More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2148 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2148  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 228 aa  456  1e-127  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.726576 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2304  TetR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 211 aa  77.8  0.0000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.373552  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2479  TetR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 211 aa  77.8  0.0000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.660065  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2226  TetR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 211 aa  74.7  0.000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0397604  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2285  TetR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 211 aa  74.7  0.000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0118465  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2575  transcriptional regulator, TetR family  30.39 
 
 		 211 aa  74.7  0.000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000582548  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2272  TetR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 211 aa  73.6  0.000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000566042  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2500  transcriptional regulator, TetR family  30.39 
 
 		 211 aa  73.6  0.000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2510  TetR family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 209 aa  73.2  0.000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00262483  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2434  transcriptional regulator, TetR family  28.49 
 
 		 211 aa  72.8  0.000000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0067  TetR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 212 aa  66.2  0.0000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000000826521  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6562  TetR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 210 aa  58.9  0.00000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.67895  normal  0.0476005 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0698  putative transcription regulator protein  28.26 
 
 		 264 aa  57.4  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00682473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5720  TetR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 291 aa  57.4  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.649137  normal  0.760569 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3376  TetR family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 197 aa  57  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.423093  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6768  transcriptional regulator, TetR family  41.46 
 
 		 221 aa  57  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4394  TetR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 198 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5076  TetR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 209 aa  57  0.0000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5784  TetR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 209 aa  57  0.0000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.907377 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0024  TetR family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 193 aa  56.2  0.0000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16730  transcriptional regulator, TetR family  31.69 
 
 		 213 aa  56.2  0.0000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0425  transcriptional regulator, TetR family  38.71 
 
 		 195 aa  56.2  0.0000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.752712  normal  0.122961 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2400  regulatory protein TetR  41.43 
 
 		 198 aa  55.8  0.0000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.133792  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34550  transcriptional regulator, TetR family  36.71 
 
 		 215 aa  55.8  0.0000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00167706  normal  0.63182 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1034  TetR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 204 aa  55.5  0.0000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1353  regulatory protein TetR  44.62 
 
 		 210 aa  55.8  0.0000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.273808  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2508  TetR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 195 aa  55.5  0.0000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0332011  normal  0.924216 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3170  transcriptional regulator, TetR family  25.84 
 
 		 216 aa  55.1  0.0000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2074  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 189 aa  54.7  0.000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.902771  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2696  TetR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 196 aa  54.3  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.834085 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4092  TetR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 206 aa  54.7  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2482  transcriptional regulator, TetR family  38.71 
 
 		 196 aa  55.1  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0097  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 215 aa  53.9  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.56928  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13324  TetR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 221 aa  53.9  0.000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.119785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2109  TetR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 206 aa  53.9  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.901149 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2468  TetR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 198 aa  54.3  0.000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 234 aa  53.1  0.000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6560  transcriptional regulator, TetR family  38.03 
 
 		 203 aa  53.5  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4481  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 216 aa  53.1  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.918639  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6913  putative transcriptional regulator, TetR family  43.28 
 
 		 183 aa  53.1  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.128918  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3960  TetR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 201 aa  52.8  0.000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.110455  normal  0.471806 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2788  transcriptional regulator, TetR family  34.25 
 
 		 201 aa  52.8  0.000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3923  TetR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 214 aa  52.8  0.000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1866  TetR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 201 aa  52.8  0.000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.115406 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7816  transcriptional regulator, TetR family  36.05 
 
 		 216 aa  53.1  0.000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28300  transcriptional regulator  40 
 
 		 280 aa  53.1  0.000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0030  TetR family transcriptional regulator  50.98 
 
 		 193 aa  53.1  0.000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.19641  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3991  regulatory protein TetR  35.37 
 
 		 197 aa  53.1  0.000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1436  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 125 aa  52.8  0.000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000772402  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0648  transcriptional regulator, TetR family  38.98 
 
 		 247 aa  52.4  0.000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0672593 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2712  TetR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 206 aa  52.8  0.000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0607  transcriptional regulator, TetR family  38.98 
 
 		 255 aa  52.4  0.000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.118397  normal  0.590685 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5318  transcriptional regulator, TetR family  35.05 
 
 		 197 aa  52.8  0.000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1867  transcriptional regulator, TetR family  32.84 
 
 		 201 aa  52.8  0.000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.129849  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3833  transcriptional regulator, TetR family  38.03 
 
 		 204 aa  52.8  0.000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5533  transcriptional regulator, TetR family  40.28 
 
 		 222 aa  52.4  0.000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0740  TetR family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 205 aa  52.4  0.000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.891023  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0754  TetR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 273 aa  52  0.000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3148  transcriptional regulator, TetR family  38.89 
 
 		 310 aa  52  0.000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1550  transcriptional regulator, TetR family  45.1 
 
 		 201 aa  52  0.000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22500  transcriptional regulator, TetR family  37.14 
 
 		 199 aa  52  0.000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.589103  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24360  transcriptional regulator  31.67 
 
 		 211 aa  52.4  0.000007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2179  TetR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 218 aa  52  0.000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6228  transcriptional regulator, TetR family  26.75 
 
 		 194 aa  52  0.000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.301912  normal  0.923303 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4360  regulatory protein TetR  37.93 
 
 		 200 aa  52  0.000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0908  transcriptional regulator, TetR family  32.1 
 
 		 207 aa  51.6  0.000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.469028  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2248  TetR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 222 aa  51.6  0.000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0660336  normal  0.0152181 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 212 aa  52  0.000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.61751 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0332  TetR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 208 aa  51.2  0.00001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3520  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 198 aa  51.2  0.00001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.140443 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1218  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 206 aa  51.6  0.00001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1244  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 206 aa  51.6  0.00001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1419  TetR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 220 aa  51.6  0.00001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2293  TetR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 247 aa  51.6  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.887651  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0931  transcriptional regulator, TetR family  35.14 
 
 		 215 aa  51.6  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.588864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0719  TetR family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 209 aa  51.2  0.00001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2708  TetR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 266 aa  51.2  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0731  TetR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 227 aa  50.8  0.00001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00250469 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0994  transcriptional regulator, TetR family  37.31 
 
 		 271 aa  51.6  0.00001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11350  transcriptional regulator  39.47 
 
 		 220 aa  51.2  0.00001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2627  transcriptional regulator, TetR family  27.93 
 
 		 186 aa  50.8  0.00001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4533  TetR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 218 aa  51.6  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.505005  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35210  TetR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 196 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.831854 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4251  transcriptional regulator, TetR family  36.99 
 
 		 216 aa  51.6  0.00001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.22701  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1384  TetR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 225 aa  51.2  0.00001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00670258  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0140  TetR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 182 aa  51.6  0.00001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2434  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 188 aa  51.2  0.00001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0919  TetR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 215 aa  51.2  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.563199 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0126  TetR family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 224 aa  51.2  0.00001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2527  TetR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 194 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.490074  normal  0.267005 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0452  TetR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 212 aa  50.8  0.00001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.681881  decreased coverage  0.00000297509 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6189  TetR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 210 aa  51.6  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.304814  normal  0.805788 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0477  TetR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 211 aa  51.2  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.178939  normal  0.0289146 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0314  TetR family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 211 aa  50.8  0.00002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1408  TetR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 200 aa  50.8  0.00002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1017  repressor protein  37.18 
 
 		 211 aa  50.8  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4024  TetR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 199 aa  50.8  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.497962  normal  0.530155 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0057  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  37.18 
 
 		 211 aa  50.8  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1493  TetR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 200 aa  50.8  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13181  TetR family transcriptional regulator  37.35 
 
 		 213 aa  50.8  0.00002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000106336  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>