More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2497 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2497  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 201 aa  404  1.0000000000000001e-112  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.55388 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  45 
 
 		 226 aa  72  0.000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1216  TetR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 204 aa  67  0.0000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3183  transcriptional regulator, TetR family  30.6 
 
 		 220 aa  65.5  0.0000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4247  TetR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 212 aa  65.1  0.0000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0639864  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4333  TetR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 212 aa  65.1  0.0000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.771402  normal  0.443044 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4626  TetR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 212 aa  65.1  0.0000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.734291 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1558  regulatory protein TetR  41.03 
 
 		 220 aa  64.7  0.0000000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0994  transcriptional regulator, TetR family  33.98 
 
 		 214 aa  63.5  0.000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.146386  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5380  TetR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 197 aa  63.5  0.000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.768843  normal  0.61228 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0432  transcriptional regulator, TetR family  29.41 
 
 		 214 aa  62.8  0.000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0796504  hitchhiker  0.00000000967411 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4778  TetR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 217 aa  62.8  0.000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0255  transcriptional regulator, TetR family  29.41 
 
 		 243 aa  62.8  0.000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.540416  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11037  TetR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 197 aa  62  0.000000006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.102388  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2327  transcriptional regulator, TetR family  34.31 
 
 		 192 aa  60.8  0.00000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.215572  normal  0.48242 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6560  transcriptional regulator, TetR family  30.66 
 
 		 203 aa  60.5  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1947  TetR family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 197 aa  60.8  0.00000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0661  transcriptional regulator, TetR family  30.3 
 
 		 205 aa  60.1  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1790  TetR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 251 aa  59.7  0.00000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0872  transcriptional regulator, TetR family  31.48 
 
 		 211 aa  58.9  0.00000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.678947 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51850  Transcriptional regulatory protein, TetR family  48.44 
 
 		 186 aa  59.3  0.00000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0984  transcriptional regulator, TetR family  29.25 
 
 		 245 aa  58.5  0.00000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.50937  hitchhiker  0.00233885 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5720  TetR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 291 aa  58.5  0.00000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.649137  normal  0.760569 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0973  TetR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 198 aa  58.5  0.00000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0265  TetR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 200 aa  57.8  0.0000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00630944 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1286  transcriptional regulator, TetR family  28.05 
 
 		 199 aa  57.4  0.0000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000123202 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2292  transcriptional regulator, TetR family  40.32 
 
 		 186 aa  57.8  0.0000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.030142  hitchhiker  0.00610108 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32320  transcriptional regulator, TetR family  31.58 
 
 		 200 aa  57.4  0.0000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.247928 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0412  TetR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 216 aa  57  0.0000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.742667  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3992  transcriptional regulator, TetR family  27.27 
 
 		 218 aa  57.4  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35210  TetR family transcriptional regulator  49.18 
 
 		 196 aa  56.6  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.831854 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0931  transcriptional regulator, TetR family  27.07 
 
 		 215 aa  57  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.588864  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1689  transcriptional regulator, TetR family  38.64 
 
 		 199 aa  56.2  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.403978 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2860  TetR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 226 aa  56.2  0.0000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.253372  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4251  transcriptional regulator, TetR family  29.46 
 
 		 216 aa  56.2  0.0000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.22701  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36720  transcriptional regulator  35.4 
 
 		 179 aa  56.6  0.0000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.72942 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2556  transcriptional regulator, TetR family  42.11 
 
 		 208 aa  56.6  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000000489141  normal  0.182844 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0140  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 176 aa  56.6  0.0000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47520  putative transcriptional regulator  44.44 
 
 		 197 aa  56.2  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6913  putative transcriptional regulator, TetR family  49.02 
 
 		 183 aa  56.2  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.128918  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4440  transcriptional regulator, TetR family  27.36 
 
 		 220 aa  55.8  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1543  TetR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 238 aa  55.5  0.0000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3111  TetR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 210 aa  55.5  0.0000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2775  TetR family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 228 aa  55.5  0.0000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0212844  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00620  Transcriptional regulatory protein, TetR family  29.91 
 
 		 227 aa  55.5  0.0000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1050  transcriptional regulator, TetR family  29.1 
 
 		 225 aa  55.5  0.0000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.549541 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2742  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 207 aa  55.1  0.0000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0787  regulatory protein, TetR  30.19 
 
 		 226 aa  55.5  0.0000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0654  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 185 aa  55.1  0.0000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1636  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 200 aa  55.1  0.0000007  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5607  transcriptional regulator, TetR family  37.04 
 
 		 209 aa  55.1  0.0000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.897418  normal  0.557491 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0571  TetR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 200 aa  55.1  0.0000007  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.530829  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1149  transcriptional regulator, TetR family protein  37.35 
 
 		 226 aa  55.1  0.0000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2970  putative transcriptional regulator  49.18 
 
 		 196 aa  54.7  0.0000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0889426  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3380  regulatory protein, TetR  32.14 
 
 		 222 aa  54.7  0.0000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.386273  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3016  transcriptional regulator, TetR family  29.17 
 
 		 209 aa  54.7  0.0000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.150997  normal  0.125451 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2859  transcriptional regulator, TetR family  39.73 
 
 		 186 aa  54.7  0.0000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.111234  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2902  regulatory protein, TetR  28.47 
 
 		 253 aa  54.7  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.271799  normal  0.100562 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0106  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 214 aa  54.7  0.0000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.156451  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4804  transcriptional regulator, TetR family  30.36 
 
 		 201 aa  54.7  0.0000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.120851  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4014  transcriptional regulator, TetR family  36.59 
 
 		 225 aa  54.3  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19890  transcriptional regulator  31.03 
 
 		 346 aa  54.7  0.000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.403358  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5533  transcriptional regulator, TetR family  36.45 
 
 		 215 aa  53.9  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.374337  normal  0.0421471 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1005  transcriptional regulator, TetR family  39.73 
 
 		 218 aa  54.3  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0402  transcriptional regulator, TetR family  43.06 
 
 		 219 aa  54.7  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.67084  normal  0.0771341 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1238  AcrR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 273 aa  54.7  0.000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1976  putative transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 181 aa  54.3  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1987  TetR family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 210 aa  54.3  0.000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1327  TetR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 191 aa  54.3  0.000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00385081  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0466  TetR family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 189 aa  53.5  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6888  TetR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 254 aa  53.9  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1486  TetR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 201 aa  53.9  0.000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.260636  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1571  TetR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 207 aa  53.1  0.000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3711  transcriptional regulator, TetR family  42.19 
 
 		 207 aa  53.9  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.644349  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0908  transcriptional regulator, TetR family  28.04 
 
 		 207 aa  53.1  0.000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.469028  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3157  TetR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 330 aa  53.5  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1906  transcriptional regulator, TetR family  33.09 
 
 		 193 aa  53.5  0.000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.812491 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0805  TetR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 204 aa  53.1  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0731  TetR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 227 aa  53.1  0.000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00250469 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3221  TetR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 232 aa  53.5  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0136  TetR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 201 aa  53.9  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.563717  normal  0.436061 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3944  putative transcriptional regulator, TetR family  37.04 
 
 		 183 aa  53.9  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000137534  hitchhiker  0.00939559 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3836  transcriptional regulator, TetR family  28.7 
 
 		 211 aa  53.5  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2710  TetR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 203 aa  52.8  0.000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.466457  normal  0.498996 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0994  transcriptional regulator, TetR family  29.63 
 
 		 271 aa  53.1  0.000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3456  transcriptional regulator, TetR family  36.56 
 
 		 196 aa  52.8  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.659534  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0636  TetR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 250 aa  52.8  0.000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0304513 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4343  transcriptional regulator, TetR family  35.37 
 
 		 225 aa  53.1  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0349599  decreased coverage  0.000000750918 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0166  transcriptional regulator, TetR family  36.76 
 
 		 221 aa  53.1  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0611363  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0809  regulatory protein, TetR  32.22 
 
 		 200 aa  53.1  0.000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.732229  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3656  TetR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 207 aa  52.8  0.000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.311417  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19820  transcriptional regulator  40.38 
 
 		 260 aa  53.1  0.000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1580  TetR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 195 aa  52.4  0.000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000739015  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0280  TetR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 227 aa  52.8  0.000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.980178  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2497  transcriptional regulator, TetR family  28.3 
 
 		 221 aa  52.4  0.000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000693939 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0294  TetR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 227 aa  52.8  0.000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.136884  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3194  transcriptional regulator, TetR family  32.58 
 
 		 188 aa  52.4  0.000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0170  TetR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 192 aa  52.8  0.000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.652591  normal  0.659974 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1604  AcrR family transcriptional regulator  54.17 
 
 		 221 aa  52.4  0.000004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.388293  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4115  transcriptional regulator, TetR family  41.94 
 
 		 194 aa  52.4  0.000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.1417 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>