriptional regulator  36.67 
 
 		 280 aa  47  0.0002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1746  transcriptional regulator, TetR family  44 
 
 		 195 aa  47.4  0.0002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26580  transcriptional regulator, TetR family  34.57 
 
 		 205 aa  47.4  0.0002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0994293 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1882  regulatory protein TetR  29.51 
 
 		 204 aa  47  0.0002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2859  transcriptional regulator, TetR family  44.23 
 
 		 186 aa  47.4  0.0002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.111234  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4153  TetR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 234 aa  47  0.0002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0811  transcriptional regulator, TetR family  40.62 
 
 		 193 aa  47  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3111  TetR family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 210 aa  46.2  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0421  transcriptional regulator, TetR family  30.61 
 
 		 198 aa  46.2  0.0003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2710  TetR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 203 aa  46.6  0.0003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.466457  normal  0.498996 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1459  TetR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 203 aa  46.2  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.540117  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6231  transcriptional regulator, TetR family  33.85 
 
 		 197 aa  46.6  0.0003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0420  TetR family regulatory protein  37.36 
 
 		 226 aa  46.2  0.0003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.418633  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>